Gath-Geva 알고리즘을 이용한 유전자 발현 데이터의 분석

박한샘(Han-Saem Park),유시호(Si-Ho Yoo),조성배(Sung-Bae Cho) 한국정보과학회 2004 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.31 No.1B

다량의 유전자 발현 정보를 담고 있는 DNA 마이크로어레이 기술의 발달로 인해 대량의 생물정보를 한번의 실험을 통해 분석할 수 있게 되었다. 유전자 발현 데이터를 분석하는 방법 중 하나인 클러스터링은 비슷한 기능을 가진 유전자들을 그룹별로 묶어서 그룹 내의 유전자들의 기능을 밝히거나, 미지의 유전자를 분석하는데 이용되고 있다. 본 논문에서는 유전자 발현 데이터를 클러스터링하여 그로부터 유전 정보를 찾아내기 위한 방법으로 GG (Gath-Geva) 알고리즘을 제시한다. 퍼지 클러스터링 알고리즘중 하나인 GG 알고리즘은 대표적인 퍼지 클러스터링 방법인 퍼지 c-means 와 GK (Gustafson-Kessel) 알고리즘을 개선한 것으로, 차원이 크고 분포가 애매하여 클러스터링이 어려운 유전자 발현 데이터의 클러스터링에 적합한 알고리즘이다. 혈청(Serum) 유전자 데이터와 효모(Yeast) 세포주기 데이터를 GG 알고리즘 이용해 클러스터링 해 보고, 그 결과를 퍼지 c-means 알고리즘, GK알고리즘과 비교해 본 결과, GG 알고리즘이 유전자 발현 데이터의 클러스터링에 더 적합함을 확인하였다.

대사증후군의 예측 모델링을 위한 베이지안 네트워크의 속성 순서 최적화

박한샘(Han-Saem Park),조성배(Sung-Bae Cho) 한국정보과학회 2006 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.33 No.1

대사증후군은 당뇨병, 고혈압, 복부 비만, 고지혈증 등의 질병이 한 개인에게 동시에 발현하는 것을 말하며, 최근 경제 여건의 향상 및 식생활 습관의 변화와 함께 우리나라에서도 심각한 문제가 되고 있다. 한편 불확실성의 처리를 위해 많이 사용되는 베이지안 네트워크는 사람이 분석 가능한 확률 기반의 모델로 최근 의학 분야에서 질병의 진단이나 예측모델을 구성하기 위한 방법으로 유용하게 사용되고 있다. 베이지안 네트워크의 구조를 학습하는 대표적인 알고리즘인 K2 알고리즘은 속성이 입력되는 순서의 영향을 받으며, 따라서 이 또한 하나의 주제로써 연구되어 왔다. 본 논문에서는 유전자 알고리즘을 이용하여 베이지안 네트워크에 입력되는 속성 순서를 최적화하며 이 과정에서 의학지식을 적용해 효율적인 최적화가 가능하도록 하였다. 제안하는 모델을 통해 1993년의 데이터를 가지고 1995년의 상태를 예측하는 분류 실험을 수행한 결과 속성 순서 최적화 후에 이전보다 향상된 예측율을 보였으며 또한 다층 신경망, k-최근접 이웃 등을 이용한 다른 모델보다 더 높은 예측율을 보였다.

소셜 네트워크 구성을 위한 모바일 컨텍스트 설계 및 수집

박한샘(Han-Saem Park),정태민(Tae-Min Jung),조성배(Sung-Bae Cho) 한국정보과학회 2009 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.36 No.2B

최근 스마트폰이나 PDA와 같은 모바일 디바이스가 널리 보급되었으며, 또한 개인화 장비기술이 발달하면서 모바일 디바이스가 카메라, MP3 플레이어 등 다양한 기능을 포함하게 되었다. 이와 함께 대부분의 사용자가 보유하고 있는 모바일 디바이스는 사용자가 항상 휴대하고 다니며, 여러가지 센서를 포함하고 있어 사용자의 다양한 컨텍스트 정보를 수집하기에 매우 유용한 도구가 되었다. 본 논문에서는 이러한 모바일 디바이스를 이용하여 사용자의 다양한 컨텍스트를 수집하기 위한 방법을 제시한다. 수집된 모바일 컨텍스트는 다양한 연구를 위해 활용될 수 있는데, 본 논문에서는 모바일 소셜 네트워크 구성을 주요 목적으로 하였으며 설계 또한 이러한 목적을 고려하여 이루어졌다. 마지막으로 제시된 방법을 통해 실제로 수집된 컨텍스트를 소개하고, 향후 어떤 연구를 위해 활용될 수 있는지를 기술한다.

다기준 의사 결정 방법을 이용한 모바일 환경에서의 정보추천

박한샘(Han-Saem Park),박문희(Moon-Hee Park) 한국정보과학회 2008 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.14 No.3

정보추천 서비스를 위한 선호도는 상황에 따라 달라질 수 있으므로, 정보추천 서비스를 제공하기 위해서는 먼저 사용자의 컨텍스트 정보를 알아야 한다. 본 논문은 모바일 환경에서 다수 사용자의 선호도를 고려한 추천 시스템을 제안하며, 음식점 추천에 이를 적용하고자 한다. 모바일 환경에서 개별 사용자의 선호도를 모델링하기 위해 베이지안 네트워크를 사용하였으며, 음식점 추천은 많은 경우 개별 사용자가 아닌 다수 사용자의 선호도를 고려해야 하므로, 본 논문에서는 개별 사용자의 선호도를 바탕으로 다수의 선호도를 획득하기 위해 다기준 의사결정방법인 AHP를 이용하였다. 실험을 위해서 10가지 서로 다른 상황에서 추천을 수행하였으며, 마지막으로 SUS 사용성 평가를 통해 제안하는 시스템의 사용성이 높게 평가되었음을 확인하였다. Since the preference for information recommendation service can change according to the context, we should know the user context before providing information recommendation. This paper proposes recommender system that considers multi-user preference inmobile environment and attempted to apply it to restaurant recommendation. To model the preference of individual users in mobile environment, we have used Bayesian network, and restaurant recommendation mostly should consider not an individual user but several users, so this paper has used AHP of multi-criteria decision making process to obtain the preference of several users based on one of individual users. For experiments, we conducted recommendation in 10 different situations, and finally, we confirmed that the proposed system was evaluated as a good one using a usability test of SUS.

전문대학생의 사회적지지, 진로장벽, 진로동기, 진로준비행동의 관계

박한샘(Park Han Saem),조화진(Cho Hwa Jin) 학습자중심교과교육학회 2018 학습자중심교과교육연구 Vol.18 No.13

본 연구는 진로동기 모델을 기반으로 전문대학생의 진로준비행동에 영향을 미치는 사회적지지, 진로장벽, 진로동기간의 구조관계와 진로동기의 매개효과를 검증하고자 하였다. 이를 위하여 J지역 소재 C전문대학교 재학생을 대상으로 2018년 5월 18일부 터 5월 30일까지 자료를 수집하여, 434명의 데이터로 변인들간의 구조적 관계와 매개 효과를 검증하기 위해 AMOS 20을 사용하여 구조모형을 검증하였다. 연구결과, 첫째, 사회적지지는 진로동기에 유의미한 정적인 영향을 주는 것으로 나타난 반면, 진로준비행동에는 직접적인 영향이 없는 것으로 나타났다. 또한 진로장벽은 진로동기에 유의미한 부적인 영향을 주는 반면, 진로준비행동에는 직접적인 영향이 없는 것으로 나타났다. 진로동기는 진로준비행동에 큰 정적인 영향력을 주었다. 둘째, 사회적지지는 진로동기를 거쳐 진로준비행동에 영향을 미쳐 완전매개효과가 있는 것으로 나타났다. 셋째, 진로장벽은 진로동기를 거쳐 진로준비행동에 영향을 미쳐 완전매개효과가 있는 것으로 나타났다. 이러한 연구결과를 바탕으로 전문대학생의 진로준비행동을 높이기 위해서는 진로동기의 중요성을 확인하고 진로동기 향상을 위한 진로프로그램과 진로교육에 대한 방안을 논의하고 후속 연구를 제언하였다. The purpose of this study was to examine the mediating effects of social support, career barriers, career relationships, and career motives on career preparation behaviors of college students based on the career motivation model. For this purpose, data were collected from May 18, 2018 to May 30, 2018 for the students of C college in J area. Using the data of 434, AMOS 20 was used to verify the structural relations and mediating effects between variables. The structural model was verified. The results of this study are as follows: First, social support has a significant effect on career motivation, but it has no direct effect on career preparation behavior. Career motivation has had a large impact on career preparation behavior. Second, career motivation fully mediated the link between social support and career preparation behavior. Third, career motivation also fully mediated the link between career barriers and career preparation behavior. Implications of the findings for future research, counseling, and education are discussed.

대전시 공공하수처리시설 유입수 수질자료의 통계적 특성 및 추계학적 모의

박기정 ( Gi Jung Park ),정민재 ( Min Jae Jung ),이한샘 ( Han Saem Lee ),김덕우 ( Deok Woo Kim ),윤재영 ( Jae Yong Yoon ),백경록 ( Kyung Rock Paik ) 한국물환경학회 2012 한국물환경학회지 Vol.28 No.1

In this study, we analyze statistical characteristics of influent water quality in Daejeon waste water treatment plant and apply a stochastic model for data generation. In the analysis, the influent water quality data from year 2003 to 2008, except for year 2006, are used. Among water quality variables, we find strong correlations between BOD and T-N; T-N and T-P; BOD and T-P; CODMn and T-P; and BOD and CODMn. We also find that different water quality variables follow different theoretical probability distribution functions, which also depends on whether the seasonal cycle is removed. Finally, we generate the influent water quality data using the multi-season 1st Markov model (Thomas-Fiering model). With model parameters calibrated for the period 2003~2005, the generated data for 2007~2008 are well compared with observed data showing good agreement in general. BOD and T-N are underestimated by the stochastic model. This is mainly due to the statistical difference in observed data itself between two periods of 2003~2005 and 2007~2008. Therefore, we expect the stochastic model can be applied with more confidence in the case that the data follows stationary pattern.

진화연산과 적응적 α-cut 기반 평가를 이용한 유전자 발현 데이타의 퍼지 클러스터 분석

박한샘(Han-Saem Park),조성배(Sung-Bae Cho) 한국정보과학회 2006 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 Vol.33 No.8

유전자 데이타의 클러스터링은 방대한 유전자 정보를 발현 정도에 따라 비슷한 그룹으로 나누어 분석하는 방법으로 유전자의 기능을 분석하는데 사용되어 왔다. 클러스터링의 한 종류인 퍼지 클러스터링은 하나의 샘플이 소속정도에 따라 여러 그룹에 동시에 소속되도록 나누는 방법으로, 하나의 유전자 데이타는 여러가지 유전 정보를 가질 수 있기 때문에 유전자 발현 데이타의 분석에 보다 적절한 방법이다. 그러나 보통 클러스터링 방법은 초기 값에 민감하고, 지역해에 빠질 수 있는 단점을 갖는다. 이런 단점을 해결하기 위해 본 논문에서는 진화 연산을 이용한 퍼지 클러스터링 방법을 제안한다. 이때, 적합도 평가를 위해서 모든 데이타에 대해 동일한 기준을 적용하는 베이지안 검증방법의 단점을 개선하여, 데이타의 특성을 고려하여 결정된 적응적 α-cut 기반 평가방법을 사용한다. SRBCT 데이타와 효모 세포주기 데이타를 이용해 실험을 하고 결과를 분석하여 제안하는 방법의 유용성을 확인하였다. Clustering is one of widely used methods for grouping thousands of genes by their similarities of expression levels, so that it helps to analyze gene expression profiles. This method has been used for identifying the functions of genes. Fuzzy clustering method, which is one category of clustering, assigns one sample to multiple groups according to their degrees of membership. This method is more appropriate for analyzing gene expression profiles because single gene might involve multiple genetic functions. Clustering methods, however, have the problems that they are sensitive to initialization and can be trapped into local optima. To solve these problems, this paper proposes an evolutionary fuzzy clustering method, where adaptive ?-cut based evaluation is used for the fitness evaluation to apply different criteria considering the characteristics of datasets to overcome the limitation of Bayesian validation method that applies the same criterion to all datasets. We have conducted experiments with SRBCT and yeast cell-cycle datasets and analyzed the results to confirm the usefulness of the proposed method.

식품산업용 천연항균소재와 나노기술

한샘(Saem Han),윤태미(Tae Mi Yoon),최태호(Tae Ho Choi),김진용(Jin Yong Kim),박지운(Ji Woon Park),박신제(Shin Jae Park),김용노(Yong Ro Kim),Razzak Md. Abdur,이지은(Ji Eun Lee),최신식(Shin Sik Choi) 한국식품과학회 2018 식품과학과 산업 Vol.51 No.3

Natural and synthetic antibacterial materials are used in foods to avoid bacterial contamination-induced food poison and deterioration. Due to the human and environmental safety, natural products including plant extracts have been extensively added into foods as antibacterial materials. Since some of core molecules comprised in those plant extracts are hardly dissolved in aqueous phases or food matrixes, nanotechnological approaches have been suggested to overcome such obstacles. Here we report domestic and international various types of plant- or non-plant-origin antibacterial materials that have been commercialized and used for the food industry. To improve solubility and stability of such antibacterial materials, nano-encapsulation or nanocomplexation methods are also investigated focusing on the utilization of dextrins and proteins as coating materials.

지방대학 신입생의 학업중단 의도에 영향을 미치는 요인 분석

박한샘(Park Han Saem) 학습자중심교과교육학회 2017 학습자중심교과교육연구 Vol.17 No.15

본 연구의 목적은 전문대학 신입생의 학업중단 의도에 영향을 미치는 요인을 밝히는데 있다. 이를 위하여 J지역 소재 C전문대학교 신입생을 대상으로 2017년 5월 19일부터 5월 31일까지 자료를 수집하여, 599명의 데이터에 대해 t-test와 로지스틱 회귀분석을 이용하여 분석하였다. t-test 결과, 학업중단 의도가 높은 학생들은 그렇지 않은 학생들에 비해 가정환경ㆍ경제적 수준, 학업적 자기효능감, 교수와의 상호작용, 전공의 취업전망도, 대학생활적응도, 진로정체성의 모든 영역에서 유의미하게 그 수준이 낮은 것으로 나타났다. 로지스틱 회귀분석 결과에 따르면, 전공의 취업전망도, 대학생활 적응도, 진로정체성 요인이 학업중단 의도에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 즉 신입생들은 취업에 대한 전망도가 낮고 대학생활적응도가 낮고, 진로정체성이 낮을수록 학업중단을 고려할 가능성이 높은 것으로 나타났다. 이러한 연구결과를 바탕으로 신입생들의 학업중단을 예방하기 위한 방안을 논의하고 후속 연구를 제언하였다. The purpose of this study is to identify the effects of the factors of academic dropouts on the intention of college freshmen’s dropouts. For this purpose, the freshmen were collected from C University in J area from May 19 to 31, 2017 and finally, 599 data were analyzed using t-test and logistic regression. The results are as follows; First, freshmen students with academic suspensions showed a significant difference in academic persistence in the home environment/economics difficulty, academic self-efficacy, professor-students interactions, major’s employment prospects, university life adjustment and career identity in all areas. Second, the prospects for employment in the field of major, university life adjustment, and career identity factors are influencing the intention of the suspension of academic dropouts. In other words, freshmen are less likely to have a employment, lower university life adjustment, and lower career identity, which means they are more likely to consider dropping their academic studies. Based on these findings, it was discussed policies to prevent freshmen from academic dropouts and suggested further study.

공간정보 웹 서비스의 반응형 웹 적용성

박한샘 ( Han Saem Park ),이기원 ( Ki Won Lee ) 한국지리정보학회 2015 한국지리정보학회지 Vol.18 No.3

최근 웹 제작 추세로 모바일 우선 방식이 강조되면서 모바일 단말의 유형이나 화면 크기, 해상도가 다양해짐에 따라 이에 대응하여 웹 사이트 제작 시 효율적인 제작 방법을 제공하는 반응형 웹에 대한 실제적인 필요성이 증가하고 있다. 그러나 공간정보 웹 매핑 분야에서 반응형 웹의 적용은 초기 단계이다. 이번 연구에서는 반응형 웹을 이용하여 실제 공간정보 오픈 플랫폼과 연계한 가변 레이아웃에 대한 실제 시험 구현을 수행하고 그 결과를 예시하였다. 또한 공간정보 웹 서비스 구축에서 반응형 웹 방법을 적용하기 위한 제한 사항과 고려 사항을 제시하고자 하였다. 시험구현 과정에서는 HTML5, JavaScript, CSS3 등과 같은 개발 환경을 OpenLayers와 연계하는 웹 매핑 서비스를 대상으로 하였다. 앞으로 공간정보나 위치정보 등으로부터 파생되는 콘텐츠의 모바일 서비스 개발에서도 반응형 웹을 이용한 연계, 적용 사례가 증가할 것으로 기대한다. As a recent dominant web trend, mobile first strategy has been emphasized, and interests with respect to responsive web that provides effective methodology to various mobile devices and their display resolution are also increasing. However, it is an early adoption stage in web mapping for geo-spatial applications. This study is to present some practical examples of layouts using responsive web technologies linked to geo-spatial open platform. Suggestive consideration points for further application of responsive web to geo-spatial services are presented. On test implementing, HTML5, JavaScript, and CSS3 were used, and web mapping processing using OpenLayers was performed. It is expected that responsive web applications for contents derived from geo-spatial information or location data increase.