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- 저자 : 윤도원(Doh-Won Yun) (검색결과 3 건)
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분자표지 활용 무 육종을 위한 High-throughput DNA 추출법 탐색
최정근(Jeong-Keun Choi),박수형(Suhyoung Park),윤도원(Doh-Won Yun),구자환(Ja-Hwan Ku) 한국원예학회 2006 원예과학기술지 Vol.24 No.4
배추과 작물의 자가불화합성은 잡종종자의 생산에 유용하게 이용되어왔다. 자가불화합 특성은 주두측의 S-locus glycoprotein(SLG)와 S-locus receptor kinase(SRK)에 의하여 발현이 조절되는 것으로 보고 되었다. 이에 관련된 연구가 활발하게 진행된 결과 육종 기간과 선발에 소요되는 대면적 재배를 효과적으로 감소시킬 수 있는 다양한 분자표지들이 개발되었다. 본 연구는 유용한 분자 표지를 실질적으로 육종에 활용하고자 할 때 기본적으로 필요한 DNA의 high-throughput 추출법을 밝히고자 수행하였다. 무는 조직내부에 상당량의 polysaccharide가 함유되어 있어 DNA의 추출이 다른 작물에 비하여 까다롭다. 따라서 CTAB법을 변형시킨 다양한 방법이 활용되어 왔으나 다수의 시료에서 단기간에 DNA를 추출하기에는 어려움이 있다. 본 연구에서는 시료 마쇄에 소요되는 노력을 절감하기 위하여 시료의 마쇄 상태가 최종적인 DNA의 수율에 영향을 적게 미치는 것으로 보고된 Xanthogenate 버퍼 이용법과 시중에 판매되고 있는 Dneasy 96-plant kit 및 Wizard Magnetic 96 DNA plant system, 그리고 FB plate와 Xanthogenate 버퍼를 함께 이용하는 방법 중 무의 high-throughput DNA 추출에 효과적인 방법을 찾고자 하였다. 실험 결과 위의 4가지 DNA 추출 방법 모두 목적 DNA를 증폭시킴으로 무의 PCR based selection에는 적합한 것으로 판단되었다. 시약과 팁 등 부대소모품의 가격, 추출에 필요한 노력, DNA의 품질과 PCR 증폭 효율을 비교한 결과 FB plate와 Xanthogenate버퍼를 이용한 방법이 가장 효과적이었음을 밝혔다. The self-incompatibility (SI) has been used for hybrid seed production in Brassica crops. Concerning the SI response, the S-locus glycoprotein (SLG) and the S-locus receptor kinase (SRK) genes were reported to control the SI response in the stigmatic side. Many primers have been developed using sequence of these two specific genes in Brassica crops. The first step of applying these primers into molecular analysis of SI is DNA extraction. In order to analyse thousands of sample in a short time, finding fast and efficient DNA extraction method was required. In this study, four kinds of DNA extraction methods (xanthogenate buffer, FB plate with xanthogenate buffer, Dneasy 96-plant kit, and Wizard Magnetic 96 DNA plant system) were compared for efficiency in radish. All four PCR amplification results show target bands, thus these four methods were considered good for PCR-based selection in radish. Comparing cost, labour, DNA quality and PCR amplification rate, a method using FB plate with xanthogenate buffer was proved efficient for DNA extraction in radish.
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우서(Seo Woo),노일섭(Ill-Sup Nou),양승렬(Seung-Yul Yang),은무영(Moo-Young Eun),차영순(Young-Soon Cha),윤도원(Doh-Won Yun) 한국원예학회 2008 원예과학기술지 Vol.26 No.4
RAPD 마커를 이용하여 24개 국내외 대파 유전자원에 대해 유연관계를 분석하였다. RAPD 분석에 사용된 14개 primer에서 나타난 DNA 단편 크기는 0.10-2.00kb 범위에 위치하였다. 총 밴드 수는 290개였으며 이중 다형성을 나타내는 밴드는 54(19%)개였다. 유집분석 결과 크게 세 그룹으로 분류되었으며 ‘설풍’ 그룹은 19점, ‘금장3호’ 그룹은 2점, ‘금장’ 그룹 3점으로 형성되었다. RAPD analysis was used to determine the genetic relationship of 24 welsh onion (Allium fistulosum L.) accessions. Fourteen random primers were tested and two primers which showed polymorphism were selected. The amplified fragments ranged from 0.10 to 2.00 kb in size. The total number of polymorphic bands scored was 54 (19%). From cluster analysis, 24 accessions were separated into three major groups: Nineteen out of 24 accessions that belonged to ‘Seol Poong’ groups were divided into four subgroups. Also three out of 24 accessions that belonged to ‘Kincho’ groups were divided into two subgroups. And two out of 24 accessions that belonged to ‘Kincho 3go’ groups were divided into two cultivars.
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손수인 ( Soo-in Sohn ),오영주 ( Young-ju Oh ),김병용 ( Byung-yong Kim ),장안철 ( Ancheol Chang ),이범규 ( Bumkyu Lee ),윤도원 ( Doh-won Yun ),이강섭 ( Gang-seob Lee ),오성덕 ( Sung-dug Oh ),조현석 ( Hyun-suk Cho ) 한국환경농학회 2016 한국환경농학회 학술대회집 Vol.2016 No.-
The studies about the effect of planted GM crops on soil microorganisms have been continued. Although many studies have been carried out over the past decades, they provided contradictory information about the effect on soil microorganisms even for the same GM crop due to the diversity of soil environment, which means the effect of GM crops on soil microorganisms should be considered in many aspects. In this study, we investigated the effect of the drought tolerant rice, MSRB2-Bar-8 which expresses CaMSRB2 gene on soil microorganisms based on the culture-dependent and culture-independent methods. For this, soil chemical analysis, population density of soil microorganisms, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and pyrosequencing were analyzed with rhizosphere soils of GM and the non-GM counterpart of Ilmi rice. There was no significant difference in soil chemicals between GM and non-GM rice. The microbial community densities of the GM soils were found to be within the range of those of the non-GM rice. The DGGE patterns of the total soil microorganisms for GM and non-GM rice were also similar. In the pyrosequencing analyses, Proteobacteria and Cloroflexi were dominant at seedling stage while Cloroflexi showed dominance over Proteobacteria at maturity stage in both soils. In UPGMA dendrogram, two soils were grouped by time period showing difference in soil microorganisms by time period; however, such difference was not the difference in soil microorganisms between GM and non-GM. In conclusion, the results from this study imply that the effect of MSRB2-Bar-8 cultivation on soil microorganisms is not significant.
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