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      • 효소 기능 예측을 위한 아미노산 서열에서의 특징 추출

        이범주 충북대학교 2009 국내박사

        RANK : 247631

        Because of the rapid progress of the international genome projects, a huge number of DNA and/or protein sequences and some complete genomes have been generated and collected by the ardent exertions of biologists and scientists. Many techniques have been developed for analysing and handling the biological data. Unfortunately, with the corresponding rapid increase in the number of unknown proteins and uncharacterized gene products, researchers are facing problems in identifying the biological role of these proteins and gene products. One of the major goals in bioinformatics is to predict the function of unknown proteins. The recent growth in biological databases and protein analysis tools has led to the clarification of the function and structure of unknown proteins and gene products. In protein function prediction, sequential and structural similarity-based approaches are widely used. However, these approaches are often inadequate in the absence of similar sequences, or when the sequential similarity of known protein sequences is statistically weak. Further, proteins having similar function can have heterogeneous structures whereas those having similar structures can have different functions. To overcome such problems, the recently proposed feature-based approach can be applied to protein function prediction, irrespective of sequential and structural similarity. Feature is the most important component of the essential elements of feature-based function prediction. In this research, specifically, the most common issues are as follows:● How can useful features be identified efficiently? ● Which machine learning algorithms are useful for protein function classification or prediction and how can features be used to build an efficient and accurate prediction model? To resolve these problems, we propose a local and/or global feature extraction method, called PNPRD (positively, negatively, positively, ratio, and distribution), in this dissertation. PNPRD features represent the local and global information on proteins obtained by analysing protein sequences based on positively and negatively charged residues. Our experimental results, obtained by representative machine learning algorithms such as C4.5, support vector machine (SVM), Bayes network, PART, and K-nearest neighbours, demonstrate that the performance of a hybrid feature set that includes our features is higher than that of a traditional feature set. This means that our features are useful for protein function prediction. With the hybrid feature set, the accuracy of the seven classes in the first six enzyme classes of the EC (Enzyme Commission) number and non-enzyme class was found to be 77.43% by multiclass classification using the SVM, whereas with the traditional feature set, the accuracy was found to be 73.37%. Further, by analysing the characteristics of each main enzyme class and non-enzyme class, we clearly observed that the values of several features were higher or lower in one specific enzyme class than in the other classes. Because of these essential differences, each enzyme can be predicted with high accuracy. The analysed results may support the creation of a discriminative feature set in future research in this field. Finally, we extended the prediction tasks to specific enzyme families. Predictions on the second, third, and fourth subclasses were performed by the SVM based on the hybrid feature set. Many studies have endeavoured biologically and computationally to identify meaningful and accurate features for the classification and prediction of specific protein functions. However, the features showing obvious propensity for enzyme or protein function prediction are not yet sufficient. Accordingly, we need more insight into feature analysis and biological understanding.

      • Minimum weight triangulation을 위한 개선된 유전자 알고리즘

        이범주 경희대학교 1999 국내석사

        RANK : 247631

        Minimum Weight Triangulation(MWT) 문제는 평면 공간상에 주어진 점 집합의 점들을 서로 교차하지 않게 연결한 삼각화(Triangulation) 방안 중에 선분길이의 총합이 최소가 되는 삼각화를 찾는 문제이다.삼각화는 컴퓨터 비전(computer vision), 강체 모델링(solid modeling), 유한요소 분석법(finite element analysis), 지형 모델링(terratin modeling) , 그리고 볼륨 랜더링(volume rendering)에 이르는 폭 넓은 응용 분야를 가지고 있다.삼각화를 찾는 고전적인 방법으로는 그리디 방법과 딜러니 삼각화를 있으며, 최근에는 유전자 알고리즘을 적용하여 문제를 해결하고자 하는 시도가 있었다. 유전자 알고리즘은 세대 변이를 거치면서 보다 좋은 해로의 접근을 지향하는 휴리스틱 방법으로서 NP-hard 문제로 알려져 있는 MWT 문제를 해결하는 최적의 방법이다.본 논문에서는 기존의 알고리즘을 이용하면서, 다단계 탐색공간 스무딩의 기법을 응용한 개선된 유전자 알고리즘을 제안한다. 다단계 탐색공간 스무딩 방법은 주어진 해 공간의 특성을 지닌 다수의 변형된 탐색 공간을 생성한다. 가장 완만한 탐색공간부터 시작하여 각 단계의 탐색공간에서 얻은 해 집합을 다음 단계의 초기해로 설정하여 또 다시 해 집합을 얻어내는 과정을 반복하여, 최종적으로 원래 문제의 최적해를 구하는 방법이다.이러한 다단계 탐색공간 스무딩 방법을 MWT 문제 해법에 적용하여, 본 논문에서는 문제의 점들의 위치를 중심점으로부터 일정한 거리가 되도록 이동시키고, 점차 원래의 위치로 복원하면서 해를 구한다. 이때, 각 스무딩 단계마다 유전자 알고리즘을 수행하는데, 각 단계마다 얻어지는 유전자 알고리즘의 마지막 세대는 다음 스무딩 단계에서의 유전자 알고리즘에 대한 초기해 집합으로 설정된다.문제의 점 위치는 단계적인 외곽 볼록 다각형 점들의 평균 거리를 기준으로 변형한다. 이러한 변형으로써 점들이 흩어져 있는 전체적인 윤곽에 대한 해를 구할 수 있고, 점차 원래 문제에 가깝게 복원시키면서 해를 구하는 과정을 반복하여 결국 주어진 문제를 해결할 수 있다.유전자 알고리즘을 MWT문제에 적용하기 위해서 2차원 하삼각 행렬로 염색체를 구성한다. 유전자 알고리즘의 교차연산은 다각형 교환 방법을 사용한다. 다각형 교환 방법은 삼각화의 정의를 위배하지 않으며, 최소 다각형을 찾는 과정을 통하여 두 부모 염색체로부터 교환이 이루어질 공통 다각형을 결정한다.본 연구에서 제안하는 개선된 유전자 알고리즘과 기존 유전자 알고리즘의 성능을 실험을 통하여 비교해본 결과, 보다 빠른 시간 내에 최적 해를 찾을 수 있다는 것을 알 수 있다.

      • 排球競技에서 세터의 볼배분이 勝 敗에 미치는 影響 : 第64回 全國體育大會 大學一般部를 中心으로

        이범주 명지대학교 대학원 1984 국내석사

        RANK : 247631

        本 論文에서는 現在 배구의 흐름은 힘의 배구와 장신화까지 추세를 이루고 있으며, 단신들이 사용하던 콤비네이션플레이( Combination play )까지 겸비하게된 동구인들의 배구가 세계의 배구정상을 차지하고 있다.이에 本 硏究에서는 배구경기에 있어서 경기운영중 세터의 볼배급이 경기의 흐름을 좌우할수 있다고 보아 제64회 전국체육대회의 배구 경기에서 세터의 볼배급의 종류와 그 성공률을 대학부와 일반부로 나누어 조사 분석한 결과 다음과 같은 결론을 얻었다.1. 경기에 있어 대학부와 일반부의 볼배분이 오픈토스( Open toss )에서 34.2%, 39.3%로 이루어 진것은 토스가 주공격수에게 많이 의존했음을 알수 있다.2. 세터의 볼 배분 중에서 Back quick토스가 각각 3.6%, 3.1%로 가장 적게 토스( toss )된 것은 높은 기술이 요구되는 공격을 소화하지 못한것으로 사료된다.3 세터의 토스( Toss )에 의한 볼이 상대팀에게 공격의 기회를 준비율이 각각 33.8%, 35.3%로 높이 나타난것은 세터의 토스기술 부족을 시사해 주므로 세터에 대한 훈련이 요구된다.4. 大學部 경기에서 세터의 토스가 A.B.C.quick이 각각 7.3%, 8.3%, 7.8%가 一般部 경기에서는 6.0%, 4.7%, 4.7%보다 높이 나타난것은 大學部가 공격이 다양함을 알수있고 일반부에서는 대학부보다 Open공격이 33.3%로 높이 나타나 Open공격이 대학부보다 많이 이루어졌다.5. 세터의 토스에 대한 성공율이 大學部에서는 Back toss가 68.1% Back Time차가 60.8%, B quick이 59.2로 높이 나타났고, 일반부에서는 C quick이 73.5%, Back quick이 71.2%, B quick이 50.2%의 순으로 높게 나타났다. The flow of Volley Ball has formed a current of powerful and tall stature, and Eastern European's Volley Ball combined with a combination play which has been used by short stature.Therefore they have occupied at the top of World's Volley Ball in succession.In this tudy, the toss of setter can control the flow of game in Volley Ball game. The short of setter's toss ball and success rate divide into a university team and a general team of the 64th National Athletic meeting.The results can be summarized as follows:1. In university game and general game, the open toss of setter depend on main attacker with 34.2% of all toss ball.2. The researcher thinks that the back toss 3.6%, 3.1% rate ask for drill of a player.3. The rate of chance ball highly came out 32.8%, 35.3% separately. Therefore this ask for drill of setter's practice.4. In university game, A.B.C. quick toss of setter came out 7.3%, 8.3%, 7.8% of toss. And general game, toss rate is 6.0%, 4.7%, 4.7%. Therefore former game is highly come out attack than general team besides general game came out open toss then university game.5. In university game, the success rate of setter's toss came out that Back Toss 68.1%, back time toss 60.8%, quick toss 59.2% and general game, the rate of toss highly came out C quick toss 73.5%, back quick toss 11.2%, D quick toss 50.2%.

      • 한국어 읽기 수업에서 나타난 여성 결혼이민자와 자녀의 상호작용 양상 분석

        이범주 경인교육대학교 교육전문대학원 2021 국내석사

        RANK : 247631

        The purpose of this study is to plan a Korean-language reading teaching method that targets both a female marriage immigrant and her children at the same time and to analyze the interaction between the female marriage immigrant and her children in actual lessons. This study was carried out by planning and applying actual Korean reading lessons in which the female marriage immigrant and her children participate together with the aim of analyzing the interaction between the female marriage immigrant and her children. The First chapter comprises of the purpose and necessity of this study and proposes appropriate problem and methods of this study. The preceding research observed Korean reading lesson for female marriage immigrants and their children and interaction between mother-children and looked for the implication related to this study. Chapter 2 comprise of theoretical consideration of analyzing the interaction between the female marriage immigrants and their children in Korean reading lesson. This chapter explores Korean reading education for mothers and children by looking at the concepts and characteristics of Korean reading education for mothers and children. Also this chapter seeks to establish a theoretical framework for the interaction between mother and children by looking at the concept of interaction and the importance of interaction between mother and children. Chapter 3 defines the participants, procedures, and methods of data analysis of this study. Participants of this study are a female marriage immigrant from the Philippines and her 3 children. Reading lessons were planned of 3 sessions of preliminary examination, 3 sessions of main activity where reading lessons were designed to suit the process-oriented reading stage where 1 folktale was used for each activity. Also, the data analysis was planned in 2 ways; the amount of student's verbal output analysis and interactive type analysis. Chapter 4 analyzes and discusses about the result of the research by observing results of the reading lessons between the female marriage immigrant and her children and examined the significance of the study. The test results were analyzed by observing the amount of student's verbal output and interaction type analysis which are suggested in Chapter 3. The result of the study is as follows; the result of the amount of the verbal output of the students showed that the female marriage immigrant's verbal amount was the largest, followed by the age of the children from oldest to youngest. The reason why the female marriage immigrant's verbal output was the largest can be comprehended by 2 main factors. First, Women Immigrant was choosing to reiterate or elaborate her speech since she could not summarize the important contents, which abridged her speech. Second, ‘comparing stories' activity from the 3rd session has provided much opportunity for the female marriage immigrant to speak longer. It could be assumed that the difference in Korean language ability that was caused by children's age affected the amount of the children's verbal output. As a result of a pattern analysis of interaction, the most frequent verbal interaction has appeared to be ‘naming and describing' for ‘explaining', ‘expanding' for ‘feedback', ‘correction' for ‘identification' whilst for the most frequent non-verbal interaction type was ‘laughing', ‘nodding', ‘pointing fingers'. The results of the analysis of the interaction between the female marriage immigrant and her children in Korean reading lessons with a conduct of the post-student survey and interview analysis are as follows; First, for the verbal interaction, students often used English for ‘explaining' type, because female marriage immigrant and her children usually use English to communicate. The ‘feedback' type was mainly reflected by two older children to help their mother, which could be assumed that the two older children have higher Korean language ability than their mother. Second, for the non-verbal interaction, ‘laughing' and ‘nodding' type was observed, which could be assumed that there were a lot of positive expressions due to close relationship among the students as it was a lesson that the mother and children participated together. Although less observed, ‘imitating' and ‘acting on demand' type were also observed between the mother and the youngest child, which was assumed that the mother had a higher Korean language ability than the youngest child, and also that mother wanted to keep her child's learning attitude attention during lesson. Chapter 5 summarizes the research and defines the significance and limitation of this research and suggests the follow-up study measures. This research looked at the interaction that occur when a Korean language reading lessons are planned and actual lessons are conducted by setting up the female marriage immigrant and her children together as class students. The results of this study could serve as a basic source of information for female marriage immigrants and their children to learn Korean language together. 본 연구의 목적은 여성 결혼이민자와 자녀를 동시에 학습 대상으로 하는 한국어 읽기 교수 방안을 계획하고, 이를 실제 수업에 실행했을 때 나타나는 여성 결혼이민자와 자녀의 상호작용 양상을 분석하는 데에 있다. 이를 위해 본 연구에서는 여성 결혼이민자와 자녀의 상호작용 양상을 분석하는 데에 목적을 두고, 여성 결혼이민자와 자녀가 함께 참여하는 한국어 읽기 수업을 계획하여 실제 수업 현장에 적용해봄으로써 수업에서 나타난 상호작용 양상을 분석하고자 하였다. Ⅰ장에서는 본 연구의 목적과 필요성을 서술하고, 이에 적합한 연구 문제와 연구 방법을 제시하였다. 선행 연구는 여성 결혼이민자와 자녀 대상 한국어 읽기 교육과 어머니와 자녀 간 상호작용에 대한 연구 등을 살펴보고 본 연구와 관련하여 시사점을 찾고자 하였다. Ⅱ장에서는 한국어 읽기 수업에서 나타난 여성 결혼이민자와 자녀의 상호작용 양상 분석에 대한 이론적 고찰을 하였다. 어머니와 자녀 대상 읽기 교육의 개념과 특성을 살펴봄으로써 어머니와 자녀 대상 읽기 교육에 대해 탐색해 보았다. 또한 상호작용의 개념, 어머니와 자녀의 상호작용의 중요성을 살펴봄으로써 어머니와 자녀의 상호작용 양상에 대한 이론적 틀을 마련하고자 하였다. Ⅲ장에서는 본 연구의 참여자, 연구 절차 및 자료 분석 방법에 대해 기술하였다. 본 연구의 대상은 필리핀 출신의 여성 결혼이민자와 그 자녀 3명이다. 예비 실험 3차시, 본 수업 3차시를 계획하여 각각 텍스트로 설화 1편씩 선정하여 과정중심적 읽기 단계에 맞게 읽기 수업을 설계하였다. 또한 학습자의 발화량 분석과 상호작용 유형 분석의 2가지 방법으로 상호작용 양상 분석 방법을 계획하였다. Ⅳ장에서는 연구의 결과를 분석하고 논의하였다. 본 수업 3차시의 한국어 읽기 수업에서의 여성 결혼이민자와 자녀의 상호작용 양상을 분석하고 이를 통한 연구의 의의를 살펴보았다. Ⅲ장에서 제시한 학습자의 발화량 분석과 상호작용 유형 분석 방법을 이용해 실험 결과를 분석하였다. 본 연구의 결과는 다음과 같다. 먼저 학습자의 발화량 분석의 결과로 여성 결혼이민자의 발화량이 제일 많았으며 자녀들은 연령순으로 발화량이 많았다는 것을 알 수 있었다. 여성 결혼이민자의 발화량이 제일 많았던 요인은 크게 두 가지로 볼 수 있다. 첫째, 여성 결혼이민자가 반복적인 말을 사용한다거나 중요 내용을 간추려 말하지 못해 풀어 이야기하여 발화량이 많이 나왔다는 점이다. 둘째, 3차시 수업에서의 ‘이야기 비교하기' 활동이 여성 결혼이민자가 발화를 많이 할 수 있는 기회가 되었다는 점이다. 자녀들의 발화량이 연령순으로 많았던 요인은 연령에 따른 한국어 능력 차이가 발화량에 영향을 미쳤다고 추측할 수 있었다. 다음 상호작용 유형 분석의 결과로 언어적 상호작용 유형에서는 ‘설명하기'의 ‘명명 및 묘사', ‘피드백'의 ‘확장', ‘확인', ‘교정'이 제일 많이 나타난다는 것을 알 수 있었다. 비언어적 상호작용 유형에서는 ‘웃기', ‘고개 끄덕이기', ‘손으로 지적하기'가 제일 많이 나타난다는 것을 알 수 있었다. 사후 학습자 설문 조사 및 인터뷰 분석을 참고하여 한국어 읽기 수업에서의 여성 결혼이민자와 자녀의 상호작용 양상 분석을 정리한 결과는 다음과 같다. 첫째, 언어적 상호작용 유형에서는 ‘설명하기' 유형에서 학습자들이 영어를 사용한 경우가 많았는데 이는 여성 결혼이민자와 자녀들이 평소 영어를 활용하여 의사소통하기 때문이라고 생각할 수 있었다. ‘피드백' 유형은 주로 연령이 높은 두 자녀들이 어머니를 돕기 위해 많이 사용되었는데 이는 연령이 높은 두 자녀들이 어머니보다 한국어 능력이 더 높기 때문이라고 추측할 수 있었다. 둘째, 비언어적 상호작용 유형에서는 ‘웃기', ‘고개 끄덕이기' 유형이 많이 관찰되었는데 이는 어머니와 자녀가 함께 참여한 수업이니만큼 학습자들의 친밀한 관계성으로 긍정적인 표현이 많이 나타났다고 생각할 수 있었다. 빈도는 적었지만 ‘모방하기', ‘요구에 따라 행동하기' 유형은 주로 어머니와 가장 연령이 어린 자녀 사이에서만 관찰되었다는 특징이 있었다. 어머니가 가장 연령이 어린 자녀보다 한국어 능력이 더 높기 때문으로 유추되며 또한 여성 결혼이민자가 어머니로서 자녀가 바르게 수업에 참여할 수 있도록 돕고자 했다는 것을 알 수 있었다. Ⅴ장에서는 지금까지 연구한 결과를 정리하였으며, 본 연구의 의의와 한계를 밝히고 후속 연구를 위한 제언을 하였다. 본 연구는 여성 결혼이민자와 자녀를 함께 수업 학습자로 설정하여 한국어 읽기 수업을 계획하고 이를 실제 수업으로 실시하였을 때에 나타나는 상호작용 양상에 대해 살펴보았다. 본 연구의 결과는 여성 결혼이민자와 자녀가 함께 참여하는 한국어 교육 방법을 모색하는 데에 기초적인 자료의 역할을 할 수 있을 것이다.

      • 수면 무호흡증과 고감도 C- 반응단백이 대사증후군 발병에 미치는 영향 연구

        이범주 고려대학교 보건대학원 2016 국내석사

        RANK : 247631

        Objectives: Due to the influence of a westernized lifestyle, abdominal obesity-related diseases, such as hypertension (HTN), diabetes mellitus, hyperlipidemia, and cardiovascular diseases (CVDs), have been rapidly increasing. Such chronic diseases account for 70% of the cause of death in Korea, and the proportion has been gradually increasing every year. Metabolic syndrome (MetS) is a cluster of at least three of five the following pathologic conditions: abdominal obesity, elevated blood pressure, high fasting blood glucose, high blood triglycerides, and low high-density lipoprotein (HDL) cholesterol levels. Obstructive sleep apnea (OSA) is very common medical problem characterized by a cessation of breathing during sleep. OSA is considered to be independently associated with obesity and HTN. High-sensitivity C-reactive protein (hsCRP) is a blood protein, whose levels rise in response to inflammation. It has been widely used to predict the risk of cardiovascular disease. In this study, I tried to examine the individual effect of OSA and level of hsCRP, and joint effects of them on incidence of MetS. Methods : Members of the study cohort consisted of 5,020 Korean citizens (2,523 men and 2,497 female) aged 40 to 69 years who participated from 2001 in a comprehensive health examination and on-site interview at Korea University Ansan Hospital. In the study, all participated in a comprehensive health examination including an anthropometric evaluation and completed an interview-administered questionnaire on demographic information, medical history and health conditions. The cohort members were followed up biennially with a scheduled site visit for similar interviews and health examinations. Among 907 individuals who completed portable PSG monitoring between 2009 and 2010, 318 subjects who were diagnosed with MetS and 43 subjects who were lost during follow-up period were excluded. Finally, 546 were selected for the analysis. An unattended home polysomnography was performed using an Embla portable sleep monitoring system (Embletta X100, Embla, USA) to record sleep states and OSA. The significant differences of the means were evaluated using one-way ANOVA for continuous variables and χ2test for categorical data. In addition, we estimated hazard ratio of the MetS components in relation to OSA and hsCRP level. The potential confounding variables in the analysis were age, sex, and body mass index (BMI). All statistical analysis was performed with SPSS version 21.0 (SPSS Inc, Chicago, IL, USA). All p values < .05 were considered as significant. Results : OSA was defined as apnea-hypopnea index (AHI) ≥10. Non-OSA group was defined as AHI <10. Waist circumference (P<0.0001), systolic blood pressure (BP) (P<0.0001), BMI (P<0.05), diastolic BP (P<0.05), and fasting blood glucose (P<0.05) were significantly higher in the OSA group as compared to non-OSA group. There was no significant difference in level of hsCRP. Significant differences were observed in BMI (P<0.0001), waist circumference (P<0.0001), and HDL cholesterol (P<0.05), fasting blood glucose (P<0.05), and AHI (P<0.05) between hsCRP <1 and hsCRP ≥1 group. Joint effect of presence of OSA and hsCRP≥1 increased the hazard ratio (2.357; 95% confidence interval, 1.338-4.154), and it still had a significance even after adjusting for age, sex, and BMI (P<0.003). Conclusions : The risk of MetS incidence was further increased by concurrent presence of OSA and high level of hsCRP. Although OSA and hsCRP have been well-known as risk factors to predict the HTN and CVDs, in the present study, I found that individual presence of those two conditions and their combinations also can be a risk factor for MetS. These findings raise the need for early prevention and management of OSA and hsCRP levels, to reduce the development of MetS.Key words: Obstructive sleep apnea, high-sensitivity C-reactive protein, metabolic syndrome, incidence

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