단백질 3차원 구조 비교 관찰 도구의 개발 = A Development of Comparison and Observation Tools for Protein 3D Structure

국문 초록 (Abstract)

단백질은 생물체의 주요 구성성분중의 하나로서 세포안에서 각종 화학반응의 촉매 역할을 담당하거나 항체를 형성하여 면역을 담당하는 등 중요 역할을 수행한다. 단백질의 기능은 단백질 분자들의 사슬이 3차원 구조를 형성하면서 결정이 되기 때문에 단백질의 3차원 구조에 대한 연구는 매우 중요하다. 본 연구에서는 두 개의 단백질 3차원 구조를 하나의 화면에서 비교, 관찰할 수 있는 그래픽 도구를 개발하였다. 개발된 도구는 단백질의 3차원 구조를 보여줄뿐 만 아니라 각종 비교 데이터를 제시하여 연구자들의 비교, 관찰이 용이하도록 지원한다.

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

Proteins are one of essential part of organisms; many proteins are enzymes that catalyze biochemical reactions and are vital to metabolism. Researching for 3D structure of proteins is important because functions of proteins are determined by 3D structure of them. In this study, we developed graphic tool that supports comparison and observation of the two proteins' 3D structure in the single screen. It also supports some comparison data to help researcher's easy comparison and observation works.

참고문헌 (Reference)

1 박현석, "자바로 배우는 바이오인포매틱스" 사이텍미디어 2006

2 박동규, "자바 3D 프로그래밍" 도서출판 대림 2001

3 이명석, "알기쉽고 재미있는 분자생물학" 라이프사이언스 2008

4 김진, "분자생물학과 알고리즘" 18 (18): 29-34, 2000

5 "webMol Viewer"

6 "RCSB protein Data Bank"

7 "Protein Data Bank Contents Guide"

8 "Jmol Viewer"

9 "Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment"

10 "Bioinformatics Links Directory"

11 "Bio-Soft Net"

12 Anderson, M.P, "Applied Groundwater Modeling: Simulation of Flow and Advective Transport. 2nd Edition ed" Academic Press 1992

13 Hans-Joachim B, "Algorithmic Aspects of Bioinformatics" Springer 2007

14 Needleman SB, "A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins" 48 (48): 443-453, 1970