Studies on the ecology of marine sulfate reducing bacteria using 16S iRNA probe and in situ hybridization

Park, YoungTae University of Tokyo 1995 해외박사

내만과 유기물이 풍부한 연안역의 저질에는 주로 혐기성 세균에 의하여 유기 물이 분해되며,특히 황산염 환원세균(Sulfate Reducing Bacteria)은 이들 유 기물 분해에 50% 정도의 많은 기여를 하는 것으로 알려져 있으며,최종생성물 로 황화수소을 생성한다. 이 황화수소는 직접적으로 저질과 해수중에 서식하 는 해양식물에게 심각한 피해를 끼칠 뿐만 아니라,환원상태의촉진 등 연안환 경에 악 영향을 미치고 있다. 해양에 서식하는 황산염 환원 세균에 관한 연구는 분리한 균주의 미생물학적 성상,현장에서의 황산염 환원활성 측정 및 탄소원인 휘발성 지방산의 동태에 관한 연구가 주로 되어 있으나,해양환경중 유기물의 분해과정에 따른 황산염 환원세균의 군집구조의 천이에 따라 이용되는 유기물의 동태에 관한 연구 등 은 되어 있지 않은 실정이다. 이것은 종래의 배양 방법의 한정성으로 인한 결 과로 간주되어진다. 이 점을 해결하기 위하여 배양과정을 필요하지 않고 단시 간에 검출이 가능한 분자생물학적 방법을 이용하는 것이 적당하다고 생각되어 진다. 본 연구는 16S rRNA에 대하여 Fluorescent oligonucleotide probe로 in situ Hybridization을 하여 특정세균을 검출하는 FISH(Fluorescence In Situ Hybri dization)방법으로,해양저질에서 유기물의 혐기적 분해 과정중 황산염 환원세 균의 군집과 주요 탄소원인 휘발성 지방산과의 동태 관찰과 유기물에 따른 휘 발성 지방산의생성,산화적 환경인 해수 및 동물프랑크톤으로 부터 절대 혐기 성세균(Eh<-100mV)인 황산염 환원세균의 서식 여부에 관한 것이다. 1) Probe는 Amann 등(1990)에 의해 보고된 황산염 환원세균용과 Desulfobacte r genus specific probe를 사용하였으며,Genebank databases에 등록된 Eubact eria의 16S rRNA염기서열과 비교하여,특이성을 검토하였다. probe는 DNA synt hesizer로 합성후 5'말단에 형광색소를 첨가후 정제하여,hybridization에 사 용하였다. 2) Tokyo만과 Sagami만에서 퇴적물을 채취하여,Microcosms를 작성하였다. 인 공유기물로서 Polypepton을 첨가하여 현장온도에서 혐기적 분해를 시켰다.

Periodate Oxidation of Cellulose for Functional Derivatization : セルロ―スの過ヨウ素酸酸化による機能性材料の開發

김웅진 The University of Tokyo 2002 해외박사

The author wishes to express sincere appreciation to Professor Shigenori KUGA, the supervisor of my study, Division of Structural Biopolymer Science, the University of Tokyo, for his constant guidance, constructive criticism and continuous encouragement throughout the progress of this study. The author is very thankful to the former Professor Takeshi OKANO for supervising, advising and encouraging me for the master course part of this study. The author thanks to Dr. Masahisa WADA for teaching TEM and X-ray techniques and giving much valuable advices, Dr. Tetsuo KONDO, Forestry and Forest Products Research Institute, for solid-state NMR analysis and kind advices, and Professor Akira ISOGAI, Division of Paper Science, the University of Tokyo, for solution NMR analysis and kind advices. Also the author thanks Dr. Yoshiharu NISHIYAMA, Dr. Dae-Young KIM and students in the laboratory of Structural Biopolymer Science for useful suggestion and kind assistant during my study. The author thanks Ms. Hiroko NAITO, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, the University of Tokyo, for elemental analysis and Nitto Boseki Co. for gift of polyallylamine sample. The author would like to thank Professor Hee-Suck JUNG, Jun-Jae LEE, Hak-Lae LEE and Hyun-Joong KIM, Seoul National University in Korea, for kind advice and encouragement. The author wishes to express my sincere gratitude to my mother in heaven, my father and my wife’s parents for their spiritual support. Finally the author is grateful to my wife, Young-Soon SUCK, for supporting my study, and never forget my wife’s love.

Modern Urban Economic Development of Tokyo : Empirical Evidence of Fundamental Factors Based on Fishery Infrastructure

전상준 Tokyo University of Fisheries 2005 해외박사

This paper empirically surveys the modern fishery infrastructure of Tokyo by using fishery freight and its concerned freight to prove the economic development of Tokyo, which is fundamentally based on the theory of Kindleberger and Rosenstein-Rodan. In particular, it is needed to understand that Tokyo was the 'Hub-and-Spoke' (HS) metropolis and now it is also the main HS. With the support of geographical concentration concept, the big push theory addressed by Rosentein-Rodan can be proved with the aspect of fishery infrastructure whose theory is about "Indivisibility of Production Function and Demand", and "the supply of savings". The big push theory in this paper can be explained with the result of the VAR test of fishery infrastructure, which shows that the river infrastructure gives impact to the land infrastructure in the long-term. In particular in the regression test result, the freight of processed products has positive influence on the fishery freight, which means that those facts satisfy the fundamental theory of big push such as the indivisibility in the production function and the indivisibility of demand. この硏究は, 近代東京の水産インフラと關連のインフラとの經濟發展を證明するために, 基本的に Kindleberger とRosenstein-Rodan の理論に基づいて實證硏究している. 特に, 東京は「Hub-and-Spoke(HS)」としてのメトロポリスであったが, 現在も主な日本のHS である. このような地理的な集中ということから, Rosentein-Rodan のビッグプッシュは需要の不可分·供給關數の不可分·そして貯蓄の供給という觀點から水産インフラ面を證明できるのである. この硏究の中のビッグプッシュ理論は水産インフラのVAR テストの結果によって說明できる. つまり, 川のインフラが陸地のインフラに長期間影響を與えていることである. 特に, 回歸分析の結果、加工品の貨物が水産貨物に對して正の關係にあることが明らかであった. 結局, ビッグプッシュ理論の不可分の供給と需要に關する基本的な理論を滿たしていることが明らかになった.

Magneto-optics of modulation-doped GaAs-AlGaAs quantum wells in high magnetic fields

이주신 University of Tokyo 1989 해외박사

변조두우핑을 행한 GaAs-AIGaAs양자우물을 MBE법에 의해 우물폭 및 운반자농도가 각각 다르게 성장시켜, 초격자구조의 광학적 성질에 중요한 역할을 하고 있는 2차원 여기자가 운반자가 도입됨으로써 어떻게 거동하는지를 흡수 및 발광스펙트럼의 온도의 존성 및 자장의존성을 통해 살펴본다. P형 변조도우프 양자우물의 저온광흡수스펙트럼 에서는 무거운 양공 여기자피크가 소실되어 있으나, 온도와 자장이 증가함에 따라 그 피크가 나타나고 강도가 증가하는 것이 보여져 one-body 효과로써 설명되어진다. 또 자장에 의해 흡수스페트럼에서 나타난 무거운 양공여기자피크와 발광스펙트럼의 차가 자장의존성을 나타내는 현상은 여기자의 trapping 효과로써 설명되어진다. 한편, n형 변조도우프 양자우물의 경우에는 many-body효과에 의한 Fermi-edge singularity 피크 가 관측되어진다.

Studies on the population dynamics and photosynthesis of phytoplankton in Tokyo Bay

한명수 University of Tokyo 1988 해외박사

연안생태계는 크고 작은 각종 system (etuarine ecosystem,nearshore ecosystem, o ff shore ecosystem)으로 복잡하게 구성되어 있다. fronts는 이러한 system과 system 사이의 경계역활을 하며 물리, 화학 및 생물학적으로 복잡하게 얽혀 있는 장소이다. 본 연구는 front의 주변해역 및 내만역에서의 식물플랑크톤의 생리 및 생태학적 연구 를 통하여 coastal과 offshore ecosystem의 상호관계를 파악함으로서 연안환경보존 및 수질개선에 활용할 목적으로 실시하였다. 연구해역(동경만)의 내부에는 하천수의 영 향을 받은 estuarine fronts가, 만의 중앙부에서 만의 입구까지에는 tidal fronts가, 그리고 만의 외부에는 thermohaline fronts가 각각 발달되어 있음이 밝혀졌고, 식물플 랑크톤의 군집구조는 이들 fronts에 의해 크게 영향을 받고 있었으며, tide의 반복에 의하여 식물플랑크톤 군집은 혼합, 확산되고 있음을 시사함으로서 유기물(오염물질도 포함)의 생산, 확산,이동 및 침강등은 해수의 물리적 현상에 의해 크게 지배되고 있음 이 밝혀졌다. 식물플랑크톤의 단시간 배양을 통한 일차생산력의 산출, single cell 14 -carbon assay method에 의한 개체당의 광합성(species specific photosynthetic rate =SSP)을 측정한 결과 식물플랑크톤의 동화지수는 일차생산능력이 높은 경우에 낮은 경 향을 보였다. 또한 개체군의 광합성/세포용적(volume-specific SSP)도 적조형성시 낮 았으며 volume specific SSP가 갑자기 높아졌을 때 세포수의 증가가 있는 것으로 밝혀 져 volume-specific SSP는 적조발생 초기의 지표로 활용될 수 있다고 사료되었다. 이 러한 결과는 자연계에서의 악성적 적조(유기물의 이상적인 증폭현상)발생 방지기술의 개발에 활용될 것이다. 식물플랑크톤 개체군 중 Skeletonema costatum에 있어서의 광 합성활성으로 부터 계산된 개체군생산력을 비교하였을때 Skeletonema costatum은 세포 수가 많음에도 불구하고 개체군의 생산력은 낮으며, Heterosigma akashiwo 및 대형종 인 Eucampia zodiacus은 세포수에 비해 높은 개체군 생산력을 보였다. Volume specifi c SSP는 Heterosigma akashiwo가 가장 높았고, 특히 이종은 돌발적으로 출현하는 생태 학적 특성을 갖고 있었다. Skeletonema costatum의 Volume specific SSP는 강우에 의 한 해수의 염분 저하시에 높아지는 경향을 보여 동경만에서 봄부터 가을에 걸쳐 발생 되는 Skeletonema costatum의 적조는 강우에 의한 염분의 저하가 중요원인으로 밝혀졌 다.

Design and Evaluation of Cryptographic Hash Functions

Lee, Sun Young THE UNIVERSITY OF TOKYO 2001 해외박사

CONTROL OF STRUCTURE AND ELECTRICAL PROPERTIES OF FERROELECTRIC OXIDES THROUGH SOL-GEL METHOD

박용일 University of Tokyo 1999 해외박사

STUDIES ON DRUG RESISTANT GENES IN Photobacterium damselae subspecies piscicida

김미정 Tokyo University of Fisheries 2005 해외박사

Photobacterium damselae subsp. piscicida 은 유결절증을 일으키는 원인균이다. 이 병을 치료기위해서 일본에서 많은 항생제들이 널리 사용되고 있다. 그러나 이러한 약제들의 과다한 사용은 내성균주들의 증가를 초래한다. 이 연구의 주요한 목적은 P. damselae subsp. piscicida의 분자적 수준에서 획득내성의 메커니즘을 이해하는 것이다. quinolone 내성과 감수성 균주로부터 gyrA와 parC genes을 cloning하였다. P. damselae subsp. piscicida의 내성균주는 오직 gyrA의 QRDR에서 83번째 아미노산 Ser을 Ile로 치환하는 point mutation을 일으켰고, ParC에서는 발견되지않았다. 게다가 gyrA gene에서의 point mutation은 유도된 point mutation들과 자연적으로 발생하는 polymorphisms 확인을 위해 일반적으로 이용되는 Targeting?Induced Local Lesions IN Genomes (TILLING) 법을 이용하여 확인하였다. 각각 일본과 미국에서 분리된 전달성 R plasmid인 pP99-018와 pP91278의 전염기배열을 결정하고 분석하였다. pP99-018는 총 150,057 bp이며, 185개의 예상되는 open reading frames (ORFs)를 포함한다. 유전자 분석을 기초로, 기능을 가지는 ORFs는 다음과 같이 4개의 접합전달-TRA I to TRA IV, 복제, 분배, 그리고 약제내성으로 분류된다. 반면 pP91278는 총 131,520 bp이며, 161개의 예상되는 ORFs를 포함한다. 이러한 plasmid들의 총제적인 구조는 약제내성영역과 TRA IV 영역을 제외하고는 일치한다. 약제내성영역에서는 약제내성 단백질을 수반하는 많은 전이인자가 존재한다. pP99-018에서의 약제내성 영역은 kanamycin 내성 (KMr), tetracycline 내성 (TCr), chloroamphenicol 내성 (CPr) 그리고 sulfonamide 내성 (SAr) 단백질이 각각 aphA7, tetA, catI 그리고 sul II 유전자에 일치한다. pP91278에서의 약제내성 영역에서는 TCr, trimethoprim 내성 그리고 SAr 단백질이 각각 tetA, dhfr3 그리고 sul II 유전자에 일치한다. pP99-018과 pP91278과는 다르게 pP9014에서의 약제내성 영역에서는 beta-lactamase class A로 분류되는 ampicillin 내성 유전자와 cat II로 분류되는 CPr 유전자가 확인되었다. Photobacterium damselae subsp. piscicida is the causative agent of pasteurellosis. For the control of this disease, various antimicrobial agents have been used widely in Japan. However, the extensive use of these agents has brought an increase of drug resistant strains. The main purpose of this study is to understand the mechanisms of acquired resistance in P. damselae subsp. piscicida at the molecular level. The gyrA and parC genes were cloned from quinolone resistant and sensitive strains. Resistant strains of P. damselae subsp. piscicida carried a point mutation only in the gyrA QRDR leading to a Ser-to-Ile substitution at residue position 83. No amino acid alterations were discovered in the ParC sequence. Furthermore, point mutation in gyrA gene was detected using Targeting-Induced Local Lesions IN Genomes (TILLING), which is a general strategy used for the detection of a variety of induced point mutations and naturally occurring polymorphisms. The complete nucleotide sequences of transferable R plasmid, pP99-018 from Japan and pP91278 from USA have been determined and analyzed. pP99-018 was 150,057 bp in length and contains 185 putative open reading frames (ORFs). Based on gene analysis, functions associated with ORFs may be classified into the following categories: 4 conjugative transfer-TRA I to TRA IV, replication, partition and drug resistant regions. Whereas, pP91278 was 131,520 bp in length and contains 161 putative ORFs. The overall structures of these plasmids were identical except drug resistance and TRA IV regions. In the drug resistant region, there are a number of transposable elements carrying drug resistant proteins. In pP99-018, kanamycin resistance (KMr), tetracycline resistance (TCr), chloroamphenicol resistance (CPr) and sulfonamide resistance (SAr) protein correspond to aphA7, tetA, catI and sul II genes, respectively. In pP91278, TCr, trimethoprim resistance and SAr protein correspond to tetA, dhfr3 and sul II genes, respectively. Whereas, the ampicillin resistance gene classified into beta-lactamase class A and CPr gene classified into cat II were detected in pP9014 different from pP99-018 and pP91278.

Development of cyanide sensor using pseudomonas fluorescens : Pseudomonas fluorescens を用いるシアソセソサ一の開發

이정임 University of Tokyo 1996 해외박사

시안 (청산가리)는 매우 강한 호흡독으로서 인간에 대한 치사량이 약 100㎎ 으로 알려져 있다. 시안화합물은 농약, 비료용약제 등 산업적으로 다수 이용 되고 있어서 하천의 오염원으로 작용할 위험성이 있다. 종래의 시안분석방법 은 복잡한 전처리와 방해물질의 영향 등의 문제점이 있었다. 그러므로 하천 및 공장폐수중의 시안화합물을 신속하고 간편하게 측정하기 위한 온라인 장치 의 개발이 시급하게 요구되고 있다. 본 연구에서는 시안을 생화학적으로 분 해하는 미생물 (Pseudomonas fluorescens NCIMB 11764) 과 산소전극을 이용하 여 시안센서를 제작하고 그 특성을 연구하였다. P. fluorescens NCIMB 11764는 호기조건에서 시안을 암모니아와 이산화탄소 로 분해한다. 그때 소비되는 산소량을 측정함으로서 시안을 정량할 수 있다. 제작한 시안센서의 시안 정량 범위는 0. 05 - 1 ㎎/1 였다. 이 수치는 시안 의 폐수기준인 1 ㎎/1에 필적하는 것이다. 또한 이 센서는 계면활성제, 납, 크롬 등의 독물과 아연, 철, 구리 등의 중금속에 의하여 영향 받지 않았다. 센서의 반응시간은 2분으로 시안의 신속한 모니터링이 가능하다. 센서는 제 작한후 한달간 균일한 반응치를 나타냈다. 제작한 시안센서를 강물 (渡瀨川) 에 응용한 결과 완충액을 이용했을 때와 같이 시안 농도 0. 05 -1 ㎎/1까지 정 량할 수 있었다. 그러므로 본 시안센서는 하천에서 시안의 연속적 모니터링에 응용 가능하다. This comparative study of the Chinese, Korean, and Vietnamese American communities in Philadelphia looks at the intersection of varioussocially constructed boundaries-ethnicity, gender, class and generation-within ar1d among ethnic groups. Based on socia] anthropological framework, it describes the mechanism of ethnic and dass identity formations, and how distinguished identities are implemented orinstitutionalized through various networks and orgaffizations. There search also analyzes how mainstream society, through its 1egal systemsand numerous institutions, has imposed a definition of identity on Asiansin America. It focuses on how historical pattems, institutional barriers,aIld the economic forces of the wider society influence or direct Asian experiences, and discusses how Asians in turn respond and conceptualizethe ezternal constrainfr. By unraveling the complezity of the Asian American communities and the boundary strategies 1@ian Americans areutilizing, this study provides a new look at the political processes which Asian Americans are creating in a variety of social settings. Heldwork forthis study was conducted between September 199O and February 1994 at several different, heavily concentrated areas of Chinese, Korean, and Vietnamese American business and residence in Philadelphia, using questionnaires and structured interviews. Ninety-six etl ographic interviews were conducted for this research, and interviewees were dividedinto several different categories based on national origin, occupation, gender, duration of stay, and generation. The resulfr of this gtudy showthat each Asian American communities maintain difFerent internal meaningfti1 cultural boundaries, and that identity making and politicalmobilization vary across these boundarie6. The research concludes with the discussion of ethnicity as relatiorm, and provides some policy implications based on this perspective.

A study on microstructure control and high-temperature thermoelectric properties of sic ceramics : Sic セラミックスの 微細構造制御と 高溫熱電物性に關する硏究

배철훈 University of Tokyo 1990 해외박사

새로운 에너지의 개발도 중요하지만, 불필요하게 낭비되어지고 있는폐에너지의 유효이용은 미 래의 사활을 거는 중요한 과제로서, 본 연구에서는熱에너지를 직접 電氣에너지로 변환시키는 熱幀諦汰渶掃�세라믹스를응용함으로써, 에너지 문제해결에 기여하는 것을 목표로 하여, 다공질 SiC스의 정밀한 미세구조제어와 열전변환효율의 상관관계를 제시하였다. 출발원료로 α 및 β-SiC 분용하여, 소결조건 및 첨가물의 영향을조사하였고, β상으로부터 α상에의 상전이, 입경, 입자간을纘�적층결함 등이 熱電變換能에 미치는 영향을 이론적으로 규명하였으며, 더나아가 미세구조의제어를 위하여 화학기상합성법(CVD)을 이용하여中空狀 SiC 미립자를 합성하였고, 합성시의 반응졀愾�및 中空狀 입자의生成機構를 규명하였다. 도전율의 온도의존성은 그다지 크기 않았으며,소�000˚C까지의 N의 고용량의 증가에 따른 캐리어농도의 증가에 의해,소결온도 상승과 함께 도전육′臼느립� 2100˚C에서 소결한 경우에는도전율이 감소하는 경향이 보였다. 그 원인은 β상의 S리어의이동속도가 느린 α상으로 상전이되었기 때문으로 사료되며, 도전율에 미치는인자로써 입응微@�연결상태 또한 큰 영향을 미치는 것으로 밝혀졌다. 질소의 고용에 의해 Seebeck계수는 -의나타내었으며, 소결온도가 높으면높을수록 그 절대치가 증가하였다. 그 원인은, TEM 및 HREM의 �소결온도의 상승에 따라 입성장과 함께 입내의 적층결함이 감소하여,결과적으로 phonon의 평균�L*)을 증가시켜, |αp|=L*S/μT(S;phonon의 평균속도, μ;캐리어의 이동도, T;절대온도)의 해,Seebeck계수의 절대치가 증가한 것으로 사료된다. Laser Flash법으로 측정한열전도도를 비교� 사료의 대부분이 상대밀도 55% 정도이어서,소결온도의 변화에 따른 열전도도의 변화는 보이지 나, 치밀한 소결체의열전도도의 1/10 정도로 낮은 값을 나타내었다. 특히, CVD법으로 합성한 hol분말의 소결체로는 1/50까지 저하되는 결과를 얻었다. 최종적으로 n형β-SiC의 열전변환효율을 풉�위해서, 다공질화에 의해 열전도율을저하시키고, 입성장에 의해 적층결함의 밀도를 저하시켜 k계수의절대치를 증가시킨다. 또, β상으로부터 α상으로의 상전이를 억제시키면서,입자와 입자을纘쨍�향상시켜 도전율을 증가시키고, Powerfactor(σα²) 의 최대화를 위해 적절한 물질의 do의한 캐리어 농도의제어가 필수적이라는 결론을 제시하였다.