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      • 활성형 Vitamin D₃ 전환능을 소유한 방선균에서 P-450 Hydroxylase유전자의 클로닝 전략

        서주원,현창구,김정미,김승영,홍순광 명지대학교 자연과학연구소 1998 자연과학논문집 Vol.17 No.-

        비타민 D₃는 포유동물이나 새의 간에서 25-hydroxyvitamin D₃[25(OH)D₃]로 전환되는데, 이 hydroxylation은 P-450 hydroxylase에 의해 촉매된다고 알려져있다. 본 연구에서는 활성형 비타민 D₃전환능을 소유한 방선균에서P-450 hydroxylase효소를 신속하게 분리가능한 PCR방법을 보고하고자 한다. Primer는 방선균에서 보고된 P-450 hydroxylase들 사이의 아미노산 서열의비교를 통해 산소결합부위와 heme-ligand pocket 주의에서 제작되었고,5종의 방선균에서 효과적으로 PCR증폭산물을 획득할 수 있었다. 증폭산물을 획득할 수 있었다.증폭 산물들의 아미노산서열을 분석한 결과 기존에 밝혀진 많은P-450 hydroxylase유전자들과 상동성을 보이고 있었으며, 특히 Streptomyces griseolus에서 분리되어 sulfonylurea 등의 제초제의 분해능력을 가진 SuaC, SubC 효소 등과 높은 아미노산 상동성을 지니고 있었다. 이러한 PCR전략은 방선균에서 유용한 물질의 대사에 관여하는 P-450 hydroxylase효소의 클로닝에 도움을 줄 것이라 사료된다 In mammals and birds, vitamin D₃is converted to 25-hydroxyvitamin D₃[25(OH)D₃] and then to 1α25-dihydroxyvitamin D₃[25(OH)₂D₃]in the liver and kideny, respectively these hydroxylating reactions are known to be catalyzed by P-450 hydroxylases. In this paper we report a PCR method which can be used for the repid amplification of DNA fragments for _450 hydroxylase from actinomycetes which can convert to active from of vitamin D₃. Primers were designed based on several regions sharing strong similarities in amino acid sequence of P-450 hydroxylases from a variety of actinomycetes, primarily in the regions of an oxygen binding site and a heme ligand pocket. These primers were used to amplify DNA fragments from five different actinomycetes. The deduced amino acid sequences of the isolated fragments revealed significant similarities to known P-450 hydroxylase including the product of the suaC or subC genes from Streptomyces griseolus that is capable of metabolizing a number of sulfonylurea herbicides and to the product of the P450sca2 from S. carbophilus that produces a specific HMG-CoA reductase inhibitor. This method will be helpful for the researchers in cloning the genes for P-450 hydroxylase involved in the biosynthesis of useful compounds.

      • Primer extension 방법과 β-galactosidase assay에 의한 Bacillus subtilis SecY 단백질의 promoter 지역과 활성 분석

        서주원 명지대학교 자연과학연구소 1996 자연과학논문집 Vol.13 No.-

        Bacillus subtilis의 단백질 분비 기작은 이 균주를 단백질 분비 숙주 균주로 이용하고자 하는 실용적 목적과 함께 연구의 관심의 대상이 되어왔다. 최근 본 연구자는 그람 양성균인 B. subtilis에서 대장균의 단백질 분비에 중요한 역할을 담당하고 있는 것으로 알려진 secY 유전자에 상응한 유전자를 분리해 내는데 성공하였다. B. subtilis secY는 대장균의 secY 유전자와 상응한 spc operon내에 위치하고 아미노산 배열이 잘 보존되어 있었으며, 이와같은 유사성들은 그람 양성균과 음성균에서 단백질 분비기작이 비슷하다는 것을 시사해주고 있다. pDH32 promoter probe vector를 이용한 실험에서 B. subtilis의 SecY 단백질 발현에 관여할 것으로 보이는 secY 유전자 앞에 위치한 promoter를 발견하여 세포성장과 이 promoter에서의 발현을 검색하였다. secY 유전자 앞에 위치한 promoter에서의 전사는 세포성장중 지수기로 접어들어 두시간대에(T₂) 그 활성이 가장 왕성하였다. T₂에서 RNA를 추출하고 promoter의 위치를 S1 mapping과 primer extention 방법으로 검색한 결과 이 promoter는 secY 유전자 앞에 있는 L15(ribosomal protein) 유전자 (rplO) 앞에 위치하여 세 개의 minor protein으로 구성되어 있고, promoter의 DNA 염기서열은 (-10 and -35 region) major sigma factor의 consensus sequence 보다는 편모 구성 및 chemotaxis에 관여하는 유전자들을 전시하는 것으로 알려진 sigma-D와 Escherichia coli sigma-F의 consensus sequence와 상당한 유사성을 보여주고 있었다. 이는 Chemotaxis와 단백질 분비가 서로 연관되어 있다는 사실을 보여주는 새로운 발견으로 앞으로 이 방면에 대한 연구에 크게 기여하리라 생각된다. The protein secretion system of the gram positive microorganism Bacillus subtilis has been a matter of interest because of its practical use. Recently, I isolated the gene for B. subtilis sec Y as the corresponding position of Escherichia coli sec Y in the spc operon. The high conservation of SecY in the gram-positive B. subtilis and gram-negative E. coli suggests that a similar mechanism of protein translocation across the membrane exists in both organism. We found the promoter for the secY gene expression using the pDH32 promoter probe vector and as sayed the promoter activity in exponential phase as well as in stationary phase. SecY was expressed maximally at T2 in stationary phase. The total RNA at T2 cells was isolated and used for S1 mapping and primer extension experiments to determine the transcription initiation site. Three minor promoters located in front of the gene for L15(ribosomal protein) wee indentified. The DNA sequences of the -10 and -35 regions of the promoter were significantly resembled the consensus sequences of the B. subtilis sigma D and Escherichia coli sigma F which are assential for the transcription of the genes for flagella formation and chemotaxis, These new findings suggested very interesting and important facts that chemotaxis and protein secretion are related in B. subtilis and will promote the research in this field.

      • SCOPUSKCI등재

        Bacillus subtilis이 단백질 분비기구 SecY의 유전자 수준의 조절이 단백질 분비에 미치는 영향

        김상숙,김순옥,서주원 한국미생물생명공학회 ( 구 한국산업미생물학회 ) 1996 한국미생물·생명공학회지 Vol.24 No.4

        그람음성균인 E. coli에서 단백질이 세포막을 통과할 때 protein translocator의 역할과 단백질 분비기구 중 rate-limiting할 것이라고 알려진 SecY 단백질 유전자를 그람양성균으로 자연적인 분비 체계를 갖고 있는 B. subtilis를 대상으로 SecY의 유전자 증폭에 따라 분비 단백질이 분비되는 것을 추적 연구 하였다. secY 유전자의 증폭을 위해 두개의 secY 유전자를 갖는 세포와 low copy 수의 (10개 미만) secY 유전자를 갖는 유전자 조절 세포를 제조 하였고 Bradford 분석법과 SDS-PAGE를 이용한 실험에서 secY 유전자의 숫자에 따라 분비되는 단백질의 양이 다름을 알 수 있었다. 그 결과 low copy number vector를 이용해 제조된 secY 유전자 조절 세포가 homologous recombination으로 E. subtilis의 chromosoml DNA내에 2개의 secY 유전자가 포함된 세포나 원래 한개의 secY 유전자만을 갖는 wild type나 비교하여 가장 많은 양의 단백질을 분비함을 알 수 있었으며 SDS-PAGE를 통해 분비되는 단백질을 분리하여 비교하여 본 결과 분비되는 모든 단백질의 양이 증가함을 알 수 있었다. 이로서 secY가 그람 양성균인 B. subtilis에서도 대장균에서처럼 단백질 분비에서 중요한 역학을 하고 있음을 최초로 확인하였다. 이러한 연구결과는 B. subtilis의 secY 유전자 수준의 조절 세포를 이용하여 산업적으로 유용한 단백질의 세포의 분비를 증대 시킬 수 있는 숙주균으로의 활용이 기대된다고 하겠다. The SecY is a central component of the protein export machinery that mediate the translocation of secretory proteins across the plasma membrane, and has been known to be rate-limiting factor of secretion in Escherichia coli. In order to study the extracellular protein secretion in Gram-positive microorganism, we have constructed strains harboring more than one copy of the gene for SecY. Firstly, the gene for B. subtilis SecY and its promote region was subcloned into pDH32 and the chimeric vector was inserted into amyE locus by homologous recombination. Secondly, low copy number vector, pCED6, was also used for subcloning the secY on the chromosome excreted more extracellular proteins than the wild type PB2. Moreover, the KH2 cells which harbor several copies of secY in pCED6 vector excreted more extracellular proteins than the KH1 cells. Here, we found that the capacity of protein secretion is partly controlled by the number of secY and it is suggested that SecY has also an important role in protein secretion in B. subtilis, a gram positive microorganism, as like in E. coli. This will promote the use of B. subtilis as a host for the expression of useful foreign gene and excretion of precious proteins.

      • KCI등재SCISCIE
      • Use of .lambda.gt 11 and antibody probes to isolate genes encoding RNA polymerase subunits from bacillus subtilis

        Suh, Joo-Won,Price, Chester The Microbiological Society of Korea 1988 微生物과 産業 Vol.14 No.1

        A genetic analysis of the complex Bacillus subtilis transcriptional apparatus is essential to understand the function, regulation, and interaction of the transcriptase components during growth and sporulation. This approach in Escherichia coli has uncovered fundamental mechanisms regulating gene expression Cole and Nomura, 1986; Lindahl and Zengel, 1986) and an analysis of the B. subtilis transcriptase will allow comoparison of the E.coli system to another bacterium that has evolved under different selective pressures. To this end we used antibody probes to isolate the alpha, beta, and beta' core subunit genes from a .lambda.gtill expression vector library. To address the question of function ans regulation of the minor sigma factors that confer promoter specifity on the polymerase core (Losick et al., 1986), we used the same approach to isolate the gene for the 37,000 dalton sigma factor, sigma-37.

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