체세포점수와 홀스타인 유방형질간의 관계

최태정 ( Tae Jeong Choi ),서강석 ( Kang Seok Seo ),김시동 ( Si Dong Kim ),박병호 ( Byung Ho Park ),최재관 ( Je Kwan Choi ),윤호백 ( Ho Paek Yoon ),나승환 ( Seung Hwan Na ),손삼규 ( Sam Kyu Son ),권오섭 ( Oh Sub Kwon ),조광현 ( Kwa 한국동물자원과학회 2008 한국축산학회지 Vol.50 No.3

네트워크 이상탐지를 위한 트리 기반과 인공 신경망 모델 성능 비교 연구

최태정(Choi Tae Jeong),박지인(Park Jiin),손상원(Son Sangwon),윤주범(Yun Joobeom) 한국통신학회 2022 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2022 No.2

네트워크 악성 트래픽은 사이버 공간에서의 금융 사기, 침입, 테러 행위 같은 악의적 행동에 의해 발생하기 때문에, 실생활에서 이러한 위협으로 인한 피해를 방지하기 위해서 네트워크 이상 탐지는 필수적이다. 본 논문은 악성 트래픽 탐지를 위해 트리 기반과 인공 신경망 기반의 기계학습 알고리즘을 제시하였다. 트리 기반 모델은 부스팅 계열의 LightGBM, XGBoost 모델을 사용하였으며, 신경망 모델로는 LSTM 기반의 AutoEncoder와 DNN을 이용하여 이상 탐지를 수행했다. 수행 결과 트리 기반의 부스팅 모델 XGBoost가 다른 알고리즘과 비교하여 높은 성능을 보였으며, 균형 트리 기반이며 결정론적 모델인 특성이 높은 성능의 요인일 것으로 추정하였다.

유전 및 육종 : 한우 검정우의 일당증체량에 관한 연구

박병호 ( Byoung Ho Park ),최태정 ( Tae Jeong Choi ),최재관 ( Jae Gwan Choi ),최연호 ( Yun Ho Choy ),조광현 ( Kwang Hyun Cho ),이승수 ( Seung Soo Lee ),김시동 ( Si Dong Kim ),권오섭 ( Oh Sub Kwon ),나승환 ( Seung Hwan Na ),최유림 ( 한국동물자원과학회(구 한국축산학회) 2012 한국축산학회지 Vol.54 No.5

본 연구는 당대검정 한우 4,681두와 후대검정 한우 4,442두의 자료를 이용하여 한우 일당증체량을 통한 성장 특성과 유전력을 추정하고, 도체형질과의 유전상관을 알아보고자 수행하였다. Park et al. ; Average Daily Gain of Hanwoo -3 2 1- 당대검정우에서 구한 6~9개월령, 9~12개월령, 6~12개월령 일당 증체량의 평균과 표준편차는 각각 1.04 ± 0.16 kg, 1.11 ± 0.17 kg, 1.07 ± 0.11 kg이었으며, 6~9개월령과 9~12개월령, 6~9개월령과 6~12개월령, 9~12개월령과 6~12개월령 일당증체량의 표현형 상관 이 각각 -0.03, 0.66, 0.65였다. 후대검정우에서 구한 6~12개월령 일당증체량과 도체중, 등심단 면적, 등지방두께 및 근내지방도의 표현형 상관은 각각 0.446, 0.199, 0.0266 및 0.045였다. 6~12개월령 일당증체량, 도체중, 등심단면적, 등지방두께 및 근 내지방도의 유전력은 각각 0.251, 0.298, 0.424, 0.503 및 0.626 이었으며, 6~12개월령 일당증체량과 도체중, 등심단면적, 등지방두 께 및 근내지방도의 유전상관은 각각 0.606, 0.292, -0.095 및 -0.007이었다. 본 연구로부터 일당증체량에 대한 개량으로 도체 중, 등심단면적 및 등지방두께에 대한 개량이 가능할 것으로 사료 된다. This study was conducted to identify the characteristics and estimate the genetic parameters of average daily gain (ADG) and carcass traits of Hanwoo. The data used in this study were 4,681 heads which were performance-tested and 4,442 heads which were progeny-tested in test station of National Agricultural Cooperative Federation. The means and standard deviations of ADG between 6~9 months (ADG:6-9), ADG between 9~12 (ADG:9-12) and ADG between 6~12 (ADG:6-12) from the performance test were 1.04 ± 0.16, 1.11 ± 0.17 and 1.07 ± 0.11, respectively. The phenotypic correlations of ADG:6-9 and ADG:9-12, ADG:6-9 and ADG:6-12, ADG:9-12 and ADG:6-12 were -0.03, 0.66 and 0.65, respectively. The phenotypic correlations of ADG:6-12 with carcass weight (CW), eye muscle area (EMA), backfat thickness (BF), and marbling score (MS) from progeny test were 0.446, 0.199, 0.0266 and 0.045, respectively. Estimated heritabilities from the pooled data were 0.251 (ADG:6-12), 0.298 (CW), 0.424 (EMA), 0.503 (BF) and 0.626 (MS), respectively. Estimated genetic correlations of ADG:6-12 with CW, EMA, BF, MS were 0.606, 0.292, -0.095 and -0.007, respectively. From these results, it could be suggested that selection for ADG significantly affects CW, EMA and BF by correlated response to selection.

유전 및 육종 : 젖소 국제유전능력 평가를 위한 종모우별 다형질 Effective Daughter Contribution 추정

조광현 ( Kwang Hyun Cho ),최태정 ( Tae Jeong Choi ),조충일 ( Chung Il Cho ),박경도 ( Kyung Do Park ),도경탁 ( Kyoung Tag Do ),오재돈 ( Jae Don Oh ),이학교 ( Hak Kyo Lee ),공홍식 ( Hoong Sik Kong ),이준호 ( Joon Ho Lee ) 한국동물자원과학회(구 한국축산학회) 2013 한국축산학회지 Vol.55 No.5

This study was conducted to investigate the basic concept of multiple trait effective daughter contribution(MTEDC) for dairy cattle sires and calculate effective daughter contribution(EDC) by applying a five lactation multiple trait model using milk yield test records of daughters for the Multiple-trait Across Country Evaluation(MACE). Milk yield data and pedigree information of 301,551 cows that were the progeny of 2,046 Korean and imported dairy bulls were collected from the National Agricultural Cooperative Federation and used in this study. For MTEDC approximation, the reliability of the breeding value was separated based on parents average, own yield deviation and mate adjusted progeny contribution. EDC was then calculated by lactation using these reliabilities. The average number of recorded daughters per sire by lactations were 140.57, 94.24, 55.14, 29.20 and 14.06 from the first to fifth lactation, respectively. However, the average EDC per sire by lactation using the five lactation multiple trait model was 113.49, 89.28, 73.56, 54.02 and 35.08 from the first to fifth lactation, respectively, while the decrease of EDC in late lactations was comparably lower than the average number of recorded daughters per sire. These findings indicate that the availability of daughters without late lactation records is increased by genetic correlation using the multiple trait model. Owing to the relatedness between the EDC and reliability of the estimated breeding value for sire, understanding the MTEDC algorithm and continuous monitoring of EDC is required for correct MACE application of the five lactation multiple trait model.

모체효과 모형을 이용한 돼지 품종 간의 성장형질 및 등지방두께에 대한 유전모수 추정

김용민(Yong-Min Kim),최태정(Tae-Jeong Choi),조은석(Eun-Seok Cho),조규호(Kyu-Ho Cho),정학재(Hak-Jae Chung),정용대(Yong-Dae Jeong) 한국산학기술학회 2017 한국산학기술학회논문지 Vol.18 No.11

국내에서는 우리 고유의 재래돼지가 보존되고 있으나 성장 및 번식능력이 낮고 등지방두께가 두꺼워 경제성이 떨어진다는 이유로 농가에서 사육을 기피하고 있다. 하지만, 나고야의정서 발효 등에 따라 고유 유전자원의 중요성은 커지고 있으며 따라서, 고유 유전자원인 재래돼지를 활용한 신 계통 개발의 중요성은 점차 커지고 있다. 본 연구는 개체모형을 이용하여 돼지의 경제적 형질에 대한 유전모수 및 유전적 변화의 추정을 통해 모체유전효과가 돼지의 경제 형질에 미치는 영향을 알아보기 위해 수행되었다. 자료는 국립축산과학원으로부터 2000년부터 2015년까지 수집한 두록종, 재래돼지 그리고 합성종(재래돼지x두록종)의 자료를 사용하였다. 본 연구에 사용된 경제형질은 일당증체량과 등지방두께를 이용하였으며 분석에 사용된 Model식은 개체효과만을 고려한 Model 1과 모체효과를 추가한 Model 2 그리고 모체 영구환경효과가 포함된 Model 3을 사용하여 분석에 이용하였다. 분석 결과 상가적 유전력이 모체효과 유전력보다 높은 유전력을 나타냈으며 상가적 유전분산과 모체 유전분산 간의 유전상관은 모든 품종에서 강한 부(-)의 상관관계를 가지는 것을 확인할 수 있었다. 따라서, 좀 더 효율적인 개량 효과를 거두기 위해서는 품종 및 형질 또는 개량 방향에 따라 개체 효과와 모체유전효과 그리고 유전상관을 적절히 고려해야 할 것으로 사료된다. This study was conducted to examine the influence of the maternal genetic effect of swine on their economic traits through the estimation of their genetic parameters, breeding value and genetic trends using an animal model. The data on Duroc pigs, Korean Native Pigs and Synthetic pigs (Duroc x Korean Native Pig) from 2000 to 2015 were obtained from the National Institute of Animal Science in Korea and used to estimate the genetic parameters for the average daily gain (ADG) and backfat thickness (BFT). Model 1 included the additive genetic effect of the animals, Model 2 consisted of Model 1 + the maternal genetic effect and Model 3 consisted of Model 2 + the maternal permanent environment effect. The heritability calculated by estimating the additive genetic effect was higher than that calculated by estimating the maternal genetic effect using the maternal animal model. The estimated genetic correlations between the additive and maternal genetic effects for the ADG and BF were strongly negative. Thus, the estimation of the breeding value can be used to select the most appropriate individuals and make an optimal breeding scheme.

유전 및 육종 : 국내 Holstein종 젖소의 경제형질과 착유량에 따른 소득의 유전모수 추정

노재광 ( Jae Kwang Noh ),최연호 ( Yun Ho Choi ),조광현 ( Kwang Hyun Cho ),최태정 ( Tae Jeong Choi ),나승환 ( Seung Hwan Na ),조주현 ( Ju Hyun Cho ),김진형 ( Jin Hyung Kim ),신지섭 ( Ji Sub Shin ),도창희 ( Chang Hee Do ) 한국동물자원과학회(구 한국축산학회) 2012 한국축산학회지 Vol.54 No.4

본 연구에서 1982년부터 2010년까지 수집된 농협젖소개량사업소의 628,395두의 산유능력검정자료를 이용 경제성 분석을 실시한 후, 전산차 산유기록과 선형심사자료를 갖고 있는 1998~2004년 출생 62,262두를 선발하여 그 개체들의 유대로 인한 순이익과 경제형질간의 유전모수를 추정하였다. 순이익의 계산은 국내유대체계와 통계청 및 농협의 통계지표를 활용하여 개체의 유대 및 생산원가를 계산하였다. 심사형질은 한국종축개량협회의 15개 심사형질과 종합점수, 산유형질은 실착유량과 평균유지율, 유단백율에 대하여 조사하였다. 선형심사형질들 사이에서 가장 높은 정(+)의 유전상관 은 체심(BD) 형질과 강건성(SR) 형질 사이에서의 0.81로 나타났으며, 가장 높은 부(-)의 유전상관은 체심(BD) 형질과 유방깊이(UD), 뒤에서 본 앞유두 배열위치(TP) 형질과 앞유두크기(TL)의 -0.23으로 나타났다. 유량과 유지율, 유단백율 사이의 유전상관은 모두 중도의 부(-)의 유전상관을 나타내었고, 선형심사형질과의 유전상관도 모두 저도의 정(+)의 유전상관을 나타내었다. 선형심사형질과 착유량에 따른 순수익간의 유전상관은 대부분의 형질에서 저도의 정(+)의 유전상관을 나타내었다. 착유량에 따른 순수익과 유량과 유지율, 유단백율 사이에서는 모두 정(+)의 유전상관을 나타내었다. 이 연구에서 결과들은 개체의 순수익은 산차와 비례하여 증대되는 것을 보여주었고, 선형심사형질 중 순수익에 가장 큰 영향을 미치는 선형심사형질은 체심과 예각성, 뒷유방너비 형질로 나타났고, 순수익에 가장 큰 유전적 영향을 미치는 것은 유지율이었고, 산유량이 뒤를 이었다. 유량과 유지율에 비해 유단백율과 순수익 간에는 높지 않은 유전상관이 나타났는데, 유대체계에 유단백율을 반영하지 않기 때문인 것으로 판단된다. The data including milk yields, fat and protein percent for 628,395 heads collected by National Agricultural Cooperative Federation, 15 type traits and final score for 62,262 heads collected by Korea Animal Improvement Association, which were born in 1998 to 2004, and net profits calculated from milk price and raising expenses of individuals were used to estimate genetic parameters. The highest positive genetic correlation, 0.81, was shown between body depth(BD) and loin strength(SR). Genetic correlations between body depth(BD) and udder depth(UD), front teat placement(TP) and front teat length(TL) were -0.23, which were lowest among the linear type traits. Furthermore, medium level of negative genetic correlations were shown the milk yield with milk contents rate traits. Mostly low level of positive genetic correlations were shown between the milk traits and linear score traits except milk yield and stature. Most of the genetic correlations of between the linear score traits and net profit were low level of positive or negative genetic correlations. Among the genetic correlations, body depth(BD), angularity(DF) and rear attachment width(UW), and final score(FS) with net profit were high as 0.17, 0.17, 0.18 and 0.18, respectively. Finally all of the genetic correlations between net profit and milk traits were positive and higher than the linear traits with positive genetic correlations. The results of this study suggest that net profit has been related with the linear traits, such as body depth(BD), angularity(DF) and rear attachment width(UW) traits, and furthermore, milk traits including yield and contents rates influence positively and greatly on net profit.

염소고기의 영양적 가치와 새로운 동물성 식품자원으로서 활용방안

강선문(Sun Moon Kang),이진욱(Jinwook Lee),최태정(Tae Jeong Choi),조수현(Soohyun Cho),윤요한(Yohan Yoon),김학연(Hack-Youn Kim),박형준(Hyung Joon Park) 한국축산식품학회 2021 축산식품과학과 산업 Vol.10 No.2

유전 및 육종 : 한우보증씨수소 선발지수 개선에 관한 연구

김효선 ( Hyo Sun Kim ),황정미 ( Jeong Mi Hwang ),최태정 ( Tae Jeong Choi ),박병호 ( Byong Ho Park ),조광현 ( Kwang Hyun Cho ),박철진 ( Cheol Jin Park ),김시동 ( Si Dong Kim ) 한국동물자원과학회 ( 구 한국축산학회 ) 2010 한국축산학회지 Vol.52 No.2

유전 및 육종 : 홀스타인의 국제유전평가를 위한 모형개발에 관한 연구

조광현 ( Kwang Hyun Cho ),박병호 ( Byoung Ho Park ),최재관 ( Jac Kwan Choi ),최대과 ( Dae Kwa Choi ),최태정 ( Tae Jeong Choi ),최연호 ( Yun Ho Choy ),이승수 ( Seung Su Lee ),조총일 ( Chung Il Cho ) 한국동물자원과학회(구 한국축산학회) 2013 한국축산학회지 Vol.55 No.1

본 연구는 국내 국가단위 평가결과의 문제점을 해결하면서 유전능력평가시스템을 고도화하고 우리나라가 국제유전평가에 참여하기 위하여 국제평가기구에서 요구하는 검증작업을 통과하기 위하여 수행하였다. 본 연구에 이용된 자료는 농협중앙회 젖소개량부에서 수집한 분만일이 2001년부터 2009년까지의 검정성적으로 총 1,416,589개이며 산차는 5산으로 제한하였으며, 누적착유일은 75~305일로 제한하였고, 전체 혈통자료는 2,279,741개이며 부모를 갖는 개체는 535,409개이고 아비소는 2,467두로 구성되어 있는 기록들을 이용하였다. 유량, 유지방, 유단백에 대한 육종가는 신규로 개발한 다형질모형(Multiple traits model)을 이용하여 육종가를 구하였으며 기초작업은 SAS version 9.2와 R프로그램을 이용하였으며 유전모수를 추정하기 위하여 VCE 6.0을 이용하였다. 전반적으로 유전적 추세는 꾸준히 지속되어 오고 있으며 산차별 차이가 두드러지게 나타나지는 않았다. 유지방을 제외하고 유량과 유단백 형질의 추세가 잘 추정되었음을 알 수 있다. 유전평가분석결과 상위 1000두의 랭킹안에 최근의 생년을 갖는 딸소가 기존에 사용한 모수로 분석한 결과보다 딸소가 증가했음을 알 수 있다. 국제유전평가모형을 통해 새로 평가한 결과 씨수소상위 100두를 기존 평가모형에 의한 평가결과와 비교했을 때, 2006년생은 23두에서 28두로 2007년생은 12두에서 20두로 2008년생은 2두에서 8두로 증가하였다. 이는 최근의 딸소나 씨수소의 유전능력이 우수함에도 불구하고 상위에 랭크되지 못했던 결과가 새 모형의 적용으로 보완하여 새로운 평가분석에 적용할 수 있을 것으로 판단된다. 따라서 기존의 단형질 모형 대신 다형질 모형을 이용한 분석방법으로 평가를 실시하고 국제유전평가에도 다형질 모형을 이용한 육종가를 제시함으로써 다형질 선발의 정확도가 향상될 수 있을 것이다. This study was aimed to solve the problems of current national genetic evaluation systems in Korea and its development to pass the verification processes as required by International Bull Evaluation Service(Interbull). This will enable Korea to participate in international genetic evaluation program. A total of 1,416,589 test-day milk records with calving dates used in this study were collected by National Agricultural Cooperative Federation from 2001 to 2009. Parity was limited up to fifth calving and milk production records were adjusted to cumulative 305 day lactation. The pedigree consisted of 2,279,741 animals where 2,467 bulls had 535,409 parents. A newly developed multiple trait model was used in calculation of breeding values for milk yield, milk fat, and protein yield. Data were edited with SAS(version 9.2) and R programs, and genetic parameters were estimated using VCE 6.0. Results showed a continuous increase in genetic potentials, in general, and no remarkable differences were found between performances by parity. Except fat yield, potentials in milk yield and protein yield were well calculated. We found an increased number of daughters per each top ranked 1,000 bulls in recent years of calf births compared to the cases of previous evaluations. Of the bulls ranked top 100 by our new models(multiple-trait models) we found that increased numbers of bulls were included. Of twenty eight bulls born in 2006, twenty bulls born in 2007 and eight bulls born in 2008 that were listed by new models, only 23, 12, and 2 bulls born in respective years were represented on top 100 by old single-trait models. Re-ranking of the daughters or sires by multiple-trait models suggest that this new multiple trait approach should be used for dairy cattle genetic evaluation and seed-stock selection in the future to increase the accuracy of multiple trait selection. Breeding values for these traits should also be calculated by new method for international genetic evaluation.

유전 및 육종 : 한우의 유전체 육종가의 정확도 추정

이승수 ( Seung Soo Lee ),이승환 ( Seung Hwan Lee ),최태정 ( Tae Jeong Choi ),최연호 ( Yun Ho Choy ),조광현 ( Kwang Hyun Cho ),최유림 ( You Lin Choi ),조용민 ( Yong Min Cho ),김내수 ( Nae Soo Kim ),이중재 ( Jung Jae Lee ) 한국동물자원과학회(구 한국축산학회) 2013 한국축산학회지 Vol.55 No.1

본 연구는 농협 한우개량사업소 후대검정우 552두의 도체중, 배최장근단면적, 등지방두께 및 근내지방도를 측정한 후 고밀도 SNP 패널(777K)을 사용하여 유전체 혈연 행렬(Genetic Relationship Matrix, GRM)을 추정하고 GBLUP(Genomic Best Linear Unbiased Prediction) 방법으로 GEBV(Genomic Estimated Breeding Value)를 구하여 교차 검증(Cross-validation) 방법으로 그 정확도를 추정함으로써 유전체 선발 기법을 한우 유전평가 체계에 적용하기 위한 기초자료로 이용하고자 수행하였다. 교차 검증 방법으로 각 형질별로 추정된 유전체 육종가의 정확도는 0.915~ 0.957로 상당히 높게 추정되었다. 대립유전자의 빈도로 계산된 유전체 혈연 행렬을 이용하여 GBLUP 방법으로 추정된 육종가 정확도의 최대 차이는 후대검정우 534두에 대하여 도체중, 배최장근 단면적, 등지방 두께 및 근내지방도 순으로 각각 9.56%, 5.78%, 5.78% 및 4.18% 정도의 수준으로 상승했고, 혈통 기록상의 모든 개체 3,674두에 대해서는 형질 별로 최대 13.54%, 6.50%, 6.50% 및 4.31% 정도의 수준으로 증가한 결과가 추정되었다. 이는 한우 보증씨수소의 선발 시스템에서 아직 표현형 자료를 생산할 수 없는 당대검정 후보축 대한 집단을 조성할 때 유전체 정보를 이용한 사전 선발을 활용하면 기존의 상대적으로 낮았던 육종가의 정확도의 상승 효과와 세대 간격의 단축으로 인하여 유전적 개량량을 증대시킬 수 있을 것으로 기대된다. 본 연구에서 genomic breeding value 추정을 위하여 조성된 집단의 경우는 후대 검정우 집단으로서 개체들 간의 혈연관계가 높으며, 이미 전통적인 BLUP 방법으로도 상당히 높은 정확도를 가진 집단을 이용하였다. 그러나, 현재 한우 집단에 대한 유전체 자료 구축 시 이용할 수 있는 정확한 자료는 후대검정우 집단 외에는 참조 집단을 조성할 수 있는 대안이 없으므로, 지속적인 유전체 검정을 위해서는 다양한 유전적 조성이 구축된 참조 집단을 구축해야 할 것으로 사료된다. 또한 유전체 검정을 통한 정확도 상승효과를 기대하기 위해서 지속적으로 참조 집단의 크기를 늘릴 필요성이 있다. This study was conducted to estimate the Genomic Estimated Breeding Value(GEBV) using Genomic Best Linear Unbiased Prediction(GBLUP) method in Hanwoo(Korean native cattle) population. The result is expected to adapt genomic selection onto the national Hanwoo evaluation system. Carcass weight(CW), eye muscle area(EMA), backfat thickness(BT), and marbling score (MS) were investigated in 552 Hanwoo progeny-tested steers at Livestock Improvement Main Center. Animals were genotyped with Illumina BovineHD BeadChip(777K SNPs). For statistical analysis, Genetic Relationship Matrix(GRM) was formulated on the basis of genotypes and the accuracy of GEBV was estimated with 10-fold Cross-validation method. The accuracies estimated with cross-validation method were between 0.915~0.957. In 534 progeny-tested steers, the maximum difference of GEBV accuracy compared to conventional EBV for CW, EMA, BT, and MS traits were 9.56%, 5.78%, 5.78%, and 4.18% respectively. In 3,674 pedigree traced bulls, maximum increased difference of GEBV for CW, EMA, BT, and MS traits were increased as 13.54%, 6.50%, 6.50%, and 4.31% respectively. This showed that the implementation of genomic pre-selection for candidate calves to test on meat production traits could improve the genetic gain by increasing accuracy and reducing generation interval in Hanwoo genetic evaluation system to select proven bulls.