학술 데이터베이스에서 논문 랭킹을 위한 방안들의 평가

채수민 ( Soo-min Chae ),황원석 ( Won-seok Hwang ),김상욱 ( Sang-wook Kim ) 한국정보처리학회 2010 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.17 No.1

본 논문에서는 논문 랭킹 방안의 바탕이 되는 개념을 이해하고, 그 개념을 바탕으로 기존 논문 랭킹 방안들에 대한 특징을 파악한다. 또한 각 방안의 정확도를 비교하여, 논문 랭킹의 정확도를 높이는 요인이 무엇인지 판단한다.

학술 데이터베이스에서 논문 랭킹 알고리즘의 성능 평가

채수민(Soo-Min Chae),황원석(Won-Seok Hwang),김상욱(Sang-Wook Kim) 한국정보과학회 2011 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.38 No.6

논문 검색 엔진의 이용이 증가함에 따라 다양한 논문 랭킹 방법들이 활발히 연구되고 있다. 이 방법들의 성능 비교 실험을 수행하고 그 결과를 분석하는 연구가 중요하지만 심도 있는 연구는 아직까지 수행되지 못하고 있다. 본 논문에서는 비교 실험을 통하여 대표적인 6가지 논문 랭킹 방법의 장단점을 파악하고자 한다. 먼저, 랜덤워크 위드 리스타트를 기반으로 하는 논문 랭킹 방법들을 소개하고, 이 방법들의 성능을 비교하기 위하여 실제 논문 데이터를 이용한 실험을 수행 한다. 또한, 실험 결과를 분석하여 논문 랭킹의 정확도 향상에 중요한 요인에 대해 분석한다. Due to the increasing usage of search engines for scientific literature data, various ranking methods for scientific literature data have been proposed. It is quite important to compare and to analyze the performances of those ranking methods. However, there is no such a research result that covers representative ranking methods. In this paper, we perform comparative performance study on six representative methods for ranking scientific literature data. We first introduce the six representative ranking methods that are based on the well-known framework of ‘random walk with restart’ and point out their characteristics. Then, we perform extensive experiments with a real-life literature data for comparing their performances. We analyze the results and also discuss the critical factors in each method that affect the accuracy of the ranking results.

비인강암에서 예후인자로서의 EGFR, p53, Cox-2, Bcl-2 단백발현

채수민(Soo Min Chae),이연수(Youn Soo Lee),김연실(Yeon Sil Kim),노광원(Kwang Won Roh),정수미(Su-Mi Chung),윤세철(Sei-Chul Yoon),장홍석(Hong-Seok Jang) 대한방사선종양학회 2007 Radiation Oncology Journal Vol.25 No.1

목 적: 비인강암종 환자들의 종양조직으로부터 EGFR, p53, Cox-2, Bcl-2 단백발현정도를 측정하고 임상양상, 치료 성적과의 관련성을 조사하여 이들 단백이 치료에 대한 반응 및 예후를 예측할 수 있는 생물학적 표지자(biomarker) 로 이용할 수 있는지 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 1988년 3월 1일부터 2002년 8월 15일까지 성모병원과 강남성모병원에서 비인강암으로 진단받고 근치적 방사선치료와 항암치료를 받았던 환자 104명 중 파라핀 블록이 보존되어 있는 75명을 대상으로 하여 후향적 분석을 시행하였다. 병기는 2002년에 개정된 AJCC로 재분류하였으며, 대상환자의 Hematoxylin-Eosin 염색 슬라이드를 두경부 병리 전문의사가 재검토하여 WHO 분류에 맞게 환자군을 분류하였으며 역형성(anaplasia) 유무, 유사분열(mitosis) 빈도 측정 등 병리조직학적 소견을 확인하였다. EGFR, p53, Cox-2, Bcl-2 단백발현 정도를 면역조직화학염색을 통해 측정하였으며 이들 단백의 발현정도와 임상병기, 치료성적과의 관련성을 조사하였다. 결 과: 전체 104명 환자의 추적기간은 5.5∼201개월이었고 3년 생존율은 68.7%, 5년 생존율은 53.5%, 중앙생존기 간은 85.5개월이었으며 3년 무병생존율은 68.2%, 5년 무병생존율은 51.5%, 중앙무병생존기간은 61.1개월이었다. WHO 분류 2와 3 종양은 완전관해율이 높아 항암방사선치료(chemoradiotherapy)에 대한 반응성이 높은 경향을 보였으며(p=0.075), 상대적으로 진단당시 림프절전이율이 높았고, 원격전이할 확률이 높았다. p53은 발현 정도가 증가함에 따라 생존율이 떨어지고 유사분열은 증가하였다. Bcl-2 발현이 증가함에 따라 재발률이 떨어지는 경향을 보였으며, WHO 분류와 연관성을 보였다. Cox-2의 발현이 증가함에 따라 생존율이 떨어지고, 림프절치료율도 낮은 것으로 나타났다. 그러나 EGFR은 어떤 인자와도 상관관계를 보이지 않았다. 결 론: 비인강암에서 치료 후 예후를 예측할 수 있는 생물학적 표지자의 가능성을 가진 것으로 보고되고 있는 Cox-2, p53, Bcl-2, EGFR에 대한 연구결과 Cox-2, p53, Bcl-2의 발현정도는 항암방사선치료후 반응률, 생존율, 재발률과 연관을 보여 향후 치료결과를 예측할 수 있는 예후인자로서의 이용가능성이 있음을 알 수 있었으며 보다 실용적인 생물학적 표지자의 규명을 위해서 향후 보다 많은 환자를 대상으로 한 전향적 연구가 필요할 것으로 생각된다. P urpose: To evaluate the relationship between the expression of EGFR, p53, Cox- 2, Bcl- 2 and the clinical parameters of NPC (nasopharyngeal carcinoma) patients treated with radiotherapy with/without chemotherapy, and to determine if these could be used as a biologic marker. Materials and Methods: This study retrospectively examined 75 NPC patients who were pathologically diagnosed at St. Mary’s Hospital and Kangnam St Mary’s Hospital from March 1988 to August 2002 and treated with radiotherapy with/without chemotherapy. The levels of EGFR, p53, Cox- 2, and Bcl- 2 expression were determined immunohistochemically. The relationship between the levels of EGFR, p53, Cox- 2 and Bcl- 2 expression and the H- E staining findings including the WHO alassification, TNM stage, tumor response to chemotherapy and radiotherapy, disease free survival (DFS), and overall survival (OS) was analyzed. R esults: At a median follow up of 50.8 months (range: 5.5∼201 months), the 3 years OS rate and PFS rate were 68.7% and 68.2%, respectively. The five year OS rate and PFS rate were 53.5% and 51.1%, respectively. The median OS duration and PFS duration were 85.5 months and 61.1 months, respectively. The WHO classification correlated with the complete response rate, lymph node metastasis and distant metastasis. The expression of p53 was associated with increased mitosis and poor overall survival. The expression of Bcl- 2 correlated with the DFS and WHO classification. The expression of Cox- 2 correlated with a poor overall survival and response rate in the lymph node. However, EGFR was not correlated with any factors. Conclusion: These results suggest that the expression of p53, Cox- 2, Bcl- 2 plays role in predicting prognostic factors for NPC treated with radiotherapy with/without chemotherapy. However, further study on a larger number of patients will be needed to identify more useful biomarkers of NPC.

학회 및 저널의 평판 측정을 위한 새로운 척도

황원석(Won-Seok Hwang),채수민(Soo-Min Chae),김상욱(Sang-Wook Kim) 한국통신학회 2013 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2013 No.1

논문 검색 엔진을 위한 랭킹 방법

황원석(Won-Seok Hwang),채수민(Soo-Min Chae),김상욱(Sang-Wook Kim),최호진(Ho Jin Choi) 한국정보과학회 2013 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.40 No.5

연구자들은 논문 검색 엔진을 사용하여 논문을 찾고자 한다. 검색에서 많은 양의 논문이 검색 결과로 반환되는 경우, 연구자들은 자신이 원하는 논문을 찾기 어렵다. 이를 해결하기 위해 연구자들의 관심을 반영하여 논문에 랭킹을 부여하는 논문 랭킹 방법이 필요하다. 본 논문에서는 연구자들이 품질이 높은 논문에 관심이 있는 것으로 보고, 이 논문들에 높은 랭크를 부여하는 랭킹 방법인 ArtRank를 제안한다. ArtRank는 논문들의 참조 관계와 논문이 출판된 학회 또는 저널의 평판을 통해 논문의 점수를 부여한다. 이때 이용되는 임팩트팩터가 가지는 문제점을 지적하고, 이를 해결하는 방법을 제안한다. 또한, 최신 논문의 점수가 낮게 부여되는 문제를 해결하기 위하여 논문의 출판연도별 특징을 분석하고, 이를 논문 점수 계산에 반영하는 방법을 제안한다. 본 논문에서는 기존 논문 랭킹 방법들과의 비교 실험을 통하여 ArtRank의 우수성을 규명한다. Researchers use a search engine for finding what they want to read from an article database. Because the search engine normally returns a large number of articles as a search result, they could not find the articles that they want. A ranking method solves this problem by giving proper ranks to articles. In this paper, we define the articles that researchers want to read as high quality articles, and propose a ranking method, ArtRank, to give high ranks to these articles. For determining the rank of an article, ArtRank simultaneously considers the authority of the articles that cite it and the reputation of a journal or a conference where it is published. We point out the problem of the existing impact factor that is employed for determining the reputation of a journal or a conference, and propose its solution. Also, for solving the problem of underestimation of the recent articles, ArtRank analyzes the publication years of articles and applies the result of analysis to the ranking computation process. We show the effectiveness of ArtRank by comparing its search results with those of prior article ranking methods.

인간 유방암 세포 이식마우스에서 EGFR/HER2 복합 Tyrosine Kinase 억제제인 GW572016에 의한 방사선증진효과

김연실(Yeon Sil Kim),노광원(Kwang Won Roh),채수민(Soo Min Chae),문성권(Seong Kwon Mun),윤세철(Sei Chul Yoon),장홍석(Hong Seok Jang),정수미(Su Mi Chung) 대한방사선종양학회 2007 Radiation Oncology Journal Vol.25 No.4

목 적: EGFR, HER2 과발현 인간 유방암 세포를 이용한 종양이식 마우스에서 EGFR/HER2 복합 Tyrosine Kinase 억 제제인 GW572016이 방사선반응성에 미치는 영향을 알아보고 종양조직의 EGFR/HER2 수용체 억제효과 및 EGFR down stream signal pathway 단백인 ERK 1/2, PI3K/Akt 억제효과를 알아 보고자 하였다. 대상 및 방법: SUM 102와 SUM 149 EGFR 과발현 세포와 SUM 185, SUM 225 HER2 과발현 세포를 우측 옆구리 피하에 접종하여 종양이식마우스를 만들었다. 이식마우스는 2군으로 나누어 한 군은 GW572016에 의한 EGFR/HER2 수용체 억제와 down stream signal 단백의 활성변화를 Immunoprecipitation과 Western blot의 방법을 사용하여 관찰하였고 다른 한군은 GW572016에 의한 방사선감수성 변화를 알아보기 위해 1) 대조군, 2) GW572016 단독군, 3) 방사선단독군, 4) GW572016+방사선병용투여군으로 나누어 종양성장을 비교 관찰하였다. 결 과: GW572016에 의해서 SUM 149, SUM 185 이식종양에서 EGFR 및 HER2 수용체의 활성이 억제되었으며 특히 SUM 185, HER2 과발현 이식종양에서는 ERK 1/2 down stream 단백의 활성도 억제되었다. SUM 225 HER2 과발현 이식종양에서는 이전의 in vitro실험에서와 달리 GW572016에 의해 HER2수용체의 활성변화가 없었으나 ERK 1/2, Akt의 활성은 모두 억제되었다. GW572016에 의해 SUM 149과 SUM 185에서 종양성장억제효과가 관찰되었고 특히 SUM 149에서는 GW572016과 방사선치료병용군에서 종양성장억제효과가 좀더 뚜렷하여 방사선감수성을 증가시키는 것으로 생각되었다. 결 론: GW572016은 EGFR 혹은 HER2 과발현 유방암세포에서 EGFR/HER2 수용체 억제와 down stream signal 단백의 활성을 억제시켰으며 SUM 149에서는 방사선감수성을 증가시키는 것으로 생각된다. 향후 EGFR을 표적으로 하는 억제제치료에서 EGFR 수용체억제뿐 아니라 down stream 단백의 활성억제 여부가 방사선 감수성 및 저항성의 극복과 관련이 있으리라는 근거를 설명할 수 있으며 향후 좀더 깊이 있는 연구가 필요하다. Purpose: We examined the effect of the dual EGFR/HER2 tyrosine kinase inhibitor, GW572016, on EGFR/HER2 receptor phosphorylation, inhibition of downstream signaling and radiosensitization in either an EGFR or HER2 overexpressing human breast cancer xenograft. Materials and Methods: We established SCID mice xenografts from 4 human breast cancer cell line that overexpressed EGFR or HER 2 (SUM 102, SUM 149, SUM 185, SUM 225). Two series of xenografts were established. One series was established for determining inhibition of the EGFR/HER2 receptor and downstreamsignaling activities by GW572016. The other series was established for determining the radiosensitization effect of GW572016. Inhibition of the receptor and downstream signaling proteins were measured by the use of immunoprecipitation and Western blotting. For determining the in vivo radiosensitization effect of GW572016, we compared tumor growth delay curves in the following four treatment arms: a) control; b) GW572016 alone; c) radiotherapy (RT) alone; d) GW572016 and RT. Results: GW572016 inhibited EGFR, HER2 receptor phosphorylation in SUM 149 and SUM 185 xenografts. In addition, the p44/42 MAPK (ERK 1/2) downstream signaling pathway was inactivated by GW572016 in the SUM 185 xenograft. In the SUM 225 xenograft, we could not observe inhibition of HER2 receptor phosphorylation by GW572016; both p44/42 MAPK (Erk1/2) and Akt downstream signal protein phosphorylation were inhibited by GW572016. GW572016 inhibited growth of the tumor xenograft of SUM 149 and SUM 185. The combination of GW572016 and RT enhanced growth inhibition greater than that with GW572016 alone or with RT alone in the SUM 149 xenograft. GW572016 appears to act as an in vivo radiosensitizer. Conclusion: GW572016 inhibited EGFR/HER2 receptor phosphorylation and downstream signaling pathway proteins. GW572016 modestly inhibited the growth of tumor in the SUM 185 xenograft and showed radiosensitization in the SUM 149 xenograft. Our results suggest that a better predictor of radiation response would be inhibition of a crucial signaling pathway than inhibition of a receptor.

핵심 논문 추출 방안

황세미 ( Se-mi Hwang ),배덕호 ( Duck-ho Bae ),황원석 ( Won-seok Hwang ),채수민 ( Soo-min Chae ),김상욱 ( Sang-wook Kim ) 한국정보처리학회 2010 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.17 No.1

새로운 분야의 연구를 시작할 때, 해당 분야를 대표하는 핵심 논문을 파악할 수 있다면, 많은 도움이 된다. 본 논문에서는 특정 분야의 핵심 논문들을 추출하는 방안을 제안하고, 다양한 실험을 통해 제안하는 방안의 정확성과 효용성을 검증한다.