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${\apha}$-Casein의 인산화 위치 규명을 위한 티타늄 다이옥사이드($TiO_2$) 방법의 최적화
김혜정,박자혜,백문창,Kim, Hye-Jeong,Park, Ja-Hye,Baek, Moon-Chang 대한약학회 2008 약학회지 Vol.52 No.5
Phosphorylation plays the most important role in cell signaling mechanism. Various methods to identify the phosphorylation sites of proteins using tandem mass spectrometry (MS/MS) have been reported recently. Furthermore, the enrichment strategy such as Titanium dioxide ($TiO_2$) method should be combined with MS/MS analysis to effectively identify phosphorylation sites. It is necessary to optimize phosphopeptide-enrichment strategy, $TiO_2$ method in this study, due to the low amount of phosphorylated form followed by analyzing them by MS/MS. To evaluate the several conditions to enrich phosphopeptides using $TiO_2$ method, we used ${\apha}$-casein as a standard phosphoprotein and analyzed a representative phosphopeptide (VPQLEIVPNpSAEER) peak of MS spectrum. Batch is better than column method for binding and 300 g/l DHB in loading buffer is better than lower concentration of DHB. 3% TFA and pH 10.5 shows high efficiency of phosphopeptide-enrichment for washing and elution steps, respectively. Finally we identified various efficient conditions of phosphopeptide-enrichment method using $TiO_2$. This optimized method would assist in reliable identifying thousands of phosphorylation sites existed in low abundance from various complex proteins.
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안지오제닌을 이용한 Xanthomonas celebensis 5S rRNA의 고차원 구조 분석
김상범,조봉래,임자혜,장수익,박인원,Kim, Sang Beom,Jo, Bong Rae,Im, Ja Hye,Jang, Su Ik,Park, In Won 대한화학회 1994 대한화학회지 Vol.38 No.10
우유에서 추출한 안지오제닌을 사용하여 Xanthomonas celebensis 5S rRNA의 고차원 구조를 조사하였다. 안지오제닌은 5S rRNA의 단일가닥 부분에 있는 피리미딘 염기들의 먼 쪽으로 있는 3' P-O 에스테르 결합들만을 절단하였다. pH 7.0이고 10 mM의 $Mg^{2+}$이 있을 때 안지오제닌은 5S rRNA의 d 고리에서만 작용하였지만 $Mg^{2+}$이 없을 때는 e 고리를 제외한 모든 고리들(a, b, c, d 고리들)에서 작용하였다. $Mg^{2+}$이 없을 때 $U_{74}$-$G_{75}$와 $U_{77}$-$A_{78}$, $U_{103}$-$A_{104}$ 결합들이 pH 7.0과 pH 3.5에서 모두 안지오제닌의 작용에 매우 민감하였다. 한편 pH 3.5이고 $Mg^{2+}$이 없을 때 안지오제닌이 a 고리의 $C_{17}$-$G_{18}$과 b고리의 $U_{55}$-$G_{56}$ 결합들을 강하게 절단하였다. 이러한 결과들에서 우리는 다음과 같이 결론을 내릴 수 있다. 첫째, 안지오제닌을 5S rRNA의 삼차구조 분석에서의 탐침의 하나로 사용할 수 있음을 알았다. 둘째, 5S rRNA의 d고리의 구조는 $Mg^{2+}$과 $H^+$농도에 따라 변하기 쉽다는 것을 알았다. Higher order structure of 5S rRNA isolated from Xanthomonas celebensis was examined using angiogenic extracted from milk. Angiogenin cleaved exclusively 3' P-O bonds on the far sides of pyrimidines in the single-stranded sequences of 5S rRNA. Whereas angiogenin acted only on the loop d of 5S rRNA at pH 7.0 in the presence of 10 mM $Mg^{2+}$, it acted on all the loops (a, b, c and d) except loop e in the absence of $Mg^{2+}$. In the absence of $Mg^{2+}$, bonds $U_{74}$-$G_{75}$, $U_{77}$-$A_{78}$ and $U_{103}$-$A_{104}$ were highly susceptible to the action of angiogenin both at pH 7.0 and at pH 3.5. On the other hand, at pH 3.5 in the absence of $Mg^{2+}$ angiogenin strongly cleaved the bond $C_{17}$-$G_{18}$ of loop a and the bond $U_{55}$-$G_{56}$ of loop b. The results lead us to the following conclusion. First, angiogenin can be used as one of the probes for the tertiary structure analysis of 5S rRNA. Second, the structure of loop d of 5S rRNA is variable depending on the concentrations of $Mg^{2+}$ and $H^{1+}$.
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