컴퓨터 생리체학 기반기술개발 : 단백질 상호작용의 모델링 . 최종 연구개발결과보고서

목차 (Table of Contents)

• 목차
• 제1장 서론(Introduction) = 8
• 제1절 중요성 및 문제점(Importance of the problem) = 8
• 제2절 현황 및 접근방법(Status and approach) = 9
• 제3절 연구목표 및 범위(Purpose of the research project) = 10
• 제2장 본론(Methods and Results) = 11
• 제1절 단백질 상호작용의 시각화(Visualization of protein-protein interactions) = 11
• 1. 단백질 상호작용의 시각화 연구의 1차년도 결과(Results of year 1) = 11
• 1.1 Interviewer 1.0 = 13
• 1.2 Partitioned Layout Program = 22
• 2. 단백질 상호작용 시각화 연구의 2차년도 연구결과(Results of year 2) = 29
• 2.1 알고리즘의 개요(Algorithm) = 31
• 2.2 WebInterViewer = 44
• 2.3 InterViewer_Java = 46
• 3. 단백질 상호작용 시각화의 3차년도 연구결과(Results of year 3) = 46
• 3.1 quasi-clique 탐색 기능(Detection of quasi-cliques) = 46
• 3.2 단백질 상호작용 분석 기능 및 XML file을 이용한 상호작용 네트워크 관리(Analysis of protein interactions and management of networks using XML files) = 48
• 제2절 인간 단백질 상호작용 예측(Prediction of protein interactions in the whole human genome) = 51
• 1. 인간 단백질 상호작용 예측 연구의 1차년도 결과(Results of year 1) = 51
• 2. 인간 단백질 상호작용 예측 연구의 2차년도 결과(Results of year 2) = 53
• 2.1 인간 단백질의 구조적 상호작용 예측(Prediction of structural interactions of human proteins) = 54
• 2.2 yeast 단백질 상호작용을 이용한 인간 단백질 상호작용 예측(Prediction of human protein interactions using yeast protein interactions) = 65
• 2.3 Human Protein Interaction Database(HPID) 구축(Development of the Human Protein Interaction Database(HPID) version 1.0) = 78
• 3. 인간 단백질 상호작용 예측 연구의 3차년도 결과(Results of year 3) = 80
• 3.1 단백질 상호작용 테이터의 신뢰도 평가 함수(Function for assessing the accuracy of protein interaction data) = 81
• 3.2 HPID version 2.0(Development of HPID version 2.0) = 82
• 제3절 단백질 상호작용 온라인 예측 시스템(Online prediction of protein interactions) = 91
• 1. 단백질간의 상호작용 예측 시스템(Prediction of interactions between proteins) = 91
• 2. 주어진 단백질에 대한 잠재적 상호작용 파트너를 DB에서 검색, 예측하는 시스템(Search and prediction of potential interacting partners of a given protein) = 97
• 제4절 데이터 자동 갱신을 위한 에이전트 개발 및 단백질 상호작용 데이터 마이닝(Agent for automated data update and mining of protein interaction data) = 101
• 1. 데이터 자동 갱신을 위한 에이전트 개발(Agent for automated update of protein interaction data) = 101
• 2. 단백질 상호작용 데이터 마이닝(Data mining of protein interaction database) = 102
• 제5절 단백질 도메인 상호작용 및 상호접촉면 연구(Analysis of domain-domain interactions and interaction interfaces) = 105
• 1. 단백질 접촉 인터페이스 분석(Analysis of interaction interfaces) = 108
• 2. 미토콘드리아 프로테옴(Mitocondria proteome) = 113
• 제3장 결론( Conclusion) = 116
• 제1절 주요 연구결과 요약(Summary of major research results) = 116
• 제2절 기대효과 및 활용방안(Expected benefits and suggestions on the application) = 117
• 참고문헌(References) = 118