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        • KCI등재

          MarSel : 대용량 SNP 일배체형 데이터에 대한 연관불균형기반의 tagSNP 선택 시스템

          김상준,여상수,김성권,Kim Sang-Jun,Yeo Sang-Soo,Kim Sung-Kwon 한국정보처리학회 2006 정보처리학회논문지 A Vol.13 No.1

          최근 인간의 다양성과 SNP과의 연관연구에 드는 비용을 줄이기 위해서, 최소의 tagSNP을 선택하는 문제를 해결하기 위한 연구가 이루어지고 있다. 일반적으로 많은 수의 SNP들을 여러 블록으로 분할하여 각 블록 내에서 tagSNP을 선택하는 접근방법이 사용되고 있다. 본 논문에서 구현된 MarSel은 기존의 블록분할 접근 방법의 문제로 볼 수 있는 생물학적 의미의 부족을 해결하고자, 연관불균형(Linkage Disequilibrium, LD)의 개념을 도입한 시스템이다. 기존의 접근방법에서는 생물학적으로 재조합(recombination)이 일어나지 않는 연속된 구간에서도 여러 블록으로 나누어지는 문제가 생겼던 반면, MarSel에서는 연관불균형 계수 |D'|에 의해서 연속된 구간이 하나의 블록으로 유지된 상태에서 tagSNP을 선택하게 된다. 또한 MarSel에서는 각 블록 내에서 tagSNP을 선택 할 때에 엔트로피(entropy) 기반의 최적해 알고리즘을 이용함으로써 최소한의 tagSNP 선택을 보장하게 되며, 기존의 구현된 시스템들보다 더 많은 양의 데이터를 효율적으로 처리할 수 있도록 구현되었기 때문에 염색체 레벨의 연관 연구도 가능하게 해준다. Recently the tagSNP selection problem has been researched for reducing the cost of association studies between human's diversities and SNPs. General approach for this problem is that all of SNPs are separated into appropriate blocks and then tagSNPs are chosen in each block. Marsel in this paper is the system that involved the concept of linkage disequilibrium for overcoming the problem that the existing block partitioning approaches have short of biological meanings. In most approaches, the contiguous regions, which recombinations have LD coefficient |D'| and then tagSNP selection step is performed. And MarSel guarantees the minimum tagSNP selection using entropy-based optimal selection algorithm when tagSNPs are chosen in each block, and enables chromosome-level association studies using efficient memory management technique when input is very large-scale dataset that is impossible to be processed in the existing systems.

        • SCOPUSKCI등재

          원보 : 고욤나무 잎으로부터 활성유도 분획법에 의한 α-Glucosidase 저해물질 분리 및 확인

          김상준 ( Sang Jun Kim1 ),김지애 ( Ji Ae Kim ),김다혜 ( Da Hye Kim ),곽설화 ( Seol Hwa Kwak ),유강열 ( Kang Yeol Yu ),장선일 ( Seon Il Jang ),김선영 ( Seon Young Kim ),정승일 ( Seung Il Jeong ) 한국생약학회 2015 생약학회지 Vol.46 No.2

          To establish the anti-diabetic(α-glucosidase inhibitory) activity of D. lotus leaf extract, isolate and identify the constituents responsible for the activity. The methanolic extract of leaves was partitioned between water, n-butanol and ethyl acetate. Bio-assay guided fractionation, based on inhibition of α-glucosidase, allowed isolation and identification of the active components. Liquid chromatography/mass spectrometry(LC/MS), 1 H-NMR and 13 C-NMR spectra analyses demonstrated that the active compound was myricetin-3-O-α-L-rhamnoside(1). Compound 1 demonstrated a strong inhibition on the α-glucosidase, in vitro and α-glucosidase inhibitory value was calculated as 98.08%, when that of a reference drug, acarbose was estimated as 83.03%. The present study indicates compound 1 could be considered as an α-glucosidase inhibitor and developed as an important antidiabetes agent for type II diabetes therapy.

        • Creeping Bentgrass의 생육을 위한 예지물 발효 액상비료의 효과

          김상준,김두환,이상국,Kim, Sang-Jun,Kim, Do-Whan,Lee, Sang-Kook 한국잔디학회 2011 한국잔디학회지 Vol.25 No.2

          유기질비료(Organic fertilizer)는 천연유기질(Natural organic) 비료와 합성유기질(Synthetic organic) 비료로 구분이 된다(Christians, 2011). 천연유기질비료의 장점은 그동안의 선행 연구를 통해서 많이 보고되어왔다. 그러나 예지물을 이용한 시비효과에 대한 연구결과는 제한적이다. 본 연구는 예지물을 발효시켜 제조된 천연유기질비료로서의 액상비료가 putting green에 많이 사용되고 있는 Creeping bentgrass 생육에 미치는 영향을 알아보기 위해서 수행하였다. 액상비료는 Kentucky bluegrass로부터 수거된 예지물을 모아 부숙 과정 없이 미립자로 분쇄한 후 $28^{\circ}C$에서 약 2개월간 발효시킨 후 생성된 발효액에 유용미생물(Effective Microorganism, EM) 군으로 제조된 활성액을 3% 혼합하여 제조하였다. 잔디에 대한 각 질소의 시비효과는 National Turfgrass Evaluation Program (NTEP)에서 제시한 방법에 준하여 잔디의 품질을 시각적평가를 통해 매 2주마다 조사하였다(1=worst, 9=best, and 6=acceptable). LF와 NO와의 비교에서 고온기간인 8월 20일과 9월 3일에 각각 LF가 NO에 비해 더 좋은 품질을 보여주었다. Urea가 고온기간에 비료피해가 나타난 것에 비교하여 LF의 경우 고온기간동안 비료피해가 나타나지 않았다. Organic fertilizers are divided into natural organic and synthetic organics. The benefits of natural organic fertilizer were reported from the previous researches. However, the limited research results about clippings as a source of natural organic fertilizers were reported. The objective of the research to investigate effects of liquid fertilizer produced from fermented clippings for creeping bentgrass growth. Liquid fertilizer (LF) produced was used for the research to be compared with Urea and two natural organic fertilizers of different source (NO-1 and NO-2). Creeping bentgrass (Agrostis stolonifera L., L-93) was used for the study. Turfgrass quality was measured by visual evaluation every two weeks from June to October, 2011 using a scale of 1 to 9 (1=worst, 6=acceptable, and 9=best). Turfgrass disease damage was measured by percent of area damaged when a turfgrass disease occurred. LF produced lower damage than NO and urea when temperature was high. Although NO-2 produced the highest or equal to the highest turfgrass quality in June and October, LF had the highest or equal to the highest quality from July to September.

        • KCI등재

          오가나무 잎, 줄기의 항산화 및 항당뇨 효능 분석

          김상준,김지애,김솔,윤종웅,김홍석,한상섭,김선영,정승일,Kim, Sang-Jun,Kim, Ji-Ae,Kim, Sol,Youn, Jong-Ung,Kim, Seok Hong,Han, Sang-Sub,Kim, Seon-Young,Jeong, Seung-Il 한국생약학회 2019 생약학회지 Vol.50 No.2

          The aim of this study was to investigate the potential of Acanthopanax sieboldianum (Makino) Koidz (ACS) as a potent antioxidant and antidiabetic agent. The antioxidative and alpha-glucosidase inhibitory activities were examined using the methanol extracts and solvent fractions from ACS-leaf and ACS-stem. Antioxidative activities were measured by in vitro methods such as DPPH and ABTS radical scavenging activity and superoxide dismutase (SOD) activity. When the chloroform and ethyl acetate fractions of ACS-leaf and ethyl acetate fractions of ACS-stem were compared with the control, the SOD-like activity was impaired even at the low treatment concentrations. In addition, the ethyl acetate fractions of ACS-leaf and ACS-stem showed alpha-glucosidase inhibition activities at low treatment concentrations. Analysis of the major components in the fractions of ACS-leaf and ACS-stem was also performed using HPLC. Finally, astragalin, isoqurecetin, chlorogenic acid and caffeic acid contents were measured. Based on this work, we propose that ACS-leaf and ACS-stem have great potential as natural antioxidant and antidiabetic materials related to health benefits.

        • 목성, 토성, 타이탄의 근적외선 고분산 분광선 연구

          김상준,Kim, Sang-Jun 한국천문학회 2010 天文學會報 Vol.35 No.1

          2001년부터 목성, 토성, 타이탄을 관측하여 얻은 근적외선 고분산 분광선에 대한 자료들을 요약하고, 이들 데이터에서 도출된 연구 결과들을 정리하였다. 특히 3 마이크론 근처에서 혜성이나 성간물질 등에서 종종 나타나는 C-H stretching band와 비슷한 분광구조를 확인하였다. 이 분광구조는 행성계 물체의 연무나 구름 입자 속에 포함하고 있는 유기분자 때문이라고 유추된다. 이 파장 영역은 강한 대기 흡수 때문에 많은 관측자들이 기피하던 영역이었는데, 근래에 들어 고분산 분광기의 발달로 대기흡수선 사이를 통해 이들 천체들의 자세한 분광구조를 알 수 있게 되었다. 이번 발표에서 목성, 토성, 타이탄 분광 구조의 다른 점과 같은 점을 보여주고, 이 파장 영역에서만 도출할 수 있는 유용한 과학적 결과를 강조하고자 한다.

        • 전자저널 빅딜 계약의 연구 동향과 대안 탐색

          김상준,김정환,Kim, Sang-Jun,Kim, Jeong-Hwan 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2011 정보관리연구 Vol.42 No.1

          The purpose of this study was to seek a workable alternative to replace a big deal related to the journal budget for the maintenance of academic libraries with the largest issue on the E-journal consortium. The contents of this study was to present it. It had examined the current situation, strengths, weaknesses and corresponding to replace the big deal contract. After reviewing the literature, we looked into the alternative activities for the big deal such as open access-based, usage-based, consortium improvement-based, publishers lead, and other models. As a result, the 'consortium cost reapportion model' was an alternative for the KESLI. The alternative was in the short term for cost division format, but long-term oriented for a consortium single(bloc) payment type or national licence model. The model was based on the data from the last year. It had evaluated download the PDF and HTML documents, but the three times weighting more than others, and the rest of 14 factors of 0.5 to 5 out of 100 total score. The total amount negotiated by national units 10, 20 and 30 grades for the final step was allocated to the participating library on the KESLI consortium. 본 연구의 목적은 빅딜 계약이 큰 비중을 차지하면서 전자저널 컨소시엄 유지를 위한 예산 확보가 학술도서관의 최대 이슈로 자리 잡은 상황에서 빅딜 계약의 대안을 탐색하는 것이다. 이를 위해 빅딜 계약의 현황, 장단점, 문제점에 대한 대응을 토대로 빅딜 계약을 대체하는 다양한 모델을 조사하였다. 문헌연구를 통해 빅딜 계약의 대안을 OA 기반, 이용량 기반, 컨소시엄 개선 기반, 출판사 주도, 기타 등으로 살펴본 후 KESLI를 위해 단기적으로 Cost division 형식이지만 중장기적으로 보다 강화된 컨소시엄을 기반으로 Single(bloc) payment 형식이나 National licene 형식을 지향하는 '컨소시엄 비용 재배분 모델'을 대안으로 제시하였다. '컨소시엄 비용 재배분 모델'은 최근 1년분의 각종 데이터를 기초로 PDF와 HTML 다운은 3배의 가중치를 부여하되 나머지 14개 요소는 각 요소별 0.5점부터 5점까지로 총 100점 만점으로 합산해 자관 총점의 순위에 따라 국가 단위로 협상된 KESLI 총액을 10, 20, 30 등급으로 확정해 최종 협상된 금액에 맞게 다시 배분하여 구독액을 결정하는 방식이다.

        • 전자저널 컨소시엄의 당면과제와 해결방안 모색

          김상준,Kim, Sang-Jun 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2010 정보관리연구 Vol.41 No.4

          본 연구는 KESLI 컨소시엄을 안정적으로 운영하기 위한 실천 가능한 대응 전략을 마련하도록 유도하려는 연구목적에 따라 외국 문헌연구를 통해 전자저널 컨소시엄의 당면과제를 국내와 비교하여 해결방안을 도출하였다. 연구된 주요 당면과제는 학술커뮤니케이션 변화와 전자저널 비중 증대, 빅딜 계약중심의 컨소시엄 가격 모델 성행, 컨소시엄의 가격 인상과 예산 확보 곤란, 이용통계 표준화에 의한 분석 결과의 활용, 아카이빙 및 아카이브 보장의 불확실성, 계약과 서비스 조건의 외부 공개 가능성 등 6개 항목으로 정리하였다. 연구결과 국내외 전자저널 컨소시엄 연구동향과 이슈는 대체로 유사하지만 내용과 연구의 깊이는 달라 국내에서 전자저널 컨소시엄에 대해 더 많은 연구와 보고가 KESLI를 중심으로 이루어져 합리적 인식과 과학적 근거에 기반한 문제제기와 대안제시가 실무현장에서 더 활성화될 필요가 있었다. This study was aimed to establish a workable strategies to operate KESLI consortium reliably. To encourage the research purposes, it was mainly investigated international literature on current challenges for the e-journals consortium in comparison with the domestic implications. Major issues and challenges are divided to six items by scholarly communication changes and e-journals percentage increase, a big deal for a contract -based consortium pricing model in vogue, a consortium of the price hikes and making budget difficulties, use the standard statistics by the results of the use, archiving and archive security uncertainty, and contracts public availability of such external conditions. As a result, the international challenges of E-journals consortium was similar to KESLI, but the depth of information and research on domestic was weaker than the international research. To see more research and a rational perception based on scientific evidence and alternatives that enable KESLI working in the field was needed to be.

        • KCI등재

          국내 학술지의 국제적 유통 활성화에 관한 연구 - 의학과 생명과학 분야를 중심으로 -

          김상준,Kim Sang-Jun 한국문헌정보학회 2006 한국문헌정보학회지 Vol.40 No.2

          오픈 엑세스 학술지의 등장과 같은 학술 커뮤니케이션 변화에 따라 국내 학술지의 현황을 조사하고, 품질을 높이며, 유통을 활성화시키는 연구는 매우 중요하다. 본 연구는 의 생명 분야 국내 학술지의 구독, 소장, 이용, 인용 등 국제적 유통 활성화 방안의 제시를 목적으로 수행되었다. 이를 위해 3개 그룹 각 30종씩 모두 90종의 학술지를 대상으로 도출된 4개 국제적 유통 활성화 요인으로 구분하여 34개 세부 조사도구를 문헌과 홈페이지 및 데이터베이스를 이용하여 조사하였다. 연구결과 국내 학술지가 국제적 유통망에 진입하여 활성화되기 위해서는 국제적 수준의 학술지를 발행하고, 학술지의 국제적 존재 인식과 이용률을 제고하고, 학술지의 국제 구독률과 소장률을 향상시키고, 전자 원문의 신속하고 편리한 제공과 정보화 기술을 확보하도록 학술 커뮤니케이션 관계자가 모두 노력해야만 한다. It is essential to conduct an analysis of superior journals, facilitate the international distribution of domestic journals, and determine an effective way to promote a journal's international distribution. This study seeks to determine an effective approach to the international distribution of Korean medical and life science journals and investigates the bibliographies, home pages, and databases about four international distribution factors with regard to 90 journals arranged into three categories. For the effective way of distributing domestic journals internationally, we should develope Korean journals with international standards, record the journals' articles in international and domestic databases, raise the rate of international subscription and holding journals. and publish electronic journals linking their electronic files with many databases.

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