Perspectives of Integrative Cancer Genomics in Next Generation Sequencing Era

Kwon, So-Mee,Cho, Hyun-Woo,Choi, Ji-Hye,Jee, Byul-A,Jo, Yun-A,Woo, Hyun-Goo Korea Genome Organization 2012 Genomics & informatics Vol.10 No.2

The explosive development of genomics technologies including microarrays and next generation sequencing (NGS) has provided comprehensive maps of cancer genomes, including the expression of mRNAs and microRNAs, DNA copy numbers, sequence variations, and epigenetic changes. These genome-wide profiles of the genetic aberrations could reveal the candidates for diagnostic and/or prognostic biomarkers as well as mechanistic insights into tumor development and progression. Recent efforts to establish the huge cancer genome compendium and integrative omics analyses, so-called "integromics", have extended our understanding on the cancer genome, showing its daunting complexity and heterogeneity. However, the challenges of the structured integration, sharing, and interpretation of the big omics data still remain to be resolved. Here, we review several issues raised in cancer omics data analysis, including NGS, focusing particularly on the study design and analysis strategies. This might be helpful to understand the current trends and strategies of the rapidly evolving cancer genomics research.

A Review on the Application of Nanotechnology in Food Processing and Packaging

( Seong In Cho ),( Yong Rok Kim ),( Joon Woo Lee ),( Dae Sup So ),( Yong Jin Cho ),( Hyun Kwon Suh ),( Tu San Park ),( Seoung Im Oh ),( Ji Eun Im ) 한국산업식품공학회 2010 산업 식품공학 Vol.14 No.4

Currently, nanotechnology is widely applied in various industrial fields and is rapidly emerging as a promising future technology. In food industries, nanotechnology is used to enhance food quality and safety. Numerous cutting-edge studies on the advantages of nanotechnology have been conducted in the fields of food processing, food ingredients and additives, food packaging, and food engineering for optimal health. The market for these areas of research has grown steadily, and is expected to continue to do so. Because of this, R&D for nanotechnology that can be used effectively in food industries is being performed by several companies, as well as in academic research institutions around the world. This review describes the recent global R&D trends that have been in progress for two key areas: food processing and food packaging.

야생동충하초로부터 우량균주선발(II)

방극소(Keuk-So Pang),홍경환(Kyung-Hwan Hong),조덕현(Duck-Hyun Cho) 한국자원식물학회 2001 한국자원식물학회지 Vol.14 No.2

2000년 5월 중순부터 10월까지 채집하였다. 이 중 2속 4종을 확인하였고 6균주를 분리하여 모두를 자실체 유도실험에 이용하였다. 그 결과 동충하초 [Corcyceps miliraris(CHO-7410)] 1균주, 눈꽃동충하초[isaria japoica (CHO-6713, CHO-7413)] 2균주를 상업적이나 의약품개발에 있어서의 시료등 각 산업에있어서 전반적으로 이용가치가 충분히 있다고 사료되어 우량균주로 선발하였다. Many Cordyceps spp. were collected for excellent strains selection at near Wanju-kun from May to October, 2000. They were identified. As the resulting, They were 2 genera and 4 species. 6 strains were got through 4 species culture. 6 strains are Cordyceps militaris f. albino, C, gracilaides, C. militaris and Isaria japoica. Among them, 4 species used for induction of artifitial fruiting body. 3 strains of them were selected for excellent strains. excellent strains are Cordyceps militaris and Isaria japoica.

A Review on the Application of Nanotechnology in Food Processing and Packaging

Seong-In Cho,Yong-Rok Kim,Joon Woo Lee,Dae-Sup So,Yong-Jin Cho,Hyun Kwon Suh,Tu San Park,Seoung-Im Oh,Ji-Eun Im 한국산업식품공학회 2010 산업 식품공학 Vol.14 No.4

Currently, nanotechnology is widely applied in various industrial fields and is rapidly emerging as a promising future technology. In food industries, nanotechnology is used to enhance food quality and safety. Numerous cutting-edge studies on the advantages of nanotechnology have been conducted in the fields of food processing, food ingredients and additives, food packaging, and food engineering for optimal health. The market for these areas of research has grown steadily, and is expected to continue to do so. Because of this, R&D for nanotechnology that can be used effectively in food industries is being performed by several companies, as well as in academic research institutions around the world. This review describes the recent global R&D trends that have been in progress for two key areas: food processing and food packaging.

역설적인 비아편계 통증억제 시스템 : 날록손의 작용기전을 중심으로

조소현 대불대학교 2002 大佛大學校大學院 硏究論文集 Vol.- No.1

본 논문에서는 비아편계 시스템(non-opioid pain inhibition system)이 활성화되는 조건이 무엇인지를 알아보기 위해 여러 연구 결과들을 개관해 보았다. 동물이 유해자극에 노출되었을 때 자극의 제시 기간이 길어지거나 자극의 강도가 강해지면 생체 내부의 통증억제 시스템은 아편계에서 비아편계로 전환된다. 그리고 아편제 길항제인 날록손(naloxone)과 열 자극을 배쌍(naloxone-heat pairings)지어 제시하면 혐오적인 열 자극으로 발생되는 발바닥 통증이 둔감해진다. 이는 날록손의 사전 처치에도 불구하고 발생되었다는 점에서 특성상 비아편계이다. 이러한 통증감소 현상은 날록손의 사전처치로 인해 유해자극의 강도가 더욱 증가하여 혐오적인 동기계(aversive motivation system)가 활성화된 결과라 할 수 있다. 또한 날록손은 혐오조건화의 파지를 촉진시킨다. 따라서 이상의 결과를 종합해 볼 때 날록손과 열자극의 배쌍으로 발생된 비아편계 통증억제 현상은 사전 처치된 날록손이 직접 통증억제 시스템을 활성화 시켰다고 하기보다는 공포와 같은 요소를 담당하는 동기계에 영향을 주어 통증에 대한 민감성을 간접적으로 조절했을 가능성이 높다고 하겠다. 내측 뇌간(medial brain stem)이나 중뇌수도 주변 회색질(periaqueductal gray matter: PAG) 영역을 전기 자극하면 다른 감각이나 운동상의 결함이 없는 순수한 통증감소(stimulation-produced analgesia :SPA)가 발생한다는 연구보고(Reynolds,1969) 이 후, 고유의 통증억제 기전이 뇌에 존재한다는 사실이 확인되었다.(Giesler & Libeskind,1976). 쥐, 고양이, 인간을 포함한 여러 종에서 발견되는 SPA는 한번 자극된 부위가 반복적으로 자극되면 자극에 대한 내성(tolerence)이 생기고 야생에서 추출되는 몰핀(morphine)과 교차 내성(cross-tolerence)이 생긴다는 점에서 SPA와 몰핀으로 유발되는 통증감소는 공통된 아편계 수용기에 의해 매개된다고 할 수 있다.(Mayer & Hayes,1975). 그렇다면 뇌에 고유한 내인성 통증 통제 시스템(endogenous pain control system : EPCS)을 활성화시키는 자연적이고 생리적인 조건이 무엇인가? Basbaum(1984)은 유해자극 그 자체에의 노출이 EPCS를 활성화시키는 조건의 하나라고 가정하였다. 즉, 피험동물의 발바닥이나 꼬리에 전기쇼크를 가하거나 포식자(predator)에게의 노출, 구금, 또는 4℃의 찬물에 강제 수영시키는 것과 같은 혐오자극(aversive stimulation)에 노출되면 생체내부의 아편계가 활성화되어 통증이 감소된다(Lichtman & Fanselow,1990). 이런 발견들을 살펴보면, 통증 그 자체가 경고 신호가 되어 상황에 적절한 반응을 일으키지만 먹이사냥(predation), 자기방어(defence), 서열짓기 싸움(dominance)등과 같은 위급사태의 경우에는, 통증에 대한 지각이 효과적인 대응을 방해하기 때문에 통증의 억압이 생명의 보전에 더욱 효율적이라 할 수 있다. 따라서 스트레스가 EPCS를 활성화시키는 자연적인 촉발자라 할 수 있는데 유해자극에 의해 활성화되는 이들 통증억제가 모두 아편계를 매개로 하여 일어났는지에 대해서는 두가지 기준(아편계 수용기 차단제인 날록손에 의해 차단되는지의 여부 또는 몰핀과의 교차내성 여부 수용기 차단제인 날록손에 의해 차단되는지의 여부 또는 몰핀과의 교차내성 여부(Watkins&Mayer,1982)에 따라 판별할 수 있다. 지금까지의 연구결과, 상황에 따라 날록손의 사전투여에 의해서 차단되고 몰핀과 내성이 생기는 아편계가 매개하는 통증감소(naloxone-sensitive hypoalgesia)와 위의 두 조작에 전혀 영향을 받지않는 비아편계가 매개하는 통증감소(naloxone-insensitive hypoalgesia)가 존재한다는 사실이 밝혀졌다.(Watkins & Mayer,1982). 본 개관에서는 날록손과 열자극의 배쌍(naloxone-heat pairings) 패러다임 절차에서 발생되는 비아편게가 매개하는 역설적인 통증 감소 현상에 초점을 맞춰 날록손의 물적 작용을 규명해 보고자 하였다. The study explored to know the conditions which activate non-opioid pain inhibition system. Exposure to the longer duration or stronger intensity of stimulus caused that the activation of intrinsic pain inhibition system switched to the non-opioid component from opioid component. Animals reduced their sensitivity to the pain when they were exposed to the naloxone-heat pairings. This appears to be non-opioid in nature, because the hypoalgesia was not diminished by the opioid antagonist, naloxone pretreatment. This hypoalgesia was resulted from the activation of aversive motivational system which increased the intensity of stimulus by naloxone pretreatment. Naloxone facilitated the retention of aversive conditioning as well. In consequently, the activation of non-opioid pain inhibition system may be possible indirectly modulated by the mechanism involved in learning process via motivational system like fear.

통합기관으로의 전이과정에서 장애유아가 갖추어야 할 중요 기술과 선결 요건들에 대한 분석 : 유아교사의 인식을 중심으로 Based on recognition of early childhood teachers

조윤경,이소현 국립특수교육원 2002 특수교육연구 Vol.9 No.2

유아특수교육의 주요 목적 중에 하나인 학령기 특수교육 의뢰의 최소화를 위해서 장애유아의 조기 통합이 강조되고 있다. 장애유아와 그 가족들이 가정 혹은 유아특수교육기관에서 통합기관으로 전이하는 과정에서 그들의 사전 준비와 원활한 전이를 위한 정보를 제공하기 위해서 전국 218명의 유아교사들에게 장애유아가 유아교육 기관에 통합하고 옮겨오는 전이 과정에서 필요한 중요 기술들이 무엇인지, 그리고 기술들의 발달과 함께 전이와 관련해서 고려해야 할 요소들은 어떤 내용인지에 대한 설문을 시행하였다. 설문 결과 유아교사들은 학급적용 기술과 사회성 기술을 인지 기술 보다 통합기관으로서의 성공적인 전이를 위해서 더 중요한 기술들로 인식하고 있었다. 통합 전이 시에 가장 선행되어야 하는 요건으로 유아교사 자신의 전문적 능력 향상과 통합에 대한 긍정적 인식 및 지원교사 체계의 확립 등이 제시되었다. 이러한 결과들에 대한 추후 대처 방안이 논의되었다. To minimize the referral of special education in school ages, the importance of early integration for young children with disabilities was suggested. This study was implemented to provide early childhood special teachers and families of young children with disabilities with the information to accomplish the successful transition to regular preschool program. Questionaries to know what the critical skills to transit from early childhood special education to early childhood education and the prerequisite elements to facilitate successful transition were carried out by 218 early childhood teachers who would take the major instructional role in integrated program. The results showed that early childhood teachers rated classroom-adaptive and social skills more important than cognitive skills. And they thought that it was tasks to solve immediately-the promoting their ability as educational professionals, developing positive perception about integration, and establishing the supportive personnel system. Based on these results, future suggestions were discussed.

인접한 블록의 움직임 벡터의 방향성을 이용한 고속 움직임 추정 알고리즘

소현호,김진상,조원경 경희-다반 ASIC 설계교육센터 2003 경희-다반 ASIC센터 논문집 Vol.4 No.-

본 논문에서는 현재 블록의 이웃한 블록들의 움직임 벡터(motion vector, MV)와 움직임 벡터들의 방향성을 고려하여 현재 블록의 움직임 벡터를 예측하여 후보 블록의 개수를 줄여 계산 속도를 빠르게 하는 블록 매칭움직임 추정 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘은 다이아몬드 패턴(Diamond Search)을 수정하여 방향성과벡터의 크기를 고려하여 패턴의 간격과 방향등을 결정하여 움직임 벡터의 후보들을 결정한다. 제안된 알고리즘은 다른 다양한 검색방법들과 비교하여 더 적은 계산량을 갖으면서 비슷한 성능을 보여준다.

날록손으로 유발된 비아편계 통각감소 : 중뇌수도 주변 회백질 배측 (dorsal-PAG) 전해질 손상효과 Effect of Dorsal-Periaqueductal Gray Lesion

조소현,서미숙,김기석 한국심리학회 한국심리학회지 생물 및 생리 Vol.5 No.1

날록손과 열자극을 배쌍지어 제시하면 통증에 대한 민감성이 감소한다. 날록손으로 유발된 통각감소는 날록손이 사전에 처치되었음에도 불구하고 발생되었다는 점에서 특성상 비아편계가 매개하는 통각감소라 할 수 있다. 본 연구에서는 날록손과 열자극의 배쌍에 의해 유발된 비아편계 통각감소에 책임이 있는 뇌영역이 어디인지를 알아보고자 하였다. 실험장치로서는 열판 장치를 사용하였고 열자극은 53±0.5℃로 하였다. 통증에 대한 민감성 지표로서는 뒷발을 핥기까지의 잠재기를 측정하였다. 실험결과, 모의시술집단은 훈련시에 발생된 통각감소율이 검사시에도 계속 유지된 반면 중뇌수도 주변 회백질 배측부분이 손상된 실험집단은 훈련시 발생된 통각감소율이 훈련전의 기저선 수준으로 환원되었다. 이러한 결과는 중뇌수도 주변 회백질 배측부분이 날록손과 열자극의 배쌍으로 유발된 비아편계 통각감소에 책임이 있는 뇌 부위임을 시사해준다고 하겠다. Animals exposed to the naloxone-heat pairings reduced their sensitivity to the pain. Naloxone-induced analgesia may be, in nature, non-opioid in that was found in the rat pretreated with naloxone. The present study was conducted to examine the area which is the responsible for the analesia induced by naloxone-heat pairings. Hot-plate apparatus which was thermoregulated automatically at 53±0.5℃ was used for heat stimulus. The latencies for hind-paw lick was recorded as an index of pain sensitivity. The result of present experiment was as follows. Sham operated rats were maintained analgesia which developed in the training phase but, analgesia developed in the rats which belongs to the experimental group in the training phase was reduced to the baseline level after dorsal periaqueductal lesion. This result suggest that dorsal-periaqueductal gray is responsible for the analgesia induced by naloxone.

항암화학요법 관련 오심과 구토 완화를 위한 비약물요법에 관한 연구동향

소향숙,최자윤,조인숙,김영재,김지영,김애숙,김옥미,김춘심,김현오,설영애,안정옥,이애리,이영자 성인간호학회 2003 성인간호학회지 Vol.15 No.3

Purpose: Purposes of this study were to understand the current trends on complementary therapy in relieving chemotherapy-induced nausea and vomiting and to suggest the future research direction. Method: Subjects were selected on CINAHL, MEDLINE, Korean Academy Data Base from 1980 to 2001 which used nausea, vomiting, chemotherapy and complementary therapy as key words in experimental studies. Eight korean articles and twenty-one international articles were analyzed in terms of general characteristics, research methods, and types of complementary therapy. Data were analyzed by using descriptive statistical methods. Result: Since 2000, researchers have more actively used complementary therapy. In subject characteristics, mean age was 35.5 years old, 45% of the researchers were performed with high level of incidence of chemotherapy induced vomiting, 14% of them set limit of consecutive cycle during research, and 65% of them did not comment the selecting criteria of sample. About 60% of them were designed post-test only control group: 35% used INV by Rhodes, 31% used Likert scale, and 24% used VAS for dependent variable. Muscle relaxation therapy was mostly applied for relief of nausea and vomiting. Conclusion: Further studies will be needed to control extrinsic variables affecting nausea and vomiting in research design and to accumulate evidence with studies applying various complementary therapies.

마늘첨가가 김치의 숙성 및 품질에 미치는 영향

조현경,박소희,조재선,정청송 한국식생활문화학회 2001 韓國食生活文化學會誌 Vol.16 No.5

마늘이 김치의 숙성과 품질에 미치는 영향을 조사하고 아울러 cyclodextrin과 sorbitol의 마늘냄새 masking효과를 실험하였다. 김치 숙성 초기의 산도는 마늘 첨가량이 많을수록 대조구에 비해서 높았고 환원당 함량은 마늘 첨가량이 많을수록 높았으나 숙성말기에는 거의 비슷한 수준을 유지하였다. 미생물의 경우 숙성초기에는 마늘 첨가에 의해 성장이 촉진되었으나 이후에 그 수준을 유지한 후에는 대조구에 비해서 오히려 억제되었다. 관능 검사 결과는 온도에 관계없이 마늘을 첨가하지 않은 김치가 모든 관능적인 면에서 유의적으로 나쁘게 평가되었으며 마늘을 2∼3% 첨가한 김치가 유의적으로 가장 좋게 평가되었다. Cyclodextrin 또는 sorbitol을 1%씩 첨가한 결과 마늘맛을 masking 하는데는 효과가 없었고 관능적으로도 나쁘게 평가되었다. This study was conducted to investigate the effect of garlic on the fermentation and organoleptic quality of kimchi. For this study, changes in pH, acidity, reducing sugar content and microbial count of kimchi during fermentation were tested and sensory test of fermented kimchi was also conducted. The acidity of kimchi with garlic was increased rapidly more than control kimchi at early stage of fermentation. Though the reducing sugar content was higher in kimchi with garlic than control kimchi, but that of all samples were almost same at mature stage of fermentation. Total bacteria and lactic acid bacterial counts were higher in kimchi with garlic than control kimchi at early stage of fermentation, but those were reversed at final stage of fermentation. By the result of sensory test, garlic was contributed to taste and aroma positively at level of 2∼3g garlic to 100g of kimchi.