사람 프로트롬빈을 코딩하는 전체 cDNA 의 클로닝 및 원숭이 COS 세포에서의 발현

김종명,김용주,최은화,김재만,김지영 ( Jong Myoung Kim,Yong Joo Kim,Eun Hwa Choi,Jae Man Kim,Ji Young Kim ) 생화학분자생물학회 1990 BMB Reports Vol.23 No.4

cDNA fragments coding for the leader sequence and N-terminal region of human prothrombin was isolated from partial cDNA clones that were enriched for prothrombin cDNA clones. Poly (A)+ RNA was isolated from human liver and size-fractionated by sucrose gradient centrifugation. Poly (A) + RNAs in the ranges of 1500 to 4000 nucleotides were pooled and utilized for cDNA synthesis by reverse transcription using a specific oligodeoxynucleotide as a primer. Among about 2000 colonies, eight positve cDNA clones were obtained by hybridization with ^(32)P-labeled oligodeoxynucleotide complementary to 5`-terminal region of prothrombin mRNA sequences. Six of the recombinant plasmids contained prothrombin cDNA inserts of expected size. Restriction and sequencing analysis showed that the cDNA insert of phII3 plasmid contained 12 nucleotides of 5`-untranslated region and the DNA sequences conding for the leader and N-terminal 312 residues of human prothrombin. The complete cDNA sequence coding for the leader and 579 amino acid residues of human prothrombin was cloned in pUC18 by combining the two overlapping cDNA inserts of phII3 and pHPT2 (Choi et al., 1989). The full-length prothrombin cDNA was inserted into the multicloning sites downstream from the SV40 late promoter of pSLS plasmid. Upon transfection with the recombinant plasmid, human prothrombin was expressed in SV40-transformed African green monkey kidney(COS) cells, and was exclusively found in the growth medium.

Chromophore formation and phosphorylation analysis of constitutively active rhodopsin mutants

김종명,Kim, Jong-Myoung Korean Society of Life Science 2007 생명과학회지 Vol.17 No.6

G protein-coupled receptor, (GPCR)는 세포외부의 신호를 인식 시 G 단백질을 활성화시켜 신호를 전달하며 kinase에 의한 인산화를 통하여 지속적인 신호전달을 억제한다. 외부 신호물질이 없는 조건에서도 활성을 나타내는 항활성 돌연변이종(CAM)은 GPCR의 신호전달 이상에 기인한 질병 치료나 활성화 구조변화의 좋은 연구대상이다. 희미한 빛을 인식하는 시각수용체인 로돕신의 CAM으로는 salt bridge에 직접적인 영향을 미치는 돌연변이인 G90D, El13Q, 그리고 K296E와, 직접적인 영향이 없는 돌연변이인 E134q와 M25Y등 두 가지 계통의 종류가 알려져 있다. 본 연구에서는 각각의 돌연변이가 복합된 mutant를 구성하여 agonist와 inverse agonist에 대한친화도와 로돕신 kinase에 대한 활성을 조사하여 각 종에서의 구조변화의 차이를 분석하였다. 로돕신 mutant의constitutive activity는 all-trans-retinal에 대한 친화도에 비례하며 11-cis-retinal에 대한 친화도와는 역상관 관계를 보여준다. 같은 계통에 속하는 돌연변이가 합쳐진 복합 mutant는 단일 mutant에 비하여 미약한 정도의 로돕신 kinase 항활성화 증가를 보여주나, 다른 계통에 속하는 두 가지 돌연변이가 합쳐진 mutant는 항활성화가 크게 증가되었음을 보여주었다. 이 결과는 다른 계통에 속하는 mutant에서는 상이한 구조변화가 일어나며 로돕신이완전한 활성화에 이르기 위해서는 최소한 두 가지 종류의 돌연변이에 의하여 생기는 구조변화들이 함께 일어나야함을 의 미 한다. G protein 활성화와 유사한 항활성화 분석 결과는 rhodopsin kinase가 인식하는 로돕신의 활성화상태 구조가 G protein이 인식하는 구조와 유사함을 의미한다. 특히 가장 강한 활성을 나타내는 El13Q/E134Q/M257Y는 활성화상태 GPCR 단백질의 결정 시도에 이용 될 수 있을 것이다. G protein coupled receptors (GPCRs) transmit various extracellular signals into the cells. Upon binding of the ligands, conformational changes in the extracellular and/or transmembrane (TM) domains of CPCRs were propagated into the cytoplasmic (CP) domain of the molecule leading to the activation of their cognate heterotrimeric C proteins and kinases. Constitutively active GPCR mutants causing the activation of C Protein signaling even in the absence of ligand binding are of interest for the study of activation mechanism of GPCRs. Two classes of constitutively active mutations, categorized by their effects on the salt bridge between Ell3 and K296, were found in the TM domain of rhodopsin. Opsin mutants containing combinations of the mutations were constructed to study the conformational changes required for the activation of rhodopsin. Rhodopsin chromophore regenerated with 11-cis-retinal showed a thermal stability inversely correlated with its constitutive activity. In contrast, rhodopsin mutants exhibited a binding affinity to an agonist, all-trans-retinal, in a constitutive activity-dependent manner. In order to test whether the conformational changes responsible for the activation of trans-ducin (Gt) are the same as the conformation required for the recognition of rhodopsin kinase, analysis of the mutants were carried out with phosphorylation by rhodopsin kinase. Rhodopsin mutants containing combinations of different classes of the mutations showed a strong synergistic effect on the phosphorylation of the mutants in the dark as similar to that of Gt activation. The results suggest that at least two or three kinds of segmental and independent conformational changes are required for the activation of rhodopsin and the conformational changes responsible for activating rhodopsin kinase and Gt are similar to each other.

Rhodopsin Chromophore Formation and Thermal Stabilities in the Opsin Mutant E134Q/M257Y

Jong-Myoung Kim(김종명) 한국생명과학회 2012 생명과학회지 Vol.22 No.7

세포막 단백질 중 가장 큰 family를 형성하는 G protein-coupled receptor (GPCR)는 세포 외부의 다양한 신호를 세포 내 G 단백질의 활성화를 통하여 전달한다. 외부 신호자극이 없는 조건에서도 활성을 나타내는 항활성돌연변이(constitutively active mutants, CAM)는 GPCR 신호전달 이상으로 인한 질병 치료나 GPCR의 활성화 구조연구에 좋은 대상이다. 본 연구는 시각수용체 로돕신에서 약한 항활성을 보이는 CAM의 하나인 E134Q/M257Y를 대상으로, inverse agonist와 agonist 존재 하에서 형성하는 두 가지 chromophore의 특성을 연구하였다. 이 CAM은 11-cis-retinal과 all-trans-retinal 존재 하에서 각기 최대흡광도가 500 nm와 380 nm인 로돕신을 형성한다. 두 가지 retinal을 다양한 비로 혼합한 조건과 연속적으로 결합하는 조건 하에서 각 형태의 로돕신 형성을 조사한 결과 E134Q/M257Y mutant는 11-cis-retinal과 우선적으로 결합함을 보여준다. E134Q/M257Y mutant는 wild type 옵신에 비해 11-cis-retinal에 대한 친화도는 별다른 차이가 없으나 옵신과 로돕신 상태의 안정성이 낮음이 확인되었다. 본 연구 결과는 GPCR의 활성화 시 일어나는 부분적 구조변화에 대한 정보를 제공하고, 구조정보에 기반한 GPCR신호를 미세하게 조절하는 물질의 발굴이나 개발에 유용하게 이용될 것이다. Rhodopsin, a dim light photoreceptor, has been regarded as one of the model systems for the structural and functional study of G protein?coupled receptors (GPCRs). Constitutively active mutant GPCRs leading to the activation of heterotrimeric GDP/GTP-binding protein signaling in the absence of ligand binding are of interest for the study of the activation mechanism in GPCRs. The present study focused on the opsin mutant E134Q/M257Y, which showed a moderate level of constitutive activity and the formation of two distinct rhodopsin chromophores with absorption maxima of 500 nm and 380 nm, depending on the presence of an inverse agonist, 11-cis-retinal, and an agonist, all-trans-retinal, respectively. Reconstitution of the mutant rhodopsin upon incubation with different ratios of 11-cis-retinal and the all-trans-retinal, as well as upon sequential binding of the two retinals, indicated its preferential binding to 11-cis-retinal. The thermal stability of the 11-cis-retinal-bound form of the E134Q/M257Y mutant was lower than that of the mutants containing a single replacement but higher than that of the all-trans-retinal-bound forms. The mutant also showed a lower stability in its opsin state as compared with that of the wild-type opsin but had little effects on the binding affinity to 11-cis-retinal. Information obtained in this study will be helpful for analyzing the structural changes associated with the activation of rhodopsin and GPCRs.

휴대형 심전도 모니터링 장치에서의 2가지 호흡 검출 알고리즘

김종명(Jong-Myoung Kim),홍주현(Joo-Hyun Hong),김남진(Nam-Jin Kim),차은종(Eun-Joung Cha),이태수(Tae-Soo Lee) 대한전기학회 2006 정보 및 제어 심포지엄 논문집 Vol.2006 No.1

In this study, two algorithms for detecting respiratory rate from portable ECG device were presented. The first algorithms counts the number of ECG samples between R-R peaks, which varies according to respiratory states of patients, such as, exhalation and inhalation. The second algorithms detects the rate by measuring the size of R wave, which also varies according to the respiratory status of patient. These two algorithms were programmed to the laboratory developed ECG device and their usefulness was verified in laboratory environment.

무선 센서 네트워크에서 퍼지 논리를 이용한 클러스터 헤드 선출 메커니즘에 대한 연구

김종명 ( Jong-myoung Kim ),박선호 ( Seon-ho Park ),한영주 ( Young-ju Han ),정태명 ( Tai-myoung Chung ) 한국정보처리학회 2007 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.14 No.2

본 논문은 무선 센서 네트워크의 에너지 효율적인 운영을 위해 무선 센서 네트워크 환경에 적합한 클러스터 헤드 선출 메커니즘을 제안한다. LEACH 와 같은 기존의 확률 모델 기반의 클러스터 헤드 선출 메커니즘들은 각 라운드마다 클러스터 헤드로 선출될 확률과 라운드 횟수 등을 바탕으로 클러스터 헤드를 선출한다. 그러나 이와 같은 방법은 각 노드의 상황을 고려하지 않아 네트워크의 수명을 단축시킬 수 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위해서는 각 센서 노드의 에너지 및 노드 분포 상황을 고려하여 클러스터 헤드를 선출해야 한다. 하지만 실제 무선 센서 네트워크 환경에서는 클러스터 헤드 선출을 위해 정확한 정보를 수집하고 이를 계산하는데 있어 큰 오버헤드가 발생하는 문제점이 있다. 이에 본 논문에서는 정보 수집 및 계산에 있어서 오버헤드를 줄이고 네트워크의 수명을 극대화하기 위하여 퍼지 논리를 이용한 퍼지 논리 기반의 클러스터 헤드 선출 메커니즘을 제안한다. Matlab 을 통한 시뮬레이션 결과 LEACH 에 비해 퍼지 논리 기반의 클러스터 헤드 선출 메커니즘을 이용했을 경우 네트워크 수명이 약 16.3% 향상되었다.

Intersystem Fault가 AC/DC 하이브리드 전력망에 미치는 영향 분석

김종명(Jong-Myoung Kim),송진솔(Jin-Sol Song),배승환(Seung-Whan Bae),아브라함(Abraham D. Arefaynie),메흐디(Mehdi Arif),핫산(Hassan S Jarjees UL),김철환(Chul-Hwan Kim) 대한전기학회 2022 대한전기학회 학술대회 논문집 Vol.2022 No.10

역할기반 접근제어 정책을 통해 강화된Cerberus에 대한 연구

김종명 ( Jong-myoung Kim ),조준식 ( Joon-sic Cho ),엄정호 ( Jung-ho Eom ),정태명 ( Tai-myoung Chung ) 한국정보처리학회 2006 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.13 No.1

일리노이 공대의 Gaia 프로젝트는 유비쿼터스 환경에서 컨텍스트 정보를 기반으로 사용자를 인증하고 어플리케이션에 대한 사용자의 접근 제어를 하는 Cerberus라는 프레임워크를 제안하였다. 그러나 Cerberus는 사용자의 식별 정보를 통해 접근 제어를 함으로써 생기는 문제점과 어플리케이션이 사용자의 접근 제어에 직접적으로 영향을 주는 문제점이 있다. 본 논문에서는 Cerberus의 문제점을 개선한 새로운 프레임워크를 제안한다. 이 프레임워크는RBAC(Role Based Access Control) 기반의 접근 제어 정책을 통한 안전성 항상 뿐만 아니라 어플리케이션에 대한 직접적인 접근 제어 봉쇄를 통해 정책 관리에 대한 일관성을 제공한다.

어휘 빈도를 이용한 패러프레이즈 문장의 대중성 측정

김종명(Jong-Myoung Kim),문성원(Sung Won Moon),권가진(Gahgene Gweon),최호진(Ho-JIn Choi),허정(Jeong Heo) 한국정보과학회 2015 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.2015 No.6

분산형 전원의 능동형 단독운전 검출기법 간 간섭에 의한 영향 분석에 관한 연구

김종명(Jong-Myoung Kim),송진솔(Jin-Sol Song),신광수(Gwang-Su Shin),김호영(Ho-Young Kim),배승환(Seung-Whan Bae),조남훈(Nam-Hum Cho),김철환(Chul-Hwan Kim) 대한전기학회 2022 대한전기학회 학술대회 논문집 Vol.2022 No.7

부산시 기장 주변 해역의 해조 군집 변동

김종명 ( Jong Myoung Kim ),유종수 ( Jong Su Yoo ),최창근 ( Chang Geun Choi ) 한국수산과학회 2013 한국수산과학회지 Vol.46 No.3

Marine algal flora and community structure were investigated seasonally at three sites in Gijang on the south-east coast of Korea from February 2006 to January 2007. A Total of 74 species were collected and identified, including 8 green algae, 16 brown algae, and 50 red algae. Of these, 15 species were found throughout the survey period. Meanbiomass was 823.2-1,615.4 g wet weight m-2in autumn. The flora could be classified into six functional groups: coarsely branched form (37.8%), thick leather form (18.9%), sheet form (13.5%), filamentous form (12.2%), jointed calcareous form (10.8%) and crustose form (6.8%). The R/P, C/P and (R+C)/P values reflecting the flora characteristics were 3.13, 0.50 and 3.63, respectively. The number of marine algae species and the biomass in Gijang area were markedly reduced when compared with previous studies. This result suggests possible future changes in the algal vegetation, considering the physical and chemical pollution loadings in the coastal marine environment of this area.