Characterization of Miniimonas sp. S16 isolated from activated sludge

고현우,김홍익,박수제,Koh, Hyeon-Woo,Kim, Hongik,Park, Soo-Je The Microbiological Society of Korea 2019 미생물학회지 Vol.55 No.3

폐수 처리 설비에서 생물학적 요인은 유기물 분해 또는 제거에 필수적인 역할을 수행한다. 본 연구에서는, 폐수처리장의 미생물 기능적 역할을 이해하기 위해, 활성 슬러지 샘플로부터 박테리아 균주를 분리하고 그들의 특성 분석을 시도했다. S16 균주는 대한민국 대전광역시의 폐수처리장의 활성슬러지로 부터 분리되었다. 세포들은 그람음성, 비운동성, 통성 혐기성 그리고 막대모양이였다. S16 균주는 $15{\sim}40^{\circ}C$ (최적 $30^{\circ}C$), 0~9.0% (w/v) NaCl (최적 1.0~2.0%), pH 5.5~9.0 (최적 pH 7.0~7.5)에서 성장하였다. 분자계통학적 분석결과, S16은 Miniimonas 속의 고유종인 Miniimonas areae NBRC $106267^T$ (99.79%, 16S rRNA 유전자 염기서열 유사성)와 가장 밀접한 것으로 나타났다. 해양 미생물로 여겨지는 표준균주 NBRC $106267^T$의 분리 원은 바다 모래이지만 S16 균주는 육상 환경이다. 이는 서식지 전환에 대한 생태학적 의문을 제기할 수 있다. 따라서 비교 유전체 분석은 잠재적인 대사 특성 및 유전체 간소화를 밝히기 위한 가치있는 연구가 될 것이다. Biological factors (e.g. microorganism activity) in wastewater treatment plant (WWTP) play essential roles for degradation and/or removal of organic matters. In this study, to understand the microbial functional roles in WWTP, we tried to isolate and characterize a bacterial strain from activated sludge sample. Strain S16 was isolated from the activated sludge of a municipal WWTP in Daejeon metropolitan city, the Republic of Korea. The cells were a Gram-stain-positive, non-motile, facultative anaerobe, and rod-shaped. Strain S16 grew at a temperature of $15{\sim}40^{\circ}C$ (optimum, $30^{\circ}C$), with 0~9.0% (w/v) NaCl (optimum, 1.0~2.0%), and at pH 5.5~9.0 (optimum, pH 7.0~7.5). Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences indicated that strain S16 was most closely related to the unique species Miniimonas arenae NBRC $106267^T$ (99.79%, 16S rRNA gene sequence similarity) of the genus Miniimonas. The cell wall contained alanine, glutamic acid, serine, and ornithine. Although the isolation source of the type strain NBRC $106267^T$ which considered as a marine microorganism is sea sand, that of strain S16 is terrestrial environment. It might raise an ecological question for habitat transition. Therefore, comparative genome analysis will be valuable investigation for shedding light on their potential metabolic traits and genomic streamlining.

곰소 염전에서 분리한 호염성 고세균의 특성 분석

고현우,김소정,이성근,박수제,Koh, Hyeon-Woo,Kim, So-Jeong,Rhee, Sung-Keun,Park, Soo-Je 한국미생물학회 2015 미생물학회지 Vol.51 No.4

Most of halophilic archaea are found in the various hypersaline environments including solar saltern, salt lake with very high salt concentration. The present study is about isolation and characterization of halphilic archaea from Gomso solar saltern known as a representative high salt environment in Korea. In order to isolate the halophilic archaea, we prepared and used high salt medium. Finally, total 7 strains obtained were tentatively identified based on comparative similarity analysis for 16S rRNA gene sequence and physiological traits. All halophilic archaea belonged to Haloruburm, Halogeometriucm, Halobacterium, and Haloarcula genera. These isolates were all Gram-staining negative, and growth was not observed using nitrate as an alternative electron acceptor under anaerobic conditions. In addition, all isolates required about 12-30% (w/v, NaCl) salt. This case study might provide basic information on microbial isolation technologies and related research in halophilic microorganisms from domestic halophilic environments, and contribute to obtaining useful indigenous halophilic archaea in a variety of extreme environmental conditions. 대부분의 호염성 고세균은 고염환경으로 알려진 천일염전(solar saltern), 염호수(salt lake)를 비롯한 다양한 환경에서 서식하고 있다고 알려져 있다. 본 연구에서는, 한국의 대표적인 고염환경으로부터 분리배양을 통하여 호염성 고세균의 특성 분석을 실시하였다. 호염성 미생물들을 분리하기 위하여, 고염배지를 제작하고, 총 7개의 순수 배양체를 확보하였다. 분리된 호염성 미생물들의 16S rRNA 유전자 서열에 대한 계통학 및 상동성 분석을 실시하여 Halorubrum 속의 미생물 4종, Halogeometricum 속의 미생물 1종, Halobacterium 속의 미생물 1종, Haloarcula 속의 미생물 1종을 각각 확보 할 수 있었다. 이들 호염성 고세균들은 모두 그람 음성균이며, nitrate를 전자수용체로 사용한 혐기적 조건에서 성장이 관찰되지 않았다. 또한, 분리된 모든 미생물들은 12-30% (w/v, NaCl) 염분을 필요로 하였다. 본 연구는 국내의 호염환경으로 부터 호염성미생물의 분리기술 및 관련 연구에 대한 기초적 정보를 제공하며, 국내의 다양한 극한환경에서 서식하는 미생물 배양체 확보를 통하여 국내 생물자원 확보에 기여할 것으로 기대한다.

제주도 인근 해양퇴적물 내의 미생물 군집 구조분석

고현우,라니 선다스,황한빛,박수제,Koh, Hyeon Woo,Rani, Sundas,Hwang, Han-Bit,Park, Soo-Je 한국미생물학회 2016 미생물학회지 Vol.52 No.3

본 연구에서는 차세대염기서열분석 기법을 활용하여 제주도 인근 해양퇴적물의 상층부와 하층부내의 미생물 군집구조와 다양성을 조사하였다. 상층부와 하층부의 미생물 군집구조는 상이하였으며, Proteobacteria 문을 제외하고, 상층부에서는 Bacteroides 문이, 하층부에서는 Chloroflexi와 Acidobacteria 문이 각각 우점하는 것으로 확인되었다. 또한, 흥미롭게도 질소순환에 관여하는 것으로 알려진 Nitrospinae와 Nitrospirae 문도 서식하고 있음이 관찰되었다. 본 연구를 통하여, 아직 발굴되지 않은 새로운 미생물의 자원으로서의 가능성과 해양퇴적물내의 기본적인 정보를 제공할 수 있을 것으로 기대한다. In this study, the structure and diversity of bacterial community were investigated in the surface and subsurface marine sediments using a NGS method (i.e. illumina sequencing technology). The bacterial community in the surface was distinct from that in the subsurface of marine sediment; with the exception of the phylum Proteobacteria, the relative abundance of Bacteroides phylum were higher in the surface than subsurface, whereas the sequences affiliated to the phyla Chloroflexi and Acidobacteria were relatively more copious in the subsurface than surface sediment. Moreover, interestingly, we observed that the phyla Nitrospinae and Nitrospirae contribute to nitrogen cycle in the marine sediment. This study may present the possibility for the presence of novel microorganisms as unexplored sources and provide basic information on the microbial community structure.

국내 폐광산 및 제주 곶자왈 지역내의 미생물 분리 및 특징 분석

김예은,고현우,김소정,도경탁,박수제,Kim, Ye-Eun,Koh, Hyeon-Woo,Kim, So-Jeong,Do, Kyoung-Tag,Park, Soo-Je 한국미생물학회 2017 미생물학회지 Vol.53 No.4

호산성미생물은 pH가 낮은 환경에서 살아가는 미생물로서 산화, 환원 반응을 통하여, 금속을 포함한 물질들의 순환에 영향을 미친다. 본 연구에서는, 국내의 폐광산 및 제주 곶자왈 지역의 산성토양으로부터 배양을 통해 50여 종 이상의 미생물을 분리하였으며, 분자계통학적 분석을 통하여 최종, Gammaproteobacteria 강에 속하는 미생물 6종, Actinobacteria 강에 속하는 미생물 5종, Betaproteobacteria 강에 속하는 미생물 4종, Alphaproteobacteria 강에 속하는 미생물 2종, Bacilli 강에 속하는 미생물 2종을 얻을 수 있었다. 이들은 공통적으로 낮은 pH의 조건에서 살아가는 미생물임을 확인 할 수 있었다. 본 연구를 통하여 확보한 산성토양내의 미생물들의 생리적 특징은 앞으로의 다양한 국내 미생물 자원의 활용에 기초적인 지식을 제공할 것으로 기대된다. Most of acidophiles are found in the various low pH environments and affect to metal cycle through oxidation and reduction reactions. The present study was carried out above 50 strains as acidophiles isolated from acidic soils of exhausted mine and Jeju Gotjawal. Finally, total 19 strains obtained and were tentatively identified based on comparative similarity analysis for 16S rRNA gene sequence and physiological characterizations. These isolates belonged to Gammaproteobacteria (6 strains), Actinobacteria (5 strains), Betaproteobacteria (4 strains), Alphaproteobacteria (2 strains), and Bacilli (2 strains). We observed that these isolates can grow under low pH culture condition. This case study for analysis physiological characterizations of indigenous microorganisms in acidic soil might provide basic information on useful application.

쯔쯔가무시병 환자에서 Soluble ICAM - 1 농도의 변화

이흥범(Heung Bum Lee),고현우(Hyeon Woo Koh),김형식(Hyong Sik Kim),문성기(Sung Gi Moon),오상미(Sang Mi Oh),이용철(Yong Chul Lee),이양근(Yang Keun Rhee) 대한내과학회 1998 대한내과학회지 Vol.54 No.1

N/A Objectives: ICAM-1 has been shown to be required for leukocyte migration into inflammed area and plays a significant role in inflammatory disease including bronchial asthma, and various infectious disease such as tuberculosis and malaria, Although, the significance of soluble ICAM-1 (sICAM-1) in rickettial disease has not beet recognized. The present investigation was designed to evaluate the sICAM-1 levels in patients with tsutsugamushi disease, and the correlation factors between sICAM-1 level and subject characteristics including clinical and 1aboratory indices. Methods: Eight normal controls and thirteen patients with tsutsugamushi disease underwent serum sampling for sICAM-1 level, which was measured by using ELISA kit. Results: 1) sICAM-1 level is significantly elevated in patients group. 2) sICAM-1 level is a significantly correlation with AST level, titer of anti-tsutsugamushi antiboby, and leukocyte counts, but other factors such as age, sex, differential fraction of leukocyte, ALT, duration of fever, and total hospital day etc, are not. Conclusion: These results show that sICAM-1 may he a role in the pathogenesis of tsutsugamushi disease.

흉벽에 발생한 신경초종 1례

고현우,이용철,이양근,이동근 의과학연구소 1996 全北醫大論文集 Vol.20 No.2

Neurilemmoma, also called schwannoma, neurinoma and perineural fibroblastoma is a rare benign tomor orginated from the schwann cell of nerve sheath. They occur commonly at 20-50 aged person and involved the head and neck and flexor surface of the extremity. Histologically, they are characterized by Antoni A and Antoni B tissue composed of high and low cellularity. Primary neurilemmoma involved in chest wall is very rare and have not been reported previously. We experienced chest wall neurilemmoma in a 72 year old man. The pulmonary radiology showed the mass in the chest wall, and percutaneous transthoracic needle lung biopsy was performed to confirm the schwannoma.

담관 점막 및 점막하를 따라 담낭 및 총간관으로 전이된 총 담관암 1예

정명자,안득수,김대곤,고현우,안혁수,임석태,조백환,한규희 대한소화기내시경학회 1997 Clinical Endoscopy Vol.17 No.6

Cholangiocarcinoma is a form of adenocarcinoma arising from the intrahepatic or extrahepatic biliary epithelium. Apparent predisposing factors include some chronic hepatobiliary parasitic infsttations, congenital anomalies with ectatic ducts, sclerosing cholangitis and chronic ulcerative colitis and occupational exposure to possible biliary tract carcinogens. Patients with cholangiocarcinoma usually present with biliary obstruction, painless jaundice, pruritus, weight loss and acholic stools. Because the obstructing process is gradua1, the cholangiocarcinoma is often far advanced by the time it presents clinically. The diagnosis is most frequently made by cholangiography following ultrasound demonstration of dilated intrahepatic bile ducts. We report a case of common bile duct cancer spreading to gallbladder and common hepatic duct along the biliary mucosal epitherium and submucosal tissue in 68-year-old female patient along with a review of literature.