중첩된 릴레이션을 위한 추론 시스템

윤지희(Jee Hee Yoon) 한국정보과학회 1993 정보과학회논문지 Vol.20 No.10

본 논문에서는 속성값으로 집합치를 허용하는 네스트 관계를 지원하는 연역 데이타베이스 시스템의 추론 방식에 대하여 논한다. 본 연역 데이타베이스 시스템에서는 내부 데이타베이스와 외부 데이타베이스에 네스트 관계를 허용함으로써 자연스럽고 압축된 데이타 구조의 표현 방식을 도입하였다. 또한 외부 데이타베이스와 내부 데이타베이스의 네스트 관계에 출현하는 집합치를 효율적으로 처리할 수 있는 네스트 관계용의 단일화 알고리즘(unification algorithm)을 제시, 구현하여 시스템 전체의 효율 향상을 꾀하였다. 본 시스템에서는 네스트 관계를 위한 확장된 부분 컴파일 추론 방식에 의한 질의 처리에 의하여, 사실(fact)이 내부 데이타베이스와 외부 데이타베이스에 공존하는 경우에도 부리터럴(negative literal)을 바르게 평가할 수 있다. This paper presents an inference method for nested relations which include set valued attributes. By allowing the nested relations in the internal of external databases of deductive databases, we represent several complex data structures in a compact and natural way. An unification algorithm which can manipulate set valued attributes efficiently is given. We propose an extended partial compilation algorithm, which evaluates negative literals properly even when the facts exist in both the internal and external databases.

증례 : 혈액종양 ; 5-Fluorouracil과 Leucovorin 항암요법 후 발생한 심인성 쇼크 1예

윤지희 ( Jee Hee Yoon ),김동현 ( Dong Hyun Kim ),김승훈 ( Seung Hun Kim ),최원영 ( Won Young Choi ),고영일 ( Young Il Koh ),정익주 ( Ik Joo Chung ),배우균 ( Woo Kyun Bae ) 대한내과학회 2012 대한내과학회지 Vol.83 No.4

A 51-year-old man with rectal adenocarcinoma was admitted to hospital for neoadjuvant concurrent chemoradiotherapy. Three days after receiving 5-fluorouracil (425 mg/m2) and leucovorin (20 mg/m2) chemotherapy, the patient complained of chest pain. The patient had no history of cardiac disease. Electrocardiography showed ST segment elevation in leads II, III, and aVF, but the cardiac enzymes were normal. Transthoracic echocardiography revealed global hypokinesia with marked systolic dysfunction (ejection fraction 21.55%) and coronary angiography showed no significant stenosis. Unfortunately, he died of cardiogenic shock, despite intensive medical treatment. (Korean J Med 2012;83:525-528)

옻닭 섭취에 의한 급성전신발진농포증 2예

윤지희 ( Jee Hee Yoon ),이정원 ( Jeong Won Lee ),김지은 ( Ji Een Kim ),김동현 ( Dong Hyun Kim ),박상훈 ( Sang Hun Park ),김우진 ( Woo Jin Kim ),김영 ( Young Kim ),고영일 ( Young Il Koh ) 대한천식알레르기학회 2012 천식 및 알레르기 Vol.32 No.2

Background: Acute generalized exanthematous pustulosis (AGEP) is a rare severe pustular cutaneous eruption associated with fever and leukocytosis. Rarely, intake of lacquer chicken can induce AGEP. Case History: We described two cases of AGEP developed after ingestion of lacquer chicken, which showed a positive patch test and were accompanied by unusual clinical manifestations. Results: One 45-year-old man presented with fever, blood leukocytosis with neutrophilia, maculopapular skin rash and pustular formation, which developed after eating lacquer chicken. Severe hypotension and later elevated hepatic enzymes were accompanied. Patch test to undiluted lacquer was positive. The other 48-year-old man was admitted with fever, maculopapular skin rash and subsequent pustular formation and blood leukocytosis with neutrophilia following ingestion of lacquer chicken. One week later, blood eosinophilia and elevated liver enzymes were found. Conclusion: AGEP may be caused by ingestion of lacquer chicken via Type IV immune hypersensitivity and can be accompanied by hypotension, blood eosinophilia and/or abnormal hepatic function. (Korean J Asthma Allergy Clin Immunol 2012;32:131-135)

거대석회화를 동반한 갑상선 결절에서 갑상선암의 빈도

윤지희 ( Jee Hee Yoon ),김희경 ( Hee Kyung Kim ),김수정 ( Soo Jeong Kim ),조진성 ( Jin Seong Cho ),강호철 ( Ho Cheol Kang ) 대한내과학회 2012 대한내과학회지 Vol.83 No.3

목적: 갑상선 결절은 흔하게 발견되며 약 5%에서 갑상선 암으로 진단되므로 악성 결절과 양성 결절을 구분하는 것이 중요하다. 최근 고해상도 갑상선 초음파의 발달로 악성을 시사하는 초음파 소견을 예측하고자 다양한 연구가 진행되었고, 미세석회화와 악성화의 연관성이 확립된 반면, 거대석회화와 갑상선암의 연관성에 대한 논란이 있어 다수를 대상으로 후향적 연구를 시행하였다. 방법: 5년 동안 갑상선 결절로 인하여 화순전남대병원을 방문하여 갑상선 초음파를 시행하였던 환자들 중에서 갑상선적출술을 받았거나, 갑상선암의 위험인자로 잘 알려진 미세석회화를 동반하는 경우를 제외하고, 거대석회화 유무에 따라 두 군으로 구분하여 갑상선 초음파, 미세침흡인세포 검사 결과 및 수술을 통한 병리 결과를 확인하였다. 결과: 거대석회화를 동반하는 군에서 악성의 빈도는 22.7% (37/163)로 석회화가 불분명하거나 없는 군의 악성 결절의 빈도가 13.4% (271/2,021)인 것과 비교하여 통계학적으로 유의하게 높았고(p < 0.01), 비정형 및 악성의심 결절의 빈도도 유의하게 높았다(p < 0.01). 거친석회화 군에서 변연부석회 화군에 비해 통계학적 의의는 없었지만 악성의 빈도가 높았다(30.1% vs. 16.2%). 결론: 거대석회화를 동반한 갑상선 결절은 악성의 빈도가 높으며, 부적절한 검체를 얻을 확률이 높으므로 주의 깊은 미세침흡인세포검사 및 추적검사가 필요하다. Background/Aims: High-resolution ultrasonography has made it possible to predict thyroid cancers without invasive procedures. Densely calcified nodules are difficult to image on ultrasound, and considering them to be high risk features for thyroid cancers has been controversial. The aim of this study was to evaluate the prevalence of malignancy in patients with densely calcified nodules using an analysis of clinical parameters related to the development of thyroid cancer. Methods: We retrospectively reviewed the thyroid sonographic findings and clinical characteristics of patients with thyroid nodules who attended Chonnam National University Hwasun Hospital during a 5-year period (2,387 cases). Dense calcifications included coarse dense calcification and peripheral calcification (163 cases). Nodules with microcalcification (< 2 mm) were excluded from this analysis (154 cases). Ultrasonography-guided fine needle aspiration (FNA) was performed for all nodules with dense calcification. Results: Among the densely calcified nodules, 37 (22.7%) were malignant. The prevalence of malignancy in patients with densely calcified thyroid nodules was higher than that in patients without calcification (p < 0.01). The incidence of malignancy was greater in coarse calcified thyroid nodules than in nodules with peripheral (egg-shell) calcification, but this difference was not statistically significant (30.1% vs. 16.2%, p = 0.101). Conclusions: Nodules with dense calcification carry a higher risk for malignancy than non-calcified nodules. Further, it is more difficult to obtain an adequate or diagnostic sample for nodules with dense calcification. Therefore, careful evaluation is necessary to diagnose malignancy in densely calcified nodules.

마이크로어레이 데이터 공유 시스템

윤지희(Jee-Hee Yoon),홍동완(Dong-Wan Hong),이종근(Jong-Keun Lee) 한국콘텐츠학회 2009 한국콘텐츠학회논문지 Vol.9 No.8

최근, 마이크로어레이 실험 데이터의 품질과 재생산성에 대한 신뢰도가 증가하고 있어 마이크로어레이 데이터의 공유 및 활용에 대한 요구가 급속히 증가하고 있다. 그러나 공개되어 있는 국내, 외 마이크로어레이 데이터는 실험 방식, 플랫폼 등에 따라 서로 다른 데이터 항목과 포맷을 가지므로 데이터의 실제적 접근 및 활용이 어려운 상황이다. 본 논문에서는 실험 플랫폼, 데이터 포맷, 정규화 기법, 분석 방식 등이 서로 다른 기존의 마이크로어레이 데이터를 효율적으로 검색, 공유, 통합할 수 있는 마이크로어레이 데이터 공유 시스템을 제안한다. 제안된 시스템은 웹 서비스 기반 기술을 이용하여 분산된 마이크로어레이 데이터를 통합하며, 각 사이트의 사용자는 UDDI를 통하여 검색한 데이터를 표준 MGED 기반의 공통데이터 구조로 자동 변환하여 다운 받을 수 있다. 정의된 공통 데이터 구조는 IDF, ADF, SDRF, EDF로 구성되어 다양한 구조의 마이크로어레이를 통합할 수 있는 템플릿 역할을 수행하며, MAGE-ML, MAGE-TAB, XML Schema 문서로 저장할 수 있다. 또한 제안된 시스템의 자동 데이터 제출기, 파일관리자 등은 마이크로어레이 데이터 공유를 위한 다양한 부가 기능을 제공한다. Improved reliability of microarray data and its reproducibility lead to recent increment in demand of data sharing and utilization among laboratories, but house-keeping and publicly opened microarray experimental data can hardly be accessed and utilized since they are in heterogeneous formats according to the various experimental methods and microarray platforms. In this paper, we propose a microarray sharing method which can easily retrieve and integrate microarray data from different experiment platforms, data formats, normalization methods, and analysis methods. Our system is based on web-service technology. The biologists of each site are able to search UDDI(Universal Description, Discovery, and Integration) registry, and download microarray data with common data structure of standard format recommended by MGED(Microarray Gene Expression Databases) society. The common data structure defined in this paper consists of IDF(Investigation Design Format), ADF(Array Design Format), SDRF(Sample and Relationship Format), and EDF(Expression Data Format). These components play role as templates to integrate microarray data with various structure and can be stored in standard formats such as MAGE-ML, MAGE-TAB, and XML Schema. In addition, our system provides advanced tools of automatic microarray data submitter and file manager to manipulate local microarray data efficiently.

시계열 데이터베이스에서 복수의 모델을 지원하는 모양 기반 서브시퀀스 검색

원정임,윤지희,김상욱,박상현,Won, Jung-Im,Yoon, Jee-Hee,Kim, Sang-Wook,Park, Sang-Hyun 한국정보처리학회 2003 정보처리학회논문지D Vol.10 No.4

모양 기반 검색이란 실제 요소 값과 관계없이 질의 시퀀스와 유사한 모양을 갖는 시퀀스(서브시퀀스)를 데이터베이스 내에서 검색하여 내는 연산이다. 본 논문에서는 시계열 데이터베이스에서의 모양 기반 검색을 위한 유연성 있는 새로운 유사 모델을 정의하고, 이 유사 모델을 지원하기 위한 인덱싱 및 질의 처리 방안을 제시한다. 제안된 유사 모델에서는 정규화, 이동 평균, 타임 워핑 등 다양한 변환을 지원한다. 특히 최종 유사 정도를 계산하기 위하여 사용되는$L_p$거리 함수론 사용자가 임의로 지정하도록 함으로써 응용에서 선호하는 유사 모델을 반영할 수 있다. 또한 이러한 모양 기반 검색을 효과적으로 지원하기 위한 압축된 서브시퀀스 트리 구조를 제안하고, 이를 기반으로 하는 효율적인 질의 처리 기법을 제시한다. 실험 결과에 의하면 제안된 기법은 진의 시퀀스와 모양이 유사한 서브시퀀스들을 사용자에 의하여 선택된 거리 함수를 사용하여 성공적으로 검색할 뿐 아니라, 순차 검색과 비교하여 거리 함수 선택에 따라 수 십배에서 수 백배까지의 성능 개선 효과를 갖는 것으로 나타났다. The shape-based retrieval is defined as the operation that searches for the (sub) sequences whose shapes are similar to that of a query sequence regardless of their actual element values. In this paper, we propose a similarity model suitable for shape-based retrieval and present an indexing method for supporting the similarity model. The proposed similarity model enables to retrieve similar shapes accurately by providing the combination of various shape-preserving transformations such as normalization, moving average, and time warping. Our indexing method stores every distinct subsequence concisely into the disk-based suffix tree for efficient and adaptive query processing. We allow the user to dynamically choose a similarity model suitable for a given application. More specifically, we allow the user to determine the parameter p of the distance function $L_p$ when submitting a query. The result of extensive experiments revealed that our approach not only successfully finds the subsequences whose shapes are similar to a query shape but also significantly outperforms the sequence search.

정렬된 리드의 통계적 분석을 기반으로 하는 CNV 검색 알고리즘

홍상균,홍동완,윤지희,김백섭,박상현,Hong, Sang-Kyoon,Hong, Dong-Wan,Yoon, Jee-Hee,Kim, Baek-Sop,Park, Sang-Hyun 한국정보처리학회 2009 정보처리학회논문지D Vol.16 No.5

인간의 유전체 서열에는 유전체 단위반복변위(copy number variation, CNV)를 포함하는 다양한 유전적 구조 변이(genetic structural variation)가 존재하며, 이는 기능적으로 질병에 대한 감수성, 치료에 대한 반응, 유전적 특성 등과 밀접한 관련이 있다. 본 논문에서는 기가 시퀀싱(giga sequencing)의 결과 산출되는 대량의 짧은 길이의 DNA 서열 데이터를 이용한 새로운 CNV 검색 방식을 제안한다. 제안하는 알고리즘에서는 레퍼런스 시퀀스에 DNA 서열 데이터를 서열 정렬시켜 각 레퍼런스 시퀀스의 위치에 대한 서열 데이터의 출현 빈도 정보를 얻은 후, 출현 빈도 정보의 패턴을 분석하여 통계적 유의성을 갖는 1kbp 이상의 연속 영역을 CNV 후보 영역으로 추출한다. 또한 제안된 알고리즘을 효율적으로 지원하기 위한 서열 정렬 방식에 대한 비교 및 분석을 수행한다. 제안된 기법의 유용성을 규명하기 위하여 다양한 실험을 수행하였다. 실험 결과에 의하면, 제안된 기법은 비교적 낮은 커버리지의 기가 시퀀싱 데이터를 이용하여 반복되거나 결실되는 다양한 형태의 CNV 영역을 효율적으로 검출하며, 또한 작은 사이즈의 CNV 영역에서부터 큰 사이즈의 CNV 영역까지 다양한 크기의 CNV 영역을 효율적으로 검출 할 수 있는 것으로 나타났다. Recently it was found that various genetic structural variations such as CNV(copy number variation) exist in the human genome, and these variations are closely related with disease susceptibility, reaction to treatment, and genetic characteristics. In this paper we propose a new CNV detection algorithm using millions of short DNA sequences generated by giga-sequencing technology. Our method maps the DNA sequences onto the reference sequence, and obtains the occurrence frequency of each read in the reference sequence. And then it detects the statistically significant regions which are longer than 1Kbp as the candidate CNV regions by analyzing the distribution of the occurrence frequency. To select a proper read alignment method, several methods are employed in our algorithm, and the performances are compared. To verify the superiority of our approach, we performed extensive experiments. The result of simulation experiments (using a reference sequence, build 35 of NCBI) revealed that our approach successfully finds all the CNV regions that have various shapes and arbitrary length (small, intermediate, or large size).

DOT 색인을 이용한 효율적인 공간 조인 기법

백현(Hyun Back),윤지희(Jee-Hee Yoon),원정임(Jung-Im Won),박상현(Sang-Hyun Park) 한국정보과학회 2007 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.34 No.5

지리정보시스템에서 빈번히 사용되는 공간 조인 연산자의 성능을 보장하기 위해서는 효율적인 색인 기법의 선택이 중요하며, 대표적인 색인 기법으로는 R<SUP>*</SUP>-tree를 이용한 방법이 알려져 있다. 본 논문에서는 DOT(DOuble Transformation) 공간 색인을 이용한 효율적인 공간 조인 처리 기법을 제시하고 이를 R<SUP>*</SUP>-tree를 이용한 공간 조인 처리 기법과 비교한다. DOT 공간 색인 기법은 공간 객체의 MBR 정보를 공간 순서화 곡선을 사용하여 하나의 1차원 값으로 변환한 후 그 값을 검색 키로 갖는 B<SUP>+</SUP>-tree 색인 구조를 구성하는 방법으로서, 이를 이용하면 전통적인 데이타베이스의 주 색인을 적용할 수 있다는 중요한 특징을 가진다. 본 논문에서는 공간 객체의 MBR 정보를 하나의 1차원 값으로 변환하기 위해 사용되는 공간 순서화 곡선의 규칙성을 분석함으로써 공간 변환 연산의 횟수를 대폭 감소시킨 효율적인 DOT 색인 기반의 공간 조인 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 반복적으로 수행되는 공간 변환 연산의 횟수를 줄이기 위하여 질의 영역을 공간 순서화 곡선이 연속 운행하는 가능한 최대 크기의 면적으로 분할하는 쿼터 분할 기법을 사용한다. 다양한 분포와 크기를 갖는 데이타 집합을 대상으로 R<SUP>*</SUP>-tree를 이용한 공간 조인 처리 기법과의 비교 실험을 수행한 결과 최대 약 3배의 성능 이익을 얻을 수 있음을 확인할 수 있었다. The choice of an effective indexing method is crucial to guarantee the performance of the spatial join operator which is heavily used in geographical information systems. The R<SUP>*</SUP>-tree based method is renowned as one of the most representative indexing methods. In this paper, we propose an efficient spatial join technique based on the DOT(DOuble Transformation) index, and compare it with the spatial join technique based on the R*-tree index. The DOT index transforms the MBR of an spatial object into a single numeric value using a space filling curve, and builds the B<SUP>+</SUP>-tree from a set of numeric values transformed as such. The DOT index is possible to be employed as a primary index for spatial objects. The proposed spatial join technique exploits the regularities in the moving patterns of space filling curves to divide a query region into a set of maximal sub-regions within which space filling curves traverse without interruption. Such division reduces the number of spatial transformations required to perform the spatial join and thus improves the performance of join processing. The experiments with the data sets of various distributions and sizes revealed that the proposed join technique is up to three times faster than the spatial join method based on the R<SUP>*</SUP>-tree index.

부갑상선선종의 병소 위치 결정을 위한 영상진단법의 비교

한민귀 ( Min Gui Han ),윤지희 ( Jee Hee Yoon ),김수정 ( Soo Jeong Kim ),김희경 ( Hee Kyung Kim ),조진성 ( Jin Seong Cho ),강호철 ( Ho Cheol Kang ) 대한내과학회 2015 대한내과학회지 Vol.89 No.1

Background/Aims: Primary hyperparathyroidism can be cured by minimally invasive surgery (MIS) with optimized preoperative localization. Ultrasonography (US) and 99mTc-sestamibi (MIBI) scan are the imaging modalities most widely used for the localization of the affected glands. In this study, we defined the roles of US and MIBI scan. Methods: We retrospectively reviewed 40 patients who underwent parathyroidectomy for a single parathyroid adenoma between 2004 and 2013. US and scintigraphic findings were compared with operative findings. Results: Adenomas were accurately localized using US and MIBI scan in 38 patients (95%) and 37 patients (92.5%), respectively. Twenty-nine patients (76.3%) showed typical extrathyroidal hypoechoic nodule with central or peripheral vascularity, and, after MIS, we confirmed that they were suffering from a single parathyroid adenoma. Eight patients with atypical US findings and two patients with an undetectable lesion on US underwent MIS after localization using MIBI scan or computed tomography (CT). Only one patient showed an extrathyroidal cystic nodule evidenced by high parathyroid hormone cystic fluid on ultrasound-guided fine-needle aspiration and negative MIBI scan. All lesions not localized on US were located in the superior portion. Conclusions: US is a sensitive and accurate method for the preoperative localization of parathyroid adenoma, especially if the lesion has typical US features and is located inferiorly. We suggest that US be the first localization modality and that MIBI scan or CT be used in the limited number of cases with negative US findings. (Korean J Med 2015;89:48-53)

크로스 플랫폼을 지원하는 지리 정보 시스템의 설계 및 구현

홍동완(Dong-Wan Hong),윤지희(Jee-Hee Yoon) 한국정보과학회 1999 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.26 No.2Ⅰ

본 논문에서는 이기종 운영체제의 다수의 서버에 존재하는 데이터베이스 시스템을 기반으로 하는 지리정보시스템의 개발 방식에 대하여 논한다. 데이터베이스 시스템을 기반으로 하는 지리정보시스템의 개발 방식은 WWW과의 연계를 통하여 원거리에 있는 다중의 사용자들에게 정보를 제공하는 형태로 개발되어져 왔으며, 최근에는 이질의 데이터베이스의 정보를 사용하기 위하여 CORBA를 이용한 분산 응용 프로그램 환경으로 발전하고 있다. 하지만, CORBA를 이용하여 이질의 데이터베이스 시스템을 지원하는 지리정보시스템을 구축할 경우 개발 부담이 있으며, 또한 이기종의 운영체제상에 있는 데이터베이스 시스템을 지원하는 경우에 개발비용이 증가하게 된다. 본 논문에서는 이기종의 운영체제상에 존재하는 이질의 데이터베이스 시스템과 정보를 공유하는 방식으로 크로스-플랫폼관리자를 제시하고자 한다.