미생물의 보존적 유전자 탐색

이동근,이재화,이상현,하배진,심두희,박은정,김진욱,이화월,남천석,김남영,이어진,백진욱,하종명,Lee Dong-Geun,Lee Jae-Hwa,Lee Sang-Hyeon,Ha Bae-Jin,Shim Doo-Hee,Park Eun-Kyung,Kim Jin-Wook,Li Hua-Yue,Nam Chun-Suk,Kim Nam Young,Lee Eo-Jin,Back J 한국생명과학회 2005 생명과학회지 Vol.15 No.2

생명체의 본질적 기능에 중요한 역할을 담당하는 유전자들을 밝히기 위해 미생물 유전체들 사이의 공통적 유전자를 밝히는 COG알고리듬을 이용하였다. 진핵생물 3종을 포함한 66종의 미생물에서 63개의 유전자가 보존적이었으며, 단백질 합성에 관여하는 유전자들이 총 52개로 생명현상에서의 단백질의 중요성을 알 수 있었다. 각 보존적 유전자들의 distance value를 이용하여 종간의 유전자 변이의 정도를 보면, ribosomal protein S12 (COG0048)와 ribosomal protein L14 (COG0093)의 보존성이 가장 높았다. 보존적 유전자들의 평균과 분산으로 유전체 분석을 수행한 결과, 고세균과 진정세균의 각 그룹 등 근연종들이 독자적 그룹을 형성하였다. 하지만 각 그룹내의 속 및 유전체의 수와 유전체 변이의 정도는 비례하지 않는 것을 알 수 있었다. To figure out conserved genes in 66 microbial species and measuring the degree of conservation, analyses based on COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins) algorithm were applied. Sixty-six microbial genomes, including three eukaryotes, hold 63 conserved orthologs in common. The majority $(82.5\%)$ of the conserved genes was related to translation, meaning the importance of protein in living creatures. Ribosomal protein S12 (COG0048) and L14 (COG0093) were more conserved genes than others from the distance value analysis. Phylogenetically related microbes grouped in genome analysis by average and standard deviation of 63 conserved genes. The 63 conserved genes, found in this research, would be useful in basic research and applied ones such as antibiotic development.

한천분해효소를 생산하는 해양세균 Thalassomonas sp. SL-5의 분리 및 특성

이동근,김남영,장민경,이옥희,이상현,Lee, Dong-Geun,Kim, Nam-Young,Jang, Min-Kyung,Lee, Ok-Hee,Lee, Sang-Hyeon 한국생명과학회 2007 생명과학회지 Vol.17 No.1

A novel agar-degrading bacterium SL-5 was isolated from seashore of Homigot at Kyung-Buk province, and cultured in marine broth 2216 media. The bacterium SL-5 was identified as Thalassomonas genus by 16S rDNA sequencing with 96% identity. Growth rate was faster at $27^{\circ}C$ than at $37^{\circ}C$ and agarase was produced as growth-related. The optimum pH of the enzyme activity was 7.0 and the optimum temperature for the reaction was $40^{\circ}C$. Although the enzyme had no thermostability, the enzyme activity was remained over 80% at $60^{\circ}C$. The enzyme hydrolyzed neoagarohexaose to yield neoagarobiose as the main product, indicating that the enzyme is $\beta-agarase$. Thus, the enzyme would be useful for the industrial production of neoagarobiose. 포항 호미곶 해수에서 한천분해활성을 보이는 해양성 세균 SL-5을 분리하였으며 16S rDNA 염기서열분석으로 해양기원의 Thalassomonas 속과 가장 유사한 균주임을 확인하였다. SL-5 균주가 생성하는 한천분해효소(agarase)는 성장의존성인 것으로 확인되었고 효소활성을 위한 최적 pH는 pH 7.0(20 mM sodium phosphate 완충용액)이고 최적 온도는 $40^{\circ}C$로 나타났다. 한천분해효소는 $80^{\circ}C$까지 65%의 효소활성을 보이는 호열성 효소이지만, 내열성은 그리 높지 않았다. 한천 분해효소의 분해산물에 대한 TLC 분석결과, 본 효소가 $\beta-agarase$라는 사실을 확인할 수 있었다. 분리한 Thalassomonas sp. SL-5 균주가 생산하는 한천분해효소를 이용하여 한천으로부터 다양한 기능성 한천올리고당을 생산하는데 있어 유용하게 사용될 것으로 기대된다.

주요 일간지의 ‘최순실 게이트’ 사건 보도 고찰 : 미디어의 이념적 성향에 관한 미디어 사회학적 연구

이동근 ( Lee Dong-geun ) 한국지역언론학회 2018 언론과학연구 Vol.18 No.3

미디어가 이념적 성향에 따라 동일한 사건이나 이슈를 어떤 방식으로 보도하는지 여부를 밝혀내기 위해 보수 성향 일간지인 『조선일보』 와 『중앙일보』, 그리고 진보성향 일간지인 『한겨레』 와 『경향신문』 의 ‘최순실 게이트’ 사건 관련 뉴스 보도를 내용 분석했다. 각 신문사 별로 중요하게 다룬 속성의제는 무엇인지, 동일 신문사가 중요하게 다룬 속성의제는 기간별로 차이가 있는지, 그리고 신문사 간 중요하게 다룬 속성의제에 기간별로 유사성이 있는지 분석하였다. 연구 결과, 보수 성향의 신문사와 진보 성향의 신문사간 중요하게 다룬 속성의제가 전체기간, 1시기, 2시기에 대체로 유사한 것으로 조사되었다. 우리나라 주요 일간지들은 자사의 이념적 성향과는 무관하게 ‘최순실 게이트’ 사건을 건국 이래 국기를 흔든 매우 중차대한 사회문제로 인식하고 유사한 방식으로 보도한 것이다. ‘최순실 게이트’ 사건은 보수와 진보라는 개별 미디어의 이념적 특성이 보도의 차별성을 발휘할 수 없었던 매우 이례적인 사건이었음을 보여준 결과다. 이는 미디어의 이념적 성향이 취재 보도 관행에 압도적으로 영향을 미치지 못한 것으로 해석할 수 있다. 더불어 보수 대 진보라고 하는 개별 미디어의 이념성의 ‘방향’이 아닌 이념성‘정도’의 차이에 따른 미디어간 보도 성향의 차이도 발견되었다. This study explores whether mass media coverage of the event of social significance varies according to the ideological stances of individual media. Content analysis was conducted on the major daily newspapers’ coverage of ‘Choi Soon-sil Gate’, a political scandal whereby a non-government civilian woman Choi Soon-sil had exerted strong influence over President Park Geun-hye since she was not yet elected as President. President Park was eventually impeached. The result of the study shows that coverage of this unprecedented political scandal by two conservative daily newspapers, Chosun Ilbo, and Joongang Ilbo, and two progressive daily newspapers, Hankyoreh and Kyunghyang Shinmun is similar regardless of ideological stances of individual media. Contrary to the conventions of professional journalism that the media cover the political issues according to their ideological stances, the country’s major daily newspapers covered this particular event from similar points of view. The result means that ideological stance of media could not overwhelm the journalistic routines of media coverage. The study also shows that the degree of the ideological stance of the media resulted in the differences in the coverage.

소독제에 따른 생물막 살균효율과 생물막 미생물집단의 탄소이용능 비교

이동근,이재화,이상현,하배진,하종명,Lee, Dong-Geun,Lee, Jae-Hwa,Lee, Sang-Hyeon,Ha, Bae-Jin,Ha, Jong-Myung 한국생명과학회 2006 생명과학회지 Vol.16 No.4

수돗물에서 생성된 탄소강관위의 생물막에 유리잔류염소와 모노클로라민을 처리하여 세균농도 변화와 그에 따른 탄소원 이용능을 조사하였다. 소독제 농도를 단계적으로 올렸을 때 종속영양세균의 농도는 모노클로라민과 유리잔류염소의 농도가 각 1.5, 1.0 mg/l까지는 대조구에 비해 감소가 없었지만 (P = 0.56, ANOVA) 모노클로라민 2.0 mg/l, 유리잔류염소 1.5 mg/l 일때 감소되었다 (P < 0.01, ANOVA). 소독제의 농도를 단계적으로 높일때 세균활성의 증가 후 감소 그리고 세균농도의 감소가 관찰되었다. 세균농도가 유사하더라도 각 탄소원에 대한 정량적, 정성적 이용도가 서로 달라 군집구조가 상이할 것으로 생각되었다. The influence of disinfectant on bacterial concentration and carbon usage patterns by Biolog GN plates were investigated for biofilm on carbon steel pipe. Heterotrophic bacterial concentrations were not different among non-, monochloramine- (1.0, 1.5 mg/l) and free chlorine- (0.5, 1.0 mg/l) treated samples (P = 0.56, ANOVA). However treatment of 1.5 mg/l free chlorine and 2.0 mg/l monochloraime showed significantly lower densities than control (P < 0.01, ANOVA). By the stepwise increasement of disinfectant concentration, the carbon usage activities of biofilm microflora were decreased after increase without the decrease of bacterial concentration, following reduction of cell density. Carbon usage patterns were qualitatively and quantitatively different with similar bacterial concentrations. Principal component analysis suggested that type and concentration of disinfectant were main factors on the usage of carbons. Our result suggest that the differences of bacterial communities were different among the samples and the need of monochloramine for the reduction of biofilm in drinking water.

효령사 김유신 장군의 캐릭터적 고찰

이동근 ( Dong Geun Lee ) 택민국학연구원 2012 국학연구론총 Vol.0 No.10

군위군 효령 장군당에는 삼국통일 영웅 김유신 장군, 당나라원군 대총관 소정방 장군, 당나라 원군 중랑장으로 왔다가 신라에 귀화한 이무 장군, 이상 3분의 위패를 모시고 향사하고 있다. 그런데 군위 지역에서 장군당을 성역화하고, 김유신 장군을 문화영웅으로 추대하고, 나아가 문화 콘텐츠를 개발하기 위해서는 김유신 장군의 캐릭터적 성격을 도출하고, 그것에 맞춰 모든 문화행사를 진행해 나가야 한다. 이런 점에서 군위군에서는 전해오던 문화 관습을 맹목적으로 답습할 것이 아니라, 효령사[장군당] 단오제에 대한 재정비가 필요하리라 생각된다. 2010년 5월 김해 김씨·연안 이씨·효령사공씨 이상 세 문중에서 효령사성역화추진위원회를 발족시켰지만, 공공성을 확보하기 위하여 세 장군에 대한 역사적 고찰결과 사당의 명칭도 김유신사로 고치고, 배향인물도 김유신 장군으로 제한하는 것이 군위의 역사에 충실한 조치라고 생각되었다. 김유신은 문화영웅적 측면에서 ①하늘과 통하는 신이한 능력을 갖추고 있고, 뛰어난 지혜와 과감한 결단력를 가졌고, ②삼국통일을 떠나서도 김유신은 군사전략·부대지휘·국정참여에 이르기까지 무소불위의 위치에 있었으나, 철저한 무인의 길을 걸어, 결국 백성들로부터 제왕보다 더 존경받는 무인이 되었으며, ③인간은 신을 만들었고, 그 대상은 일본의 신사(神社)처럼 선대에서 인간적 차원을 떠나 초월적이고 신적인 능력을 발휘한 인물이 고려될 수 있는데, 화랑과 무인으로서 김유신의 행적을 감안하면 얼마든지 신격화가 가능하여, 그 결과 김유신이나 어머니 만명(萬明)을 무조로 삼는 무당들이 나오게 된 것이다. 김유신 장군의 캐릭터는 첫째, 탁월한 능력을 가지고 태어났지만, 이에 추가하여 지속적으로 자기계발 노력을 경주했다. 둘째, 개인과 자기가 소속된 집단의 비전을 제시하고, 그 목표달성을 위해 지속적으로 노력하였다. 셋째, 자기가 선택한 직업에서 최고의 프로가 되려고 노력하였다. 즉 김유신은 화랑에 입문하여 고종명의 순간까지 오로지 무인으로서의 역할에 충실했다. 결론적으로 김유신은 “타고난 탁월한 능력을 개발하고 원대한 비전을 가지고 평생동안 자신의 직분에 충실했던 무인”이었음을 알 수 있었다. 앞으로 군위 지역에서 김유신 장군을 주대상으로 하는 단오제를 확대하거나 각종 문화 콘텐츠를 개발할 때 막연히 삼국통일의 영웅-김유신에만 초점이 맞출 것이 아니라, 위에서 도출된 캐릭터적 성격에 초점을 맞춰야 할 것으로 생각된다. The descendants are holding a memorial service for the repose of one`s ancestors symbol - general Kimyusin· Sojeongbang·Leemu`s mortuary tablet at Hyoryeongsa in Gunwigun.(軍威郡) It is necessary to light upon the characteristic of general Kimyusin & to keep a Hyoryeongsa festival in accordance with the characteristic for sanctuary of Hyoryeongsa, having general Kimyusin as cultural hero of korea and developing cultural contents. Hyoryeongsa Dano festival must not drive by Kimhae Kim`s family, Yeonan Lee`s family and Hyoryeong Sagong`s family, must drive by Gunwigun for security of public spirit in the future. Kimyusin in the side of cultural hero ①is a man having omniscient and omnipotent ability with wisdom & decision, ②is a absolute soldier wined the respect by the people of all nations, ③became a god by showing his transcendental ability. The character of general Kimyusin are ①omniscient and omnipotent ability & continuous self cultivation, ②showing national vision & continuous reaching the goal, ③becoming the best professional on one`s occupation. Conclusively general Kimyusin is a soldier cultivated omniscient and omnipotent ability, having greatest vision&done best one`s responsibility one`s whole life. When Hyoryeongsa Dano festival performed to focus on general Kimyusin and several cultural contents are developed in the future, it will focus on characteres of general Kimyusin rather than hero of unification of the Three Kingdoms.

수돗물속에서 관재질에 따른 생물막의 CLPP

이동근,이재화,이상현,하배진,하종명,Lee Dong-Geun,Lee Jae-Hwa,Lee Sang-Hyeon,Ha Bae-Jin,Ha Jong-Myung 한국생명과학회 2004 생명과학회지 Vol.14 No.6

배급수관망에 사용되는 아연도강관과 탄소강관이, 수돗물속에서 생장시키는 생물막의 세균농도와 미생물군집의 양상을 비교하기 위하여 Biolog GN plate를 이용한 CLPP를 수행하였다. 세균농도는 $10^4\;-\;10^6\;CFU/cm^2$이었고, 탄소강관과 아연도강관에 따른 생물막의 세균농도는 유의한 차이가 없었다. 평균적인 발색양상은 비슷하였지만 개별적인 CLPP 양상은 재질과 시기에 따라 다른 것으로 나타나, 미생물군집의 양상이 시간과 재질에 따라 다른 것을 알 수 있었다. The effect of pipe materials on biofilm communities were investigated by CLPP (community level physiology profile) using Biolog GN plates. Heterotrophic bacterial concentrations were $10^4\;-\;10^6\;CFU/cm^2$ and there was no differences between galvanized iron and carbon steel. Average optical density of Biolog plate was similar between two pipe materials. However, CLPP was different according to the type of pipe materials and exposed times to tap water, and CLPP was independent of bacterial concentration. This represents the differences of bacterial communities with pipes and water contact times.

Enterococcus faecalsis 유래의 신규 L-aspartate β-decarboxylase의 cloning, 정제 및 활성 규명

이동근,송태윤,김남영,이어진,하상안,이재화,하종명,하배진,이상현,Lee Dong-Geun,Song Tae-Yoon,Kim Nam Young,Lee Eo-Jin,Ha Sang-An,Lee Jae-Hwa,Ha Jong-Myuong,Ha Bae Jin,Lee Sang-Hyeon 한국생명과학회 2006 생명과학회지 Vol.16 No.1

L-alanine의 산업적 생산을 위한 신규의 L-aspartate $\beta-carboxylase$ 유전자를 Enterococcus faecalis에서 검색하고 이를 대장균에 형질전환시켰다. E. faecalis 유래의 ADC유전자 는 1611 bp의 염기서열로 구성되어 있으며 형질전환된 대장균에서 59 KDa의 효소를 생산하며 L-aspartate $\beta-carboxylase$의 촉매활성을 나타내는 것을 확인하였다. 본 연구결과로 기능은 모르고 유전체 서열만 아는 균체에서 신규 효소를 개발하는 방법을 확립하였으며 저가의 aspartate를 이용한 고부가가치 L-alanine을 생산할 수 있는 신규효소를 개발할 수 있었다. The gene for a L-aspartate $\beta-decarboxylase$ (ADC) from Enterococcus faecalis was cloned and sequenced. The gene comprised an open reading frame of 1,611 base pairs, which encodes a protein of 58,960 Da consisting of 536 amino acid residues. The gene was subcloned into an expression plasmid for overexpression of the ADC. The recombinant ADC was produced using E. coli as the host and purified to homogeneity. Our result showed that the ADC may be obtained from bacteria known nucleotide sequence. Thus, we suggest that high value L-alanine might be produced by low value aspartate.

일간신문과 블로그의 ‘미디어 간 의제설정’ : ‘최순실 게이트’사건 보도 비교 분석

이동근(Dong-geun Lee) 한국정치정보학회 2019 정치정보연구 Vol.22 No.2

인터넷 미디어인 블로그와 전통 매스미디어인 일간신문 간 상호 영향력 면에서의 차이를 밝혀내기 위해 블로그 포스트와 대표적인 보수 성향 일간지인 『조선일보』와 『중앙일보』, 그리고 진보 성향 일간지인 『한겨레』와 『경향신문』의 뉴스 보도를 비교 분석한 결과, 일간지의 속성의제가 블로그의 속성의제에 영향을 미친 것으로 나타났다. 특히 중앙일보가 4개 일간지 중에서 블로그와 가장 많은 영향을 주고받았다. 이는 중앙일보만이 유일하게 시기별로 중요하게 다룬 속성의제 간에 유의미한 상관관계를 보여 의제의 지속성을 유지했기 때문인 것으로 풀이된다. 중앙일보를 제외하고 블로그를 포함한 분석 대상 여타 미디어는 시간이 흐름에 따라 다룬 속성의제의 중요도에 커다란 변화를 보였다. 블로그는 중앙일보를 제외한 여타 3개 신문사 보다는 시간이 흐름에 따라 다룬 속성의제의 중요도에 있어서 상대적으로 큰 변화를 보이지 않았다. 한편 전통 매스미디어의 이념적 성향만으로는 보수 신문과 진보 신문의 불규칙해 보이는 보도 행태를 모두 설명하기 어려웠다. 이는 전통 매스미디어가 사회에서 정상적인 기능을 수행할 때 미디어의 이념 성향이 취재 보도 과정에 크게 작용하지 않는 것으로 해석된다. This study compares conventional mass media and Internet media in order to see which media is more influential than the other. ‘Choi Soon-sil Gate’ is a political scandal whereby a non-government civilian Choi Soon-sil has exerted strong influence over President Park Geun-hye long before she was elected as President. President Park was eventually impeached. Content analysis was conducted on the coverage of ‘Choi Soon-sil Gate’ by blogs and by the nation’s four major daily newspapers -- two conservative daily newspapers, Chosun Ilbo, and Joongang Ilbo, and two progressive daily newspapers, Hankyoreh and Kyunghyang Shinmun. Result shows that the daily newspapers’ attribute agendas influenced those of blogs. In particular, Joongang Ilbo influenced blogs the most and was influenced by blogs the most among four daily newspapers. Joongang Ilbo alone showed statistically significant correlations between the attribute agendas of the first half of the study period and those of the second half, and the rest of the media under study did not show consistency in coverage throughout the study period. Blogs showed less changes in coverage throughout the period than three other daily newspapers. Meanwhile, ideological stance of conventional media appeared not to be the clue to ideologically inconsistent coverage of the political scandal by conservative daily newspapers and progressive daily newspapers. When the conventional mass media fulfil normal function in society, there seems to be no room for ideological stance operating in the media coverage of issues or events of social significance.

수돗물속 생물막 형성의 초기 세균

이동근,Lee, Dong-Geun 한국환경보건학회 2007 한국환경보건학회지 Vol.33 No.5

To clarify the pioneer group in the development of biofilms in high chlorine residual water, a semi-pilot model system was operated and 16S rDNA V3 targeted PCR-DGGE was submitted. Biofilm formation occurred rapidly in the model of a drinking water distribution system. It reached $10^3\;CFU/cm^2$ or more on the surface of stainless steel, PVC, and galvanized iron in chlorinated (1.0 mg/l) water within a week. Within a week, uncultured Proteobacteria- and Bacillales group-like sequences were detected and Sphingomonas-like sequences were identified from all season and all pipe materials tested. Hence Sphingomonas species were regarded as the potential pioneer group in the development of biofilm in drinking water and this results would be useful for the prevention of biofilm formation and safety of drinking tap water.

타이타늄의 고효율 용접기술

이동근,이용태,Lee, Dong-Geun,Lee, Yong-Tai 대한용접접합학회 2007 대한용접·접합학회지 Vol.25 No.5