Managing Biological Networks by Using Text Mining and Computer-aided Curation

유석종,조용성,이민호,임종태,유재수 한국물리학회 2015 THE JOURNAL OF THE KOREAN PHYSICAL SOCIETY Vol.67 No.9

In order to understand a biological mechanism in a cell, a researcher should collect a huge number of protein interactions with experimental data from experiments and the literature. Text mining systems that extract biological interactions from papers have been used to construct biological networks for a few decades. Even though the text mining of literature is necessary to construct a biological network, few systems with a text mining tool are available for biologists who want to construct their own biological networks. We have developed a biological network construction system called BioKnowledge Viewer that can generate a biological interaction network by using a text mining tool and biological taggers. It also Boolean simulation software to provide a biological modeling system to simulate the model that is made with the text mining tool. A user can download PubMed articles and construct a biological network by using the Multi-level Knowledge Emergence Model (KMEM), MetaMap, and A Biomedical Named Entity Recognizer (ABNER) as a text mining tool. To evaluate the system, we constructed an aging-related biological network that consist 9,415 nodes (genes) by using manual curation. With network analysis, we found that several genes, including JNK, AP-1, and BCL-2, were highly related in aging biological network. We provide a semi-automatic curation environment so that users can obtain a graph database for managing text mining results that are generated in the server system and can navigate the network with BioKnowledge Viewer, which is freely available at http://bioknowledgeviewer.kisti.re.kr.

웹2.0에 기반한 학습자 u-멘토링 관리시스템에 관한 연구

유석종 숙명여자대학교숙명리더십개발원 2007 숙명리더십연구 Vol.6 No.-

본 연구에서는 웹 2.0의 개념을 e-러닝 시스템에 적용하여 학습자 중심으로 멘토링 수업을 계획하고 운영하기 위하여 멘토링 그룹의 생성과 관리, 평가 과정을 자동화하기 위한 u-멘토링 관리 시스템을 설계하고 구현하였다. 멘토링 그룹의 주제 선정, 멘티 구성, 멘토 선정시 공급자인 교수자 중심의 진행이 아니라 수요자인 학생 중심으로 진행할 수 있는 장점이 있다. 제안하는 u-멘토링 관리 시스템은 멘토링 수업 외에도 전공교과목의 스터디 그룹, 리더십 교육과정과 같은 다양한 분야에 적용할 수 있도록 설계되었다. 또한 현재 모집중이거나 진행중인 전체 멘토링 그룹의 활동 상황을 한눈에 파악하여 자신이 원하는 적합한 그룹을 선택할 수 있으며 멘토링 그룹간의 선의의 경쟁을 유발시켜 학습 향상 효과를 기대할 수 있다. 다른 그룹들의 진행 상황들을 확인하면서 현재 참여하고 있는 멘토 그룹 모임 새로운 학습 방법을 모색하는데 직간접적인 도움을 받을 수 있다. 멘토링 그룹에 참여한 학습자는 멘토 수업에 대하여 그룹평가와 멘티에 대한 개별평가를 수행하고, 평가 결과는 개인별 포인트로 변환되어 데이터베이스에 저장된다. 개인별 포인트 점수는 향후 멘토링 그룹을 생성하거나 그룹에 참여할 때 기초 자료로 활용되어 등급별 멘토링 수업을 기대할 수 있다. 특히, 본 연구에서 구현한 u-멘토링 관리시스템은 학습자 그룹이 주도적으로 토론하고 문제를 해결해나가는 문제중심학습(PBL) 수업에 효과적으로 활용될 수 있다. This paper introduces a study of u-mentoring management system to automate creation, management, and evaluation processes of mentoring lectures by combining e-learning system with Web 2.0 concept. The purpose of the study is the support of learner-driven mentoring class when selecting lecture's theme, mentees, and mentors rather than lecturer-drived system. The proposed u-mentoring management system has been designed to be applicable to various kinds of subjects like leadership classes as well as mentoring classes. The system shows the summary of current status of all mentoring classes to drive good competetion among participants and mentoring groups at real-time. In addition, functions to evaluate activities of mentees and mentoring groups are supported and histories of records of participants and classes are stored into the database, and are used for information retrieval by others.

Bedlington terrier의 다발성 안기형 1례

유석종,지동범,김휘율,서강문,정만복,Yoo, Sukjong,Ji, Dongbeom,Kim, Hwiyool,Seo, Kangmoon,Jeong, Manbok 대한수의학회 2013 大韓獸醫學會誌 Vol.53 No.2

To report multiple congenital ocular defects in a Bedlington terrier dog aged 2.5 months with blindness. Routine ophthalmic examinations were performed for the clinical signs. Menace responses and cotton ball test were absent in both eyes (OU), but pupillary light reflexes were normal in OU. Slit lamp biomicroscopy reveled corneal dystrophy, posterior subcapsular cataract, microphthalmia in OU and lenticular coloboma in the right eye. In indirect ophthalmoscopy and ultrasonography, retinal detachment and posterior lenticonus were shown in OU. It is the first report of lenticular coloboma and posterior lenticonus in a Bedlington terrier dog.

정보이론과 의미론에서의 일응용

유석종 중앙대학교 정경대학 학생회 1972 政經論集 Vol.7 No.1

환자 대기시간 단축방안

유석종,이규봉,강정은,홍성숙,문세영,이현경 한국의료QA학회 2008 가을학술대회 Vol.2008 No.3

소형견의 각막내 출혈에 대한 후향적 연구: 6예 (2007-2011)

유석종,정만복,지동범,김휘율,서강문 한국임상수의학회 2013 한국임상수의학회지 Vol.30 No.4

The purpose of the retrospectivestudy was to describe the clinical findings and treatment of intracorneal hemorrhage (ICH) in canine small breeds. The medical records of 6 dogs with ICH (January 2007 to November 2011)were examined to obtain the breed, age, gender, affected eye, cornea area, treatment, and follow-up. A total of 12 corneal areas in 8 eyes were identified in 6 dogs (4 Yorkshire terriers, 1 Poodle, and 1 Maltese). The mean age ± SD at the first presentationwas 12.3 ± 2.8years, and 5 of 6 dogs were over 12 years old. ICH caused by corneal neovascularization was the most common in the nasal area of cornea (nasal 6/12, superior 4/12, and inferior 2/12) and recurred in different area of same or other cornea in 3 dogs. There were no concomitant corneal diseases at the initial presentation. All dogs affected were treated with combination of topical antibiotics and steroids and subconjuctival injection of steroids. The resultsshowed that ICH can be treated with long-term medical therapies.In addition, further study would be needed to identify specific causes for the intracorneal hemorrhage.

초음파수정체유화흡인술

유석종 대한수의사회 2004 대한수의사회지 Vol.40 No.11

SGML 한글문서의 논리적 구조에 근거한 색인기법에 관한 연구

유석종 한국정보관리학회 1995 정보관리학회지 Vol.12 No.2

기존 색인 시스템은 전자문서에 대하여 전문색인 (full-text indexing) 방법만을 지원하며, 문서의 논리적 구조를 검색 방법으로 적절하게 활용하지 못하고 있다. 대부분의 전자문서는 특정 시스템에 의존적인 형식으로 되어 있으며, 문서의 물리적 형태만을 나타내고 논리적 구조에 대한 정보는 포함하고 있지 않다. 이에 반해 1986년에 ISO에서 문서교환에 대한 표준방식으로 제정한 SGML (Standard Generalized Markup Language)은 문서의 논리적 구조에 대한 정보를 포함하고 있다. 본 논문에서는 기존의 전문색인 시스템의 단점을 보완하고 표준문서형식을 사용하기 위해 SGML 문서에서의 색인 시스템을 설계 구현하고자 한다. 기존 색인 시스템에서는 문서 전체에 대하여 색인이 이루어지는데 비하여 본 시스템에서는 SGML 문서의 구성요소인 엘리먼트에 기반하여 색인 영역을 지정할 수 있게 하엿다. 따라서 문서의 논리적 구조를 반영한 다양한 검색기법에 응용될 수 있다. 또한 본 시스템에서는 SGML 한글문서에 대하여 자동색인이 가능하다. Conventional indexing sytstems support only full-text indexing method for electronic documents and do not use logical structure of documents in retrieval. Most electronic documents are in different formats depending on various systems. Also, they only indicate physical style of the document without considering any logical structure. Thus, in the effort to standardize the exchange of documents. IS0 developed SGML(Stadard Generalized Markup Language) which contains information about logical structure of the documents. In this paper, to resolve the disadvantages of full-text indexing method and to use standard document format. indexing system for SGML document is designed and implemented. In this system, user can assign indexing domain on elements, thus the logical structure of document is reflected in retrieving information. Various retrieval methods can be implemented by using the structural information of the document. In addition, automatic indexing for SGML Hangul document is supported in this system

초음파수정체유화흡인술

유석종 대한수의사회 2004 대한수의사회지 Vol.40 No.9

각막절개에 의한 개의 수정체낭외적출술

유석종 대한수의사회 2004 대한수의사회지 Vol.40 No.11