T-세포 항원 수용체 매개 신호전달 조절자로서 돼지 CD45RO 구조특성

채한화(Han-Ha Chai),임다정(Dajeong Lim) 한국산학기술학회 2019 한국산학기술학회논문지 Vol.20 No.9

백혈구 공통 항원인 돼지 CD45는 PTPRC 유전자에 암호화 되어 있으며, CD45엑손의 선택적 스플라이싱에 따라 다른 T-세포에서 발현되는 티로신 인산분해효소이다. CD45는 기질인 TCR의 CD3ζ 사슬, Lck, Fyn, Zap-70 kinase의 인산화된 티로신에서 인산을 분해하여 T-세포 항원 수용체(TCR) 매개 신호전달을 조절한다. CD45의 조절이상은 많은 면역 질환과 관련이 있어서, CD45는 면역약물 개발에 표적이 되어왔다. TCR 신호전달의 조절효과를 가진 주요 구조적 특징을 특성화하기 위해, 사람의 알려진 CD45 구조를 템플릿으로 적용하여 돼지 CD45RO(가장 작은 CD45 isoform)의 단백질 구조와 예측된 돼지 CD45RO 모델구조에 CD3ζ 사슬의 ITAM(REEpYDV)를 도킹하여 CD45RO/ITAM 펩타이드 결합구조를 예측하였다. 돼지 CD45RO의 구조적 특징은 세포외영역의 구조견고성과 세포질내 티로신 인산분해효소 도메인의 KNRY와 PTP signature 기능모티프(두 기능 모티프는 ITAM 펩타이드 결합부위의 좁은 입구로 역할)에 있었다. 주요 구조특성은 돼지 CD45RO-ITAM 펩타이드 결합구조 안정성과 결합친화력을 조절하면서 기질 선택성에 영향을 준다. 돼지 CD45RO의 구조적 특성은 T-세포에 특이적인 면역 조절제를 탐색하는 데에 적용될 것이다. Pig CD45, the leukocyte common antigen, is encoded by the PTPRC gene and CD45 is a T cell-type specific tyrosine phosphatase with alternative splicing of its exons. The CD45 is a coordinated regulator of T cell antigen receptor (TCR) signal transduction achieved by dephosphorylating the phosphotyrosine of its substances, including CD3ζ chain of TCR, Lck, Fyn, and Zap-70 kinase. A dysregulation of CD45 is associated with a multitude of immune disease and has been a target for immuno-drug discovery. To characterize its key structural features with the effects of regulating TCR signaling, this study predicted the unknown structure of pig CD45RO (the smallest isoform) and the complex structure bound to the ITAM (REEpYDV) of CD3ζ chain via homology modeling and docking the peptide, based on the known human CD45 structures. These features were integrated into the structural plasticity of extracellular domains and functional KNRY and PTP signature motifs (the role of a narrow entrance into ITAM binding site) of the tyrosine phosphatase domains in a cytoplasmic region from pig CD45RO. This contributes to the selective recognition of phosphotyrosine from its substrates by adjusting the structural stability and binding affinity of the complex. The characterized features of pigCD45RO can be applied in virtual screening of the T-cell specific immunomodulator.

긴꼬리닭 암컷에서 환우 연관 유전자군 발현 연구

채한화(Han-Ha Chai),노윤정(Yunjeong Noh),최현지(Hyunji Choi),임다정(Dajeong Lim) 한국산학기술학회 2022 한국산학기술학회논문지 Vol.23 No.1

다양한 종에서 하우스키핑 유전자 선택의 중요성

채한화(Han-Ha Chai),노윤정(Yun Jeong Noh),노희종(Hee-Jong Roh),임다정(Dajeong Lim) 한국산학기술학회 2020 한국산학기술학회논문지 Vol.21 No.8

하우스키핑 유전자는 에너지생성, 물질합성, 세포사멸 및 세포방어 등과 같은 세포의 기본적인 기능을 수행하기 때문에 모든 유기체의 세포에서 발현된다. 세포의 기본적인 기능을 유지하기 때문에 발현 수준이 상대적으로 일정하여 단백질 발현 및 목적 유전자의 mRNA 발현 분석 등과 같은 유전자 발현 연구에서 기준 유전자로 사용되고 있다. 그러나 이들 유전자의 발현 수준은 조직과 세포마다 다를 수 있으며, 특정 환경 하에서 변할 수 있다. 그러므로 하우스키핑 유전자의 발현 안정성을 탐색하여 유전자 발현 연구에서 최적의 기준 유전자를 선택하는 것이 중요하다. 이 리뷰는 문헌을 통해 인간, 닭, 돼지 그리고 쥐에서 발견된 하우스키핑 유전자를 요약하고, geNorm, NormFinder 그리고 BestKeeper 소프트웨어를 통해 발현 안정성을 추정하였다. 하우스키핑 유전자의 발현 안정성에 대한 탐색은 유전자 발현 연구에서 실험 조건에 따라 가장 적합한 기준 유전자를 선별할 수 있고, 데이터의 정규화를 위해 적용될 수 있다. Housekeeping genes are expressed in cells of all organisms and perform basic cellular functions such as energy generation, substance synthesis, cell death, and cell defense. Accordingly, the expression levels of housekeeping genes are relatively constant, and thus they are used as reference genes in gene expression studies, such as protein expression and mRNA expression analysis of target genes. However, the levels of expression of these genes may be different among various tissues or cells and may change under certain circumstances. Therefore, it is important to select the best reference gene for specific gene expression research by exploring the stability of housekeeping gene expression. This review summarizes housekeeping genes found in humans, chickens, pigs, and rats in the literature and estimates expression stability using geNorm, NormFinder, and BestKeeper software. The most suitable reference housekeeping gene can selected based on expression stability according to the experimental conditions of the gene expression study and can thus be applied to data normalization.

차세대유전체해독 기법을 이용한 소 유전체 해독 연구현황

최정우(Jung-Woo Choi),채한화(Han-Ha Chai),유다영(Dayeong Yu),이경태(Kyung-Tai Lee),조용민(Yong-Min Cho),임다정(Dajeong Lim) 한국생명과학회 2015 생명과학회지 Vol.25 No.3

최근 차세대염기서열해독법(Next Generation Sequencing, NGS)의 급속한 발전에 힘입어, 다양한 가축 종에 대한 전장유전체 수준의 해독 및 분석 연구수행이 가능하게 되었다. 소의 경우 현재 한우, 칡소, 흑우, 제주흑우 4품종의 재래소가 국제연합식량농업기구 가축다양성 정보시스템에 등록돼 있는 상태이다. 이러한 재래유전자원은 최근 NGS 기술을 이용 전장유전체에 걸친 대용량의 단일염기다형성 정보를 얻는데 성공하였으며, 또한 한국 재래소품종이 유럽기원의 소 품종들과 유전학적으로 차이가 있다는 점이 밝혀졌다. 또한 소 유전체학 분야에서 이 NGS의 응용은 유전체의 구조적 변이 특히 종전 대용량으로 정확한 발굴이 어려웠던 전장유전체에 널리 퍼진 복제수변이의 발굴에 성공적으로 적용되었다. 이러한 일련의 성공에도 불구하고 최근 NGS를 이용한 연구는 내재적인 한계점이 있었는데, 이는 연구 당시 고가의 연구비용 및 분석의 난해함으로 인해 각 대표 소 품종의 단수 또는 소수 개체에 대해서만 적용되었다는 점이 그 대표적 예라 할 수 있을 것이다. 즉, NGS에서 파생된 데이터의 보다 정확한 생물학적 의의를 찾기 위해서는 추가 실험적 검증과 더불어 면밀한 해석이 필요하다는 점을 시사하는 것이다. 최근 차세대염기서열 해독 비용이 지속으로 하락하고 있으며, 이는 단수개체가 아닌 집단수준에서의 NGS적용이 가능해 짐에 따라 다양한 집단유전체학적 이론이 접목된 연구가 가능해지고 있다. 현재 국내 재래소 품종에 대한 집단수준에서의 연구는 극히 미흡한 상태이나, 이러한 상황은 최근 고밀도 칩, 차세대염기서열 자료와 같은 대용량 유전정보를 생산, 분석 중에 있어 재래가축에 대한 집단수준에서의 연구가 일부 해소될 것으로 기대된다. Thanks to recent advances in next-generation sequencing (NGS) technology, diverse livestock species have been dissected at the genome-wide sequence level. As for cattle, there are currently four Korean indigenous breeds registered with the Domestic Animal Diversity Information System of the Food and Agricultural Organization of the United Nations: Hanwoo, Chikso, Heugu, and Jeju Heugu. These native genetic resources were recently whole-genome resequenced using various NGS technologies, providing enormous single nucleotide polymorphism information across the genomes. The NGS application further provided biological such that Korean native cattle are genetically distant from some cattle breeds of European origins. In addition, the NGS technology was successfully applied to detect structural variations, particularly copy number variations that were usually difficult to identify at the genome-wide level with reasonable accuracy. Despite the success, those recent studies also showed an inherent limitation in sequencing only a representative individual of each breed. To elucidate the biological implications of the sequenced data, further confirmatory studies should be followed by sequencing or validating the population of each breed. Because NGS sequencing prices have consistently dropped, various population genomic theories can now be applied to the sequencing data obtained from the population of each breed of interest. There are still few such population studies available for the Korean native cattle breeds, but this situation will soon be improved with the recent initiative for NGS sequencing of diverse native livestock resources, including the Korean native cattle breeds.

한우 등심조직 내 인슐린 조절 유전자의 발현이 도체중에 미치는 영향에 관한 연구

임다정(Dajeong Lim),조용민(Yong-Min Cho),채한화(Han-Ha Chai),이승환(Seung-Hwan Lee),최봉환(Bong-Hwan Choi),김남국(Nam-Kuk Kim) 한국생명과학회 2015 생명과학회지 Vol.25 No.1

PPAR signaling pathway는 지방대사와 지방세포 분화를 조절하는 대표적인 대사회로이기 때문에 가축에 있어서 주로 육질과의 연관성 연구가 진행되었다. 하지만, 최근 들어 육량(체중)과 관련이 있다는 연구결과가 보고되고 있다. 본 논문에서는 PPAR signaling pathway에 존재하는 48개 유전자 중에서, pathway 분석을 통하여 체중에 가장 영향을 주는 인슐린 대사 호르몬에 의해 조절 받는 16개 유전자를 선별하여 거세 한우 20두에서 유전자 발현을 조사하였다. 유전자 발현과 도체중과의 관련성 분석을 위하여 회귀분석을 수행하였으며, 3개 유전자(ACSL6, FADS2, ILK)가 통계적으로 유의한 결과(p<0.05)를 보였다. 마지막으로, pathway 분석을 통하여 한우의 도체중과 관련이 있는 3개 유전자를 공통적으로 조절하는 포도당(D-glucose)이 존재함을 확인하였다. The peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) signaling pathway is well known as a candidate pathway related to meat quality in mammals. In particular, there are many studies on the relationship between the PPAR signaling pathway and intramuscular fat. However, recent studies have demonstrated that genes in the PPAR signaling pathway are associated with carcass weight in cattle. Among 48 genes in the PPAR signaling pathway, 16 genes are related to the insulin that regulates the adipocyte glucose metabolism and thus affects body weight. Therefore, we conducted an investigation to try to identify candidate genes associated with the carcass weight and relationships between the expressions of these 16 genes in the loin muscle of Hanwoo (Korean cattle). From regression analysis, the three genes (ACSL6, FADS2, and ILK) showed significant effects with regard to carcass weight (p<0.05). Finally, we analyzed the common regulators of the significant genes from pathway analysis. The significant genes are regulated by insulin as well as D-glucose. These findings show that the differentially expressed genes are possible candidate genes associated with carcass weight in the longissimus muscle of Korean cattle.

한우의 말초혈액 단핵세포 염증성 사이토카인에 대한 브로피리민의 효과 확인

김승창 ( Seungchang Kim ),이승환 ( Seung-Hwan Lee ),채한화 ( Han-Ha Chai ),김의형 ( Ui-Hyung Kim ),정기용 ( Ki-Yong Chung ),임다정 ( Dajeong Lim ),박종은 ( Jong-Eun Park ),조용민 ( Yongmin Cho ),최봉환 ( Bong-Hwan Choi ) 한국축산학회(구 한국동물자원과학회) 2017 동물자원연구 Vol.28 No.4

Bropirimine, a class of antineoplastic agents, is known as one of the potent immunomodulators and is currently under clinical development for the treatment of cancer. However, the effect of bropirimine on the cow remains unknown as a therapeutics agent. In this experiment, the effect of bropirimine in the peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) stimulated by lipopolysaccharide (LPS) or concanavalin-A (Con-A) was examined. Jugular venous blood was collected from Korean Hanwoo calves and PBMCs were isolated. It was used to study the effect of bropirimine upon stimulation with LPS or Con-A for 72 hours. The expression pro-inflammatory cytokines like Tumor Necrosis Factor α (TNF-α) and Interferon γ (IFN-γ) were confirmed. Bropirimine significantly inhibited LPS- or Con-A-induced TNF-α and Con-A-induced IFN-γ in dose-dependent manner. Furthermore, Bropirimine inhibited TNF-α and Con-A mRNA expression at the transcription level. These results clearly indicated that bropirimine inhibited LPS or Con-A stimulated up-regulation of proinflammatory cytokines in a dose-dependent manner without conspicuous cytotoxicity. The bropirimine has potential to protect cow from LPS or Con-A induced endotoxin shock, possibly through inhibition of the production of proinflammatory cytokines. It suggesting that bropirimine may be a novel therapeutic agent for the prevention of inflammatory diseases. This result revealed specific features of the immune responses depending on the bropirimine compound and would help to knowledge of bovine immunity.

소의 경제형질 관련 유전자 네트워크 분석 시스템 구축

임다정(Dajeong Lim),김형용(Hyung-Yong Kim),조용민(Yong-Min Cho),채한화(Han-Ha Chai),박종은(Jong-Eun Park),임규상(Kyu-Sang Lim),이승수(Seung-Su Lee) 한국생명과학회 2016 생명과학회지 Vol.26 No.8

가축의 경제형질은 대부분 복합형질 상태이며, 많은 유전자와 생물대사회로에 의해 조절된다. 시스템 생물학은 생명현상을 하나의 복합체로 가정하고, 형질에 관여하는 유전자들에 대한 기능적 관계를 분석하는 학문이다. 유전자 네트워크는 시스템 생물학의 하나의 연구분야로써, 유전자 기능의 상관관계를 지도화하여 오믹스 데이터를 통합 분석하여 해석한다. 유전자 네트워크는 단백질-단백질 상호작용, 공발현, 조절인자, 유전자형 기반으로 다양한 유전자의 기능적 상호작용을 표현할 수 있다. 또한, 네트워크를 구성하기 위해서는 유전자 간 연결 정도에 가중치를 두거나, 인접한 유전자 수 계산 등의 네트워크 토폴로지 알고리즘이 적용된다. 가축에서는 이러한 연구가 단형질에 대한 유전자 발현, 단백질 상호작용 등에 국한되어 있는 실정이다. 본 논문에서는 유전자 공발현 네트워크와 단백질-단백질 상호작용 네트워크 분석법을 확립하고 소의 102개 경제형질에 대하여 유전자 네트워크 분석결과에 대한 데이터베이스를 구축하였다. 102개의 경제형질은 Animal Trait Ontology (ATO) 명명법에 의하여 분류하여 제공하였다. 각 형질에 포함된 유전자 리스트는 Animal QTL database에서 제공하는 양적유전형질좌위의 물리적 위치에 존재하는 유전자군을 추출하였다. 유전자 공발현 네트워크는 R의 WGCNA 패키지를 활용하였으며, 단백질-단백질 상호작용 네트워크는 Human Protein Reference Database에서 사람과 소의 orthologous group에 포함된 유전자를 대상으로 단백질 상호작용 관계를 규명하였다. 네트워크 분석 결과는 관계형 테이블로 구축하였으며, 구축한 데이터베이스를 관련 연구진에게 공유하기 위하여 웹 기반의 유전자 네트워크 가시화 시스템을 구현하였다(http://www.nabc.go.kr/cg). 웹 데이터베이스 구현을 위하여 Ontle 프로그램을 활용하여 다양한 방식으로 유전자 네트워크 가시화 작업을 수행하였다. 이 시스템을 통하여 사용자는 관련 형질의 후보 유전자군 탐색, 유전자 네트워크 분석 결과, 유전자 사이의 기능적 연결관계를 손쉽게 살펴볼 수 있게 될 것이다. Complex traits are determined by the combined effects of many loci and are affected by gene networks or biological pathways. Systems biology approaches have an important role in the identification of candidate genes related to complex diseases or traits at the system level. The gene network analysis has been performed by diverse types of methods such as gene co-expression, gene regulatory relationships, protein-protein interaction (PPI) and genetic networks. Moreover, the network-based methods were described for predicting gene functions such as graph theoretic method, neighborhood counting based methods and weighted function. However, there are a limited number of researches in livestock. The present study systemically analyzed genes associated with 102 types of economic traits based on the Animal Trait Ontology (ATO) and identified their relationships based on the gene co-expression network and PPI network in cattle. Then, we constructed the two types of gene network databases and network visualization system (http://www.nabc.go.kr/cg). We used a gene co-expression network analysis from the bovine expression value of bovine genes to generate gene co-expression network. PPI network was constructed from Human protein reference database based on the orthologous relationship between human and cattle. Finally, candidate genes and their network relationships were identified in each trait. They were typologically centered with large degree and betweenness centrality (BC) value in the gene network. The ontle program was applied to generate the database and to visualize the gene network results. This information would serve as valuable resources for exploiting genomic functions that influence economically and agriculturally important traits in cattle.

Minimac3와 Beagle 프로그램을 이용한 한우 770K chip 데이터에서 차세대 염기서열분석 데이터로의 결측치 대치의 정확도 분석

안나래(Na-Rae An),손주환(Ju-Hwan Son),박종은(Jong-Eun Park),채한화(Han-Ha Chai),장길원(Gul-Won Jang),임다정(Dajeong Lim) 한국생명과학회 2018 생명과학회지 Vol.28 No.11

DNA 염기서열의 발전과 많은 단일염기서열변이 정보(Single Nucleotide polymorphism, SNP)의 발굴은 유전분석을 가능하게 만들었다. 단일염기서열변이 정보가 사람의 유전체뿐만 아니라 가축의 유전체에서도 이용할 수 있게 됨에 따라서 SNP 칩 마커를 통해 유전자형의 분석이 가능하게 되었다. 여러 유전자형 대치프로그램 중에서도 Minimac3 소프트웨어는 비교적 정확성이 높고, 계산의 효율성을 위해 분석을 단순화하여 유전자형의 결측치 대치 분석 시간을 단축시킨다. 따라서 본 연구에서는 Minimac3 프로그램을 사용하여 한우 1,226두 770K SNP 칩데이터와 311두 차세대 염기서열분석 데이터를 이용하여 유전자형 결측치 대치를 실행해 보았다. 그 결과 염색체별 정확도는 약 94~96%의 정확도를 나타냈으며, 개체별 정확도는 약 92~98%의 정확도를 나타냈다. 유전자형의 결측치 대치의 완료 후, R Square (R²) 값이 0.4 이상인 SNP는 총 SNP의 약 91%였다. R2 값이 0.6 이상인 SNP는 84%였으며, R² 값이 0.8 이상인 SNP는 70%였다. 대립유전자형빈도 차이를 기준으로 (0, 0.025), (0.025, 0.05), (0.05, 0.1), (0.1, 0.2), (0.2, 0.3), (0.3, 0.4), (0.4, 0.5)의 7구간에 해당하는 R2 값은 64~88%였다. 결측치 대치의 총 분석 시간은 약 12시간이 걸렸다. 추후의 유전체 데이터 세트의 크기와 복잡성이 증가하는 SNP 칩 연구에서 Minimac3를 사용한 유전체 결측치 대치법은 한우의 판별에 있어서 칩 데이터의 신뢰도를 향상 시킬 수 있을 것으로 본다. Whole genome analysis have been made possible with the development of DNA sequencing technologies and discovery of many single nucleotide polymorphisms (SNPs). Large number of SNP can be analyzed with SNP chips, since SNPs of human as well as livestock genomes are available. Among the various missing nucleotide imputation programs, Minimac3 software is suggested to be highly accurate, with a simplified workflow and relatively fast. In the present study, we used Minimac3 program to perform genomic missing value substitution 1,226 animals 770K SNP chip and imputing missing SNPs with next generation sequencing data from 311 animals. The accuracy on each chromosome was about 94~96%, and individual sample accuracy was about 92~98%. After imputation of the genotypes, SNPs with R Square (R²) values for three conditions were 0.4, 0.6, and 0.8 and the percentage of SNPs were 91%, 84%, and 70% respectively. The differences in the Minor Allele Frequency gave R2 values corresponding to seven intervals (0, 0.025), (0.025, 0.05), (0.05, 0.1), (0.1, 0.2), (0.2, 0.3). (0.3, 0.4) and (0.4, 0.5) of 64~88%. The total analysis time was about 12 hr. In future SNP chip studies, as the size and complexity of the genomic datasets increase, we expect that genomic imputation using Minimac3 can improve the reliability of chip data for Hanwoo discrimination.

한우 태아기 6, 9개월령 등심 조직의 전사체 분석을 통한 근생성 및 지방생성 관여 유전자 발굴

정태준(Taejoon Jeong),정기용(Ki-Yong Chung),박원철(Woncheol Park),손주환(Ju-Hwan Son),박종은(Jong-Eun Park),채한화(Han-Ha Chai),권응기(Eung-Gi Kwon),안준상(Jun-Sang Ahn),이지웅(Jiwoong Lee),임다정(Dajeong Lim),Mi-Rim Park 한국생명과학회 2020 생명과학회지 Vol.30 No.1

동물의 근섬유는 배아기와 태아기를 거치며 형성하게 되며 출생 후에는 상처 치유를 위한 것 외에 근섬유 수를 늘리는 순수한 근섬유 형성은 없으며, 이미 존재하고 있는 근섬유의 비대로 근육의 성장이 이뤄진다. 따라서 태아기의 근육의 성장과 발달이 성체의 근육량 및 조성에 미치는 영향이 매우 크며 이 시기에 발현되는 유전자 및 기능을 구명하는 것은 최종적으로 육질, 육량에 개선시키기 위한기초 자료로 활용될 수 있을 것이다. 하지만 한우에서의 연구는 전무한 실정이다. 본 연구는한우 태아기 성장 단계별 근육의 성장과 발달에 관여하는 유전자를 찾기 위한 전사체 분석을 수행하였다. 한우 태아기 6, 9개월령 등심 조직 시료에서 생산한 전사체 자료를 대상으로 DESeq2와 edgeR을 활용하여 성장단계별 유전자의 발현량을 분석하여 차등발현유전자군을 추출했으며, 2개 소프트웨어서 공통적으로 추출된 유전자군(6개월령 특이 발현 유전자 913개, 9개월령 특이 발현 유전자 233개)을 차등발현유전자로 구명 하였다. 차등발현유전자군으로 분류하였다. 차등발현유전자군을 활용하여공발현 유전자 네트워크 분석을 구성하였으며, 유사한 발현 양상을 보이는 유전자들을 그룹화하여 6개월령 특이 발현 유전자군 5개, 9개월령 특이 발현 유전자군 2개의 모듈로 분류했다. 각 모듈은 Gene Ontology (GO) 및 KEGG pathway 분석으로 유의한 기능을 확인하였다. 그 결과, 한우 태아기 6, 9개월령 특이 발현 유전자 네트워크 중, 근육과 지방생성 대사회로와 관련된 2개의 모듈에 대해 네트워크 내에 허브 유전자를 선정할 수 있었다. STRING을 활용하여 단백질 상호작용 네트워크를 구성하고, MCC (maximal clique centrality) 점수를 활용하여 상위 10%의 유전자들을 공발현 분석의 모듈내 허브 유전자로 선정하였다. 그 결과 6개월령 특이 발현 유전자군의 모듈에서는 axin1(AXIN1) 유전자, 9개월령 특이 발현 유전자군 모듈에서는 succinate-CoA ligase ADP-forming beta subunit (SUCLA2) 유전자가 허브 유전자로 확인되었다. AXIN1 유전자는 선행 연구를 통해 6개월령에서 9개월령으로 넘어가면서 근섬유 수의 증식이 억제되고 지방생성이 활발히 이뤄지는 것에 핵심적인 역할을 하는 것으로 추정할 수 있었다. 또한, 시트르산 회로의 중요 요소인 SUCLA2 유전자는 소의 태아기 지방 조직 성장단계에 따라 유전자의 발현이 증가된다는 보고에 따라, 지방 대사와 관련된 유전자임을 알 수 있었다. 추후 한우 태아기 6, 9개월령에 특이적으로 발현된 유전자들을 대상으로 근육 및 지방 형성 관련 기능을 검증하는 후속 연구가 필요할 것이다. The prenatal period in livestock animals is crucial for meat production because net increase in the number of muscle fibers is finished before birth. However, there is no study on the growth and development mechanism of muscles in Hanwoo during this period. Therefore, to find candidate genes involved in muscle growth and development during this period in Hanwoo, mRNA expression data of longissimus in Hanwoo at 6 and 9 months post-conceptional age (MPA) were analyzed. We independently identified differentially expressed genes (DEGs) using DESeq2 and edgeR which are R software packages, and considered the overlaps of the results as final-DEGs to use in downstream analysis. The DEGs were classified into several modules using WGCNA then the modules’ functions were analyzed to identify modules which involved in myogenesis and adipogenesis. Finally, the hub genes which had the highest WGCNA module membership among the top 10% genes of the STRING network maximal clique centrality were identified. 913(6 MPA specific DEGs) and 233(9 MPA specific DEGs) DEGs were figured out, and these were classified into five and two modules, respectively. Two of the identified modules’(one was in 6, and another was in 9 MPA specific modules) functions was found to be related to myogenesis and adipogenesis. One of the hub genes belonging to the 6 MPA specific module was axin1 (AXIN1) which is known as an inhibitor of Wnt signaling pathway, another was succinate-CoA ligase ADP-forming beta subunit (SUCLA2) which is known as a crucial component of citrate cycle.