RAPD 분석법에 의한 한국형 대장균파아지와 미국형 대장균파아지의 분자적 계통분류

권오식(Oh-Sik Kwon) 대한의생명과학회 2000 Biomedical Science Letters Vol.6 No.2

분리한 한국형 대장균파아지군 (ΦC1, ΦC2, ΦC3 및 ΦC4)과 잘 알려진 미국형 대장균 파아지군 (Φ T2, Φ T4, Φ T5, Φ T7 및 Φ λ)의 유전적 유연관계를 조사하기 위하여 분자적 계통분류를 위한 방법인 RAPD-PCR을 실시하고 컴퓨터분석을 하였다. 그 결과, 9개의 대장균파아지들은 5개의 그룹으로 나뉘어지면서 한국형 대장균파아지들만이 그들간의 유전적 유사도가 매우 높으면서 하나의 클러스터를 형성하였다. 반면 미국형 대장균파아지들은 오직 하나의 서브클러스터를 가지며 나누어졌다. 즉, 미국형 대장균파아지 중 Φ T2와 Φ T4 (Teven 파아지)만이 하나의 서브클라스터를 형성하면서 Φ T5, Φ T7 및 Φ λ들과 뚜렷히 구분되고 있었다. 그리고 한국형 대장균파아지들은 미국형 대장균파아지 중 오직 Φ λ와 유전적 유연관계를 갖고 있음을 확인하였다. 한편 한국형 대장균파아지의 게놈의 크기는 25,000 bp~35,000 bp 정도 였으며, 이 중 Φ C2가 그 크기가 가장 작고 Φ C1이 가장 컸다. 그리고 Φ C3과 Φ T4의 게놈은 중간 크기로 비슷하였다. RAPD-PCR was applied to identify the phylogenetic relationship between isolated Korean-type coliphages (Φ C1, Φ C2, Φ C3 and Φ C4) and well-known American coliphages (Φ T2, Φ T4, Φ T5, Φ T7 and Φ λ). Subsequently, a computer analysis was carried out with the results of RAPD-PCR. As a result, 9 individuals were divided into five groups. The Korean-type coliphages formed a single cluster which showed very high genetic similarity but the American-type coliphages revealed very low genetic similarity among them. In particular, the Φ T2 and Φ T4 (Teven phages) made one sub-cluster among American coliphages, and they were very distant from Φ T5, Φ T7 and Φ λ. However, Φ λ made a cluster with the Korean-type coliphages that we isolated. The genome size of Korean-type coliphages was ranged from 25,000 bp to 35,000 bp. Among them, the genome of Φ C2 was the smallest and that of Φ C1 was the biggest, while others were in the middle of the size.

DNA 중합효소 연쇄반응을 이용한 한국형 젖소 면역결핍 바이러스의 검출

권오식(Oh-Sik Kwon) 대한의생명과학회 1999 Biomedical Science Letters Vol.5 No.1

젖소 면역결핍 바이러스 (BIV)는 젖소에게 여러 가지 면역결핍증후군을 야기하는 렌티바이러스 (역전사효소 바이러스의 아군)로서 국내에서는 이에 대한 연구나 보고가 진행된 바 없다. 본 연구에서는 BIV가 다른 젖소의 역전사효소 바이러스인 젖소 백혈병바이러스 (BLV)와 동시 감염되고 (5% 정도) 있는 점을 착안해 우선 대구ㆍ경북지역의 소의 BLV 감염실태를 조사해 BLV가 감염된 젖소를 대상으로 BIV 감염상태를 알아보았다. 먼저 10회에 걸쳐 젖소와 황소 248마리의 혈액을 채취해 BLV와 BIV의 숙주세포가 되는 말초혈액 단핵구 (peripheral blood monocytes, PBMC)를 분리하고, 이를 이용해 DNA 중합효소 연쇄반응 (PCR)과 Southem blot 분석법을 통해 BLV와 BIV의 존재여부를 조사하였다. 그 결과 조사대상 젖소의 66.9% (81/121) 이상이 BLV에 감염되어 있음을 PCR 검사를 통해 알 수 있었으며, 이는 Southern blot법으로 재차 확인되었다. 이 결과는 종래에 보고된 대구ㆍ경북지역에서의 BLV 감염율인 27~30%보다 2배 이상 높은 수치로서, (1) 우리가 사용한 방법들 (PCR & Southern blot법)이 분자생물학적 연구방법인 관계로 고도의 특이성 (specificity)을 지녔기 때문이며 (2) 지난 10년간 조사 대상지역인 대구ㆍ경북지역 내에서 젖소들에게 지속적으로 BLV 감염이 증가하였기 때문으로 본다. 한편 이들 BLV positive PBMC의 chromosomal DNA를 사용해 BIV의 검출을 시도한 바, lot 3C 샘플은 BLV에 100% 감염되어 있음과 동시에 그 일부가 BIV에 감염되어 있음을 PCR 방법을 통하여 확인할 수 있었다. Bovine immunodeficiency virus (BIV) which was grouped into the Lentivirinae of family Retroviridae, was known to be causing many immunodeficiency syndromes among cows. The BIV was studied worldwide during last several years for its importance in cattle industries but nothing was reported in Korea until now. Thus we initially tried to study the existence of BIV in cattle around the DaeguㆍKyungpook area by PCR related molecular techniques. As a prerequisite investigation for detecting Korean-type BIV, we had focused our aim into BLV infected cows because the BLV infected cows tend to show BIV infection with 5% ranges. Hence we randomly sampled fresh bloods from 248 cows and bulls near the DaeguㆍKyungpook area and collected peripheral blood monocytes (PBMC) from the sample bloods. After extracting genomic DNA from the PBMC, we subjected it to PCR and Southern blot analysis for BIV/BLV detection. Overall, 66.9% (81/121) of the cow PBMC samples turned out to be BLV positive by PCR and the result was reconfirmed by Southern blot analysis. The value was two times higher than the previously reported results of BLV infection in Korea. The significant difference was mainly due to 1) applying highly specific methods for BLV detection such as PCR 2) that BLV was continuously spreaded in the DaeguㆍKyungpook area without any notice during last ten years. We also tested the BLV positive samples with the same techniques for BIV detection. And we found some BIV positives among the lot 3C samples by PCR, which had showed 100% BLV positive.

유산균 Lactobacillus 종간의 분류를 위한 RAPD 분석법의 매개변수에 관한 연구

권오식,유민,이삼빈,Kwon, Oh-Sik,Yoo, Min,Lee, Sam-Pin 한국미생물학회 1998 미생물학회지 Vol.34 No.1

유산균 Lactobacillus의 종들을 사용하여 random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석법에 영향을 미치는 여러 매개변수들을 조사하였다. 그람 양성균인 Lacrobacillus의 chromosomal DNA를 가장 온전한 형태로 분리하기 위하여, 세포벽 분해효소인 mutanolysin(250 U/ml)을 1시간 처리한 후 lysozyme(30,000 U/ml)을 추가로 1시간 더 처리했을 때 다량의 온전한 chromosomal DNA를 얻을 수 있었다. 이 분리된 chromosomal DNA를 template로 하여 RAPD 분석법의 몇 가지 매개변수를 조사한 결과, 사용한 시료 DNA와 Taq DNA polymerase의 양에 따라 특정한 RAPD 밴드의 농도가 증가되는 것을 알 수 있었다. 또한 primer의 양을 증가시켰을 때 역시 새로운 RAPD 밴드가 증가되었으며, 특히 2가지 이상의 매개변수를 적용하였을 경우 나타나는 RAPD 밴드의 수는 크게 차이가 났다. 한편 사용한 primer의 종류에 따라 나타나는 RAPD 밴드의 수가 변화하였는데 이는 primer의 G/C양과 무관하였다. A study was carried out to understand some parameters affecting on RAPD analysis with Lactobacillus species. From the results, we found that appearance of specific DNA bands were very influenced by the concentration of $MgCl_2$ but it was overcome by applying enough amount of Taq DNA polymerase. Other parameters such as concentrations of template DNA, random primers and Taq DNA polymerase have enhanced the production of specific DNA bands by increasing their concentration applied. However, we noticed that G/C contents of random primers did not show any correlations with number of specific RAPD bands generated but the RAPD results were heavily influenced by the characteristics of the random primers, that is, the sequences of the oli.

유전자 조작 , 균주분리 Lactobacillus casei YIT 9018 의 Shuttle Vector 개발을 위한 분자유전학적 연구

유민,남진식,권오식,백영진 ( Min Yoo,Jin Sik Nam,Oh Sik Kwon,Young Jin Baek ) 한국미생물생명공학회 1997 한국미생물·생명공학회지 Vol.25 No.5

마루운동 손짚고 앞돌아 몸펴 앞공중 1회 비틀기동작의 운동학적 분석

이용식 ( Yong Sik Lee ),백진호 ( Jin Ho Back ),권오식 ( Oh Seok Kwon ) 한국스포츠정책과학원(구 한국스포츠개발원) 2012 체육과학연구 Vol.23 No.2

쥐 뇌에서 발현되는 S-100 Beta 유전자의 Polymorphism에 대한 분자생물학적 증거

신송우(Song-Woo Shin),권오식(Oh-Sik Kwon),유민(Min Yoo) 대한의생명과학회 1998 Biomedical Science Letters Vol.4 No.2

쥐 뇌에서 발현되는 S-100 beta 유전자의 다형현상을 조사하였다. Polymerase chain reaction을 위한 주형으로는 뇌에서 분리한 mRNA를 직접 역전사한 cDNA, 또는 rat brain cDNA library에서 분리한 phage DNA를 사용하였다. 증폭된 DNA 절편들은 크기가 기존에 보고되었던 것과 일치하였으나 DNA sequencing을 통한 세부적인 분석 결과 coding region 내에 염기변화 (CAT가 CAC로 변함)가 있음이 확인되었다. 그러나 이들은 모두 histidine을 결정하는 유전암호이기에 단백질의 1차구조에는 아무런 영향을 미치지 않는 다형현상으로 결론지어졌다. 본 연구는 S-100 beta 단백질에 그동안 알려지지 않았던 다형현상이 존재함을 시사하는 것으로서 S-100 beta 효소 유전자의 전체적인 구조를 이해하기 위한 학문적 자료가 될 것으로 기대된다. We examined mRNAs, isolated from the rat brain, to ascertain if there is any polymorphism for S-100 beta protein gene. As templates for polymerase chain reaction (PCR) the reverse-transcribed cDNA from the rat brain or phage DNAs isolated from the rat brain cDNA libraries were used. Although PCR products turned out to be exactly same as the expected size based on the previously reported mRNA sequence a single base substitution (CAT to CAC) was identified at nucleotide level. This change was considered as polymorphism since it did not cause any change of the primary structure for S-100 beta protein. This result should facilitate the understanding of the overall structure of the gene for S-100 beta protein.

서비스드 레지던스형 기숙사 선택속성이만족도와 재이용의도에 미치는 영향

문진욱 ( Jin Uk Moon ),권오식 ( Oh Sik Kwon ),조민호 ( Min Ho Cho ) 대한관광경영학회 2016 觀光硏究 Vol.31 No.2

본 연구는 서비스드 레지던스형 기숙사 선택속성이 만족도와 재이용의도에 미치는 영향을파악하는데 목적을 갖고 서울소재 서비스드 레지던스형 기숙사(S대, K대, S대)의 거주경험이 있는 310명을 대상으로 실증 조사하였다. 검증결과 생활편의속성, 문화여가속성, 건축속성은 만족도에 통계적으로 유의한 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났으며 주거속성, 학습속성, 운영속성은 통계적으로 유의한 부(-)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 그리고, 만족도가 재이용의도에 미치는 영향에 대해서는 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 서비스드레지던스형 기숙사의 선택속성이 재이용의도에 미치는 영향에서 부(-)의 영향을 미치는 것으로 나타났으나 세부 요인중 주거속성과 운영속성은 재이용의도에 정(+)의 영향을 미치는것으로 파악되었다. 이와 같은 결과는 만족에 있어 호텔과 같은 숙박산업의 연구 결과와 일치하는 요인들이 많이 있으며, 흥미로운 점은 대학생의 기숙사 재이용의도에 있어 세부적으로 단순한 주거의 목적의 요인만이 영향을 주며 만족과 재이용의도에 영향을 주는 선택속성이 다르게 나타난다. 이는 학교 측에서 기숙사에 투자를 하면서 가지고자하는 가치가 대학생들이 가지는 기숙사에 대한 가치가 차이를 보이며 효율적인 면에서 떨어지는 것이라 보인다. The purpose of this study is to measure the importance of a Serviced residence dormitory when tenants chose and how to relate with customer satisfaction and revisit intention positively. Furthermore, the author organized conceptual model, and the analysis was enforced by structural equation modeling to test the hypotheses. In total, 310 customers, who visited serviced residence dormitory in Korea, were surveyed the questionnaire in this study. This study leads to important conclusions as follows. First, draw at six factors of selected attribution of serviced residence dormitory. Second, Three Selection (Factor 3, 4, 6) Factors influence to customer satisfaction. Other Two (Factor 1, 2, 5) factors do not influence to customer satisfaction. Third, Serviced residence dormitory customer satisfaction influence to customer revisiting. Fourth, Selected attribution do not influence to customer revisit. as a result, satisfaction facts is similar with general accommodation study and revisiting factor that provide some interesting facts issue. Korean university student has only interesting to residential, operation factor that means interesting to classical accommodation function. it make to lose effective use of University investment to dormitory.

소구경 압입공사 굴착영향범위 산정을 위한 연구

이호(Lee, Ho),윤창기(Yoon, Chang Ki),권오식(Kwon, Oh Sik),주재광(Joo, Jae Kwang),김경우(Kim, Kyung Woo) 대한토목학회 2023 대한토목학회 학술대회 Vol.2023 No.10

소구경 압입공사 굴착영향범위 산정을 위한 연구

주재광(Joo, Jae Kwang),김경우(Kim, Kyung Woo),이호(Lee, Ho),윤창기(Yoon, Chang Ki),권오식(Kwon, Oh Sik) 한국유체기계학회 2023 유체기계 연구개발 발표회 논문집 Vol.2023 No.12

A Study on DNA Sequences and Mutation of Integrase Region of Korean-type Bovine Leukemia Virus (BLV) pol Gene

권오식,--,--,-- THE KOREAN SOCIETY FOR BIOMEDICAL LABORATORY SCIEN 2004 Journal of biomedical laboratory sciences Vol.10 No.1

Bovine leukemia virus (BLV) is a causative agent for lymphoma disease in cattle including cows worldwide. BLV shares similar virion structure and characteristics with other retroviruses. The pol gene of the BLV genome produced reverse transcriptase (RT) and integrase (IN) for important roles for BLV genome integration into host cell chromosomes that is known to be coded in the 3' side of the BLV pol gene (one third portion). In this study, we have sequenced 978 bp in the 3'side of the BLV pol gene from BLV 10C3 in order to determine the BLV IN region of it. And we compared it to the nucleotide sequences of an Australian BLV isolate. As a result, nucleotide sequences of the IN region of the Korean-type BLV pol gene were mutated at a rate of 3.7%. We can confirm that the typical mutations are such as Arg (AGG) → Lys(AAG), Thr (ACG) → Met (ATG), Ile (ATT) → Val (GTT), Asn (ACC) → His (CAC), Phe (TTT) → Leu (TTG) and Asn (ACC) → Asp (GAC). From the analysis of the sequencing data, we were able to determine the zinc-finger-like "HHCC" motif in the amino terminus of BLV IN, that was H-X_(3)-H-X_(25)-C-X_(2)-C. It was also found the DD35E motif in the IN catalytic domain as D-X_(56)-D-X_(35)-E. It fits very well to the consensus sequences of retroviral IN as well as HHCC motif.