DNA 염기서열 분석에 의한 떡차의 미생물 다양성 분석

백근식(Keun-Sik Baik),성치남(Chi-Nam Seong),황영민(Yeong-Min Hwang),김기안(Gee-An Kim),이나라(Na-Ra Lee),김두운(Duwoon Kim),조정용(Jeong-Yong Cho),김선재(Seon-Jae Kim),박근형(Keun-Hyung Park),문제학(Jae-Hak Moon) 한국차학회 2012 한국차학회지 Vol.18 No.3

To determine the microbiological characteristics of ddeok cha, which is known as a Korean traditional microbial-fermented tea, bacterial and fungal communities of ddeok cha were analyzed by using a pyrosequencing method. Total genomic DNAs were extracted from ddeok cha directly. Ribosomal RNA genes were amplified and sequenced using specific primers for bacteria and fungi. A total of 12,851 reads (bacteria, 8,995; fungi, 3,586) were compared with known sequences in the database. Bacteria were assigned to five phyla, 25 families, 44 genera, and 104 species, whereas fungi were to five phyla, 41 families, 51 genera, and 69 species. Almost all of the bacteria (98.63%) were Gram-negative and members of the phylum Proteobacteria, of which the predominant genus was Pantoea (89.02%) followed by Erwinia (6.13%). Almost all of the fungi (98.86%) were acomycetes such as Dothideomycetes (60.97%) and Eurotiomycetes (31.55%). In this study, we found that microflora of ddeok cha could be distinguished from the predominant microflora (Aspergillus, Penicillium and yeast, Candida) of Pu-erh tea.

임상검체로부터 분리된 methicillin 내성 Staphylococcus aureus의 독소 및 항생제 내성

Keun Sik Baik(백근식),Gwang Seo Ki(기광서),Han Na Choe(최한나),Seong Chan Park(박성찬),Eun Cho Koh(고은초),Hyung Rak Kim(김형락),Chi Nam Seong(성치남) 한국생명과학회 2011 생명과학회지 Vol.21 No.2

2009년 7월부터 12월까지 순천 소재 한 병원에 내원한 환자의 검체로부터 methicillin 내성 Staphylococcus aureus(MRSA) 75균주와 methicillin 감수성 S. aureus (MSSA) 24균주를 분리하였다. 분리균의 항생제 감수성 조사는 디스크 확산법을 사용하여 측정하였다. 분리균의 독소 유전자 보유는 multiplex PCR을 이용하여 장독소(enterotoxin; SE), 독성 쇼크 증상 독소 1(toxic shock syndrome toxin-1; TSST-1), 피부박탈성 독소(exfoliative toxin; ET) 및 백혈구 용해 독소(Panton-Valentine leukocidin; PVL) 유전자를 검출하였다. 분리된 MRSA 60개 균주는 1개 혹은 2개의 독소 유전자를 가지고 있으며, 22.7%의 균주가 seb, sec, seg, sei와 tst 유전자를 동시에 보유하고 있었으며 18.7%는 sec, seg, sei와 tst 유전자를 동시에 보유하고 있었다. 백혈구 용해독소를 암호하는 pvl 유전자는 검출되지 않았다. MRSA는 sec, seg, sei와 tst 유전자 보유에 높은 상관성을 보였다. MRSA 균주들은 erythromycin(분리균의 89%), gentamicin (70.7%), ciprofloxacin (69.3%), clindamycin (61.3%)과 tetracycline (58.7%)에 내성이 높은 반면, MSSA 균주들은 erythromycin를 제외한 다른 항생제에는 민감하였다. 독소 유전자 seb, sec와 tst는 tetracycline 내성과 높은 상관관계가 있었다. Seventy five methicillin- resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains and 24 methicillin- susceptible S. aureus (MSSA) were isolated from clinical specimens obtained from a hospital in Suncheon, Jeonnam province, Korea, from July to December, 2009. Antibiotic resistance was determined using the disc diffusion method. Genes encoding enterotoxin (SE), toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1), exfoliative toxin (ET) and Panton-Valentine leukocidin (PVL) were detected by multiplex PCR-mediated amplification using specific primers. Sixty (80%) MRSA isolates possessed either one or more toxin genes and the most common pattern that coexisted in MRSA was seb, sec, seg, sei and tst (22.7%) followed by coexistence of sec, seg, sei and tst genes (18.7%). Gene pvl encoding leukocidin was not found. Significant correlation between the production of sec, seg, sei and tst genes was found. MRSAs were resistant to erythromycin (89% of the isolates), gentamicin (70.7%), ciprofloxacin (69.3%), clindamycin (61.3%) and tetracycline (58.7%), while MSSAs were susceptible to the antibiotics with the exception of erythromycin. Toxin genes seb, sec and tst were related to the tetracycline resistance of MRSA.

항진균성 물질을 생산하는 지의류 내생 곰팡이의 선별 및 특성

황현국,김이나,백근식,최상기,Hwang, Hyun-Gook,Kim, Yi-Na,Baik, Keun-Sik,Choi, Sang-Ki 한국미생물학회 2011 미생물학회지 Vol.47 No.1

새로운 항진균성물질을 분리할 목적으로 지의류은행에서 107종의 지의류 내생 곰팡이를 분양받아 이들의 항진균성 활성을 조사하였다. Candida albicans를 이용한 항진균 활성검사에서 2종류의 지의류 내생 곰팡이 EL123과 EL156을 최종적으로 선별하였다. 이들은 MYA 배지와 EMM 배지에서 공통적으로 높은 곰팡이 성장저해능을 보였다. 지의류 내생 곰팡이의 5.8S rRNA를 포함하고 있는 internal transcribed spacer 부분을 PCR 증폭 후 nucleotide sequence 분석 및 NCBI Blast 분석 결과 EL123 (JF714250)은 Thielavia microspora와 염기서열이 95%의 유사도를 보였고, EL156 (JF714251)은 Cryptosporiopsis diversispora와 99%의 유사도를 보였으며, 2종 모두 자낭균류(ascomycetes)에 속하였다. 형태적 특성으로는 EL123은 가지 친 형태의 균사가 관찰되었고, EL156은 직선형의 균사가 관찰되었으며, EL156이 EL123보다 액체배양 중에 많은 양의 항진균성 물질을 생성하였다. To isolate a novel antifungal compound, we obtained 107 kinds of endolichenic fungi from Lichen Bioresources Center and examined their antifungal capability. Two fungi EL123 and EL156 showed high antifungal activity against Candida albicans in both MYA and EMM media. Nucleotide sequence analysis and NCBI Blast analysis in ITS region including 5.8S rRNA revealed that EL123 has 95% homology with Thielavia microspora and EL156, 99% with Cryptosporiopsis diversispora which belong to Ascomycetes. It observed that EL156 formed a branched mycelium whereas EL123 formed a straight one. EL156 also produced the antifungal substance faster than EL123 when they grew on MY liquid medium.

넙치의 미동정 진균 기생증

김위식 ( Wi Sik Kim ),백근식 ( Keun Sik Baik ),김두운 ( Du Woon Kim ),서중경 ( Joong Kyeong Seo ),오명주 ( Myung Joo Oh ),강소영 ( So Young Kang ) 한국어류학회 2015 韓國魚類學會誌 Vol.27 No.4

본 연구에서는 2014년 넙치 치어를 사용하여 실험하는 과정에서 폐사가 발생하였다. 병어는 외관상 특이한 증상을 보이지 않았으나 아가미에서 많은 양의 균사가 관찰되었다. 기생충과 세균은 병어로부터 분리되지 않았다. 진균에 감염된 넙치와 건강한 넙치를 혼합 사육한 결과, 건강한 넙치는 7일이내에 100% 폐사되었고 폐사어는 아가미에 진균이 심하게 감염되어 있었다. 병리조직학적 검사 결과, 아가미의 새엽, 새판 및 새파 주위에 균사체와 다수의 균사가 관찰되었다. 이상의 연구 결과, 넙치의 폐사는 진균 감염과 연관성이 있을 것으로 사료되었다. In 2014, high mortality was observed in olive flounder (Paralichthys olivaceus) during experimental infection. Diseased fish did not show any outward clinical signs, but numerous fungal hyphae were detected in the gills. No parasites or bacteria were isolated from the diseased fish. A high mortality rate (100%) resulted when cohabitation with fungi-infected fish were applied to healthy fish. The affected fish exhibited sever fungi infection in the gills. Histopathological examination revealed numerous fungal hyphae and mycelium around gill filament, lamellar and racker. These results suggest that the fungi may be related with the mortality of olive flounder.

계통학적 방벙을 이용한 우포습지의 원핵미생물 다양성

성치남(Chi Nam Seong),백근식(Keun Sik Baik),김미선(Mi Sun Kim),박성찬(Seong Chan Park) 한국토양비료학회 2006 한국토양비료학회 학술발표회 초록집 Vol.2006 No.5

계통학적 방법을 이용한 우포습지의 원핵미생물 다양성

성치남 ( Chi Nam Seong ),백근식 ( Keun Sik Baik ),김미선 ( Mi Sun Kim ),박성찬 ( Seong Chun Park ) 한국토양비료학회 2006 한국토양비료학회 학술발표회 Vol.2006 No.-

소아의 치아 우식 부위별 세균 다양성

김은미 ( Eun Mi Kim ),백근식 ( Keun Sik Baik ),하명옥 ( Myung Ok Ha ) 한국치위생학회(구 한국치위생교육학회) 2013 한국치위생학회지 Vol.13 No.5

Objectives: Molecular biology techniques were employed to assess diversity of bacterial in children`s dental caries. Methods: DNA of germs was extracted and the diversity of the 16S rRNA clones was analyzed by amplified rDNA restriction analysis and sequencing. The experimental samples were pit and fissure caries (PC), deep dentinal caries (DC), smooth surface caries (SC), and supragingival plaque (PQ) from 50 children of age less than 12 years old. The control group was healthy teeth supragingival plaque (HT). Thirty clones from each 16S rRNA clone library of 5 samples were randomly selected, thus a total of 150 clones were analyzed. Results: Amplified rDNA restriction analysis uncovered 18, 20, 11, 17, and 22 phylotypes from healthy teeth, pit and fissure caries, deep dentinal caries, smooth surface caries, and supragingival plaque, respectively. Sequencing analysis found the dominance of Actinomycs naeslundii and Fusobacterium nucleatum in the healthy teeth; Leptotrichia sp. in the pit and fissure caries; Actinomyces sp., Streptococcus mutans, and Rahnella aquatilis in the deep dentinal caries; Streptococcus mutans and Actinomyces sp. in the smooth surface caries; Enterobacter hormaechei and Streptococcus sanguinis in the supragingival plaque. Conclusions: Clonal analysis identified 6 phyla, 20 genera, and 51 species.

Carbapenemase를 생산하는 imipenem 내성 세균의 특성 및 항생제 감수성

최한나(Han Na Choe),박철(Chul Park),김형락(Hyung Rak Kim),백근식(Keun Sik Baik),김세나(Se Na Kim),성치남(Chi Nam Seong) 한국생명과학회 2010 생명과학회지 Vol.20 No.8

대한민국 순천의 병원 입원 환자의 검체로부터 imipenem 내성 세균을 분리하였다. 54개의 분리균을 16S rRNA 유전자와 gyrB 유전자 염기서열 비교를 기초로 하여 계통분류학적으로 동정하였다. 분리균들은 Pseudomonas aeruginosa (30균주; 55.6%), Acinetobacter baumannii (21; 38.9%), Enterobacter hormaechei (2)와 Pseudomonas putida (2)에 속했다. 22개의 균주가 metallo-β-lactamase (MBL)를 생산하였으며 종별 구성은 다음과 같다; Acinetobacter baumannii 12균주, Pseudomonas aeruginosa 7균주, P. putida 2균주 그리고 Enterobacter hormaechei 1균주. 분리균들의 항생제 감수성은 디스크 확산법과 Vitek 을 이용하여 조사하였다. IMP 와 VIM 형의 metallo-β-lactamase를 생산하는 균주들은 OXA 와 SHV 형 β-lactamase를 생산하는 균주들에 비해 ceftazidime, aztreonam, amikacin과 gentamicin에 대한 내성율이 높았다. Imipenem-resistant bacteria were isolated from clinical specimens taken from hospitalized patients in Suncheon, Korea. Fifty-four isolates were phylogenetically analyzed based on 16S rRNA gene and gyrB gene sequence comparisons. Isolates were affiliated with Pseudomonas aeruginosa (30 strains; 55.6%), Acinetobacter baumannii (21; 38.9%), Enterobacter hormaechei (2) and Pseudomonas putida (2). Twenty-two isolates produced metallo-β-lactamase (MBL); 12 Acinetobacter baumannii strains, 7 Pseudomonas aeruginosa strains, 2 P. putida strains and 1 Enterobacter hormaechei strain. Antibiotic susceptibility of the isolates was determined using the disc diffusion method and Vitek system. Strains producing metallo-β-lactamase (type IMP & VIM) were more resistant to antibiotics ceftazidime, aztreonam, amikacin and gentamicin than to strains producing OXA and SHV type of β-lactamase.

생화학,분자생물학 : 남해안 갯벌 미생물의 세포외효소 활성 및 16S rDNA 분석에 의한 다양성 조사

김유정 ( Yu Jeong Kim ),김성겸 ( Sung Kyum Kim ),권은주 ( Eun Ju Kwon ),백근식 ( Keun Sik Baik ),김정호 ( Jung Ho Kim ),김훈 ( Hoon Kim ) 한국응용생명화학회(구 한국농화학회) 2007 Applied Biological Chemistry (Appl Biol Chem) Vol.50 No.4

임상검체로부터 분리된Escherichia coli의Extended-spectrumβ -lactamase와 퀴놀론 내성 유전자의 출현빈도 및 항생제 내성

이민혁(Min Hyeok Lee),황영민(Yeoung Min Hwang),백근식(Keun Sik Baik),조현욱(Hyun Wook Cho),성치남(Chi Nam Seong) 한국생명과학회 2013 생명과학회지 Vol.23 No.5

본 연구에서는 ESBL을 생성하는 Escherichia coli의 Extended-spectrum β-lactamase (ESBL) 유전자와 퀴놀론 내성결정부위(qnr)의 유전자형과 항생제 내성 양상을 규명하고자 하였다. 임상검체에서 분리 된 E. coli 274개 균주를 대상으로 double-disk synergy test 검사를 실시하여 42개의 ESBL 생성 균주를 분리하였다. 검체별로는 소변에서 28균주가 분리되었으며, 객담에서 6균주, 농에서 3균주, 상처에서 2균주, 혈액에서 2균주 그리고 조직에서 1균주가 분리되었다. 이 균주들을 대상으로 ESBL 유전자와 퀴놀론 내성 유전자를 PCR을 이용하여 검색하였다. 35개의 균주가 1개 혹은 2개의 ESBL 유전자를 보유하고 있었다. ESBL 유전자의 분포는 CTX-M-1이 가장 많았으며, CTX-M-9과 TEM 유전자 순이었다. SHV, CTX-M-2와 CTX-M-8는 검출되지 않았다. qnr 유전자는 10개 균주에서 검출되었으며 유전형별로는 qnrB4, qnrB1, qnrS 1 순이었다. 2가지 이상의 ESBL 유전자를 동시에 보유한 균주와 ESBL과 qnr 유전자를 동시에 보유한 균주가 검출되었다. ESBL 유전자 보유균주는 cefotaxmie (80.0%), levofloxacin (82.9%)과 ampicillin (100%)에 고도내성을 보였다. qnr 유전자 보유 균주의 cefotaxmie, levofloxacin과 ampicillin에 대한 내성율은 각각 70%, 70%, 100%였다. ESBL 유전자들간의 그리고 qnr 유전자와의 동시 보유가 항생제 내성에 미치는 상승효과는 없었다. qnr 유전자 보유와 퀴놀론에 대한 내성 사이의 상관관계도 없었다. The aim of this study was to investigate the prevalence of Extended-spectrum β-lactamase (ESBL) gene and quinolone resistance determinant (qnr) and the pattern of antibiotic resistance in the ESBL-producing Escherichia coli clinical isolates. The 42 ESBL-producing strains from total 274 isolates were detected using a double disk synergy test. They were isolated from various specimens, such as urine (28 strains), sputum (6 strains), pus (3 strains), wound (2 strains), blood (2 strains), and tissue (1 strain). Using the PCR with the specific primers ESBL, ESBL and qnr gene types were determined. Thirty-five strains possessed one or two ESBL genes. CTX-M-1 type was the most abundant followed by CTX-M-9 type and TEM, but SHV, CTX-M-2, and CTX-M-8 gene types were not detected. qnr gene types were detected from ten isolates in the order of qnrB4, qnrB1, and qnrS. Coexistence of ESBL and qnr genes was found. ESBL-producing isolates showed high resistance against some antibiotics, such as cefotaxmie (80.0%), levofloxacin (82.9%), and ampicillin (100%). Neither a synergy effect from the coexistence of ESBL and qnr genes on antibiotic resistance nor a correlation between the production of qnr gene and quinolone resistance were found.