정지기 Salmonella typhimurium 세포에서 특이적으로 발현되는 세포질 단백질의 동정 및 발현조절에 대한 연구

유아영,김영희,유종언,김삼웅,백형석,강호영,Yoo, Ah-Young,Kim, Young-Hee,Yu, Jong-Earn,Kim, Sam-Woong,Baik, Hyung-Suk,Kang, Ho-Young 한국생명과학회 2007 생명과학회지 Vol.17 No.2

Salmoenella는 대표적인 intracellular pathogen으로 숙주의 면역 세포인 macrophage 내에서 살아남아 이들을 매개로 숙주의 몸 전체를 이동해 가면서 전신성 감염을 일으킨다. 살모넬라는 숙주 세포 내부의 이러한 극한 환경을 극복하기 위해서 다양한 방어 기작을 가진다. 본 연구에서는 복합적인 스트레스가 작용하는 정지기 Salmonella에서 특이적으로 발현되는 단백질에 주목하였다. 정지기 상태의 Salmonella에서 약 20 kDa의 단백질이 특이적으로 많이 발현되었으며, 세포질 분획을 통해 이 단백질이 세포질 부분에 존재함을 알 수 있었다. MALDI-TOF 분석을 통해 이 단백질이 $\b{D}NA$ binding $\b{p}rotein$ in $\b{s}tationary$ phase (Dps) 단백질임을 확인하였다. Dps 단백질은 스트레스가 주어진 상황에서 DNA에 비특이적으로 결합하여 DNA가 안정한 형태를 유지하도록 하여 스트레스로부터 염색체를 보호하는 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 이후의 연구를 위하여 과발현하여 정제한 Dps 단백질을 토끼에 주사하여 Dps 특이적인 항체를 제조하였다. dps 발현에 영향을 미치는 조절자 단백질을 알기 위하여 다양한 S. typhimrium 돌연변이주들 내에서의 Dps 단백질양을 조사하였다. Salmonella is facultative intracellular pathogen that can survive and replicate in macrophages even though these cells are equipped with a plethora of anti-microbial mechanisms. To survive in this hostile intracellular environment, Salmonella has evolved numerous defense mechartisms. An approximately 20 kDa protein was detected as a stationary-phase specific protein band in cytosolic fraction. It was identified as a DNA binding protein in stationary phase (Dps) by analysis of MALDI-TOF assay. It has been known that Dps, the protein produced in the stationary phase of bacteria, allows DNA to form chromatin by binding to DNA nonspecifically and protects DNA from reactive oxidative species (ROS). For further study, Dps specific polyclonal antibodies were generated by injection of purified Dps protein into rabbit. To examine the Finfluence of several regulatory proteins in the expression dps gene, Dps protein level in various S. typhimurium mutants defecting regulatory proteins were investigated by Westernblot using Dps specific polyclonal antibodies.

Penicillium italicum에 대한 중저분자 키토산의 항진균 효과

유아영 ( Ah Young Yoo ),박제권 ( Jae Kweon Park ) 한국키틴키토산학회 2014 한국키틴키토산학회지 Vol.19 No.3

키틴은 셀룰로스 다음으로 자연계에 풍부한 물질로서 친환경 소재로 식물에 비해 자원이 풍부하고 많은 효능이 입증되어 왔다. 본 연구에서는 이러한 키토산이 감귤에 푸른 곰팡이 병을 일으키는 P. italicum을 억제하는 친환경적 방제제로의 이용이 가능한지 여부를 확인하였다. 결과적으로 PD 액체 배지에서 다양한 분자량의 키토산은 모두 곰팡이 포자의 발아를 억제했다. 이후 키토산을 제거하고 새로 영양배지(PD)를 제공하였지만 키토산을 처리했던 포자는 3차 멸균수를 이용하여 키토산을 제거한 후에도 발아하지 않았다. 이러한 결과를 바탕으로 키토산은 포자 발아를 영구적으로 억제한다는 것을 확인하였다. 또한 PD 고체 배지에서 행한 disc 실험에 서는 5~7 kDa 범위의 중저분자 키토산이 가장 높은 효과를 보였다. 액체배양 조건에서는 CTSN과 CTSN-P는 각각 0.003%의 농도에서 포자를 저해했다. 결론적으로 여러 크기의 분자량을 갖는 중저분자 키토산은 강한 포자 발아 억제 능력을 나타냄으로서 감귤 저장이나 보관에 있어서 친환경적 방제제로서 매우 유용한 생물학적 소재가 될 수 있을 것으로 판단된다. The aim of this study was to evaluate the antifungal activity of chitosans with different molecular weight against Penicillium italicum which is known as a pathogenic fungus in citrus fruits. Antifungal activity of various molecular weight of chitosans was observed in morphological changes using microscope and was defined in disc diffusion assay. The result showed that various molecular weight of chitosan raging from 3 to 7 kDa completely inhibits the spore germination of P. italicum. These results indicate that medium size of chitosan can be used as a natural antifungal agent to control blue mold in postharvest citrus fruits.

바렛식도와 이형성증, 조기식도선암의 진단과 치료: 미국과 유럽의 임상지침을 중심으로

유아영 ( Ah Young Yoo ),주문경 ( Moon Kyung Joo ) 대한소화기학회 2019 대한소화기학회지 Vol.74 No.1

Barrett’s esophagus (BE) is one of the most prominent diseases in Western countries because of its potential to progress to dysplasia or adenocarcinoma. Recently, the American College of Gastroenterology (ACG), American Gastroenterology Association (AGA), and European Society of Gastrointestinal Endoscopy (ESGE) developed clinical guidelines for the diagnosis and management of BE. All three guidelines commonly stressed the necessity of the endoscopic eradication of confirmed, nonnodular low grade dysplasia or high grade dysplasia, as well as the endoscopic elimination of the remaining BE after an endoscopic resection of visible mucosal abnormalities. An endoscopic resection is also considered for the optimal management of esophageal adenocarcinoma confined to the mucosa (T1a), and even in selective cases of submucosal invasion (T1b). As endoscopic therapy becomes the mainstay for the treatment of BE and its complications, the eligibility of pathologic or endoscopic experts and the BE expert center are being set and strengthened. This paper introduces the statements of the ACG, AGA and ESGE guidelines and compares the similarities and differences between them. (Korean J Gastroenterol 2019;74:11-16)

라임병 원인 스피로헤타 Borrelia burgdorferi의 운동성과 주화성

유아영(Ah Young Yoo),강호영(Ho Young Kang),문기환(Ki Hwan Moon) 한국생명과학회 2018 생명과학회지 Vol.28 No.5

운동성 및 주화성은 스피로헤타를 포함한 많은 병원성 세균의 병원인자로 작용한다. 라임병은 스피로헤타인 Borrelia burgdorferi에 의해 발병하며, 검은다리 참진드기에 물린 상처를 통해 사람에게 전염되는 미국 및 유럽 내에서 가장 유행하는 벡터-매개성 질병이다. Borrelia를 포함한 스피로헤타 균들은 다른 일반적인 편모를 가지는 균들과 달리 주변세포질에 그 편모를 가지며, 운동성이 결여된 돌연변이주의 경우 야생주와 같은 병원성을 가지지 못한다고 알려져 있다. 또한 대장균에 비해 더욱 다양한 종류의 주화성 관련 유전자를 지니고 있어, 편모를 통한 이 균의 운동성이 매우 복잡한 메커니즘을 가질 것으로 예상할 수 있다. 최근 초저온 전자현미경 및 새로운 유전자 조작기술의 발달로 인해 베일에 싸여 있던 스피로헤타의 운동성 및 주화성, 특이한 편모의 구조가 밝혀지고 있다. 본 리뷰 논문에서는 이러한 최첨단 기술의 이용으로 현재까지 밝혀진 Borrelia burgdorferi의 새로운 편모모터 구조를 소개하고, 균의 병원성과 운동성 및 주화성의 상관관계에 대해 설명하고자 한다. Motility and chemotaxis are crucial for disease development in many motile pathogens, including spirochetes. In many bacteria, motility is provided by flagella rotation, which is controlled by a chemotaxis-signal-transduction system. Thus, motility and chemotaxis are inextricably linked. Spirochetes are a unique group of bacteria with distinctive flat-wave morphology and corkscrew-like locomotion. This unusual motility pattern is believed to be important for efficient motility within the dense tissues through which these spirochetes preferentially disseminate in a host. Unlike other externally flagellated bacteria-where flagella are in the ambient environment-the flagella of spirochetes are enclosed by the outer membrane and thus are called periplasmic flagella or endoflagella. Although motilityand chemotaxis-associated genes are well studied in some bacteria, the knowledge of how the spirochete achieves complex swimming and the roles of most of the putative spirochetal chemotaxis proteins are still elusive. Recently, cutting-edge imaging methods and unique genetic manipulations in spirochetes have helped to unravel the mystery of motility and chemotaxis in spirochetes. These contemporary advances in understanding the motility and chemotaxis of spirochetes in a host’s persistence and disease process are highlighted in this review.

신규 종 해양미생물 Marinomonas sp. PT-1의 분리 및 생물학적 특성 연구

유아영 ( Ah Young Yoo ),박제권 ( Jae Kweon Park ) 한국키틴키토산학회 2014 한국키틴키토산학회지 Vol.19 No.1

A marine bacterium named as Marinomonas species PT-1 was isolated as a producer of extracellular protease and chitinase. However less significant activity was evaluated in the culture supernatant, not as much as being expected its activity revealed much of wide clear zone on the skim milk agar or colloidal chitin agar solid media. Aim of this study was to characterize the bacterial stain producing both protease and chitinase with various carbon and nitrogen sources at different time of culturing. Our data demonstrate the characteristics of the strain based on 16S rDNA sequences analysis, optimal culture conditions and utilization of carbon and nitrogen sources for the production of protease and chitinase.

플래쉬 메모리 화일 관리자의 설계 및 구현

유아영(Ah-young Yoo),김한준(Han-jun Kim),정재헌(Jae-heon Cheong),이상구(Sang-goo Lee) 한국정보과학회 1997 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.24 No.2Ⅰ

플래쉬 메모리는 데이타의 저장 및 변경이 가능한 비휘발성 메모리로서 경량성과 소형성, 충격에 대한 내성, 낮은 전략 소모 등의 특성으로 휴대용 기기의 저장 매체로서 또는 디스크가 사용되기 어려운 환경 하에서의 대체 저장 매체로서 그 사용이 증가하고 있다. 그러나 플래쉬 메모리는 이미 데이타가 저장되어 있는 곳에 다른 데이타를 겹쳐 쓰려면 별도의 초기화 연산이 선행되어야 하며 또한 메모리 셀에 가해질 수 있는 초기화 연산의 수가 제안되어 있어 플래쉬 메모리를 저장 매체로 사용하기 위해서는 이러한 특성에 대한 고려가 필요하다. 본 논문에서는 정형화된 데이타들로 구성되는 화일을 플래쉬 메모리에 저장하고 관리하기 위한 플래쉬 메모리 화일 관리자의 설계와 구현에 관해 기술한다. 화일의 메타 데이타를 포함하는 모든 데이타는 로깅 방식으로 다루어지며 화일에 대한 연산의 많은 부분이 화일의 메타 데이타에 집중되는 문제를 해결하기 위해 화일의 메타 데이타를 그 변경 가능성에 따라 두 부분으로 나누어 관리하였다. 또한 세그먼트 번호 테이블과 블록 번호 테이블을 사용하여 클리닝 과정 이후나 데이타가 갱신되는 경우에 해당 데이타에 대한 참조가 변경되어야 하는 문제를 처리하였다.

Salmonella typhimurium 외막 단백질 OmpW의 발현조절 및 기능에 관한 연구

유아영(Ah Young Yoo),유종언(Jong Earn Yu),양지선(Jiseon Yang),김영희(Young Hee Kim),백창호(Chang Ho Baek),오정일(Jeong-Il Oh),강호영(Ho Young Kang) 한국생명과학회 2008 생명과학회지 Vol.18 No.11

Salmoenella를 포함한 그람 음성 세균의 외막 단백질들은 외부 환경 조건에 따라 그 발현에 변화가 생기는 경우가 많으며, 이렇게 발현된 외막 단백질들은 수송에 관여하는 통로, 외부 물질의 인지, 병원체의 부착인자 등 다양한 기능을 가진다. 본 연구에서는 이러한 외막 단백질 중 소수성 porin으로 알려진 OmpW 단백질에 주목하였다. ompW 유전자가 결손된 돌연변이주를 구축하여 CK10으로 명명하였으며, 야생주와 그 표현형적 특징을 비교한 결과 SDS에 대한 내성이 다소 증가함을 확인할 수 있었다. OmpW 특이적인 다클론성 항체를 조제하여 OmpW 단백질의 발현연구에 사용하였다. NaCl의 농도가 높아질수록 OmpW 단백질의 발현이 감소하였으며, OmpW의 발현이 최대인 조건은 NaCl이 배지에 첨가되지 않았을 경우이다. 따라서 OmpW는 Salmonella 균이 삼투환경에 대응하는데 관여할 것으로 예상되어 일차적으로 균의 생육을 조사한 결과, 다양한 삼투환경 하에서 Salmonella의 생육에는 OmpW 단백질의 결손이 큰 영향을 미치지는 않는 것을 확인하였다. 삼투환경 변화에 따른 OmpW 발현의 변화가 지니는 생물학적 의미는 앞으로 연구해야 할 숙제로 남는다. Outer membrane proteins (OMPs) expressed in the Gram negative bacteria such as Salmonella play multiple functions including material transports, adhesive factors and reception of external signals. This study has been focused on an OmpW protein known as a protein required to form a hydrophobic porin in outer membrane. We have constructed a S. typhimurium CK10 mutant deleting an ompW gene on chromosome. The CK10 strain was more tolerant to SDS than the wild-type strain did. As increase of salt concentration in the culture media, significantly decreased amount of OmpW protein in cells were detected. The maximum OmpW protein was expressed in the absence of salt supplement. However, the growth of CK10 strain was indistinguishable compared to that of the wild-type strain at the variable osmotic conditions. The biological role of differential OmpW expression in response to osmotic conditions remains to be investigated.

배추무름병 원인균 분리 및 특성 연구

권영희(Young Hee Kwon),유아영(Ah Young Yoo),유종언(Jong Earn Yu),강호영(Ho Young Kang) 한국생명과학회 2009 생명과학회지 Vol.19 No.8

배추 무름병을 대상으로 식물병원균 감염모델을 확립하기 위하여 무름병변을 가진 배추조직으로부터 80개의 독립된 세균집락을 순수 분리하였다. 이들 균을 감염되지 않은 배추 잎의 주맥부위에 접종하여 24~48 시간 만에 무름병변을 나타내는 8개의 균주를 1차 선별하였다. 다양한 미생물학적, 생화학적, 형태학적인 시험을 통하여 분석한 결과 서로 다른 특성을 나타내는 균이라고 여겨지는 3개의 균을 최종 선정하였고 이들은 모두 그람 음성균으로 판명되었고 RB1, RB2 및 RB6로 명명하였다. API 20E시험, VITEK 2 COMPACT 분석, 16S rRNA 염기서열 분석 등을 종합할 때 RB1 및 RB2는 Erwinia carotovorum subsp. odoriferum 아종으로, RB6는 Erwinia carotovorum subsp. carotovorum 아종으로 추정되었다. 이들 균들은 30℃, 생리적 pH인 중성 pH에서 최적생육을 하였다. 이들은 배추의 상처 유무에 상관없이 초기 접종양과 비례하여 무름병을 유발하였으며, 상처가 없는 경우보다 상처가 있는 경우에 더욱 명확한 병변을 유발하였다. RB1의 경우 8.0×10? CFU/㎖, RB2 균주는 10? CFU/㎖, RB6는 4.7×10? CFU/㎖에서 최초로 무름 증상을 나타냈다. 이들 균의 숙주 특이성을 관찰하기 위하여 14종의 야채에 접종한 결과 배추, 가지 파프리카에서만 무름병변을 유발하는 숙주 특이성을 나타내었다. 이 연구에서 사용된 실험재료들 및 감염모델은 향후 식물병원균의 감염기작해석에 크게 기여할 것으로 예상된다. In order to establish in vitro infection model for research of plant pathogen based on tissue softening disease in napa cabbage, eighty independent bacterial strains were isolated from the softened napa cabbage tissues. Eight bacterial isolates were primarily screened with the generation of reproducible tissue softening disease to fresh napa cabbages within 24~48 hours after inoculation. Through various microbiological, biochemical and morphological examinations, three Gram (-) isolates which harbor independent biological properties were finally chosen, and named as RB1, RB2 and RB6. Collective results obtained from API 20E test and analyses of VITEK 2 COMPACT and nucleotide sequences of 16S rRNA of each isolate proposed that isolates RB1 and RB2 are close to the Erwinia carotovora subsp. odorifera, and RB6 is close to the Erwinia carotovora subsp. carotovora. These isolates grew optimally at 30℃ with neutral pH culture condition. The isolates caused softening tissue disease with dose-dependent manner regardless of pre-surface damages of napa cabbage. Minimum dose to cause soft rot disease for RB1, RB2 or RB6 were 8.0×10? CFU/㎖, 10? CFU/㎖ or 4.7×10? CFU/㎖, respectively. These isolates caused tissue softening disease to eggplant, paprika and napa cabbage out of 14 different tested vegetables, indicating that these isolates damages specific plant tissues. The bacterial isolates obtained in this research and in vitro plant infection model will be adapted in the understanding of the mechanism of pathogenesis by plant pathogen.

Salmonella Typhimurium SL1344 Utilizing Human Transferrin-bound Iron as an Iron Source Regardless of Siderophore-mediated Uptake

Yunjeong Choe(최윤정),Ah Young Yoo(유아영),Sam Woong Kim(김삼웅),Jihwan Hwang(황지환),Ho Young Kang(강호영) 한국생명과학회 2017 생명과학회지 Vol.27 No.1

S. Typhimurium SL1344는 성장을 위한 보조인자로 무기철이 요구된다. 철 킬레이트제인 ethylenediamine di-o-hydroxyphenylactic acid (EDDA)가 첨가 된 M9 최소배지에서 S. Typhimurium은 성장에 있어 철 이용이 완전하게 억제된다. 하지만, 세균이나 곰팡이와 같은 미생물들은 철이 부족한 환경에서 제한된 철을 이용하기 위해 사이드로포어를 생산한다. 사람에서 유래한 트랜스페린(hTf)-철 복합체를 M9 배지에 첨가한 조건에서 S. Typhimurium의 사이드로포어 생산은 완전하게 중단되었다. 반면, S. Typhimurium의 성장은 염화철(FeCl3)을 첨가한 조건과 동일한 수준으로 유지되었다. 이 결과는 사이드로포어의 생산 없이도 S. Typhimurium이 hTf에 부착된 철을 직접적으로 이용할 수 있다는 것을 알 수 있다. 돌연변이주의 구축과 이를 이용한 분석을 통하여 우리는 세균이 hTf-철 복합체를 직접적으로 이용할 수 있다는 것을 확인할 수 있었다. Inorganic iron is essential for various metabolic processes, including RNA synthesis, electron transport, and oxygen detoxification in microorganisms. Many bacterial pathogens compete for iron acquisition in diverse environmental condition such as host. Salmonella Typhimurium SL1344 also requires inorganic iron as a cofactor for growth. When a M9 minimal liquid medium was supplemented with ethylenediamine di-o-hydroxyphenylactic acid (EDDA) which acts as an iron-chelating agent, growth of Salmonella Typhimurium SL1344 in the supplemented medium was completely arrested by deficient of useful iron under iron-depleted condition. However, a number of siderophores, which are small, high-affinity iron chelating compounds secreted by microorganisms such as bacteria and fungi, were produced for utilization of restricted iron under iron-depleted condition. A M9 minimal liquid medium complemented with human transferrin (hTf)-iron complex turned completely off production of siderophores, but growth of Salmonella Typhimurium SL1344 maintained level similar to compare one complemented with iron (Ⅲ) chloride (FeCl3). This means that human transferrin (hTf)-bound iron can utilize via directly interaction with Salmonella Typhimurium SL1344 without productions of siderophores. Through construction and analysis of negative mutant for utilization of human transferrin (hTf)-bound iron, we confirm that the bacterium can directly use human transferrin (hTf)-bound iron without extracellularly intermediated carriers such as siderophores.

상관성 있는 무결성 규칙의 검색시스템의 설계 및 구현

서인욱(In-wook Seo),유아영(Ah-young Yoo),장재영(Jae-young Chang),이상구(Sang-goo Lee) 한국정보과학회 1997 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.3 No.1

의미적 질의 최적화는 데이타베이스에서 탐색공간을 줄이기 위해 무결성 규칙에서 유추되는 정보를 이용하는 방법을 말한다. 본 논문은 조인과 유니온을 포함한 질의에 대해 그래프를 이용하는 기존에 제안된 의미적 질의 최적화 방법을 기반으로 시스템을 설계하고 구현함에 있어서 요구되는 고려 사항들과 구현 상의 문제들과 이에 해결책에 대해 설명하고 있다. 주어진 질의에 관련된 무결성 규칙을 효율적으로 구별해 내기 위해 필요한 자료구조와 주요 알고리즘을 새로 제시하며, 특히 계산가능 술어를 처리하기 위해 동치 집합을 도입하고, 무결성 규칙의 검색범위를 좁히기 위해 무결성 규칙의 색인 방법을 제안한다. Semantic query optimization is the process of utilizing information implied by integrity constraints in order to minimize the query search space of a database. We describe the design and implementation issues of a system which identifies relevant integrity constraints. This system is based on the previously proposed method, which allows a query to have both join and union and uses the query tree for the given query. We focus on data structures and algorithms for efficient identification of relevant integrity constraints and introduce equivalent set for processing computable predicates and indexing on predicate names of integrity constraints to minimize the integrity constraint search space.