기생충 병변형성 관련 유전자의 활용시스템 구축

국문 초록 (Abstract)

1. 간흡충 metacecaria 단계의 total RNA를 분리하여 cDNA library를 제작한 결과, 6.6×10⁶의 효율을 나타내었다.
2. 제작된 cDNA library로부터 EST 시퀀싱을 실시하여 총 20,256개의 시원스를 얻었으며, 이들을 phred를 이용하여 base를 calling하여 score 20 이하 되는 시퀀스는 제거하였다.
3. 다음으로 library 제작에 이용된 vector를 trim하고 poly A와 contamination 시원스를 제거하여 최종적으로 15,872 (78.4%)개의 read를 확보하였다.
4. 확보된 read를 가지고 TIGR에서 제공하는 ESTs assembler인 TGICL을 이용하여 default 값으로 clustering 및 assembly 작업을 진행하였다. 그 결과, contig 2,728개, singleton 2,670개를 확보하고, contig 및 singleton 정보는 amino acid sequence database인 NR DB를 references로 하여 BLASTX를 수행하였다.
5. 또한, EBI에서 다양한 단백질 관련 database를 통합한 InterPro database를 이용하는 InterProScan 과정을 수행하여 알려지지 않은 서열에 대한 단백질 domain 및 motive 분석을 수행하고, 이를 통해 나온 결과를 통합하여 gene annotation 및 gene expression profiling 분석을 수행하였으며, 간흡충의 egg 단계에서 발현되는 유전자와 비교분석 하였다.
6. 위와 같이 정리된 전체 sequencing 결과 및 각 항목에 대한 분석 자료는 web-interface 기반으로 시료별로 각각의 database가 구축되어 있으며, 통합적인 data의 관리가 가능하도록 하였다.