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- 저자 : 안준환(Joon-Hwan Ahn) (검색결과 7 건)
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G+C 함량이 높은 Primer를 사용하는 중합효소 연쇄반응에서 변성제가 미치는 영향
김종배(Jong-Bae Kim),안준환(Joon-Hwan Ahn),엄용빈(Yong-Bin Eom),김영미(Young-Mi Kim) 대한의생명과학회 1996 Biomedical Science Letters Vol.2 No.2
G+C 함량이 높은 primer를 이용한 중합효소 연쇄반응을 실시하는 경우 높은 annealing 용도로 인하여 특이 염기서열의 합성정도가 매우 미약하게 나타나는 경우가 많이 있다. 이와 같은 문제점을 보완하기 위하여 glycerol, formamide 및 dimethyl sulfoxide (DMSO) 등의 변성제를 반응용 완충액에 첨가하고 중합효소 연쇄반응을 실시하여 그 결과를 비교 검토하였다. G+C 함량이 낮은 Borrelia burgdorferi의 Ly1 유전자의 primer set인 Bb 679와 Bb 680를 이용한 중합효소 연쇄반응에서는 변성제 첨가에 따른 합성 DNA의 양의 변화가 뚜렷하지 않았다. 그러나 G+C 함량이 높은 primer set인 Mycobacterium paratuberculosis의 IS900 유전자의 IS900/150C와 IS900/921를 이용한 중합효소 연쇄반응을 유도한 경우에는 변성제를 첨가함에 따라 합성된 DNA의 양의 증가가 뚜렷하였으며, 2.5% glycerol과 1.25% formamide를 혼합 첨가한 경우와 또는 2.5% DMSO를 반응용 완충액에 첨가하였을 때 비특이적인 증폭비율이 낮아 특이 염기서열의 합성 결과가 양호한 것으로 나타났다. Poor yields of amplified DNAs could be resulted in polymerase chain reaction(PCR) processes with G+C-rich DNA primers because of their high Tm values. To maximize the yields of amplification in PCR processes with G+C-rich primers, we compared the yields of amplified DNA fragments according to the concentrations of specific denaturants added to the reaction mixture of PCR system. With addition of the mixture of 2.5% glycerol and 1.25% formamide, or 2.5% dimethyl sulfoxide to the reaction cocktail, respectively, remarkable increases in the yields of amplified DNA fragments were not observed in the PCR systems with G+C-low primers of Ly1 chromosomal gene from Borrelia burgdorferi but observed in the PCR system with G+C-rich primers of IS900 gene from Mycobacterium paratuberculosis. Although we were not practically able to discriminate the yields of PCR DNAs according to the concentrations used in this study, addition of the mixture of 5% glycerol and 2.5% formamide, or 5% DMSO tended to increase the production of extra bands.
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국내에서 채집한 진드기에서 중합효소연쇄반응을 이용한 라임병균 및 Ehrlichiosis 원인체의 검출
김종배(Jong-Bae Kim),송혜원(Hye-Wone Song),박성언(Sung-Un Park),박상욱(Sang-Wook Park),안준환(Joon-Hwan Ahn),엄용빈(Yong-Bin Eom),김영미(Young-Mi Kim) 대한의생명과학회 1998 Biomedical Science Letters Vol.4 No.2
국내에서 채집한 진드기의 라임병 및 ehrlichiosis 원인체 보균 상태를 조사하기 위하여 총 516마리 (Ixodes spp. 22마리, Haemaphysalis spp. 494마리)의 ixodid 진드기를 봄과 가을에 걸쳐 강원도 고산지대 일원에서 채집하였다. 수집한 진드기에서 DNA를 추출ㆍ정제한 후 추출한 DNA를 template로 이용하여, Borrelia burgdorferi sensu lato 및 Ehrlichia spp.에 특이하게 반응하도록 제작한 primer를 이용한 중합효소연쇄반응 (polymerase chain reaction, PCR)을 실시하였으며, 이 결과를 oligonucleotide probe를 사용한 southern blotting을 통하여 다시 확인하였다. 총 516마리의 진드기중 B. burgdorferi sensu lato DNA 양성인 진드기는 68 (13.2%)마리 (B. burgdorferi sensu stricto, 2; B. afzelii, 1; B. garinii, 33; B. tanukii, 8; B. turdae, 4)로 나타났으며 이 중 37 (7.2%)마리의 진드기는 southern blot analysis에서도 양성으로 확인되었다. 또한 101 (19.2%)마리의 진드기가 Ehrlichia spp.에 대한 PCR에서 양성이었으나, 이들 중 25 (4.8%)마리만이 southern blot analysis에서 양성으로 확인되었다. 그러나 사람의 병인체로 추정되는 human granulocytic ehrlichiosis (HGE) agent DNA를 보균한 진드기는 확인되지 않았다. 한편 라임병균과 ehrlichiosis 원인체를 동시에 보균한 것으로 밝혀진 진드기가 3마리에서 (0.6%) 확인되어, 국내에서도 진드기 교상시 이들 두 가지 열성질환이 동시에 감염될 가능성이 있는 것으로 사료됨으로 진드기 매개성 열성질환에 대한 적절한 진단법 등을 보다 체계적으로 연구하여야 할 것으로 판단된다. To investigate the distribution of Borrelia burgdorferi and human granulocytic ehrlichiosis (HGE) agent in ticks, adult ixodid ticks of Ixodes spp. and Haemaphysalis spp. were collected from the high mountain areas of Kangwon Province. Using DNAs extracted and purified in the collected ticks, polymerase chain reaction (PCR) was performed to amplify the specific nucleotide sequences of both agents. Of the 516 ticks, a total of 68 (13.2%) ticks was positive for Borrelia burgdorferi sensu lato with PCR analysis (2 for B. burgdorferi sensu stricto; 1 for B. afzelii; 33 for B. garinii; 8 for B. tanukii; 4 for B. turdae). However a little more than half of PCR-positive ticks (37/68) was found to be positive in the southern blot analysis with B16S oligonucleotide probe. One hundred and one (19.2%) ticks were positive for Ehrlichia spp. in PCR, and a quarter of them (25/101) was positive in southern blot with E16S oligonucleotide probe. But none of them was found to be the DNA of HGE agent. And 0.6% (3/516) ticks were positive for both of B. burgdorferi sensu lato and Ehrlichia spp. These findings might implicate the possibility of the outbreak of lyme borreliosis and ehrlichiosis in Korea, and more extensive studies may be need for the diagnosis of multiple tick-borne diseases.
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국내에서 채집한 진드기에서 중합효소연쇄반응을 이용한 라임병균 및 Ehrlichiosis 원인체의 검출
김종배,엄용빈,박성언,박상욱,김영미,송혜원,안준환 THE KOREAN SOCIETY FOR BIOMEDICAL LABORATORY SCIEN 1998 Journal of biomedical laboratory sciences Vol.4 No.2
국내에서 채집한 진드기의 라임병 및 ehrlichiosis원인체 보균 상태를 조사하기 위하여 총 516마리 (Ixodes spp. 22마리, Haemaphysalis spp. 494마리)의 ixodid 진드기를 봄과 가을에 걸쳐 강원도 고산지대 일원에서 채집하였다. 수집한 진드기에서 DNA를 추출 ·정제한 후 추출한 DNA를 template로 이용하여 , Borrelia burgdorferi sensu lato 및 Ehrlichia spp.에 특이하게 반응하도록 제작한 primer를 이용한 중합효소연쇄반응 (polymerase chain reaction, PCR)을 실시하였으며, 이 결과를 oligonucleotide probe를 사용한 southern blotting을 통하여 다시 확인하였다. 총 516마리의 진드기중 B.garinii sensu lato DNA 양성 인 진드기는 68(13.2%)마리 (B. burgdorferi sensu stricto,2; B. afzelii,1; B. garinii,33; B.tanukii,8; B.turdae, 4)로 나타났으며 이 중 37 (7.2%)마리의 진드기 는 southern blot analysis에서도 양성으로 확인되었다. 또한 101 (19.2%)마리의 진드기가 Ehrlichia spp.에 대한 PCR에서 양성 이었으나, 이들 중 25 (4.8%)마리 만이 southern blot analysis에서 양성으로 확인되었다. 그러나 사람의 병인체로 추정 되는 human granulocytic ehrlichiosis (HGE) agent DNA를 보균한 진드기는 확인되지 않았다. 한편 라임병균과 ehrlichiosis원인체를 동시에 보균한 것으로 밝혀진 진드기가 3마리에서 (0.6%)확인되어,국내에서도 진드기 교상시 이들 두 가지 열성질환이 동시에 감염될 가능성이 있는 것으로 사료됨으로 진드기 매개성 열성질환에 대한 적절한 진단법 등을 보다 체계적으로 연구하여야 할 것으로 판단된다. To investigate the distribution of Borrelia Burgdorferi and human granulocytic ehrlichiosis(HGE) agent in ticks, adult ixodid ticks of Ixodes spp. and Haemaphysalis spp. were collected from the high mountain areas of Kangwon Province. Using DNAs extracted and purified in the collected ticks, polymerase chain reaction (PCR) was performed to amplify the specific nucleotide sequences of both agents. Of the 516 ticks, a total of 68 (13.2%) ticks was positive for Borrelia burgdorferi sensu lato with PCR analysis (2 for B. burgdorferi sensu stricto; 1 for B. afzelii; 33 for B. garinii; 8 for B.tanukii; 4 for B. turdae). However a little more than half of PCR-positive ticks (37/68) was found to be positive in the southern blot analysis with Bl6S oligonucleotide probe. One hundred and one (19.2%) ticks were positive for Ehrlichia spp. in PCR, and a quarter of them (25/101) was positive in southern blot with E16S oligonucleotide probe. But none of them was found to be the DNA of HGE agent. And 0.6% (3/516) ticks were positive for both of B. burgdorferi sensu lato and Ehrlichia spp. These findings might implicate the possibility of the outbreak of lyme borreliosis and ehrlichiosis in Korea, and more extensive studies may be need for the diagnosis of multiple tick-borne diseases.
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G+C 함량이 높은 Primer를 사용하는 중합효소 연쇄반응에서 변성제가 미치는 영향
김영미,안준환,김종배,엄용빈 THE KOREAN SOCIETY FOR BIOMEDICAL LABORATORY SCIEN 1996 Journal of biomedical laboratory sciences Vol.2 No.2
G+C 함량이 높은 primer를 이용한 중합효소 연쇄반응을 실시하는 경우 높은 annealing 온도로 인하여 특이 염기서열의 합성정도가 매우 미약하게 나타나는 경우가 많이 있다. 이와 같은 문제점을 보완하기 위하여 glycerol, formamide 및 dimethyl sulfoxide (DMSO) 등의 변성제를 반응용 완충액에 첨가하고 중합효소 연쇄반응을 실시하여 그 결과를 비교 검토하였다. G+C 함량이 낮은 Borrelia burgdorferi의 Ly1 유전자의 primer set인 Bb 679와 Bb 680를 이용한 중합효소 연쇄반응에서는 변성제 첨가에 따른 합성 DNA의 양의 변화가 뚜렷하지 않았다. 그러나 G+C 함량이 높은 primer set인 Mycobacterium paratuberculosis의 IS900 유전자의 IS900/150C와 IS900/921를 이용한 중합효소 연쇄반응을 유도한 경우에는 변성제를 첨가함에 따라 합성된 DNA의 양의 증가가 뚜렷하였으며, 2.5% glycerol과 1.25% formamide를 혼합 첨가한 경우와 또는 2.5% DMSO를 반응용 완충액에 첨가하였을 때 비특이적인 증폭비율이 낮아 특이 염기서열의 합성 결과가 양호한 것으로 나타났다. Poor yields of amplified DNAs could be resulted in polymerase chain reaction(PCR) processes with G+C-rich DNA primers because of their high Tm values. To maximize the yields of amplification in PCR processes with G+C-rich primers, we compared the yields of amplified DNA fragments according to the concentrations of specific denaturants added to the reaction mixture of PCR system. With addition of the mixture of 2.5% glycerol and 1.25% formamide, or 2.5% dimethyl sulfoxide to the reaction cocktail, respectively, remarkable increases in the yields of amplified DNA fragments were not observed in the PCR systems with G+C-low primers of Lyl chromosomal gene from Borrelia burgdorferi but observed in the PCR system with G+Crich primers of IS900 gene from Mycobacterium paratuberculosis. Although we were not practically able to discriminate the yields of PCR DNAs according to the concentrations used in this study, addition of the mixture of 5% glycerol and 2.5% formamide, or 5% DMSO tended to increase the production of extra bands.
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