Basic immunohistochemistry for lymphoma diagnosis

Junhun Cho 대한혈액학회 2022 Blood Research Vol.57 No.-

Immunohistochemistry is a technique that uses antigen-antibody interactions to detect specific proteins in cells. This technique has several essential applications in lymphoma diagnosis, including identifying the cell lineage and phase of maturation, detecting specific genetic alterations, visualizing the degree of cell proliferation, and identifying therapeutic targets. CD3 is a pan T-cell marker expressed on most of the mature T/NK-cell lymphomas, except for anaplastic large cell lymphoma, whereas CD20 is a pan B-cell marker that is expressed on most of the mature B-cell lymphomas. CD79a may be a good alternative to CD20, compensating for its loss owing to the plasmocytic differentiation of tumor cells or history of rituximab administration. CD56, a neuroendocrine marker, is used as an NK cell marker in lymphoma diagnosis. Characteristic translocations occurring in follicular lymphoma (BCL2) and mantle cell lymphoma (CCND1) can be detected by the overexpression of Bcl-2 and cyclin D-1 in immunohistochemistry, respectively. Ki-67 reflects the degree of tumor cell proliferation by indicating cells in cell cycle phases other than G0. With the development of immunotherapy, several antibodies against markers such as programmed death-ligand 1 (PD-L1), CD19, and CD30 have been used as biomarkers to identify therapeutic targets. It is critical to properly fix the specimens to obtain accurate immunohistochemical results. Therefore, all processes, from tissue collection to the final pathological diagnosis, must be performed appropriately for accurate lymphoma diagnosis.

촉감 인터페이스를 사용한 텔레매틱스 단말기의 예비 사용자 평가

이준훈(Junhun Lee),김현호(Hyunho Kim),류제하(Jeha Ryu),우진명(Jinmyoung Woo) 한국자동차공학회 2007 한국자동차공학회 춘 추계 학술대회 논문집 Vol.2007 No.11

디지로그 북 저작을 위한 펜형 햅틱 사용자인터페이스의 개발

이준훈(Junhun Lee),하태진(Taejin Ha),류제하(Jeha Ryu),우운택(Woontak Woo) 한국HCI학회 2009 한국HCI학회 학술대회 Vol.2009 No.2

차세대 출판문인 디지로그 북은 기존 서적과 디지털콘텐츠를 통합하여 사용자에게 아날로그적 감성과 디지털오감을 제공한다. 이러한 디지로그 북을 제작하기 위해 디지로그 북의 저작도구에 대한 연구가 진행 중이며, 본 논문에서는 디지로그 북에 사용될 콘텐츠를 저작하는 활동에서 시각과 청각에만 의존한 작업을 보다 실감 있도록 하기 위해 펜형 햅틱 사용자인터페이스를 개발하고자 하였다. 햅틱 사용자인터페이스는 디지로그 북을 저작하는 작업에서 3차원 작업공간에서 공간상에 배치되는 3차원 객체를 이동, 회전, 크기 변경 및 메뉴선택 버튼의 클릭등과 같은 다양한 작업에서 각 작업을 보다 실감 있게 하기 위한 진동 햅틱 효과를 사용자에게 제공한다. 본 연구에서는 이러한 디지로그 북의 저작 환경에 적합한 사용자인터페이스의 외형, 회로 설계, 진동패턴의 설계/내장 및 저작시스템과의 연동을 위한 프로토콜을 정의하고 이렇게 개발된 햅틱 사용자인터페이스를 사용하여 사용자평가를 간단히 실시하였다. 디지로그 북 저작 작업에서 이렇게 개발된 햅틱 인터페이스의 촉각 효과를 시청각정보와 함께 사용함으로써 디지로 그 북 저작 작업을 보다 효과적으로 할 수 있기를 기대한다. Digilog Book, the next generation publication material, supplies digitalized contents on an analog book by integrating digital contents into existing analog books. There are some studies related to authoring tools which are to authorize, and publish some books which provide digital contents by using VR or AR techniques. In this paper, a pen-type haptic user interface for Digilog Book authoring tool has been introduced. This haptic user interface is developed for more realistic and more effective authoring tasks. This haptic interface provides haptic effects for authoring tasks which are including translation, rotation, scaling, and menu selection. In this research, we designed a body, control circuits, vibration haptic patterns for haptic user interface, and a protocol for between haptic user interface and Digilog Book main control system. Also a simple user study has been done with a developed haptic user interface.

Bridging genomics and phenomics of gastric carcinoma

Cho, Junhun,Ahn, Soomin,Son, Dae‐,Soon,Kim, Nayoung KD,Lee, Ki‐,Wook,Kim, Seungtae,Lee, Jeeyun,Park, Se Hoon,Park, Joon Oh,Kang, Won Ki,An, Ji Yeong,Choi, Min Gew,Lee, Jun‐,Ho,Sohn, Alan R. Liss, Inc 2019 International journal of cancer Vol.145 No.9

<P>Genetic alterations are the starting point leading to numerous changes in clinical and pathologic features (phenotypes) of individual cancers; however, their inter‐relationships in gastric cancers (GC) are unclear. We performed massive parallel sequencing of 381 cancer‐related genes and compared the results with clinical and pathologic findings in 330 GC. High tumor mutation burden (TMB) accounted for 11% of GC (<I>n</I> = 37) and all 19 MSI‐H GCs were high TMB. High TMB was significantly more frequent in intestinal‐type by Lauren, tumor with higher host cellular immune response, earlier AJCC stage and favorable prognosis. The most significantly mutated genes were <I>TP53</I> (54%), <I>ARID1A</I> (23%), <I>CDH1</I> (22%), <I>PIK3CA</I> (12%), <I>RNF43</I> (10%) and <I>KRAS</I> (9%). For receptor tyrosine kinases, amplifications detected by immunohistochemistry were higher than sequencing (HER2, 9.1% <I>vs</I>. 5.8%; EGFR, 11.2% <I>vs</I>. 6.1%; FGFR2, 4.6% <I>vs</I>. 3.9%, c‐MET, 3.4% <I>vs</I>. 0.9%). PTEN protein loss (22%) correlated well with underlying <I>PTEN</I> alterations while ATM loss (27%) was not significantly correlated with genetic alterations of <I>ATM</I>. p53 protein expression predicted alterations of <I>TP53</I> with high sensitivity (97.8%) and low (15.9%) specificity. The poorly cohesive histology/<I>CDH1</I>‐mutant GC subgroup showed the worst survival (<I>p</I> < 0.001). PD‐L1 expression was significantly associated with MSI‐H, MLH1 loss, ATM loss, MET positivity, higher host immune response, and genetic alterations of <I>ARID1A</I>, <I>BRD3</I>, <I>PIK3CA</I>, <I>KRAS</I>, <I>MAP3K13</I>, <I>CDH2, PTEN</I> and <I>ESR1</I>. The merged clinical, pathology and genomics of GC provide a better understanding of GC and new insights into the treatment of GC.</P>

Epstein-Barr Virus-Associated Gastric Carcinoma and Specific Features of the Accompanying Immune Response

Cho, Junhun,Kang, Myung-Soo,Kim, Kyoung-Mee The Korean Gastric Cancer Association 2016 Journal of gastric cancer Vol.16 No.1

Epstein-Barr virus-associated gastric carcinoma (EBVaGC) is one of the four subtypes of gastric carcinoma (GC), as defined by the novel classification recently proposed by The Cancer Genome Atlas. EBVaGC has several clinicopathological features such as longer survival and higher frequency of lymphoepithelioma-like carcinoma (LELC) and carcinoma with Crohn's disease-like lymphoid reaction that distinguish it from EBV-negative GC. The intensity and pattern of host cellular immune response in GC have been found to significantly correlate with the prognosis of patients with GC, suggesting that immune reaction and tumor microenvironment have critical roles in the progression of GC, and in particular, EBVaGC. Here, we reviewed the cellular and molecular mechanisms underlying prominent immune reactions in patients with EBVaGC. In EBVaGC, deregulation of the expression of immune response-related genes promotes marked intra-or peritumoral immune cell infiltration. The expression of programmed death receptor-ligand 1 is known to be increased in EBVaGC, and therefore, it has been proposed as a favorable prognostic factor for patients with EBVaGC, albeit some data supporting this claim are controversial. Overall, the underlying mechanisms and clinical significance of the host cellular immune response in patients with EBVaGC have not been thoroughly elucidated. Therefore, further research is necessary to better understand the role of tumor microenvironment in EBVaGC.

Tactile Sensation Display with Electrotactile Interface

Oktay Yarimaga,Junhun Lee,Beom-Chan Lee,Jeha Ryu 제어로봇시스템학회 2005 제어로봇시스템학회 국제학술대회 논문집 Vol.2005 No.6

실감책을 위한 시스템 및 저작 도구 기본 프레임워크 (p.99-104)

박선영(Sunyoung Park),이준훈(Junhun Lee),김현곤(Hyungon Kim),김영미(Yeongmi Kim),최권영(Kwonyoung Choi),류제하(Jeha Ryu) 한국HCI학회 2009 한국HCI학회 학술대회 Vol.2009 No.2

최근 멀티미디어 기술과 가상/증강현실 기술의 발전으로 사용자에게 몰입감 있는 콘텐츠를 제공하는 여러 시스템들이 제안되고 있다. 또한 기존의 시각과 음향효과만으로 이루어진 시스템의 한계를 넘어서 실제와 같은 느낌을 전달할 수 있는 햅틱기술을 적용하여 보다 몰입감있는 체험형 실감책들이 고안되고 있다. 본 논문은 과학교과서를 중심으로 과학적 이론을 보다 효과적으로 가르치고 배우기 위해 필요한 다양한 촉감(Haptic)을 분류하고, 이를 실감책에 적용하여 책이 담고 있는 주요 내용 또는 삽화와 관련된 다양한 멀티미디어 콘텐츠를 가상/증강환경에서 시청각정보와 함께 촉각콘텐츠를 독자에게 제공함으로써 보고, 듣고 만질 수 있는 적극적인 촉감 상호작용이 가능한 실감책 ('Sil-Gam' Book) 시스템의 기본 프레임워크를 제시한다. 제시된 실감책은 크게 세 부분으로 구성된다. 첫째, 실감책을 읽고 있는 사용자의 손가락의 위치, 시선과 같은 사용자의 움직임을 추적하고 책의 크기, 페이지 등을 인식하는 센서가 부착된 센싱 부; 둘째, 장비에 따라 적용 가능한 촉감 속성, 물체의 움직임에 따라 적용할 수 있는 촉감 속성등 다양한 촉감콘텐츠의 속성을 저작하고 편집하는 소프트웨어 부; 마지막으로 사용자에게 저작된 실감 콘텐츠를 사용자가 쉽고 직관적으로 체험하게 하기 위한 디스플레이부로 구성된다. 여기서 디스플레이 부는 세부적으로 시청각 콘텐츠를 전달하는 시청각 디스플레이 부와 역촉감 콘텐츠를 전달하는 역촉감 디스플레이부로 구성된다. 본 논문에서는 또한 실감책 촉감 저작도구를 사용하여 제시할 수 있는 다양한 촉감을 중고등학교 교육과정에서 배우는 과학 이론에 적용하여 과학 실험시 경험할 수 있는 다양한 역/촉감을 전달하는 몇 가지 시나리오를 예시 하였다.

Host immune response index in gastric cancer identified by comprehensive analyses of tumor immunity

Park, Charny,Cho, Junhun,Lee, Jeeyun,Kang, So Young,An, Ji Yeong,Choi, Min Gew,Lee, Jun Ho,Sohn, Tae Sung,Bae, Jae Moon,Kim, Sung,Kim, Seung Tae,Park, Se Hoon,Park, Joon Oh,Kang, Won Ki,Sohn, Insuk,Ju Informa UK (Taylor Francis) 2017 Oncoimmunology Vol.6 No.11

<P>Tumor infiltrating lymphocytes (TIL) in Epstein-Barr virus (EBV)-associated/microsatellite-unstable (MSI) gastric carcinomas (GC) constitute immune-active principal cellular components of tumor microenvironment and contribute to better prognosis. With the remarkable success of cancer immunotherapies, there is an urgent need for a comprehensive understanding of tumor-immune interactions in patients with GC in the context of host immune response. To identify GC subtype-specific immune response gene set, we tested differentially expressed genes for MSI and EBV+ GC subtypes in randomly selected test set (n = 278) in merged ACRG-SMC microarray and TCGA RNA sequencing data set. We identified Host ImmunE Response index (HIERI) consisting of 29 immune genes classifying GC patients into robust 3 groups with prognostic significance. Immune-high cluster 1 was enriched with PD-L1(High)/EBV+/MSI/TILHigh with the best clinical outcome while immune-low cluster 3 displayed worst outcome and exemplified with PD-L1(Low)/EBV-/MSS. The results were validated in the same cohort (n = 279) and independent cohort (n = 181) with RNA from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue. Unexpectedly, nearly half of GC in cluster 1 were EBV-/MSS and 10% of cluster 3 GC were EBV+/MSI GC patients, suggesting that in addition to EBV+/MSI GC subtypes, EBV-/MSS subtype also constitutes almost half of high immune cluster and would be a good candidate for immune checkpoint inhibitor therapy. In contrary, almost 10% of EBV+/MSI GC patients may not respond to immune checkpoint inhibitor therapy. Thus, our HIERI gene signature demonstrates the potential to subclassify tumor immunity levels, predict prognosis and help immunotherapeutic decisions.</P>

원격 촉감 커뮤니케이션을 위한 시스템 프로토타입

차종은(Jongeun Cha),이준훈(Junhun Lee),류제하(Jeha Ryu) 한국HCI학회 2006 한국HCI학회 학술대회 Vol.2006 No.2

수평배수재의 투수 및 불포화 특성

송창섭 ( Changseob Song ),채창우 ( Changwoo Che ),이준헌 ( Junhun Lee ),이명구 ( Munggu Lee ),장웅희 ( Woonghee Jang ),문세훈 ( Sehun Mun ),임성윤 ( Sungyun Iim ) 한국농공학회 2010 한국농공학회 학술대회초록집 Vol.2010 No.-

본 연구에서는 연약지반 수평배수재로 사용되고 있는 쇄석골재에 모래를 혼합 시료를 제조하고, 배수능력시험을 실시하여 투수계수를 도출하였다. 또한 불포화 시험을 통하여 쇄석매트의 함수특성과 공기함입저항치를 분석하여 연약지반 수평배수층에 나타날 수 있는 포화 토질역학적인 특성과 수평배수층의 침하 시 발생되는 불포화영역에 대한 특성을 분석하였으며, 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 통수압력이 증가함에 따라 투수계수가 전반적으로 증가하는 경향을 나타내고 있으며, 밀도와 모래 함량이 증가함에 따라 투수계수가 전반적으로 감소하는 경향을 나타내고 있었다. 또한 통수압력이 일정할 경우, 밀도와 모래의 함량이 증가함에 따라 투수계수가 감소하는 것으로 나타났으며, 밀도가 일정할 경우 통수압력이 증가함에 따라 투수계수가 증가하는 것으로 나타났다. 2. 다짐에 따른 함수특성은 전체적으로 느슨한 상태, 보통 상태, 조밀한 상태의 순으로 체적함수비가 높게 나타났다. 또한 시료의 모래 함량이 증가함에 따라 체적함수비는 낮았고 잔류함수비는 반대로 높게 측정되었다. 3. 시료가 조밀할수록 공기함입저항치는 감소하는 경향을 보이고 있었으며, 모래의 함량이 많을수록 감소하는 것으로 나타났다. 이것은 모래의 함량과 밀도가 증가함에 따라 간극비는 감소하기 때문이라고 사료된다.