안지오텐신Ⅱ 수용체의 분자 모형 = Molecular Model of the Angiotensin Ⅱ type Ⅰ Receptor

국문 초록 (Abstract)

G-protein coupled receptor(GPCR)는 생체막에서 일어나는 신호 전이 과정에 관여하는 수용체이다. GPCR은 7개의 helix 다발로 구성되어 있는 데, bacteriorhodopsin의 helix 구조가 밝혀져 있다. Bacteriorhodopsin의 구조를 바탕으로 AngiotensinⅡ 수용체의 helix구조를 만들고 컴퓨터 모델링 기법을 적용하여 loop 구조를 구성하였다.
수소 결합 가능성과 수용액에 대한 노출 상태 등을 고려하여 적정 가능 아미노산의 수소화 상태를 결정하였다. HIS24와 HIS256을 제외한 모든 HIS는 Nδ에 수소를 위치시켰고, HIS24와 HIS256은 Nε에 수소를 위치시켰다. GLU91을 제외한 모든 GLU와 ASP는 carboxylate형태를 취하도록 하였고, GLU91의 OE2에 수소를 부가하였다. 이렇게 작성된 위상 구조에 대하여 최적화된 원자 좌표를 입력하여 분자 모형을 완성하였다.

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

G-protein coupled receptors(GPCR) form a large superfamily of proteins that transduce signals across the cell membrane. GPCRs are composed of transmembrane seven helix bundles. Computer-aided model building techniques have been used to construct three-dimensional model structures. Based on the known bacteriorhodopsin template, A model of human angiotensinⅡtypeⅠreceptor has been constructed in this work. Loops are constructed independently and attached to the ends of the appropriate helices.
Protonation state has been carefully determined for those titrable residues, histidine, glutamic acid and aspartic acid. Based on hydrogen bonding criteria, all neutral histidines are determined to have a hydrogen attached at the delta nitrogen, except HIS24 and HIS281. They have a hydrogen at the epsilon nitrogen. Solvent exposure criteria are employed to determinie GLU and ASP to be glutamate and aspartate nitrogen except GLU91, which is buried inside of the protein and shows high hydrogen bonding possibility to the ILE103 O atom near by. A hydrogen atom is placed at the OE2 atom of GLU91.