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임용표,Im, Yong-Pyo 한국과학기술정보연구원 2003 지식정보인프라 Vol.12 No.-
21세기 들어 IT기술의 급격한 발전을 통한 컴퓨터의 이용 확산은 생물학 분야에 대단한 영향을 미치게 되었고 이러한 현상은 생물정보학이라는 새로운 학문으로 탄생하게 되었다. 생물정보학은 유전자 및 단백질의 정보를 포함한 생물체의 모든 정보를 효율적으로 처리 가공하여 유용한 정보를 창출해 내는 새로운 융합학문이다. 이러한 생물정보학은 특히 1990년대 이후 발전한 생명과학 및 유전체 관련 지식이 폭발적으로 늘어남에 따라 이러한 정보를 효과적으로 관리하기 위해 급격하게 신장하게 되었으며, 이미 생물산업 분야의 핵심응용 기술로 인정받고 있다. 본고에서는 이러한 생물정보학의 국내외 현황과 흐름을 분석해보고 KISTI의 역할 및 앞으로의 방향에 대해 검토해 보고자한다.
노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 cDNA library 제작 및 EST 분석
임수빈(Subin Im),김준기(Joonki Kim),최영인(Young In Choi),최선희(Sun Hee Choi),권혜진(Hyejin Kwon),송호경(Hokyung Song),임용표(Yong Pyo Lim) 한국원예학회 2011 원예과학기술지 Vol.29 No.2
본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다. In this study, we report the generation and analysis of 1,392 expressed sequence tags (ESTs) from Korean Stewartia (Stewartia koreana Nakai). A cDNA library was generated from the young leaf tissue and a total of 1,392 cDNA were partially sequenced. EST and unigene sequence quality were determined by computational filtering, manual review, and BLAST analyses. Finally, 1,301 ESTs were acquired after the removal of the vector sequence and filtering over a minimum length 100 nucleotides. A total of 893 unigene, consisting of 150 contigs and 743 singletons, was identified after assembling. Also, we identified 95 new microsatellite-containing sequences from the unigenes and classified the structure according to their repeat unit. According to homology search with BLASTX against the NCBI database, 65% of ESTs were homologous with known function and 11.6% of ESTs were matched with putative or unknown function. The remaining 23.2% of ESTs showed no significant similarity to any protein sequences found in the public database. Annotation based searches against multiple databases including wine grape and populus sequences helped to identify putative functions of ESTs and unigenes. Gene ontology (GO) classification showed that the most abundant GO terms were transport, nucleotide binding, plastid, in terms biological process, molecular function and cellular component, respectively. The sequence data will be used to characterize potential roles of new genes in Stewartia and provided for the useful tools as a genetic resource.
Particle Bombardment 방법을 이용한 인공 씨감자의 형질전환
최경화,전재흥,김현순,정영희,임용표,정혁,Choi, Kyung-Hwa,Jeon, Jae-Heung,Kim, Hyun-Soon,Jung, Young-Hee,Im, Yong-Pyo,Jung, Hyuk 한국식물생명공학회 1997 식물생명공학회지 Vol.24 No.2
제초제 저항성 유전자를 코팅시킨 입자를 particle bombardment 기법으로 자주감자 품종의 인공씨감자에 도입시켰다. 발아직전에 있는 인공씨감자의 생장점 부위를 집중적으로 particle bombardment 한 후 발아한 인공씨감자를 온실에 심었다. 온실에서 5주동안 생육시킨 후 northern 분석결과 유전자가 발현된 2개의 형질전환체를 선발하였고 제초제 살포 실험을 한 결과 형질전환 되지않은 식물체는 모두 고사하였지만 형질전환된 2개의 자주감자 식물체는 생존하였다. In vitro grown microtubers of potato (cv Jaju) were used for introduction of herbicide resistance gene using bombardment with DNA-coated particles. The apical shoot-tip area of newly sprouted microtubers were intensively bombarded. After bombardment, microtubers were germinated and transplanted in a greenhouse. Northern blot analysis indicated that bar gene was expressed in two plantlets. After 5 weeks of growing, commercial herbicide Basta was sprayed to screen the resistant plants. All untransformed potato plants died after 7 days while two transgenic plants survived.
잣나무( Pinus koraiensis)의 cDNA library 제작 및 EST 분석
김준기(Joonki Kim),임수빈(Subin Im),최선희(Sun Hee Choi),이종석(Jong-Suk Lee),노승문(Mark S. Roh),임용표(Yong Pyo Lim) 충남대학교 농업과학연구소 2011 농업과학연구 Vol.38 No.1
In this study, we report the generation and analysis of a total of 1,211 expressed sequence tags (ESTs) from Pinus koraiensis. A cDNA library was generated from the young leaf tissue and a total of 1,211 cDNA were partially sequenced. EST and unigene sequence quality were determined by computational filtering, manual review, and BLAST analyses. In all, 857 ESTs were acquired after the removal of the vector sequence and filtering over a minimum length 50 nucleotides. A total of 411 unigene, consisting of 89 contigs and 322 singletons, was identified after assembling. Also, we identified 77 new microsatellite-containing sequences from the unigenes and classified the structure according to their repeat unit. According to homology search with BLASTX against the NCBI database, 63.1% of ESTs were homologous with known function and 22.2% of ESTs were matched with putative or unknown function. The remaining 14.6% of ESTs showed no significant similarity to any protein sequences found in the public database. Gene ontology (GO) classification showed that the most abundant GO terms were transport, nucleotide binding, plastid, in terms biological process, molecular function and cellular component, respectively. The sequence data will be used to characterize potential roles of new genes in Pinus and provided for the useful tools as a genetic resource.
김호일(Ho-Il Kim),홍창표(Chang Pyo Hong),임수빈(Subin Im),최수련(Su Ryun Choi),임용표(Yong Pyo Lim) 한국원예학회 2014 원예과학기술지 Vol.32 No.6
배추(Brassica rapa L. ssp. pekinensis)는 경제적으로 매우 중요한 채소 작물로 한국 고유 음식인 김치의 주재료로 쓰인다. 비록 전통적인 선발을 이용한 육종을 통해 농업적 유용 형질을 갖는 많은 품종들이 개발되었지만, 특별한 병해충 또는 기상재해 등 생물적, 비생물적 환경 스트레스 저항성을 증대시키는 육종에 관하여는 오랜 시간이 필요하다. 이러한 저항성 육종은 분자 마커 시스템에 기반하여 다양한, 급격히 진화된 유전 자원의 효율적인 선발에 이용될 수 있다. 특히 배추 전체 유전체 염기서열의 발표로 인해 유전체 수준에서 농업적 유용 형질 유전자 또는 유전 자원의 탐색이 가능하게 되었다. 이 연구에서 분자 마커를 활용한 배추육종의 최근의 진전에 대하여 논의하고자 하였다. Chinese cabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis) is an economically important vegetable crop as a source of the traditional food Kimchi in Korea. Although many varieties exhibiting desirable traits have been developed by the conventional selective breeding approach, breeding related to abiotic or biotic stresses, such as a particular pests or diseases, or tolerance to climatic conditions, is likely to be slow. This could be helped by an efficient method for selection from various, rapidly-evolved genetic resources on the basis of molecular markers. In particular, the Brassica genome sequencing project enables genome-wide discovery of genes or genetic variants associated with agricultural traits. We here discuss the recent progress in the field of Chinese cabbage breeding with regard to the application of molecular markers.