국고보조금 관련 부가가치세법상 공통매입세액 안분계산 규정의 문제점과 개선방안―의정부지방법원 2012.6.26. 선고 2011구합4010 판결 사안을 중심으로― = A Study on the Problems and Improvement of the Common Input Tax Allocation System under the Value-Added Tax Act ―Focusing on the Deduction of Input Tax related to Subsidies and the Excluded Transaction―

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

This study aims to analyze the problems of the current Value-Added Tax Act(“VAT Act”) on the method of allocating the common input tax amount focusing on the excluded transaction including subsidies. According to existing precedents, if a entrepreneur receives subsidies without receiving supply consideration from the counter party for the supply of services, it cannot be considered as a reward for the supply of services corresponding to excluded transaction. However, contrary to the court's ruling, the Presidential Decree of VAT Act was revised to include subsidies in the supply value of the exempted transaction when calculating the distribution of the common input tax amount. regardless of whether the subsidies are directly linked to the price of supply or not. These revised regulations have a problem in that even if a tax payer provides the same taxable service to the market, the deductible proportion varies depending on the amount of subsidies, which undermines tax neutrality. In addition, if the subsidy is not a counter benefit but a simple financial support, the deductible proportion including subsidy is distorted, resulting in part of the subsidy being redeemed. This results in unreasonable VAT burden on non-profit corporations carrying out public service.
Therefore, it is necessary to amend the Korean VAT Act related to subsidies collectively and elaborately to minimize room for controversy between tax payer and tax authority. Considering that most of the subsidized projects are tax- exempted service for the public interest, at least the amendment of the VAT Act should be made in a reasonable direction that does not adversely affect taxpayers who implement public utilities.

국문 초록 (Abstract)

본 연구는 부가가치세법상 공통매입세액 안분계산 시 국고보조금을 비과세․면세공급가액과 동일하게 취급하고 있는 현행 법령체계의 문제점을 분석하였다. 과거 공통매입세액 안분계산에 포함되는 비과세사업 공급가액을 둘러싼 납세자와 과세당국과의 다툼이 계속되었고, 사업자가 제공하는 용역에 대한 반대급부에 해당하지 않는 국고보조금은 비과세사업 관련 공급가액으로 볼 수 없다는 판결이 다수를 이루었다. 그러나 정부는 법원의 입장과 달리 대가성의 유무와 관계없이 국고보조금을 면세사업의 공급가액과 동일하게 취급하여 총공급가액 및 면세사업등의 공급가액에 각각 포함하는 것으로 시행령을 개정하였다.
현행 국고보조금 관련 공통매입세액 안분 규정은 다음과 같은 문제점을 가지고 있다. 첫째, 법은 국고보조금이 대가성이 있는 경우에만 공급가액에 포함하도록 규정하고 있다. 이에 반하여 공통매입세액 안분계산 방식을 규정하는 시행령에서는 대가성 유무와 관계없이 국고보조금 수령액을 공급가액과 마찬가지로 취급하고 있다. 둘째, 과․면세 겸영사업자의 공통매입세액 불공제율이 국고보조금 수령 여부에 따라 심각하게 왜곡된다. 셋째, 국고보조금 수령액의 일부가 공통매입세액의 불공제를 통하여 국고에 환수됨으로써 공익사업을 수행하는 사업자들에게 부가가치세의 부담이 귀착된다.
국고보조금의 다양한 성격과 유형을 고려하지 않고 있는 현행 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 부가가치세법 체계의 일관성을 훼손하면서 위임입법의 한계를 일탈하고 있다는 비판을 면하기 어렵다. 본 연구는 과세사업 또는 면세사업의 귀속이 불분명한 국고보조금은 공통매입세액 안분계산에서 제외하거나, EU 부가가치세 지침을 수용하여 납세의무자가 계산방식을 선택할 수 있도록 하는 입법개선안을 제안하였다.