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XML Schema를 이용한 병원정보교환시스템 HIES의 확장
홍동완(Dongwan Hong),노관준(KwanJun Noh),박진만(JinMan Park),김종덕(Jongduk Kim),윤지희(JeeHee Yoon) 한국정보과학회 2002 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.29 No.1B
최근 XML 문서는 여러 분야의 시스템에서 교환 표준으로 자리 잡고 있다. 의료 사업 분야에서도 병원 간 자료를 전송을 하는데 XML을 사용하는 것이 유용하며, HL7에서도 병원 간 외부 교환 표준으로 XML 문서를 선정하였다. 교환 매개인 XML 문서는 DTD를 이용하여 유효성을 검증할 수 있는 있으나, DTD는 구조 표현과 데이터 형식지원의 한계로 인하여 복합 구조의 의료 데이터를 표현하기에 부족한 점이 있다. 병원정보교환시스템 HIES는 기존 병원 내의 시스템 구조를 유지한 채 병원 내 진료과 간이나 외부 병원 사이에 의료 데이터를 전산 공유할 수 있는 시스템으로, 대부분 복합구조의 의료 데이터를 전송하게 된다. 본 논문에서는 XML DTD 기반으로 구축되었던 HIES를 XML Schema를 이용하여 확장함으로써, 전송 문서의 내부 구조 변경, 정보 공유 관리자 및 동적 스키마 처리, 정보 보안 분야에서 얻는 이점을 보인다.
홍동완(DongWan Hong),주한규(Hankyu Joo) 한국정보과학회 2001 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.28 No.2Ⅲ
국내외적으로 의료 데이터의 전산 자동화 처리에 관심과 노력이 기울여 진 후 대부분의 병원에 의료 정보 시스템이 보급되었다. 의료 데이터가 컴퓨터 시스템에 저장되어 병원 내 각 부서별 자원의 공유가 가능하거나 병원 간 자료 전송이 원활하게 이루어진다면 오프라인으로 처리 및 보관하는데서 발생하는 자료의 관리 노력과 비용을 절감할 수 있다. 또한 인터넷 전용선과 광케이블의 보급으로 인하여 원격 시스템 사용이 원활하게 진행될 전망이며, 의료 정보 시스템의 경우 원격 진료 및 환자 정보 검색이 가능하게 된다. 하지만 의료 데이터가 인터넷을 통해 전송될 경우 환자의 사생활 침해 및 의사와 환자 간의 비밀 보장이 파괴될 우려가 남아있게 된다. 데이터 접근 권한 및 데이터 전송에서 오는 보안 기법이 확립되어야 하나, 국내의 경우 의료 정보 유출에 대한 법령과 체계적인 지침 등이 미흡한 상태이다. 이에 본 논문에서는 전자 문서 교환 표준으로 제안되고 있는 XML을 이용하여 의료 데이터가 전송 공유 가능한 병원 정보교환 시스템(Hospital Information Exchange System : HIES)을 구축하고, 데이터 접근 및 전송에 적용 가능한 보안 기법을 소개하고 있다.
레퍼런스 시퀀스의 특성을 고려한 HLA 영역에서의 CNVR 탐지
이종근(Jongkeun Lee),홍동완(Dongwan Hong),윤지희(Jeehee Yoon) 한국정보과학회 2010 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.16 No.6
본 논문에서는 레퍼런스 시퀀스에 기가 시퀀싱데이터를 매핑하여 얻어지는 커버리지 데이터를 이용한 모양 기반의 단위반복변이 영역 (CNVR) 추출 방식을 제안한다. 제안하는 CNVR 검색 알고리즘은 후보 영역 추출 단계와 후처리 단계로 이루어진다. 후보 영역 추출 단계에서는 추출하고자 하는 CNV의 모양을 입력 변수로 조절하여 다양한 높이 및 크기를 갖는 CNV 후보 영역을 추출한다. 다음, 후처리 단계에서는 레퍼런스 시퀀스와 기가 시퀀싱 데이터에 포함되어 있는 시퀀싱 에러 문제를 보완하기 위하여, 레퍼런스 시퀀스의 에러 영역 보정, GC-content 영역 보정 등의 정제 과정을 거친 후, 최종 CNVR을 추출한다. 제안된 방식의 유용성을 보이기 위하여 "1000 게놈 프로젝트"에 의하여 공개된 실 데이터를 이용한 다양한 실험을 수행하였으며, DGV를 이용하여 추출된 CNVR의 정확도를 검증하였다. 실험 결과에 의하면 제안된 방식은 HLA 영역에 존재하는 반복되거나 결실되는 다양한 모양의 CNV를 효율적으로 검출하였다. In this paper, we propose a novel shapebased approach to detect CNV regions (CNVR) by analyzing the coverage graph obtained by aligning the giga-sequencing data onto the human reference sequence. The proposed algorithm proceeds in two steps: a filtering step and a post-processing step. In the filtering step, it takes several shape parameters as input and extracts candidate CNVRs having various depth and width. In the post-processing step, it revises the candidate regions to make up for errors potentially included in the reference sequence and giga-sequencing data, and filters out regions with high ratio of GC-contents, and returns the final result set from those candidate CNVRs. To verify the superiority of our approach, we performed extensive experiments using giga-sequencing data publicly opened by "1000 genome project" and verified the accuracy by comparing our results with those registered in DGV database. The result revealed that our approach successfully finds the CNVR having various shapes (gains or losses) in HLA (Human Leukocyte Antigen) region.
양정욱(JeongUk Yang),홍동완(DongWan Hong),윤지희(Jeehee Yoon),주한규(Hankyu Joo) 한국정보과학회 2001 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.28 No.2Ⅰ
HMS(Hallym Mediator System)는 XML을 기본 데이터 모델로 하여 인터넷에 산재하여 있는 분산 이질 정보에 대한 통합, 검색 기능을 제공하는 미디에이터 시스템이다. 분산이질 정보의 공통 스키마 구조로서 XML DTD를 사용하며, 각종 정보에 대한 가상의 통합 뷰(view) 생성 기능을 제공하여 웹 상의 통합된 가상 정보 구조를 표현한다. 실용성 및 성능평가를 위하여, HMS를 기반으로 하는 병원정보 통합/검색 시스템을 구현하였다. 병원정보 통합/검색 시스템은 가상접근 기법(virtual approach)기반의 정보검색 시스템으로서, 일반 사용자는 웹 상의 각종 병원 정보를 정보의 위치에 상관없이 비쥬얼 사용자 인터페이스를 통하여 제공 받게된다.