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잉어와 척추동물들의 ${\beta}$-globin 아미노산배열의 비교
진덕희 한국생명과학회 1998 생명과학회지 Vol.8 No.3
The purpose of this study was to understand the evolutionary relationships between fish and other vertebrates which had DNA with the genetic defects in homoglobin expression, with comparison to the nucleotide homologies of the ${\beta}$-globin genes. The predicted amino acid sequence from carp ${\beta}$-globin gene was compared with those of other vertebrates from the published data. The nucleotide homologies of the predicted amino acid sequence from the carp ${\beta}$-globin gene with those of goldfish and mirror carp were high, and the rates were 97.3% and 93.9%, respectively. On the other hand, with the previously reported ${\beta}$-globins of goat, frog, human, rat, goose, chicken, and duck, it showed low homology ranging from 45.9 to 58.1%. The carp ${\beta}$-globin has one inserted amino acid residue, which was also found in other fish ${\beta}$globin, but not in other vertebrate ${\beta}$-globins. 일본의 잡종잉어 ${\beta}$사 globin유전자의 염기배열로부터 추정되는 아미노산 배열과 이미 보고되어 있는 ${\beta}$사 globin의 아미노산 배열을 비교한 결과, 금붕어와 가장 높은 상동성인 97.3%를 나타내었으며, 거울잉어 ${\beta}_B$와 95.2%, 거울 잉어 ${\beta}_A$와 93.9%의 높은 상동성을 나타내었다. 다음으로 송어(76.9%), 전기뱀장어(71.4%), 혹다랑어(61.9%), 성대(59.9%), 양태(58.5%), 시라칸스(52.4%), 폐어(46.9%), 상어(38.1%) 및 전기가오리(36.1%)의 순으로 나타났다. 또한 ${\beta}$사 globin의 아미노산 배열의 상동성을 기초로하여 분자진화의 계통수를 구하였을 때, 각각의 진화거리로부터 일본의 잡종잉어와 금붕어가 0.013으로 가장 가깝고, 분기한 것이 가장 근년인 것으로 생각되어졌다. 그 다음이 같은종인 거울잉어로 진화거리는 0.035였으며, 연골어류나 폐어와는 그 진화거리가 크게 벌어져 있어 상당히 오래전에 분기한 것으로 추정되었다. 일본 잡종이어의 ${\beta}$사 globin유전자로부터 추정되는 아미노산 배열과 이미 보고되어 있는 다른 척추동물의 아미노산 배열과 비교한 결과, 상동성은 오리(58.1%), 닭(57.8%), 쥐(55.1%), 사람(52.4%), 개구리(50.7%), 및 염소(45.9%)의 순으로 나타났다.
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잉어 $\beta$-globin 유전자의 염색체상에서의 다형해석
진덕희,청목주 한국생명과학회 1998 생명과학회지 Vol.8 No.3
Common DNA fragments of the ${\beta}$-globin gene were observed from six races of the adult common carp: Hybrid-Yamato, Japanese wild type, Mirror, Suwa-Yamato, Scale German, and Saku-Yamato. Chromosomal DNAs isolated from the above six races were digested with restriction endonucleased EcoRI and PstI. The digested fragments were transferred onto nitrocellulose filter and hybridized with a probe of carp ${\beta}$-globin cDNA. Molecular sizes of the hybridized DNA fragments digested with EcoRI were 3.6Kb(Kilo base), 4.3Kb and 15Kb in Hybrid-Yamato, Japanese wild type, Mirror, Scale German and Saku-Yamato carp DNAs. In Scale German and Saku-Yamato carp DNAs, two and one more hybridized DNA fragments were observed, respectively. Molecular sizes of the hybridized DNA fragments digested with PstI were 2.2Kb, 6.5Kb, 7.8Kb and 9.2Kb in Hybrid-Yamato, 2.2Kb, 6.5Kb and 9.2Kb in Japanese wild type, 2.2Kb, 6.5Kb, 7.8Kb, and 13Kb in Mirror, 2,2Kb, 5,5Kb, 6.5Kb, 7.8Kb, 9.2Kb and13Kb in Scale German, and 2.2Kb, 5.5Kb, 6.5Kb, 9.2Kb and Saku-Yamato carp DNA. Therefore, depending on carps, three to six DNA fragments were hybridized with ${\beta}$-globin gene probe. Thus it indicated polymorphysm in the globin gene family of carp.
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연어 뇌에서 N-Methyl-D-Aspartate 수용체 아단위 NR2A와 NR2B의 분포
진덕희,문일수 한국생명과학회 1999 생명과학회지 Vol.9 No.6
본 연구는 연어 뇌 연접의 단백질구성에 대한 기초연구로서, 기억형성에 중요한 역활을 하는 NMDA 수용체의 분포와 PTK에 의한 인산화에 대하여 조사하였다. 본 실험에 사용한 연어 뇌의 PSD 분획에서는 Coomassie로 염색할 경우 20여개 분명한 단백질띠를 확인할 수 있었으며, 소량으로 존재하여 전체적으로 도말되어 보이는 펩타이드의 수는 알 수 없었다. 이들 중 180kD 크기의 단백질은 phosphotyrosine 특이성 항체에 상대적으로 잘 인식이 되었다. 또한 이 180 kDa의 단백질들은 쥐에 있어서의 NR2A 및 NR2B의 위치인 분자량 약 180kD의 위치와 동일한 것으로 보아 연어에 있어서도 후각기능에 관계하는 NR2A 및 NR2B가 존재함을 추정할 수 있다. We carried out immunoblot analyses to study expression and subcellular distribution of the N-methyl-D-aspartate receptor(NR) subunits in salmon (Chum Salmon, Oncorhynchus keta). We prepared subcellular fractions such as brain homogenates, synaptosomes, and postsynaptic density (PSD) from salmon brains, and analyzed protein compositions by SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). In a Coomassie-stained 6% SDS-gel, about 20 distinct major protein bands could be identified in the PSD fraction. Immunoblot analyses using antibodies against rat NR subunit 2A and 2B antigens (NR2A and NR2B, respectively) showed weak but evident signals at the 180 kDa positions in the salmon PSD fractions. However, in contrast to rat NRs, the salmon NR2A and NR2B are not recognized by a phosphotyrosine-specific antibody suggesting that the salmon NRs are regulated differently from those of the rat by protein tyrosine kinases. Our results indicate that NR2A and NR2B subunits are expressed in the salmon PSD fraction but not regulated by tyrosine phosphorylation.
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온도 감수성 대장균의 형질전환에 있어서 Competent Cell의 보존효과
진덕희,홍용기,남주현 韓國自然史博物學會 1987 生物과 自然 Vol.17 No.2
온도감수성 대장균 M5248의 competent cell 보존효과에 4℃에서는 glycerol 및 DMSO를 첨가하지 않은 상태에서 24시간 보관시 3배정도 더 competent화가 되었으며 -20℃와 -40℃에서는 24시간 보관시 glycerol 및 DMSO의 유무에 관계없이 그 능력을 일정하게 보존시켰다. -40℃에서 볼 때 glycerol 및 DMSO를 첨가하지 않은 상태에서는 1주일만에 그 보존효과가 없어지는데 30% 혹은 40%의 glycerol 및 DMSO를 첨가하였을 경우 6개월 까지도 1/3정도 까지의 competent cell의 보존 능력을 보였다. The preparation of microbial cells permeable to DNA is typically a multistep procedure occupying the greater part of one thransformation experiment. Therefore a ready supply of competent cells can be of great convenience with a reduced procedure. The preservation of competent cells by freezing has been exploited in this work using a temperature sensitive mutant of Escherichia coliM5248. The transformation efficiency increased threefold after 24 hours-storage at 4℃ without any anticryogen, but the efficiency maintained to the original level at -20℃ or -40℃ with anticryogens such as glycerol or Dimethylsulfoxide. Addition of glycerol (30% or 40%) or Dimethylsulfoxide (30% or 40%) to allow freexing of the competent cells rendered susceptible to DNA till 6 months at -40℃, otherwise the competent state was disappeared within 1 week without the addition of anticryogens.
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성기백,진덕희 강릉대학교동해안지역연구소 1999 東海岸硏究 Vol.10 No.1
One synaptic structure which has a regulatory role in synaptic transmission in the postsynaptic density(PSD). Molecular and immunological studies have identified many regulatory proteins in the rat PSD. In this study, we have prepared PSD fractions from salmon(Chum Salmon, Oncorhynchus keta) brain(0.7g brain/3㎏ salmon). About 250㎍ of the crude PSD fraction could be prepared from an salmon brain. To study the protein composition and electrophoretic profiles, the PSD fraction prepared from salmon brains was analyzed in SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). When the proteins were electrophoresed in an 6% SDS-gel, about 20 major distinct protein bands of 40-200kDa could be identified with Coomassie stain. In Coomassie stain, the overall protein profiles of salmon and rat PSD fraction were similar, but the concentration of protein bands were different.
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