Dual matrilineal geographic distribution of Korean type 2 diabetes mellitus-associated -11,377 G adiponectin allele.

Choi, Jee-Hye,Min, Na Young,Park, Sang Kil,Gavaachimed, Lkhagvasuren,Ko, Young Jong,Han, Sung Hoon,Kim, Kyung Yong,Kim, Kijung,Lee, Kwang Ho,Park, Ae Ja D. A. Spandidos 2014 MOLECULAR MEDICINE REPORTS Vol.10 No.6

<P>The present study was performed to identify the susceptible single nucleotide polymorphisms (SNPs) for the prediction of Korean type 2 diabetes mellitus (T2DM) and to clarify the matrilineal origin of Korean T2DM?specific SNPs. Fourteen SNPs from the adiponectin (ADIPOQ), hepatocyte nuclear factor 4α, phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 and glucokinase genes in the Korean population were analyzed. Only one SNP, ?11,377 C/G on the ADIPOQ gene, was finally determined to be responsible for the incidence of Korean T2DM (P=0.028). The G?T?T?A haplotype at positions ?11,377, +45, +276 and +349 on the ADIPOQ gene was also associated with a high incidence of Korean T2DM (P=0.023). In addition, the susceptibility of Korean individuals to T2DM appears to be affected by their matrilineal origin. Of note, the group of Southern origin, consisting of mitochondrial DNA macrohaplogroups F and R, was predisposed to T2DM, whereas the group of Northern origin, consisting of haplogroups A and Y, was resistant to T2DM. This implied that the differential genetics between the two groups, which were formed from the initial peopling of the proto?Korean population via Southern and Northern routes to the present time, may explain their differing susceptibility to T2DM. In conclusion, from Southern Asia Northward, a matrilineal origin of Korean individuals appears to be responsible for the prevalence of Korean T2DM caused by the ?11,377 G allele.</P>

KPNA3 promotes epithelial-mesenchymal transition by regulating TGF-β and AKT signaling pathways in MDA-MB-231, a triple-negative breast cancer cell line

Jaesung Choi,Jee-Hye Choi,Ho Woon Lee,Dongbeom Seo,Gavaachimed Lkhagvasuren,Jung-Woong Kim,Sang-Beom Seo,Kangseok Lee,Kwang-Ho Lee 생화학분자생물학회 2023 BMB Reports Vol.56 No.2

Karyopherin-α3 (KPNA3), a karyopherin- α isoform, is intimatelyassociated with metastatic progression via epithelial-mesenchymaltransition (EMT). However, the molecular mechanismunderlying how KPNA3 acts as an EMT inducer remains to beelucidated. In this report, we identified that KPNA3 was significantlyupregulated in cancer cells, particularly in triple-negativebreast cancer, and its knockdown resulted in the suppressionof cell proliferation and metastasis. The comprehensivetranscriptome analysis from KPNA3 knockdown cells indicatedthat KPNA3 is involved in the regulation of numerous EMTrelatedgenes, including the downregulation of GATA3 andE-cadherin and the up-regulation of HAS2. Moreover, it wasfound that KPNA3 EMT-mediated metastasis can be achievedby TGF-β or AKT signaling pathways; this suggests that thenovel independent signaling pathways KPNA3-TGF-β-GATA3-HAS2/E-cadherin and KPNA3-AKT-HAS2/E-cadherin are involvedin the EMT-mediated progress of TNBC MDA-MB-231 cells. These findings provide new insights into the divergent EMTinducibility of KPNA3 according to cell and cancer type.

Mitochondrial DNA analysis of ancient human bones excavated from Nukdo island, S. Korea

( Ae Jin Kim ),( Ki Jeong Kim ),( Jee Hye Choi ),( Eun Ha Choi ),( Yu Jin Jung ),( Na Young Min ),( Gavaachimed Lkhagvasuren ),( Sang Myung Rhee ),( Jae Hyun Kim ),( Maeng Seok Noh ),( Ae Ja Park ),( 생화학분자생물학회 2010 BMB Reports Vol.43 No.2

몽골 출토 옛사람 뼈와 치아에서 유전자 분석을 이용한 혈연관계조사

문흐체첵 바좌라그촤(Munkhtsetseg Bazarragchaa),김기정(Kijeong Kim),김재현(Jae-Hyun Kim),가와치멛 르학와수렝(Gavaachimed Lkhagvasuren),박애자(Ae-Ja Park),이광호(Kwang-Ho Lee),김대진(Dae-Jin Kim),정윤희(Yoon-Hee Chung),김성수(Sung-Su Kim),이원 대한체질인류학회 2009 해부·생물인류학 (Anat Biol Anthropol) Vol.22 No.4

몽골의 2000년 전의 한 고분군에서 발굴된 세 예의 옛사람뼈와 치아를 대상으로 유전자 분석을 이용해 혈연관계를 조사하였다. 각각의 옛사람에서 채취한 뼈와 치아의 처리는 오염방지시설인 청정실험실에서 실행하여 현대인 DNA에 의한 오염을 방지하였다. 핵산추출의 방법으로 ion-exchange column kit (Qiagen G-tip 20G, USA)를 이용하였다. 분리 정제한 옛사람뼈와 치아의 핵산에서 부계 반수체군(haplogroup), 모계 반수체군, 그리고 보통염색체 다형성표지자인 short tandem repeat (STR)을 대상으로 중합효소반응(polymerase chain reaction, PCR)을 하였다. 두 예에서 모계는 모두 D형이었으며, D형은 특히 현대 동북아시아지역에 흔한 유형 중의 하나였다. 이중 한 사람은 남성으로 부계는 C형으로 역시 현대 동북아시아 지역에 흔한 유형 중의 하나였다. 나머지 한 사람은 다른 두 사람의 것과는 달리 현대 유럽에서 가장 흔한 R형의 부계, 유럽과 동부지중해연안에 나타나는 U형의 모계이었다. 보통염색체 STR의 반복된 결과들이 동일한 값을 보여줘 DNA-VIEW 프로그램 (http://www.dna-view.com)을 이용해 STR 분석하였다. 두 예에서 모계의 반수체군은 같았으나, 세 예의 옛사람들 사이에 가까운 혈연관계는 없는 것으로 나타났다. 본 연구자들은 극히 일부의 연구자에서만 가능했던 옛사람뼈와 치아 DNA에서 보통염색체 STR의 연구의 가능한 방법을 이 연구를 통해 밝히고, 이 분야의 많은 연구자들이 보다 나은 연구결과를 도출해 낼 수 있기를 기대한다. The kinship was analyzed genetically on the three 2000 year old ancient human bones and teeth excavated in Mongolia. The samples were processed in a clean room to prevent the contamination from modem human DNA. The DNA extraction and purification was done with ion-exchange column kit (Qiagen G-tip 20G, USA). The PCR was done with purified DNAs from ancient human bones for paternal Y-SNP haplogroup, maternal mtDNA haplogroup, and autosomal short tandem repeats (STR). Two samples belonged to the maternal D major haplogroup, which is one of the most frequent types in the present North East Asia. One of them, showing male genotype, belonged to the paternal C major haplogroup, which is also one of the most frequent types in the present North East Asia. The remaining one belonged to the paternal R major haplogroup, frequent in the present Europe, and the maternal U haplogroup, frequent in the present Europe and East Mediterranean. The repeated results were consistent in the autosomal STR PCR. The STR data were analyzed with DNA-VIEW program (http://www.dna-view.com). which showed no close kinship among the three ancient humans. Our method was successful in the analyzing kinship among ancient human bones, which has been possible in few restricted laboratories in the World. Authors anticipate that many researchers could do their research in a better way to get the genetic information from ancient human bones.

옛사람뼈 DNA에서 HLA-DRB1 염기서열의 분석

우지영(Ji-Young Woo),김기정(Kijeong Kim),바좌라그촤 문흐체첵(Bazarragchaa Munkhtsetseg),김재현(Jae-Hyun Kim),가와치멛 르학와수렝(Gavaachimed Lkhagvasuren),손동섭(Dong-Suep Sohn),박애자(Ae-Ja Park),이광호(Kwang-Ho Lee),김대진(Dae-Jin Kim),정 대한체질인류학회 2010 해부·생물인류학 (Anat Biol Anthropol) Vol.23 No.2

옛사람 시료의 DNA 분석은 인류학 및 사람 진화 연구에서 최근 세계적으로 널리 이용되고 있는 추세이다. 인류의 유전자 연구에 있어서 사립체 DNA 및 Y 염색체 DNA와 더불어 널리 이용되고 있으나 옛사람으로부터 HLA 분석은 드문 형편이다. 본 연구에서는 고대 사람 시료로부터 HLA 유전자의 염기서열의 분석을 위해 PCR 증폭할 수 있는 방법을 개발하고자 하였다. 연구자들은 염기서열에 기초한 HLA-DRB1 분석을 위한 방법을 개발하였고, 3000년 전부터 500년 전에 해당하는 한국과 몽골 지역에서 출토된 옛사람뼈로부터 HLA-DRB1의 염기서열을 밝혀 대립유전자의 유형을 분석하였다. 유전자형은 HLA database (http://www.ebi.ac.uk/Tools/blast2/nucleotide.html)에서 염기서열을 비교하여 대립유전자형을 결정하였다. 한국인과 몽골인의 HLA-DRB1의 대립유전자는 유형별로 분리하여 구분하였고, 이외에도 몽골의 지형적 분류를 근거로 서부, 중부, 동부, 그리고 북부로 구분하여 각 대립유전자형의 빈도를 나타내었다. 종합하면 옛사람뼈에서 분리 정제한 DNA로부터 성공적으로 HLA-DRB1을 증폭하여 대립유전자의 유형을 분석할 수 있었다. 이 방법은 앞으로 HLA 염기서열 분석을 통해 개인이나 개체군의 유연관계 분석을 위해 이용될 수 있을 것으로 기대한다. The analysis of ancient human DNA is increasingly used recently in the study of anthropology and human evolution. Although mitochondrial DNA and Y chromosomal DNA has commonly been the target in the field of human DNA study, HLA analysis of ancient human DNA is extremely rare. This study aimed to develop the PCR method of ancient human DNA for analyzing the sequence of HLA. Authors established a new method for HLA-DRB1 analysis by sequence-based typing. Alleles of HLA-DRB1 were analyzed and typed by sequencing with DNA of ancient human skeletons from Korea and Mongolia 3000-500 years ago. The types of HLA-DRB1 were determined by comparing the sequences with those of HLA database (http://www. ebi.ac.uk/Tools/blast2/nucleotide.html). The alleles of HLA-DRB1 of ancient human DNA from Korea and Mongolia were classified by types. The frequencies of HLA-DRB1 types of Mongolia were also presented according to the geography such as West, Central, East, and North. In summary, our method was successful in the analyzing the type of HLA-DRB1 from DNA of ancient human bones. Authors anticipate that many researchers could do their research in a better way to get the genetic information for the kinship analysis between individuals or communities from ancient human bones.

고인골 유전자 증폭 효율이 높은 핵산 분리 방법

김기정(Ki-Jeong Kim),아리오나 턱럼(Ariunaa Togloom),전은희(Eun-Hee Jeon),이민수(Min-Soo Lee),조연옥(Youn-Ock Cho),가와치멛 르학와수렝(Gavaachimed Lkhagvasuren),최지혜(Jee-Hye Choi),다스제벡 투멩(Dashtseveg Tumen),김근철(Keun-Cheol Kim),김재현 대한체질인류학회 2007 해부·생물인류학 (Anat Biol Anthropol) Vol.20 No.4

고인골 핵산(DNA)분석은 인류학 및 고고학에서 인류의 진화 및 계통발생학적 연구에 널리 이용되고 있다. 그러나 이러한 분석을 위한 고인골 핵산 추출은 보존이 잘 안된 고인골 시료에서 성공적이지 못한 경우가 흔하다. 이 연구에서는 이러한 고인골로부터 핵산 분석의 성공율을 높이기 위하여 이온교환수지를 이용한 고순도 핵산추출법을 시도하였다. 이 방법과 기존에 고인골 핵산 추출법으로 쓰여온 GENECLEAN<SUP>®</SUP> 키트 (Qbiogene)와 Qiaquick<SUP>®</SUP> 컬럼(Qiagen)방법을 이용하여 한국과 몽골의 약 500년에서 5000년 된 12개 고인골 검체들로부터 핵산분석의 성공율을 비교하였다. 핵산 분석 방법으로서 사립체 핵산, 남성 결정 표지 핵산 및 한국인에서 흔한 Y 염색체 일배체그룹 O 표지(M175) 핵산 증폭 방법을 이용하였다. 이 연구에서 개발된 방법은 기존 방법들에 비하여 핵산분석의 성공율을 현저히 증가시켰다. GENECLEAN<SUP>®</SUP> 키트 이용 방법으로 사립체 핵산 증폭은 두 시료에서만 가능하였고, 남성 결정 표지 핵산과 M175 표지 핵산의 증폭은 모든 검체에서 없었다. Qiaquick<SUP>®</SUP> 컬럼 방법은 9개 시료에서 사립체 핵산 증폭, 9개 시료에서 남성 결정 표지핵산 증폭, 6개 시료에서 M175 표지 핵산 증폭이 가능하였다. 이 연구에서 개발된 방법은 모든 시료에서 사립체핵산 증폭, 10개 시료에서 남성 결정 표지 핵산 증폭, 8개 시료에서 M175 표지 핵산 증폭이 가능하였다. 이 결과는 이온교환수지를 이용한 핵산 추출법이 고인골 핵산분석을 위해 향상된 핵산 분리법으로서 인류학 연구에서 유용하게 쓰일 수 있음을 시사한다. Ancient DNA analyses are widely used for evolutionary and phylogenetic study of mankind in anthropology and archeology. However, the DNA extraction from particularly poorly preserved ancient human samples is often unsuccessful in these analyses. In the present study, to improve the success rate of ancient DNA analysis, we introduced a high grade ancient DNA purification method using ion-exchange columns. We compared the success rate of ancient DNA analysis of this new method with that of the two methods that have been used for ancient DNA extraction, GENECLEAN<SUP>®</SUP> kit (Qbiogene) and Qiaquick column (Qiagen). Twelve ancient bone samples from Korea and Mongolia that are about 500 to 5,000 years old by an archeological estimation were used. As the DNA analysis methods, polymerase chain reaction (PCR) methods for the amplification of a mitochondrial DNA HV1 segment, a male sex determination marker DNA and M175 marker DNA that is used for the determination of O haplogroup of Y chromosome that is reportedly a common one in modern Korean people. The method developed in this study remarkably increased the success rate of DNA analysis compared with the other two methods. Using the GENECLEAN<SUP>®</SUP> kit, only two samples were amplifiable for the mitochondrial DNA, no sam- ples for the male sex determination marker and M175 marker DNAs. Using the Qiaquick columns, nine samples were amplifiable for mitochondirial DNA, nine samples for male sex determination marker and six samples for M175 marker. The developed method allowed for the amplification of mitochondrial DNA from all samples, male sex determination marker from eight samples and M175 marker from eight samples. The results demonstrate that ion-exchange columns can be useful for the improved ancient DNA extraction in anthropology and archeology.

Y haplogroup 결정요소인 biallelic marker RPS4Y DNA를 이용한 몽골출토 옛사람뼈의 성별

김재현(Jae-Hyun Kim),김기정(Kijeong Kim),아리오나 턱럼(Ariunaa Togloom),전은희(Eunhee Jeon),이민수(Min-Soo Lee),조연옥(Youn-Ock Cho),가와치멛,르학와수렝(Gavaachimed Lkhagvasuren),민나영(Na-Yung Min),최지혜, 다스제벡 투멩, 김근철, 노맹석, 박기원, 대한해부학회 2007 Anatomy & Cell Biology Vol.40 No.4

고대 유전자(ancient DNA)에 대해 분자생물학적 기법들이 이용되면서 과거에는 얻지 못했을 정보들을 옛사람 등의 DNA로부터 얻을 수 있게 되었다. 형질인류학에 있어서 옛사람 성별연구는 결혼, 매장형태, 성별간 사망률, 질병에 대한 성별간의 차이, 키, 식습관, 부장품들을 연구하는 데 중요한 단서를 제공한다. 본 연구는 몽골 옛사람 DNA를 대상으로 PCR 증폭방법을 이용해 옛사람에서 남성을 확인하여 형태학적 성별과 비교하였다. 재료는 몽골에서 출토된 청동기시대부터 몽골시대에 이르는 옛사람 중 머리뼈가 보존된 52예를 대상으로 하였다. 형태학적 성별구분은 몽골학자의 결정을 따랐고, 유전학적 성별결정은 본 연구에서 개선한 Y 염색체 SNP 표지자인 RPS4Y PCR 증폭방법을 사용하였다. 본 연구에서 유전학적으로 남성로 판명된 52예 중 형태학적인 여성은 10예였다. 결론적으로 이 연구에서는 Y 염색체 SNP 표지자인 RPS4Y PCR 증폭방법을 이용한 옛사람 남녀 성별을 결정하는 것은 매우 유용할 것으로 생각된다. Many data from ancient human remains became useful by molecular approach for ancient human DNA. In anthropology, genetic sex is essential to understand marriage and burial patterns, differential mortality rates between sexes, and differential patterns by sex of disease, diet, status, and material possessions. This study was designed to determine genotype sex of 52 ancient human bones with well preserved skulls, and to compare with the morphological sex. Parts of femur and other bones were used as ancient bones excavated in Mongolia aged between bronze and Mongol period. Morphological sex was determined by Mongolian scientist, and genotype sex was determined by using biallelic marker RPS4Y for Y haplogroup. Of 52 genetic males, 10 samples were morphologically female. In conclusion, biallelic marker RPS4Y. PCR amplication method will be useful in sex determination of ancient bones.

개선된 아밀로제닌 PCR을 이용한 우즈베키스탄 출토 고인골의 형태학적 성별과 유전자형 성별의 비교

김기정(Kijeong Kim),아리오나 턱럼(Ariunaa Togloom),전은희(Eunhee Jeon),이민수(Min-Soo Lee),조연옥(Youn-Ock Cho),가와치멛 르학와수렝(Gavaachimed Lkhagvasuren),민나영(Na-Yung Min),최지혜(Jee-Hye Choi),김종대(Jong-Dae Kim),김근철(Keun-Cheol K 대한체질인류학회 2007 해부·생물인류학 (Anat Biol Anthropol) Vol.20 No.4

체질인류학, 고고학, 법의학 등의 분야에서 사람의 뼈에서 남성과 여성을 구별하는 것은 매우 중요하다. 본 연구에서는 고인골 머리뼈에서 계측하는 방법에 근거를 둔 형태학적 성별의 판단법과 기존의 amelogenin PCR 증폭방법을 더욱 개량한 유전학적 성별 결정법을 비교하고자 하였다. 재료는 우즈베키스탄에서 출토된 청동기시대부터 20세기 이전에 이르는 고인골 중 머리뼈가 보존된 60예를 대상으로 하였다. 형태학적 성별구분은 우즈베키스탄 학자의 결정을 따랐고, 유전학적 성별결정은 본 연구에서 개선한 amelogenin PCR 증폭방법을 사용하였다. 본 연구에서 형태학적 남자에서 유전학적으로 남자로 판명된 경우는 20예 중 13예였다. 형태학적 여자에서 유전학적으로 여자로 판명된 경우는 40예 중 20예였다. 결론적으로 개선된 아밀로제닌 PCR 증폭방법을 이용한 고인골 남녀 성별 판별법은 매우 유용할 것으로 생각된다. Determination of male and female is important in anthropology, archeology and forensic science. This study was designed to compare genotype sex of improved amelogenin PCR amplication method with morphological sex of ancient human bones. Sixty human skulls which lived from the Bronze Age to twenties centuries and excavated in Uzbekistan were used in this study. Morphological sex was determined by Uzbekistan scientist, and genotype sex was determined by improved amelogenin PCR amplication developed in this study. Among 20 morphological males, 13 samples (65%) were genotypical male. Among 40 morphological females, 20 samples (50%) were genotypical male. In conclusion, morphological method might be inadequate for sex determination of ancient bones. The improved amelogenin PCR method will be useful in sex determination of ancient bones.