지구관측자료 메타데이터 설계에 관한 연구

안부영,한정민,권오경,조민수,Ahn, Bu-Young,Han, Jeong-Min,Kwon, Oh-Kyoung,Joh, Min-Su 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2008 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.39 No.2

최근 들어 태풍, 홍수, 지진, 지진해일 등 자연재해가 빈번하고 그 규모가 커지면서 세계 여러 나라들은 지구관측을 통한 지구환경 보호에 큰 관심을 기울이고 있다. 지구관측자료는 각 분야별로 형태가 다양하다는 특징을 가지고 있기에 분야별, 기관별, 국가별로 자료공유 및 교환이 어려운 실정이다. 이에, 본 연구는 지구관측그룹(Group on Earth Observation, GEO)에서 논의되고 있는 데이터 공유 및 교환 원칙 등을 참고하여 국내 실정에 맞는 메타데이터 표준화 방안을 제시하기 위해 수행되었다. 메타데이터 표준을 설계하기 위해, 전지구 관측시스템(Global Earth Observation System of Systems, GEOSS) 9개 사회편익 분야별로 이용되고 있는 지구관측자료의 메타데이터 현황을 파악하고 다양한 메타데이터를 통합하는 데 필요한 메타데이터 스키마를 설계하였다. Recently, the frequency and scale of natural disasters such as typhoons, flood, earthquakes, and tidal waves from earthquakes has been increasing. Several nations have recognized that earth observation is essential for protecting the Earth's environment. However, as the data format from earth observation varies depending on areas, institutes, and countries, sharing and exchange between data is difficult. Thus, we have a metadata standardization scheme suitable for the domestic situation to allow exchange of data between societal benefit areas with reference to principles of data sharing and exchange that are discussed on GEO (Group on Earth Observation). We have also designed metadata schemes required to identify the metadata situation of earth observation data being used for 9 societal benefit areas of GEOSS(Global Earth Observation System of Systems).

GenBank를 활용한 이종의 콘텐트 연계 프로토타입 시스템 개발 연구

안부영,신용주,김대환,Ahn, Bu-Young,Shin, Young-Ju,Kim, Dea-Hwan 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2009 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.40 No.4

Among biological information, GenBank, provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI)of the United States, is a representative database on genetic information and is the most widely used by researchers around the world. Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI) visits NCBI on a regular basis and downloads the latest version of GenBank to reorganize the information gathered there into a database. This database is provided for Korean researchers of science and technology through the Bio-KRISTAL search engine, developed by KISTI. This study aims to design a service model that links information on papers, patents, and biodiversity and other contents of NDSL, an integrated service on scientific and technological information run by KISTI, with GenBank's reference and organism fields and to develop a prototype system. For this purpose, this paper explores the possibility of a linkage and convergence service between heterogeneous content by: (a) collecting GenBank data from NCBI's FTP site; (b) dividing GenBank text files into basic and reference genetic information and restructuring them into a database; (c) extracting article and patent information from the GenBank reference fields to generate new tables; and (d) leveraging data mapping technology to implement a prototype system where GenBank and NDSL data are interlinked and provided. 생명정보 중에서 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI)에서 제공하는 GenBank는 전 세계적으로 연구자들이 가장 많이 사용하는 대표적인 유전자정보 데이터베이스이다. 한국과학기술정보연구원(KISTI)은 GenBank의 최신 버전을 데이터베이스로 재구축하여 Bio-KRISTAL 검색엔진을 이용하여 국내 생명과학 연구자들에게 제공하고 있다. 본 논문에서는 GenBank 데이터베이스를 활용하여 과학기술정보 통합서비스인 NDSL의 논문정보, 특허정보, 생물다양성정보 등의 콘텐트와 GenBank reference 필드와 organism 필드를 상호 연계하는 서비스 모델을 설계하고 프로토타입 시스템을 개발하였다. 이를 위하여 1) NCBI FTP 사이트에서 GenBank 데이터를 수집하여, 2) GenBank 텍스트 파일을 유전자 기본정보와 참고정보로 나누어 데이터베이스로 재구축하여, 3) GenBank reference 필드에서 논문 및 특허 정보 추출을 통한 새로운 테이블을 생성하여, 4) 데이터 맵핑 기술을 이용하여 GenBank 데이터와 NDSL 데이터가 상호 연계되어 서비스되는 프로토타입 시스템을 구현하여 이종의 콘텐트간 연계 및 융합 서비스의 가능성을 확인하였다.

생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 개발

안부영,송치평,Ahn, Bu-Young,Song, Chi-Pyoung 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2005 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.36 No.2

국내 생명과학 관련 문헌정보는 PubMed와 같은 세계적인 의학 관련 문헌정보 서비스 목록에 8종 정도가 포함되어 있으며, 국내에 있는 문헌정보들도 여러 기관 산하 여러 개의 데이터베이스로 흩어져 있는 실정이다. 이에 생명과학 관련 연구정보의 신속한 획득을 위해 생명과학 관련 문헌정보를 하나로 통합하여 서비스하는 것이 필요하다는 바이오인포매틱스 센터 홈페이지 이용자들의 요구로 Open Access가 가능한 생명과학 관련 문헌정보를 수집하여 메타데이터 레지스트리를 구축하고 이용자들에게 서비스하고자 한다. 또한 생명과학 관련 주제별 Open Archiving Community를 구성하여 그 운영을 통한 연구자들 간의 정보교환을 유도하고, 더불어 논문뿐만 아니라 세미나 발표자료, 연구 노트, 연구보고서 등의 최신의 연구정보를 공유할 수 있도록 생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 시스템을 설계하고 구현하였다. The eight types of Korean bibliographic information of biology and life science are included in PubMed that serves universal medical bibliographic information. Other domestic bibliographic information are served on its own format at different organizations. To fulfill the CCBB homepage user's request that it is necessary that integration of bibliographic service for quick acquisition of research information, we intends to construct metadata registry and service about bibliographic information of biology and life science. This paper describes the design and implementation of bibliographic information network prototype for biology and life science that can be used to share latest research result, seminar presentation data, research note, and research paper etc as well as to exchange information between researchers through Open Archiving Community.

생명정보 분야 웹사이트 서비스에 대한 비교.분석에 관한 연구

안부영,이응봉,Ahn, Bu-Young,Lee, Eung-Bong 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2009 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.40 No.1

As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the websites dealing with Bioinformation have been set up to provide relevant information to the Bioscientists. Among the numerous global websites, the preferred websites by the majority of domestic Bioscientists are BRIC (Biological Research Information Center) of POSTECH(Pohang University of Science and Technology) in Korea, CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) of KISTI(Korea Institute of Science and Technology Information), KOBIC(Korean Bioinformation Center) of KRIBB(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology), NCBI(National Center for Biotechnology Information) in USA, EBI(European Bioinformatics Institute) in Europe and DDBJ(DNA Data Bank of Japan) in Japan. In this paper, the comparative analysis was executed by investigating contents status and functions of the above-mentioned 6 websites. In addition, questionnaire survey of Bioscience Researchers' utilization status and their needs to those 6 websites was conducted. 전 세계적으로 정보기술이 발달하고 인간유전체사업이 종료됨에 따라 대용량 생명과학과 정보기술이 접목된 생명정보학(Bioinformatics, 바이오인포매틱스)이 등장하여 지속적으로 발전하고 있다. 이러한 학문의 발전과 더불어 생명정보서비스를 위한 웹사이트가 구축되어 생명과학 연구자들에게 제공되고 있다. 전 세계의 수많은 생명정보서비스 웹사이트 중에서 연구자들이 가장 많이 활용하는 대표적인 웹사이트로는 우리나라의 포항공과대학교 생물학연구전문정보센터(BRIC), 한국과학기술정보연구원 바이오인포매틱스센터(CCBB), 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터(KOBIC), 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI), 유럽의 생물정보학연구소(EBI), 일본의 DNA데이터은행(DDBJ) 등이 있다. 본 논문에서는 위의 6개 웹사이트의 콘텐트 현황 및 기능을 조사하여 비교.분석하였다. 또한 웹사이트를 이용하는 생명과학 연구자를 대상으로 이용현황 및 요구사항에 관하여 설문조사를 실시하였다.

콘텐트 연계를 통한 주제기반 커뮤니티 모델 개발 연구 -생명과학 분야를 중심으로-

안부영 ( Bu-young Ahn ),최선희 ( Seon-heui Choi ),신용주 ( Yong-ju Shin ),김순영 ( Soon-young Kim ) 한국정보처리학회 2008 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.15 No.2

국내외 연구자들은 각자의 분야에서 다양하고 중요한 연구를 수행하면서 그 연구결과물을 생산하고 있다. 연구결과물의 형태는 학회지 및 학술대회 논문, 연구보고서, 특허, 연구노트, 세미나 발표자료, 학교교재, 신문 및 잡지의 기사 등 매우 다양하다. 이런 다양한 연구결과물을 같은 학문 분야, 같은 주제의 연구자들끼리 서로 공유하고 교환하기 위해서는 정보의 자유로운 이용에 근거한 커뮤니티 환경이 필요하다. 이에, 국가 과학기술정보 유통기관인 한국과학기술정보연구원(KISTI)에서 보유하고 있는 문헌 콘텐트와 사실 콘텐트를 주제별로 분류하고 재가공하여 특정 주제분야 전문 연구자들을 위한 오픈 아카이빙, 오픈 액세스 개념을 적용한 커뮤니티 모델을 개발하여 제공하고자 한다. 본 커뮤니티 모델은 요즘들어 가장 많은 연구가 진행되고 있는 생명과학 분야의 연구결과물을 중심으로 개발하였다. 커뮤니티 모델을 개발하기 위하여 1) KISTI가 보유하고 있는 콘텐트 현황을 조사하고, 2) 그 중에서 생명과학분야 콘텐트의 형태와 특성을 분석하고, 3) 연구자들이 연구결과물을 자유롭게 업로드/다운로드할 수 있는 웹 환경의 플랫폼을 설계하였다.

생명과학 Open Archiving Community를 위한 메타데이터 스키마 설계

안부영(Bu-young Ahn) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.1

한국과학기술정보원(KISTI) 바이오인포매틱스센터(CCBB)에서는 생명과학 관련 주제별 Open Archiving Community의 구성과 운영을 통한 연구자들 간의 정보교환을 유도하고, 더불어 논문뿐만 아니라 세미나, 연구노트 등의 최신의 연구 정보를 공유할 수 있도록 생명과학 Open Archiving Community 시스템을 구축하여 운영하려고 한다. 본 community에서 수집, 구축, 서비스할 정보의 종류는 아티클, 학위논문, 연구 보고서, 발표자료, 연구노트, 실험데이터, 전자자료 등이다. 그러므로, 전 세계적으로 많이 활용되고 있는 Dublin-core, Marc21, MODS를 비교 분석하여 MODS 메타데이터를 기준으로 아티클과 같은 문헌정보 뿐만 아니라 실험결과, 연구노트 등의 비문헌정보도 유연성 있게 적용할 수 있는 생명과학 관련 주제별 Open Archiving Community를 위한 메타데이터 스키마를 설계하였다.

생명정보 콘텐트 업데이트에 관한 연구

안부영 ( Bu-young Ahn ),한정민 ( Jeong-min Han ),홍순찬 ( Soon-chan Hong ),이상호 ( Sang-ho Lee ) 한국정보처리학회 2007 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.14 No.2

생명과학 기술의 급속한 발달로 인류 복지 증진에 많은 기여를 하였지만 아직도 각종 질병 등으로 많은 사람들이 고통 받고 있으며, 이를 극복하기 위한 연구 및 기술개발은 세계 각처에서 계속되고 있다. 이러한 연구 및 기술개발의 결과로 산출되는 생명정보 데이터의 양은 기하급수적으로 증가하고 있기에 이런 방대한 양의 생명정보 데이터를 분석하고 분석된 데이터에서 인류 복지에 유용한 정보를 얻기 위한 생명정보학(Bioinformatics)이 등장하게 되었다. 이에, 한국과학기술정보연구원(KISTI)은 IT기반 생명정보 인프라 구축의 중심기관으로 CCBB(Center for Conputationa Biology & Bioinformatics) 웹사이트를 운영하고 있다. CCBB는 전산학적인 기술을 이용한 생명현상 연구를 지원하기 위하여 21종의 생명정보 콘텐트(DB 및 분석도구)를 수집·분석·구축·제공하고 있다. 이 중에서 GenBank, PDB, PIR, Swiss-prot 등의 데이터베이스는 KISTI에서 개발한 KRISTAL 검색엔진을 통하여 국내에서도 빠르고 쉽게 검색 가능하도록 자체 구축하고 있으며, 이와 더불어 BLAST, FASTA, ClustalW 등의 주요 분석 도구 또한 제공하고 있다. 본 논문에서는 CCBB에서 제공중인 21종의 콘텐트 중에서 GenBank, REBASE, GeneCards, InterProScan 등 4종의 대용량 고효율 생명정보 콘텐트의 소개 및 업데이트 방법에 관한 내용을 기술하고자 한다.

생물다양성 학습을 위한 e-Learning 콘텐트 설계

안부영 ( Bu-young Ahn ) 한국정보처리학회 2005 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.12 No.2

본 논문에서는 국내에 산재한 생물다양성정보를 e-Learning에 활용하기 위하여 KISTI에서 구축한 생물다양성 데이터베이스 현황과 e-Learning의 기술요소 등을 조사하였으며, 기존에 구축된 생물다양성정보 데이터베이스를 활용하여 일반인과 학생들을 위한 e-Learning 생물다양성 학습 콘텐트를 기획하고 설계하였다. 본 설계를 바탕으로 생물다양성 콘텐트를 개발한다면, 국토가 좁고, 네트워크 인프라가 잘 갖추어져 있는 우리나라의 실정에 맞는 사이버공간상의 학습의 장으로서 일반인과 학생들에게 양질의 e-Learning 학습 콘텐트를 제공할 수 있으리라 기대한다.

웹기반 계산화학 실습교육 지원시스템 개발

안부영 ( Bu Young Ahn ),이종숙 ( Jong Suk Lee ),조금원 ( Kum Won Cho ) 한국실천공학교육학회 2011 실천공학교육논문지 Vol.3 No.2

계산화학이란 컴퓨터를 이용한 계산을 통하여 이론 화학의 문제를 다루는 화학의 한 분야로 화학실험실을 컴퓨터로 옮겨 놓은 것이라고 말할 수 있다. 컴퓨터 처리 능력이 향상됨에 따라 거대 분자 구조의 복잡한 계산과 시뮬레이션을 수행하여야 하는 계산화학분야에서의 고성능 컴퓨터 활용은 매우 중요하다. 분자 구조 계산과 시뮬레이션 등의 작업을 위하여 고성능 컴퓨터를 이용하려면 Unix 명령어와 콘솔을 활용하여야 하는데 화학과목을 배우는 이공계 학생들 대부분은 컴퓨터 비전공자로서 Unix에 관하여 모르는 경우가 대부분이다. 그래서 Unix 명령어를 모르더라도 계산화학 실습이 가능한 웹 기반 계산화학 실습 교육 지원 시스템이 필요하다. 본 논문에서 개발한 웹 기반 계산화학 실습 교육 지원 시스템(e-Chem)은 다른 웹 포털 플랫폼보다 표준 지향적이고 콘텐츠 관리 및 협업 기능이 뛰어난 자바 오픈소스인 Liferay 포털 플랫폼을 활용하여 개발하였다. 본 시스템을 활용하면 컴퓨터 비전공자들도 쉽게 계산화학 실습 수업에 참여할 수 있고, Unix 명령어 등을 배우는 시간을 절약할 수 있으며, 친숙한 웹인터페이스로 학습 효과도 높아질 것으로 기대된다. Computational chemistry is one of the chemistry fields that deals with the theoretical chemistry problem using computer calculations and can be described as the chemistry lab moved on computer space. In line with recent enhancement of processing capability of computers, utilization of high performance computer cannot be overemphasized in the field of computational chemistry in performing complex calculation of huge molecular structure and simulation. While they have to use commands and consoles for high performance computer to execute complex calculation of huge molecular structure and simulation, most of students in natural science and engineering, who are not experts in computer technically, are likely to be unaware of UNIX. Under the circumstances, web-based educational support system for computational chemistry is needed to enable them to practice computational chemistry, even not knowing UNIX command. In this study, e-Chem, one of such educational support systems, is developed by using Liferay portal platform, which is a Java open source more oriented to standard and outstanding in its content management and collaboration function than other web portals. By using this system, even students who are not familiar with computer, are expected to take part in lab classes and save time learning Unix command and also enhance the learning efficiency by using familiar interface.

생명정보 연계검색 인터페이스 설계에 관한 연구

안부영 ( Bu-young Ahn ),한정민 ( Jeong-min Han ),한건 ( Geon Han ),이상호 ( Sang-ho Lee ) 한국정보처리학회 2008 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.15 No.1

생명체는 여러 가지 물질로 구성되어 있으며, 그 생명체의 분포지역에 따라 생물 종 특성도 다르게 나타난다. 그래서 연구자들이 생명체에 관한 정보를 확인하려면 그 생명체의 종 정보, 지역과 생태정보를 관련 생물다양성 데이터베이스에서 검색하며, 생명체를 구성하는 유전자 서열정보와 단백질 구조정보는 Genbank, PDB 등의 유전자/단백질 데이터베이스에서 검색하고 있다. 또한 그 생명체에 관한 학술적 내용이 수록된 학술 논문까지 별도로 검색해야만 그 생물체에 관한 정확한 정보를 획득할 수 있다. 이런 불편함을 해결하려면 하나의 생명체를 검색할 때, 생명체의 종 정보, 위치 정보, 생명체를 구성하고 있는 유전자 정보, 그리고 논문정보를 연계하여 검색할 수 있는 시스템이 필요하다. 이에, 본 논문에서는 하나의 생명체를 검색할 때 종 정보뿐만 아니라 GIS를 이용한 위치정보와 생명체를 구성하는 유전자 정보를 연계하고 그 생명체에 관한 논문 정보까지 검색 가능한 생명정보 연계검색 인터페이스를 설계하였다.