아토피관련 질병 네트워크로부터 질병단백체 발굴

국문 초록 (Abstract)

본 연구는 질병과 관련이 있는 단백질들은 질병 네트워크를 형성함에 있어서 매우 중요한 인자로 작용할 가능성이 있다는 아이디어에서 출발한다. 우리는 Online Medelian Inheritance in Man(OMIM)으로부터 아토피관련 43개 단백질 데이터베이스를 확보하고 이 단백질들과 상호작용하는 단백질 네트워크를 구축하였다. 아토피관련 단백질 네트워크를 바탕으로 질병 네트워크를 구축하였다. 질병 네트워크로부터 질병단백체인 CCR5, CCL11, 및 IL4R을 발굴하였는데, 이들 모두는 단백질 네트워크에서 허브 단백질로 작용하는 것들이다. 허브단백질은 세포에서 필수단백질로 작용하는 것으로 알려져 있는데, 본 연구에서는 허브단백질이면서 동시에 질병에서 매우 중요한 역할을 할 것으로 기대되는 질병단백체로 역할하고 있음을 확인하였다. 본 연구에서 소규모 아토피 관련 질병네트워크를 구축하여 분석하였지만, 여기에 제안한 질병네트워크 분석이 복잡한 인간 질병체계의 분자 기작 및 생물학적 진행과정을 이해하는데 실마리를 제공할 것으로 기대한다.

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

In this study, we employed the idea that disease-related proteins tend to be work as an important factor for architecture of the disease network. We initially obtained 43 atopy-related proteins from the Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) and then constructed atopy-related protein interaction network. The protein network can be derived the map of the relationship between different disease proteins, denoted disease interaction network. We demonstrate that the associations between diseases are directly correlated to their underlying protein-protein interaction networks. From constructed the disease-protein bipartite network, we derived three diseasomal proteins, CCR5, CCL11, and IL4R. Although we use the relatively small subnetwork, an atopy-related disease network, it is sufficient that the discovery of protein interaction networks assigned by diseases will provide insight into the underlying molecular mechanisms and biological processes in complex human disease system.

목차 (Table of Contents)

• 요약
• Abstract
• Ⅰ. 서론
• Ⅱ. 관련 연구
• Ⅲ. 연구 방법 및 연구 결과
• Ⅳ. 결론
• 참고문헌
• 저자소개

참고문헌 (Reference)

1 H. Jeong, "The large-scale organization of metabolic networks" 407 (407): 41-42, 2001

2 K.-I. Goh, "The human disease network" 8685-8690, 2007

3 T. Ideker, "Protein networks in disease" 18 (18): 644-652, 2008

4 Jea Woon Ryu, "Prediction of Unannotated Proteins from a Protein Interaction Network Filtered by Using Localization and Domains in Yeast" 한국물리학회 51 (51): 1805-1811, 2007

5 A. Hamosh, "Online mendelian inheritance in man(OMIM), a knowledgebase of human genes and genetic disorders" 33 (33): D514-D517, 2005

6 A. -L. Barabasi, "Network biology: understanding the cell's functional organization" 5 (5): 101-113, 2004

7 H. Jeong, "Lethality and centrality in protein networks" 411 (411): 41-42, 2001

8 T. S. K. Prasad, "Human protein refrence database-2009 update" 36 : 1-6, 2008

9 H. Yu, "Genomic analysis of essentiality within protein networks" 20 (20): 227-231, 2004

10 M. A. Calderwood, "Epstein-Barr virus and virus human protein interaction maps" 7606-7611, 2007

11 P. Ogivie, "Eotaxin is a natural antagonist for CCR2 and an antagonist for CCR5" 97 (97): 1920-1924, 2001

12 S. Bortoluzzi, "Disease genes and intracellular protein networks" 15 (15): 223-227, 2003

13 L. Sam, "Discovery of protein interaction networks shared by diseases" 76-87, 2007

14 J. Xu, "Discovering disease-genes by topological features in human protein-protein interaction network" 22 (22): 2800-2805, 2006

15 C. R. Yu, "Cell proliferation and STAT6 pathways are negatively regulated in T cells by STAT1 and suppressors of cytokine signaling" 173 (173): 737-746, 2004

16 M. M. Lederman, "Biology of CCR5 and its role in HIV infection and treatment" 296 (296): 815-826, 2006

17 J. R. Parrish, "A proteome-wide protein interaction map for Campylobacter jejuni" 8 (8): R130-, 2007

18 H. Goehler, "A protein interaction network links GIT1, an enhancer of huntintin aggregation, to Huntington's disease" 15 (15): 853-865, 2004