대용량 온톨로지 데이터의 가시화 연구

정성문 ( Sung-moon Chung ),이정훈 ( Jeong-hoon Lee ),한욱신 ( Wook-shin Han ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.1

온톨로지는 정보들간의 체계 및 상호작용을 표현하고, 이를 통해 사용자들에게 유용한 지식을 제공하는 툴로 정보과학, 전자상거래, 및 의료 분야 등에서 널리 활용되고 있다. 본 논문에서는 온톨로지 데이터베이스 관리 시스템인 XML/RDF 를 이용하여 대규모의 온톨로지 데이터를 효율적으로 처리하고 가시화하는 방안에 대해 연구한다.

대장 선종과 대장암에서 기질단백분해효소의 발현: MT1-MMP 및 TIMP-2에 대하여

신정은 ( Jeong Eun Shin ),정성애 ( Sung Ae Jung ),김성은 ( Seong Eun Kim ),주양희 ( Yang Hee Joo ),심기남 ( Ki Nam Shim ),김태헌 ( Tae Hun Kim ),유권 ( Kwon Yoo ),문일환 ( Il Hwan Moon ) 대한장연구학회 2007 Intestinal Research Vol.5 No.2

Background/Aims: This study investigated the expression of membrane type 1-matrix metalloproteinase (MT1-MMP) and the tissue inhibitor of metalloproteinase-2 (TIMP-2) in cases of adenoma-carcinoma sequence. Methods: Thirty-two samples of colon adenoma, 11 samples of early colon cancer (ECC) and 36 samples of advanced colon cancer (ACC) were collected from colonoscopic biopsies. Normal tissues were also collected from the same subjects. The mRNA expression levels of MT1-MMP and TIMP-2 were quantified using semiquantitative RT-PCR. Results: The mRNA expression levels of MT1-MMP were greater in the ACC samples as compared to the adenoma and ECC samples (p<0.05, respectively). However, there was no difference in the mRNA expression levels of MT1-MMP between the adenoma and ECC samples. The mRNA expression levels of TIMP-2 were greater in the ACC samples as compared to the adenoma samples (p<0.001) but did not differ between the adenoma and ECC, and between the ECC and ACC. The expression level of MT1-MMP mRNA was positively related to lymph node metastasis (p<0.05). However, the mRNA expression levels of MT1-MMP and TIMP-2 did not differ for colon cancer according to differentiation and modified Dukes’ stage. Conclusions: The mRNA expression levels of MT1-MMP and TIMP-2 have limitations as useful markers for malignant degeneration of colonic neoplasm and the progression of colon cancer. (Intest Res2007;5:144-150)

메디톨로지: 의료 온톨로지 데이터의 가시화를 위한 툴

이정훈 ( Jeong-hoon Lee ),정성문 ( Sung-moon Chung ),한욱신 ( Wook-shin Han ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.1

온톨로지는 시멘틱 웹 등의 정보과학 분야에서 널리 사용되어 왔으며, 최근 들어 의료 분야에서 복잡한 의료 데이터간의 관계를 효과적으로 지식화하기 위해 온톨로지의 중요성이 크게 대두되고 있다. 본 논문에서는 온톨로지 데이터를 효과적으로 가시화하는 방안에 대해 연구하고, 이를 의료 온톨로지 데이터 적용한 가시화 툴인 메디톨로지(meditology)를 소개한다.

대장 선종과 대장암에서 MMP-2, HIF-1α 및 VEGF의 발현

신정은 ( Jeong Eun Shin ),정성애 ( Sung Ae Jung ),김성은 ( Seong Eun Kim ),주양희 ( Yang Hee Joo ),심기남 ( Ki Nam Shim ),김태헌 ( Tae Hun Kim ),유권 ( Kwon Yoo ),문일환 ( Il Hwan Moon ) 대한소화기학회 2006 대한소화기학회지 Vol.50 No.1

목적: 대장암 발생 과정 중 초기 기저막 파괴에 관여하는 MMP-2와 신생혈관 형성에 관여하는 HIF-1α와 VEGF가 대장암 발생 및 각 진행단계에서 발현하는 양상 및 예후 관련 인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 대장선종 32예, 조기 대장암 11예와 진행 대장암 36례의 대장내시경 생검 조직에서 MMP-2, HIF-1α와 VEGF의 mRNA 발현을 역전사 중합효소 연쇄반응을 이용하여 주변의 정상 조직을 기준으로 반정량적으로 측정하였으며, 이 중 암 수술 조직 11예에서 gelatin zymography와 Western blot을 이용하여 활성형 MMP-2 단백과 HIF-1α 단백 발현을 관찰하였다. 결과: MMP-2 mRNA 발현은 대장 선종에 비해 진행 대장암에서 증가하였고(p<0.001), 대장 선종에서 조기 대장암과 진행 대장암으로 갈수록 증가하였다(p<0.05). 대장암에서 MMP-2 mRNA 발현은 림프관 침습이 있는 경우와 중등도와 저분화도일 때 및 병기가 진행함에 따라 증가하였다(p<0.05). Gelatin zymography 결과, 11예 중 10예(91%)의 암조직에서 활성형 MMP-2 단백이 발현되었다. HIF-1α와 VEGF mRNA 발현은 대장 선종에 비해 조기 대장암과 진행 대장암에서 증가하였으나(p<0.05; p<0.001), 조기 대장암과 진행성 대장암 사이에 차이가 없었다. Western blot 결과, 11예 중 9예(82%)의 암조직에서 HIF-1α 단백이 발현되었다. HIF-1α mRNA 발현은 MMP-2 mRNA 및 VEGF mRNA 발현과 유의한 상관관계가 있었다(r=0.52, p< 0.001; r=0.76, p<0.001). 결론: 이번 연구는 대장암 발생 및 진행에 있어서 MMP-2, HIF-1α와 VEGF의 발현 및 상호 연관성을 확인할 수 있었으며, 이들 인자들의 발현이 대장 내 신생물의 악성화 단계 및 악성 병변의 진행을 예측할 수 있는 한 방법이 될 수 있을 것으로 생각한다. Background/Aims: This study was aimed to investigate the expression of matrix metalloproteinase-2 (MMP-2), hypoxia-inducible factor (HIF)-1α, and vascular endothelial growth factor (VEGF) in colonic adenoma-carcinoma sequence. Methods: Thirty-two tissue samples of colon adenoma, 11 of early colon cancer and 36 of advanced colon cancer were collected by colonoscopic biopsy. Normal colonic tissues were also collected from the same subjects. The mRNA expression levels of MMP-2, HIF-1α, and VEGF were quantitated using semiquantitative reverse transcription polymerase chain reactions. The protein expressions of activated MMP-2 and HIF-1α were examined by gelatin zymography and by Western blot in surgically resected cases, respectively. Results: The expression level of MMP-2 mRNA showed a progressive increase in the advance of the colorectal adenoma-carcinoma sequence (p<0.05). In colon cancer tissues, the expression level of MMP-2 mRNA showed an increasing trend according to differentiation, lymphatic invasion and Dukes` stage (p<0.05). The protein expression of activated MMP-2 was observed in 10 of 11 (91%) cases of cancer tissues. The mRNA expression levels of HIF-1α and VEGF were greater in tissues of early and advanced colon cancer compared with colon adenoma (p<0.05; p<0.001). The protein expression of HIF-1α was observed in 9 of 11 (82%) cases of cancer tissues. The mRNA expression level of HIF-1α showed a positive correlation with MMP-2 and VEGF, respectively (r=0.52, p<0.001; r=0.76, p<0.001). Conclusions: MMP-2, HIF-1α, and VEGF may be useful in detecting early carcinogenesis and progression of colon cancer. (Korean J Gastroenterol 2007;50:9-18)

실험연구 : Propofol 미세유탁액을 지속정주하여 진정된 비글견에서 집단 약동력학적 모형화

최병문 ( Byung Moon Choi ),정성문 ( Sung Moon Jung ),배균섭 ( Kyun Seop Bae ),노규정 ( Gyu Jeong Noh ) 대한마취과학회 2006 Korean Journal of Anesthesiology Vol.50 No.6

Background: Aquafol(R) is a microemulsion formulation of propofol. This study was designed to investigate the population pharmacokinetic and pharmacodynamic modeling in beagle dogs sedated by Aquafol(R). Methods: Electroencephalogram was recorded and venous blood was sampled at preset times in 15 beagle dogs during 3 hours of infusion of Aquafol(R) and subsequently during 3 hours of recovery. Venous blood was sampled at 0, 2, 10, 30, 60, 120, 180, 190, 240 and 360 minutes after infusion. We evaluated the effect of propofol on electroencephalogram by calculating SEF90. In the preliminary analysis, two compartment model best described all data from all subjects. The pharmacodynamics were best described using an effect compartment model and ke0, a first-order elimination rate constant characterizing the effect-site equivalent to estimate the apparent effect-site concentrations. The relationship between propofol effect-site concentration and SEF90 was analyzed using an inhibitory sigmoid Emax model. Results: The final pharmacokinetic model was best described with the followings: V1 = 18.5e0.114*BWT, k10 = 1.86 min-1, k12 = 0.6 min-1, k21 = 0.684 min-1. The final pharmacodynamic model was best described with the followings: t1/2ke0 = 0.62 min, Ce50 = 32.2 ng/ml, Eo = 31.3 Hz, Emax = 20.9 Hz, γ = 1.28. Conclusions: The propofol microemulsion shows different pharmacokinetics and pharmacodynamics compared with the propofol lipid emulsion. (Korean J Anesthesiol 2006; 50: 689~97)

지식기반 사회회계행렬 작성 방안 연구

양희원 ( Hee Won Yang ),정성문 ( Sung Moon Jung ),이정동 ( Jeong Dong Lee ) 한국생산성학회 2012 生産性論集 Vol.26 No.3

지식은 현대사회에서 중요한 생산요소로서 경제성장의 원동력으로 인정받고 있다. 연구 개발 활동은 지식을 창출하는 원천으로서 그 중요성이 강조되었고 연구개발을 위한 투자는 점차 증가하고 있다. 그러나 연구개발 활동이 미래의 소득을 창출하기 위해 수행된다는 점에서 투자로서 인식되고 있지만 실무적 어려움으로 인해 경상적 지출로 처리되어 왔으며, 최근의 2008 국민계정체계를 통해 비로소 연구개발의 자본화가 명시되었다. 본 연구에서는 2008 국민계정체계의 권고안을 기준으로 2008 국민계정체계 이전에 중간 소비로 처리되었던 연구개발을 자본화하고, 지식을 생산요소로서 반영한 사회회계행렬의 작성 방안을 제시하였다. 지식기반 사회회계행렬은 그 작성 방법의 복잡함으로 인해 두 단계로 구분하였다. 먼저 노동과 자본의 생산요소만을 고려한 기본 사회회계행렬을 구축한 후, 지식 생산요소를 추가하여 지식기반 사회회계행렬로 확장하였다. 추계된 지식기반 사회회계행렬을 토대로 민간과 정부공공 부문에서 수행하는 연구개발 활동을 일정 부분 증가시킬 경우 산출량 및 부가가치 형성에 미치는 승수효과를 분석하였다. 지식기반 사회회계행렬은 연구개발을 투자로서 인식함으로써 연구개발의 본질적 특성을 고려한 경제적 효과를 분석할 수 있는 계기를 마련하였다. 제시된 지식기반 사회회계행렬은 그 자체가 승수효과 분석의 토대가 된다. 또한 연구개발의 효과를 생산활동과 제도 부문을 포괄하여 분석하는 연산일반균형모형에 적용할 수 있는 근본적 자료 체계를 제공할 수 있다는 점에서 그 의의를 지닌다. 본 연구의 지식기반 사회회계행렬은 기본적으로 각종 통계자료가 불일치하고 산업연관표에서 중간 소비로 처리되어 있는 연구개발을 자본화시키는 과정에서 일부 행 합과 열 합이 불일치되는 등 자료가 왜곡되는 한계점을 지니고 있다. 또한, 연구개발을 자본화함에 따라 수반되는 연구개발의 자산평가, 감가상각, 시차 등은 지식기반 사회회계행렬 추계의 정확성을 제고시키는 중요한 논제로서 개별적 연구가 별도로 진행되어야 한다. 분석 방법론 측면에서도 사회회계행렬을 이용한 승수효과 분석보다는 향후 연산일반균형모형을 적용하여 지식의 직·간접적 파급효과가 반영된 연구개발의 효과를 동태적으로 분석하는 것이 고려되어야 한다. The primary purpose of this study is to introduce a way to construct the Social Accounting Matrix(SAM), which reflects knowledge as a production factor. The SAM is constructed based on the Input-Output table in 2009, complying with the recommendation regarding capital measures of intellectual property products. We define the SAM as a knowledge-based SAM. Through the SAM multiplier analysis, we analyze the effect of R&D investment. Our knowledge-based SAM makes a significant contribution to the study on R&D effect in that it distinguishes R&D investment from physical capital investment so that it lays the foundation for evaluating the economic effect of R&D activity and provides an indispensable dataset for a computable general equilibrium model.

증례보고 : Budd-Chiari Syndrome 환자의 간이식 수술 중 예상 밖의 대량출혈

송하나 ( Ha Na Song ),정성문 ( Sung Moon Jeong ),서영주 ( Young Joo Seo ),김희영 ( Hee Yeong Kim ),전혜영 ( Hye Young Jeon ),최재문 ( Jae Moon Choi ),송준걸 ( Jun Gol Song ),함경돈 ( Kyung Don Hahm ),황규삼 ( Gyu Sam Hwang ) 대한마취과학회 2007 Korean Journal of Anesthesiology Vol.53 No.6

Budd-Chiari syndrome (BCS) is a heterogenous group of disorders characterized by obstruction of hepatic venous outflow. Severe liver cirrhosis and limited cardiac reserve in patients with BCS makes them less tolerant to liver transplantation. We experienced two cases of massive bleeding during living donor liver transplantation in patients with BCS. Blood products and fluids were rapidly infused with a rapid infusion system, final infusion volume in these two patients were 177 L and 193 L, and the use of Cell Savers allowed for the patient`s blood products to be saved. The patients were managed successfully and recovered uneventfully with advanced monitoring, including monitoring of their jugular venous oxygen saturation and continuous cardiac output. Therefore, rapid infusion systems and Cell Savers, along with advanced monitoring, are necessary in the event of massive bleeding during liver transplantation. (Korean J Anesthesiol 2007; 53: 796∼802)

척추교정술에서 체온 감시 방법 및 체온 유지 방법의 비교

김혜진 ( Hye Jin Kim ),전고운 ( Go Eun Jeon ),최재문 ( Jae Moon Choi ),정성문 ( Sung Moon Jeong ),성규완 ( Kyu Wan Seong ),양홍석 ( Hong Seuk Yang ) 대한마취과학회 2008 Korean Journal of Anesthesiology Vol.54 No.6

중환자실 환자의 안정과 통증조절에 관한 조사

이윤경 ( Yoon Kyung Lee ),양홍석 ( Hong Seuk Yang ),정성문 ( Sung Moon Jeong ),전고운 ( Go Woon Jun ),엄수정 ( Su Jeong Um ) 대한마취과학회 2009 Korean Journal of Anesthesiology Vol.56 No.3

Background: The proper use of sedation and analgesia in the intensive care unit (ICU) minimizes its physical and psychological impact. Otherwise, patients can suffer from recall, nightmares, and depression after discharge. We investigated the sedatives, analgesics, and muscle relaxants used in the ICU. Methods: We visited 79 ICUs in 52 training hospitals and noted the use of sedatives, analgesics, and muscle relaxants from July, 2007, to December, 2007, using a 5-item questionnaire with 57 sub-questions. The survey evaluated the ICU system administration of analgesics and muscle relaxants. Results: Most ICU management is done by the anesthesiology department (55%). Most have resident doctors (63.3%) and an ICU committee (60.8%) in charge of the ICU, as well as a special ICU chart (88.6%) and scoring system (65.8%). Most hospitals have a consulting system (94.9%). The standard ICU analgesics are fentanyl (65.8%), NSAIDs (53.2%), and morphine (48.1%). Conclusions: Adequate sedation is difficult to achieve in the ICU, but is important for patient comfort and to reduce ICU stay duration. Awareness of patient status and appropriate drug/protocol use are therefore important. (Korean J Anesthesiol 2009; 56: 295~302)

증례보고 : 갑상선절제술 중 발생한 기관 손상으로 인한 양측성 기흉

최우종 ( Woo Jong Choi ),박영수 ( Young Soo Park ),정성문 ( Sung Moon Jeong ),구승우 ( Seung Woo Ku ),박평환 ( Pyong Hwan Park ) 대한마취과학회 2007 Korean Journal of Anesthesiology Vol.53 No.3