PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)...
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조영훈 (한국폴리텍 바이오대학) ; 박기정 ((주)스몰소프트) ; 이대상 (한국폴리텍 바이오대학) ; Cho, Young-Hoon ; Park, Kie-Jung ; Lee, Dae-Sang
2008
Korean
KCI등재,SCOPUS
학술저널
164-167(4쪽)
2
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PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)...
PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)를 가진 primer의 후보 리스트를 vector 서열이나 특정 미생물 염색체 서열에서 검색할 수 있는 프로그램인 RCA-mer를 개발하였다. RCA-mer는 사용자의 염기서열을 입력으로 받아 이 서열을 대상으로 특정 길이의 N-mer에 대한 존재 유무에 대한 리스트의 후브를 웹으로 보여주는 기능을 가지고 있다. 또한 서로 다른 두 개의 염기서열들에 대해 N-mer가 공통으로 존재하는지, 한쪽 서열에만 존재하는지 확인할 수 있는 기능을 가지도록 개발하였다. 사용자는 선발된 primer 후보들로 부터 적절한 N-mer 서열을 선택하여 실제 RCA를 이용한 실험 곧바로 응용할 수 있도록 후보 primer를 선별하여 사용할 수 있도록 하였다.
다국어 초록 (Multilingual Abstract)
Recently, rolling circle amplification (RCA) technique has been widely focused in the field of gene amplification just like PCR method. We have developed RCA-mer, which is a web-based program searching for primer candidates from a given sequence. It c...
Recently, rolling circle amplification (RCA) technique has been widely focused in the field of gene amplification just like PCR method. We have developed RCA-mer, which is a web-based program searching for primer candidates from a given sequence. It can be applied to find primer lists in DNA amplification experiment based on RCA method. The RCA-mer compares 8-mer primer lists with user's input sequence such as vector, mitochondria, and microbial genome sequence. After calculating 8-mers existences in a given sequence, it displays matched and no-matched primer lists with their GC-contents. In addition to it, RCA-mer can search the existence of 8-mer primer lists in two sequences whether they are co-existed or not. Users can apply candidate primer lists to their researches which use RCA techniques.
참고문헌 (Reference)
1 이대상, "유전정보분석시스템" 30 : 68-78, 2003
2 이대상, "미생물 유전체 프로젝트 수행을 위한 Base-Calling 오류 감지 프로그램 및 알고리즘 개발" 한국미생물학회 43 (43): 317-320, 2007
3 Fumito, M., "Visualization and enumeration of bacteria carrying a specific gene sequence by in situ rolling circle amplification. Appl" 71 : 7933-7940, 2005
4 Fire, A, "Rolling replication of short DNA circles. Proc. Natl. Acad" 92 : 4641-4645, 1995
5 Liu, D., "Rolling circle DNA synthesis: Small circular oligonucleotides as efficient templates for DNA polymerases" 118 : 1587-1594, 1996
6 Dean, F.B., "Polymerase and multiply-primed rolling circle amplification" 11 : 1095-1099, 2001
7 Kingsmore, S.F, "Multiplexed protein profiling on antibody-based microarrays by rolling circle amplification" 14 : 74-81, 2003
8 Alsmadi, O.A., "High accuracy genotyping directly from genomic DNA using a rolling circle amplification based assay" 4 : 1471-2164, 2003
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8 Alsmadi, O.A., "High accuracy genotyping directly from genomic DNA using a rolling circle amplification based assay" 4 : 1471-2164, 2003
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학술지 이력
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2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | |
2013-12-02 | 학술지명변경 | 외국어명 : The Korean Journal of Microbiology -> Korean Journal of Microbiology | |
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2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2001-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | |
1998-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) |
학술지 인용정보
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
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2016 | 0.21 | 0.21 | 0.21 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.26 | 0.24 | 0.48 | 0.02 |