흰 DNA 의 총 쐐기 각도를 계산하는 컴퓨터 프로그램

이상수,강창원,박기정 ( Sang Soo Lee,Kiejung Park,Chang Won Kang ) 생화학분자생물학회 1991 BMB Reports Vol.24 No.6

A computer program for calculation of total wedge angles to reveal DNA curvature was developed. The calculation is essentially based on the wedge model and uses recently updated values of roll and tilt wedge angles and twist angles between the nearest neighbor base pairs. When the wedge angles of the individual neighboring base pairs are summed along a long DNA sequence, three dimension vectorial summations were employed. Thus, a major improvement in this calculation is to eliminate the earlier approximation of two dimension vectorial summation of roll and tilt wedge angles. The 33 DNA sequences of periodic repetition that have previously been reported to have a bent structure were analyzed with this computer program and the magnitude of gel retardation was found to be correlated with the accumulated wedge angle. Thus, the gel retardation patterns of permuted DNA fragments can be predicted with this computer program analysis. This program also correctly reveals the bending locus of pT181 replication origin sequence which does not contain any periodic poly(A) tracts.

바실러스 서브틸리스의 fsrA small RNA에 의한 TCA 회로의 유전자 조절

이상수,Lee, Sang-Soo 배재대학교 자연과학연구소 2008 自然科學論文集 Vol.19 No.1

바실러스 서브틸리스 fsrA 유전자는 대장균의 ryhB 유전자와 유사한 역할을 하는 유전자로 철 조절 유전자인 fur 유전자의 조절을 받는다. 철의 농도가 높을 때에는 ryhB 유전자의 전사가 fur에 의해 억제되지만 철의 농도가 낮아지면 세포내의 철을 보다 효율적으로 절약하기 위하여 ryhB의 전사 억제가 풀려 ryhB small RNA가 생성되고 이는 철을 함유하는 sdhCDAB (succinate dehydrogenase) 유전자의 발현을 억제한다. 본 연구에서는 바실러스에서 이에 상응하는 유전자인 fur와 fsrA의 결실 균주들을 대상으로 여러 TCA 회로의 유기산을 탄소원에서의 이들 균주들의 성장을 측정하였다. 실험 결과 대장균의 fur/ryhB와 마찬가지로 succinate를 탄소원으로 할 경우 바실러스 fur 결실 균주는 성장이 매우 적었지만 fur/fsrA 결실 균주는 정상적으로 성장하였다. 또한 succinate 이외에 citrate, fumarate의 경우도 succinate와 유사한 결과를 보이는 반면에 malate의 경우 fur나 fur/fsrA의 결실 균주들에서 성장이 큰 차이를 보이지 않았다. 이 결과 TCA 회로에서 succinate 상부에 해당하는 유전자들은 fsrA에 의해 억제되나 succinate 하부에 해당하는 유전자들은 fsrA에 의해 억제되지 않는 것으로 생각된다. The fsrA gene in Bacillus subtilis has an analogous role of ryhB in E. coli and is controlled under fur, the iron regulator gene. At high concentration of iron the transcription of ryhB is repressed by fur and ryhB is transcribed under low concentration of iron. To spare iron produced ryhB small RNA represses the expression of sdhCDAB (succinate dehydrogenase). This study shows the growth rate of Bacillus subtilis strain of fur and fur/fsrA deletion mutants using organic acids of TCA cycle as carbon source. Mutant strain of fur does not grow well with succinate carbon source, but further deletion of fsrA regain to the growth of wild type strain. Also, nearly same results were observed with citrate and fumarate. These results are consistent to those of E. coli system. But fur and fur/fsrA deletion mutants grow well as much as the growth of wild type with malate carbon source. These results showed that upstream genes of succinate of TCA cycle are repressed by fsrA, but downstream of succinate are not repressed by fsrA.

국소적 섬유연골성 이형성증(FFCD)에 의한 경골 내반 - 증례 보고 -

이상수,황호연,이동희,남일현,백애란,손경락,이상언,Lee, Sang-Soo,Hwang, Ho-Yeun,Lee, Dong-Hee,Nam, Il-Hyun,Paik, Ae-Lan,Sohn, Kyung-Rak,Lee, Sang-Un 대한근골격종양학회 2000 대한골관절종양학회지 Vol.6 No.2

국소적 섬유연골성 이형성증(FFCD)은 소아에서 일측성 경골 내반 소견을 보이는 드문 양성 질환이다. FFCD는 근위 경골 내측 골간단과 골간의 이행부에 오목한 방사선 투과 음영 소견을 보이는 전형적인 방사선 소견을 지니고 있다. 경골 내반이 병변 부위에서 발생한다. 내반의 교정과 골결손의 치유가 흔히 자발적으로 일어나기도 하지만 골교정술을 요하기도 한다. 저자들은 절제 조직 생검술로 진단하고 절골술 및 골이식술을 시행함으로써 치유한 FFCD에 의한 일측성 경골 내반 1예를 문헌고찰과 함께 보고하는 바이다. Focal fibrocartilaginous dysplasia(FFCD) is an uncommon, benign condition associated with unilateral tibia vara among young children. FFCD has a typical plain radiographic finding, which has a concave radiolucent defect in the metadiaphyseal junction of medial aspect of the proximal tibia. The varus deformity occurs at the site of the lesion. Spontaneous remodeling and resolution of bony defect may be expected, but the corrective osteotomy may also be needed in some cases. The authors described a case of unilateral tibia vara caused by FFCD, diagnosed by excisional biopsy and treated with dome-shaped proximal tibial osteotomy and bone graft.

K11 RNA 중합효소의 Cloning 및 발현

이상수,Lee, Sang-Soo 배재대학교 자연과학연구소 1997 自然科學論文集 Vol.9 No.1

PCR 방법을 이용하여 K11 RNA 중합효소를 coding하는 Klebsiella phage gene 1을 cloning 하였고 lac 전사촉진제 조절 하에 발현시켰다. K11 RNA 중합효소는 DAEA-sephacel과 Affigel blue column chromatographies를 사용하는 상용 방법으로 분리하였다. DAEA-sephacel의 0.2-0.3 M $NH_4Cl$ 분획에서 K11 RNA 중합효소의 활성을 보였고, 다음 단계의 Affigel blue column에서 SDS-polyacryl amide gel 상의 단일 band로 분리되었다. K11 RNA 중합효소는 T7 그룹 phage RNA 중합효소로 다른 T7 그룹phage RNA 중합효소와 많은 상동성을 보인다. (대장균 phage T7, T3과 Salmonella tyhimurium phage SP6 RNA 중합효소). 이미 우리는 T7과 SP6 전사촉진제 변이체를 제조한 바 있고 T7과 SP6 RNA 중합효소의 전사촉진제 특이성을 연구한 바 있다 (이상수와 강창원, 1993). K11 RNA 중합효소의 전사촉진제 특이성을 알아보기 위해 SP6 전사촉진제 변이체를 사용하여 in vitro K11 RNA 중합효소의 활성을 측정하였다. 이 변이체 중 K11 전사촉진제와 가장 유사한 것이 가장 높은 K11 RNA 중합효소 활성을 보였다. Using the PCR(polymerase chain reaction method), gone 1 of phage K11 coding for K11 phage RNA polymerase has been cloned and expressed under the control of lac promoter. K11 phage RNA polymerase was conventionally purified through the DEAE-sephacel and Affigel blue column chromatographies. The 0.2-0.3 M $NH_4Cl$ fractions of DAEA-sephacel column chromatography showed K11 phage RNA polymerase activity and further purification with Affigel blue column chromatography showed nearly single protein band on SDS-polyacryl amide gel. K11 phage RNA polymerase, which is one of the T7 group phage RNA polymerase (E. coil phage T7, T3 and Salmonella tyhimurium phage SP6 RNA polymerase), shares high degrees of homology with the other T7 group phage RNA polymerase. Previously we constructed T7 and SP6 promoter variants and revealed promoter specificity of T7 and SP6 RNA polymerase (Lee and Kang, 1993). To investigate the promoter specificity of K11 RNA polymerase in vitro K11 promoter activity was measured with SP6 promoter variants. The SP6 promoter variant share highest degrees of sequence homology with K11 promoter sequence show strongest promoter activity.

파아지 T7 유전자 10 의 앞부분 휜 DNA 구조 쐐기 각도에 의한 분석

이상수,강창원 ( Sang Soo Lee,Chang Won Kang ) 생화학분자생물학회 1991 BMB Reports Vol.24 No.6

Just upstream of the gene 10 in bacteriophage T7 genome there exist expression regulatory sequences for phage T7 RNA polymerase transcription and hose E. coli ribosome translation. These DNA regions have been examined for sequence-directed DNA bending. First, plasmids containing a tandem repeat of each were constructed. Then, each plasmid was digested with various restriction enzymes to produce circularly permuting DNA fragments of the same length. Our results of polyacrylamide gel electrophoresis of the fragments revealed that about 30 base pairs downstream of the translation initiation codon ATG there appears to exist a sequence-directed DNA bending. The bent region does not contain any oligo(A) tract which is known to cause bending of DNA. Calculations of the accumulated DNA axis deflection angles of DNA fragments based on the roll and tilt wedge angles of nearest neighbor base pairs revealed a good correlation between the experimental gel mobility retardation degrees and calculated DNA axis deflection angles of all the permuted DNA fragments. These data support the wedge model of DNA curvature.

A Computer Program to Calculate Total Wedge Angle of Curved DNA

이상수,박기정,강창원,Lee, Sang-Soo,Park, Kie-Jung,Kang, Chang-Won 생화학분자생물학회 1991 한국생화학회지 Vol.24 No.6

DNA의 흰 정도를 알 수 있게 총 쐐기 각도를 계산하는 컴퓨터 프로그램을 개발하였다. 이 계산은 본질적으로 쐐기 모델에 근거하여 바로 이웃하는 염기 쌍의 횡사 및 경사 쐐기 각도와 비틀림 각도의 새로운 값들을 사용하였다. 각각의 이웃하는 염기 쌍의 쐐기 각도를 긴 DNA 서열을 따라 합산할 때 3차원적 벡터의 합산 방법을 적용하였다. 따라서 이 계산 방법으로 개선된 점은 횡사와 경사 쐐기 각도의 2차원적 벡터 합산에서 계산되는 근사값이 아닌 실제값을 계산할 수 있다는 데에 있다. 주기적으로 반복하며 흰 구조를 가진 것으로 이미 보고된 33개의 DNA 서열을 이 컴퓨터 프로그램으로 분석하였더니, 겔에서의 이동 속도가 축적된 쐐기 각도와 상관관계가 있음이 밝혀졌다. 따라서 순환된 DNA 단편의 겔에서 이동 속도 양상은 이 컴퓨터 프로그램 분석에 의해 예측할 수 있다. 이 프로그램은 또한, 주기적으로 연속된 A 염기를 갖지 않는 pT181 DNA의 축이 복제를 시작하는 부근에서 휨을 정확히 지적하고 있다. A computer program for calculation of total wedge angles to reveal DNA curvature was developed. The calculation is essentially based on the wedge model and uses recently updated values of roll and tilt wedge angles and twist angles between the nearest neighbor base pairs. When the wedge angles of the individual neighboring base pairs are summed along a long DNA sequence, three dimension vectorial summations were employed. Thus, a major improvement in this calculation is to eliminate the earlier approximation of two dimension vectorial summation of roll and tilt wedge angles. The 33 DNA sequences of periodic repetition that have previously been reported to have a bent structure were analyzed with this computer program and the magnitude of gel retardation was found to be correlated with the accumulated wedge angle. Thus, the gel retardation patterns of permuted DNA fragments can be predicted with this computer program analysis. This program also correctly reveals the bending locus of pT181 replication origin sequence which does not contain any periodic poly(A) tracts.

샌드플럭스 장치를 이용한 순환모래의 생산횟수별 품질변화 및 모르타르의 역학특성에 관한 실험적 연구

이상수,송하영,김준석,김재환,이종석,Lee, Sang-Soo,Song, Ha-Young,Kim, Joon-Seok,Kim, Jae-Hwan,Lee, Jong-Suk 한국건설순환자원학회 2009 한국건설순환자원학회지 Vol.4 No.1

본 연구에서는 습식방식 생산시스템의 품질의 대폭적인 향상이 가능한 건설폐기물 재활용을 위한 이물질 분리 선별 장치인 샌드플럭스(Sand Flux)를 개발하기 위한 연구의 일환으로써, 샌드플럭스 장치에서 생산된 순환모래의 기초물성을 평가하고 모르타르의 공학적 특성을 실험 실증적으로 검토함으로써, 본 연구 장치의 성능을 검증하고 하였으며, 본 연구의 기초물성 실험결과, 절건밀도의 경우, RS-II($2.25g/cm^3$)~RS-VI($2.37g/cm^3$), 흡수율의 경우, RS-II(6.46%)~RS-VI(4.36%)의 경향을 나타내어 샌드플럭스 장치를 거친 순환모래가 소폭의 개선효과를 보이고 있어 본 연구의 목표성능(KS F 2573)에는 대부분 만족하였지만 구조체용 콘크리트용 잔골재의 품질 기준에는 만족하지 못하였다. 또한, 0.08mm체 통과량의 경우, RS-II(7.34%)~RS-VI(0.86%), 점토덩어리량의 경우, RS-II(19.49%)~RS-VI(0.87%), 유기이물질 함유량의 경우, RS-II(1.24%)~RS-VI(0.09%) 등으로 품질성능이 크게 개선되는 경향을 나타내어 본 연구에서 설정한 목표 품질수준 만족하여 본 연구 샌드플럭스 장치의 우수성을 확인할 수 있었다. 한편, 모르타르 품질실험 결과, 샌드플럭스(Sand Flux) 장치를 거친 최종 생산된 순환모래 RS-VI를 사용한 RS-II를 사용한 모르타르 보다 플로우 및 압축강도가 다소 증가되는 경향을 보였으며, 수축특성 또한 샌드플럭스 장치를 거쳐 최종 생산된 순환모래 RS-IV를 사용한 모르타르의 균열발생량이 현저히 감소되는 성상을 나타내었다. This study has shown the tendency to enhance Sand Flux, a device of separating screening the foreign matter, for the recycling of construction waste possible to improve the quality of wet type production system meaningfully as part of research. As a result of experiment on the basic material properties, this study had a tendency to improve the quality and performance significantly in case of absolute surface dried density, 0.08mm sieve throughput, volume of clay lumps, and content of organic foreign matter. In addition, as a result of examining the quality characteristics of mortar, this study has shown the tendency that the flow and compressive strength more increased than the mortar using RS-II by utilizing RS-VI recycled sand produced finally through the device Sand Flux. As for the shrinkage properties, this study has shown the character the generation rate of crack of mortar using RS-IV recycled sand produced finally through the device Sand Flux.

A DNA Bending at Early Region of Phage T7 Gene 10 Analyzed by Wedge Angles

이상수,강창원,Lee, Sang-Soo,Kang, Chang-Won 생화학분자생물학회 1991 한국생화학회지 Vol.24 No.6

파아지 T7 게놈의 유전자 10의 앞부분에는 파아지 RNA 중합효소에 의한 전사와 숙주 대장균 리보솜에 의한 번역에 필요한 염기열들이 있다. 이 부위의 DNA가 휘어져 있는지를 살펴보았다. 우선 각 부위의 DNA 조각이 나란히 중복된 플라스미드를 제조하여 여러 가지 제한효소로 절단하였을 때 서로 다른 위치에서 시작하지만 같은 조성과 길이를 가진 조각들이 얻어질 수 있도록 하였다. 이들을 폴리아크릴아미드 겔 전기영동으로 분석한 결과 번역개시 코돈인 ATG 아래로 30 염기쌍 떨어진 곳에서 DNA가 휘어져 있음을 알 수 있었다. 이 주위에는 DNA를 휘게 하는 아데닌 소중합 염기열이 없기 때문에, 연접 염기쌍 사이의 횡전 벚 경사 쐐기 각도들을 이용하여 전체 DNA의 휘어진 정도를 계산한 결과, 겔상의 이동 속도 변화와 잘 일치하였다. 이 결과는 DNA가 각 인접 염기쌍 사이의 횡전과 경사에 의해서 휘어진다는 설을 뒷받침하고 있다. Just upstream of the gene 10 in bacteriophage T7 genome there exist expression regulatory sequences for phage T7 RNA polymerase transcription and hose E. coli ribosome translation. These DNA regions have been examined for sequence-directed DNA bending. First, plasmids containing a tandem repeat of each were constructed. Then, each plasmid was digested with various restriction enzymes to produce circularly permuting DNA fragments of the same length. Our results of polyacrylamide gel electrophoresis of the fragments revealed that about 30 base pairs downstream of the translation initiation codon ATG there appears to exist a sequence-directed DNA bending. The bent region does not contain any oligo(A) tract which is known to cause bending of DNA. Calculations of the accumulated DNA axis deflection angles of DNA fragments based on the roll and tilt wedge angles of nearest neighbor base pairs revealed a good correlation between the experimental gel mobility retardation degrees and calculated DNA axis deflection angles of all the permuted DNA fragments. These data support the wedge model of DNA curvature.

DWS(DaeWoo Building System) 공법

이상수,Lee, Sang-Soo 한국건축시공학회 2002 한국건축시공학회지 Vol.2 No.2

매스콘크리트의 현장적용을 위한 품질관리시스템

이상수,Lee, Sang-Soo 한국건축시공학회 2002 한국건축시공학회지 Vol.2 No.1