식물분자생물학 연구법

목차 (Table of Contents)

• 목차
• 알아두어야 할 사항 = 11
• 용어 정리 = 11
• Chapter 1. DNA 분리 = 13
• Ⅰ. 식물 genomic DNA 분리 = 13
• A. 식물 genomic DNA 소량 분리 = 13
• protocol 1. Dellaporta 방법을 이용한 식물에서의 genomic DNA 분리법 = 13
• protocol 2. 중합효소반응을 위한 식물의 genomic DNA 소량 분리 방법 = 15
• protocol 3. 소량 genomic DNA의 빠른 분리 방법 = 17
• B. 식물 genomic DNA 대량 분리 = 18
• protocol 1. Proteinase K buffer를 이용한 식물의 genomic DNA의 분리 방법 = 18
• protocol 2. CTAB buffer를 이용한 식물의 genomic DNA 분리 방법 = 20
• Ⅱ. Plasmid DNA 분리 = 22
• A. Plasmid DNA의 소량 분리 = 22
• protocol 1. 알칼리 변성법을 이용한 plasmid DNA의 소량 분리 (Ⅰ) = 22
• protocol 2. 알칼리 변성법을 이용한 plasmid DNA의 소량 분리 (Ⅱ) = 24
• protocol 3. 알칼리 변성법을 이용한 plasmid DNA의 소량 분리 (Ⅲ) (2M NH₄OAc 사용) = 25
• protocol 4. Boiling method를 이용한 plasmid DNA의 소량 분리 = 27
• B. Plasmid DNA의 midipreparation = 28
• C. Plasmid DNA의 대량 분리 = 31
• protocol 1. Cslm 농도 구배를 이용한 plasmid DNA의 분리 방법 = 31
• Ⅲ. Bacteriophage λDNA의 분리 = 34
• A. DNA의 소량 분리 = 34
• protocol 1. Phage DNA 분리 방법 = 34
• B. DNA의 대량 분리 방법 = 36
• Ⅳ. Cosmid DNA의 분리 = 39
• Ⅴ. Bac DNA 분리 = 41
• Chapter 2. 식물체의 RNA 분리 = 43
• Ⅰ. Total RNA 분리 = 43
• A. TRI - reagent를 이용한 RNA 분리 = 43
• B. Guanidium / hot phenol 방법을 이용한 RNA 분리 = 46
• C. Phenol / SDS / LiCL을 이용한 RNA 분리 = 47
• D. Heparin / PVPP을 이용한 RNA 분리 = 49
• E. CsCl gradient를 이용한 RNA 분리 = 51
• F. CsCl method를 이용한 RNA 분리 = 53
• Ⅱ. Total RNA에서 poly(A)^+RNA 분리 = 55
• A. Oligo dT packing = 55
• B. Poly(A)^+ Quik○를 mRNA isolation kit(Stratagene Kit) = 56
• Chapter 3. Blotting = 59
• Ⅰ. Genomic DNA blot = 59
• A. Enzyme digestion과 agarose gel 전기영동 = 59
• B. blotting DNA onto membrane = 61
• protocol 1. Capillary blot = 61
• protocol 2. Vaccum blot = 62
• C. 혼성화 반응 = 64
• Ⅱ. RNA gel analysis = 65
• A. Formaldehyde RNA gel 전기영동과 capillary blotting = 65
• protocol 1. Formaldehyde RNA gel 전기영동 = 65
• protocol 2. Capillary Blotting = 68
• B. Glyoxal / DMSO blotting = 70
• protocol 1. Glyxal과 DMSO로 RNA denaturation 후의 gel electrophoresis = 70
• protocol 2. Vacuum transfer of RNA = 71
• C. 혼성화 반응 = 72
• D. Deprobing = 74
• Ⅲ. 혼성화 반응을 위한 Nucleic acid probe 만들기 = 75
• A. Random priming 방법 = 75
• protocol 1. T7 Quick Prime Kit 사용 = 75
• protocol 2. Amersham's Rediprime Kit 사용 = 77
• B. Nick translation method (Amersham's nick translation kit (N5000) 사용) = 78
• Chapter 4. Screening cDNA / Genomic Library = 79
• Ⅰ. cDNA insert 크기 확인 방법 = 79
• A. Uni - ZAP XR vector로부터 pBluescript phagemid를 in vivo excision 하는 방법 = 79
• B. PCR을 이용한 cDNA insert 크기 확인 = 82
• Ⅱ. Screening a library = 83
• A. Titerating bacteriophage λ library = 83
• B. Plating bacteriophage λ library = 84
• C. Blotting onto membrane = 84
• D. Hybridization = 86
• Chapter 5. DNA sequencing = 87
• Ⅰ. DNA sequencing을 위한 DNA 분리 방법 = 87
• protocol 1. DNA sequencing을 위한 plasmid DNA 소량 분리 방법 = 87
• protocol 2. Shot gun sequencing을 위한 DNA 분리 = 88
• Ⅱ. DNA sequencing = 90
• protocol 1. DNA sequencing by dideoxynucleotide chain termination method (USB Sequenase version 2.0) = 90
• protocol 2. PCR을 이용한 DNA 염기서열 결정 (Using Thermosequenase cycle sequencing kit, Amersham) = 92
• Ⅲ. Sequencing gel 만들기 = 94
• Chapter 6. Escherichia coli와 Agrobacterium tumefaciens의 형질전환과 DNA 조작 = 97
• Ⅰ. E. coli의 DNA 조작과 형질전환 = 97
• A. Competent cell 만들기 = 97
• protocol 1. Tfb 용액을 이용한 competent cell = 97
• B. E. coli 형질전환 = 98
• Ⅱ. Agrobacterium tumefaciens의 DNA 조작과 형질전환 = 99
• A. A. tumefaciens Competent cell 만들기 = 99
• protocol 1. Freeze - thaw method용 A. tumefaciens competent cell 만들기 = 99
• protocol 2. Electroporation을 이용한 Competent A. tumefaciens cell 만들기 = 100
• B. A. tumefaciens 형질전환 = 101
• protocol 1. Freeze - thaw법을 이용한 A. tumefaciens 형질전환 = 101
• protocol 2. Electroporation을 이용한 A. tumefaciens 형질전환 = 102
• C. Agrobacterium에서 binary plasmid의 확인 = 103
• Ⅲ. DNA Elution = 105
• protocol 1. DNA elution = 105
• protocol 2. Electroelution = 106
• protocol 3. Gene clean kit (BIO101)를 이용한 DNA elution = 107
• Ⅳ. DNA ligation = 108
• Ⅴ. Erase a base system = 111
• Chapter 7. 식물체로의 외래 유전자 도입 = 115
• Ⅰ. Agrobacterium tumefaciens을 이용한 유전자 도입 = 115
• A. Agrobacterium tumefaciens와 혼합 배양을 통한 담배의 형질 전환 = 115
• B. Agrobacterium을 이용한 벼 형질전환 = 117
• Ⅱ. Direct gene transfer to protoplast = 120
• A. Particle bombardment on immature embryo & shoot apical meristem by using
• Agrobacterium - tungsten particle suspension = 120
• Ⅲ. Arabidopsis의 in planta 형질전환 = 123
• Ⅳ. Vacuum infiltration을 이용한 Arabidopsis의 형질전환 방법 = 124
• Chapter 8. 유전학적 분석 = 127
• Ⅰ. Arabdopsis thaliana의 mutagenesis = 127
• A. EMS를 이용한 애기장대 종자의 mutagenesis = 127
• B. DEB (1,2 : 3,4 - Diepoxybutane)를 이용한 애기장대 종자의 mutagenesis = 128
• Ⅱ. 애기장대 키울 때 체크 해야 할 점 = 129
• A. Arabidopsis 키우기 = 129
• B. In - vitro culture를 위한 종자 멸균법 = 131
• Ⅲ. Cross = 132
• Ⅳ. Mapping = 134
• Chapter 9. 식물 조직 관찰법과 In - situ hybridization = 137
• Ⅰ. 시료 준비 = 137
• A. 식물조직 관찰 = 137
• B. Spurr's resin을 이용한 조직 절단법 = 140
• C. 투과 전자 현미경 (TEM)을 이용한 조직 관찰법 = 142
• D. 주사 전자 현미경 (SEM)을 이용한 조직 관찰법 (PBST 사용) = 144
• Ⅱ. Digoxigenin probe을 이용한 In - situ hybridization 실험 방법 = 145
• Chapter 10. 식물 탄수화물의 분석 = 149
• Ⅰ. 당류의 정량 = 149
• A. 환원력 측정을 위한 PAHBAH assay = 149
• B. 중성당류의 정량을 위한 anthrone assay = 150
• C. Uronic acids의 정량을 위한 meta - hydroxybiphenyl assay = 151
• D. 5탄당의 정량을 위한 orcinol assay = 152
• Ⅱ. 탄수화물의 radio - labeling과 과 이를 위한 chemical modification = 153
• A. Oligogalacturonides의 tyrosine hydrazones 유도체 합성 = 153
• B. Glucans의 tyramine 유도체 합성 = 155
• C. Oligosaccharide - tyramine conjugates의 radio - iodination = 157
• D. Chitin의 tritium labelling = 159
• Ⅲ. 탄수화물 분해 효소의 활성분석 = 161
• A. β - 1, 3 - glucanase assay = 161
• B. Chitinase assay = 163
• Chapter 11. 식물의 생리학적 분석 방법 = 165
• A. GUS activity (GUS fluorimetric assay)의 정량적인 측정법 = 165
• B. Photochemical Efficiency 측정 = 166
• C. Chlorophyll content 측정 = 167
• D. RNase activity 측정 = 168
• E. Peroxidase activity 측정 = 169
• F. 공변세포 actin의 immunolocalization = 170
• G. 식물체 내의 phosphatidic acid (PA)와 lysophospholipid 양 측정 = 173
• protocol 1. 식물체 동위원호 표지 = 173
• protocol 2. 식물에 상처 주기 = 173
• protocol 3. 지질 추출 = 174
• protocol 4. Lipid의 TLC를 이용한 분리와 정량 = 174
• protocol 5. Lipid 대사물의 직접 이동 여부 조사 = 176
• Chapter 12. 그외 식물과 관련된 실험들 = 177
• A. Western Blotting = 177
• B. Plant virus의 inoculation 방법 = 180
• C. 바이러스의 분리 = 182
• protocol 1. PVY 분리 = 182
• protocol 2. BBWV 분리 = 183
• Chapter 13. 인터넷을 이용한 서열 분석 및 식물학 관련 정보 검색 = 185
• Ⅰ. 인터넷을 이용한 서열 분석 = 185
• A. 일반 유사성 검색 = 185
• B. 부분 유사성 검색 = 193
• C. Multiple alignment = 194
• D. 계통도 (Phylogenetic Trees) = 196
• E. RNA 구조 분석 = 200
• F. 단백질 2차 구조 분석 = 202
• G. 염기 및 단백질 3차 구조 분석 = 203
• Ⅱ. 한국 유전자 웹 등록처 (일면 진인 : Gene - In)와 한국 유전자 데이터베이스 (Korean Sequence Database, 일명 진누리 : GeneNuri)에 대한 소개와 이용법 안내 = 208
• Ⅲ. 식물 관련 인터넷 정보 = 210
• A. DataBase = 210
• B. 학회 = 212
• C. On - line journal = 216
• D. 기타 = 226
• 부록
• 부록 A. 배지 만들기 = a
• 부록 B. Buffer와 시약 만들기 = e
• 부록 C. 유기용매 = i
• 부록 D. Dialysis tube 만들기 = k
• 부록 E. 동위 원소 사용 시 주의 사항 = l
• 부록 F. Hot nucleotide (Unincorporated nucleotide) 제거용 column 만들기 = m
• 부록 G. 식물 형질전환에 사용할 수 있는 벡터와 균주들 = n