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거대세포바이러스와 엡스타인바바이러스 DNA 정량검사를 위한 핵산 추출
성흥섭,황상현,고영진,김미나 대한진단검사의학회 2016 Laboratory Medicine Online Vol.6 No.3
Background: Availability of an international standard will improve the standardization of quantitative PCR (qPCR) for cytomegalovirus (CMV) and Epstein-Barr virus (EBV); however, nucleic acid extraction methods may affect qPCR results. This study was designed to determine whether routine measurement of DNA concentration and purity is required in qPCR for CMV and EBV. In addition, the performance of the automated QIASymphony DSP DNA Mini kit (Qiagen, USA) and the manual QIAamp DNA Blood Mini kit (Qiagen) in extracting DNA from whole blood samples was compared. Methods: The concentration and purity of 300 extracted DNA samples were determined using a NanoDrop ND-1000 spectrophotometer (Thermo Scientific, USA). A total of 72 and 54 whole blood samples were tested by artus CMV and EBV qPCR (Qiagen), respectively. Results: No correlation was found between DNA concentration and EBV DNA load or between DNA purity and the PCR inhibition measured by ΔCq (the difference between internal control Cq of the sample and that of the negative control). Quantification of CMV and EBV DNA using the two extraction methods showed highly similar results (rho=0.946 and 0.887, respectively). Of the 29 specimens that yielded CMV DNA by both methods, however, 8 specimens (27.6%) yielded higher CMV DNA loads with QIASymphony. Conclusions: Routine measurement of DNA concentration and purity is not necessary for qPCR of CMV and EBV. The automated QIASymphony outperformed the manual QIAamp Blood Mini kit in extracting CMV and EBV DNA from whole blood samples. 배경: 거대세포바이러스(cytomegalovirus, CMV)와 엡스타인바바이러스(Epstein-Barr virus, EBV) 국제 표준물질이 이용 가능해짐으로써, CMV와 EBV 정량 PCR (qPCR)의 표준화는 향상되었지만, 핵산 추출 방법 또한 qPCR 결과에 영향을 줄 수 있다. 이 연구에서는 바이러스 qPCR 전에 DNA 농도와 순도 측정이 일상적으로 필요한지를 살펴보았으며, 수기법인 QIAamp DNA Blood Mini 키트(키트(Qiagen, USA)와 자동화법인 QIASymphony DSP DNA Mini 키트(Qiagen)를 비교하여 핵산 추출법을 도입할 때 고려해야 할 사항을 살펴보고자 하였다. 방법: DNA 정량과 순도는 QIAamp DNA Blood Mini 키트로 수기 추출한 후 EBV qPCR을 시행한 300개 전혈 DNA를 대상으로 하였으며, NanoDrop ND-1000 Spectrophotometer (Thermo Scientific, USA)에서 측정하였다. 수기 핵산추출과 자동화된 핵산추출의 비교는 CMV qPCR이 의뢰된 72개의 전혈과 EBV qPCR이 의뢰된 54개의 전혈을 대상으로 하였다. CMV와 EBV DNA는 artus CMV 및 Artus EBV PCR로 정량하였다. 결과: DNA 농도와 EBV DNA 정량값 사이에는 일관된 상관성이 없었으며, DNA 순도와 Cq (내부대조물질의 Cq값에서 동일한 qPCR 배치에서 사용한 음성 대조검체에 첨가한 내부대조물질의 Cq값을 뺀 값) 사이에는 상관성이 없었다. 수기 핵산추출과 자동화된 핵산추출 후 CMV와 EBV qPCR값은 두 방법 간에 높은 상관 관계가 있었다(CMV, rho=0.946; EBV, rho=0.887). 두 방법 모두에서 CMV DNA가 양성이었던 29검체 중 8검체(27.6%)는 QIASymphony에서 추출한 핵산 정량값이 유의하게 높았다. 결론: 검사실에서 CMV와 EBV qPCR 전에 일상적으로 DNA 농도와 순도를 측정할 필요는 없을 것으로 판단되었다. 전혈에서 CMV와 EBV DNA를 추출할 때 자동화 기기인 QIASymphony법의 정량값이 수기법인 QIAamp DNA Blood Mini 키트보다 유의하게 높았다.
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T 림프구 아형 측정에서 총 T 림프구 측정의 재현성 및 CD3+CD4-CD8- 세포군의 특성
성흥섭,권수진,박찬정,지현숙 대한진단검사의학회 2002 Annals of Laboratory Medicine Vol.22 No.2
배경 : T 림프구 아형 측정시, 총 T 림프구를 CD3-fluores-cein isothiocyanate (FITC)/CD4-phycoerythrin (PE) 측정시험관과 CD3-FITC/CD8-PE 측정 시험관의 결과에서 각각 구할 수 있으므로, 두 시험관의 측정치 차이를 구하여, 총 T 림프구 측정의 재현성을 평가할 수 있다. 일부 검체에서는 T 수용체에 대한 단클론항체를 이용하여 T 림프구를 측정하여이를 CD3+CD4-CD8- T 림프구와 비교하였다. 방법 : 21개 검체에 대하여 T 림프구 아형 검사를 시행하였다. Simultest IMK-Lymphocyte kit (Becton-Dickinson, SanJose, CA, USA)를사용하여 2색상 직접면역형광염색 후 유세포분석법을 시행하였다. 두 시험관에서 얻은 총 T 림프구 백분율의차가 3% 이상인 경우 검사의 전과정을 검색하고 재분석하였다.71개 검체는 T 림프구도 동시에 측정하였다. 결과 : 두 시험관에서 얻은 총 T 림프구 백분율의 차는 정상대조군, 만성 간질환자, 암환자, 기타 질환자, 소아에서 각각3.0%, 3.6%, 3.0%, 3.4%, 2.4%이었다. 전체 221검체 중 69검체(31.2%)에서 총 T 림프구 백분율의 차가 3% 이상이었다. T 림프구는 정상 대조군, 간질환자, 암환자, 기타 질환자에서 각각 0.81%, 2.46%, 2.50% and 0.85%이었으며, CD3+CD4-CD8-T 림프구와의 상관성은 없었다.
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Rhinovirus, Human Metapneumovirus, Coronavirus 검출을 위한SeeplexTM RV Detection 키트의 평가
성흥섭,박숙자,우영대,최병후,김미나 대한진단검사의학회 2008 Annals of Laboratory Medicine Vol.28 No.2
Background : Direct antigen test (DAT) and culture are primary tests to diagnose infections by respiratory viruses, but are mainly available for the traditional viral pathogens such as respiratory syncytial virus (RSV), influenza virus, parainfluenza virus (PIV), and adenovirus in clinical laboratories. The objective of this study was to evaluate a multiplex reverse transcriptase-PCR method using SeeplexTM RV Detection kit (Seegene, Korea) for the detection of rhinovirus, coronavirus, and human metapneumovirus (hMPV). Methods : From January to May 2007, nasopharyngeal aspirates (NPAs) from pediatric patients negative for culture and DAT of traditional viral pathogens were tested with SeeplexTM. All the amplicons were directly sequenced and homology of the sequences was searched in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. Patients’ medical records were reviewed for clinical and demographic features. Results : Forty-seven (26.4%) of 178 NPAs were positive: 18 rhinovirus, 15 hMPV, 4 RSV A, 3 coronavirus OC43, 3 influenza virus A, 2 adenovirus, 1 coronavirus NL63, and 1 RSV B. Based on maximum identity, each of the sequences indicating rhinovirus, hMPV, and coronavirus OC43 matched to the corresponding viruses with homology of 94-98%, 96-99%, and 98-100%, respectively. SeeplexTMpositive patients were 0-11 yr old with a male:female ratio of 1.5:1. Clinical diagnoses included 9 pneumonia, 6 bronchiolitis, 2 cold, 1 asthma exacerbation for rhinovirus; 10 pneumonia, 4 bronchiolitis, and 1 clinical sepsis for hPMV; and 1 pneumonia, 2 croup, and 1 cold for coronavirus. Conclusions : Multiplex reverse transcriptase-PCR method using SeeplexTM RV Detection kit is a reliable test to detect rhinovirus, hMPV, and coronavirus. It may improve the diagnostic sensitivity for RSV, influenza virus, PIV, and adenovirus. (Korean J Lab Med 2008;28:109-17)
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Imipenem 내성 Acinetobacter baumannii에서 항균제 병합요법의 시험관내 상승작용 검사
성흥섭,최수진,유수진,김미나 대한진단검사의학회 2007 Annals of Laboratory Medicine Vol.27 No.2
목적 : Imipenem 내성 Acinetobacter baumannii (IRAB)는다른 항균제에도 내성을 지닌 경우가 많아서 기존의 항균제 중에는 효과적인 약제를 찾을 수 없는 경우가 대부분이다. 본 연구에서는 시간-살균 검사를 이용하여 IRAB에 유용한 항균제 병합을찾고 이중디스크확산법 검사로 시간-살균 검사의 결과를 예측할수 있는지를 알아보고자 하였다.재 료 및 방 법 : 1999년 8월부터 2000년 11월까지 본원에서 5명의 환자에서 분리된 IRAB 균주를 대상으로 하였다. Amikacin,gentamicin, tobramycin, piperacillin, piperacillin/tazobactam,cefotaxime, cefepime, cefoperazone/sulbactam (C/S), imipen-em, meropenem, ciprofloxacin, levofloxacin, trimethoprim/famethoxazole, chloramphenicol, minocycline, colistin 등에 대해 한천희석법에 의한 최소억제농도검사를 실시하였다. 항균제감수성 양상별로 3균주를 선별하여 이중디스크확산법에서 상승작용을 보이는 항균제 조합으로 시간-살균 검사를 시행하였다. 결과 : Colistin에 50균주(90.9%), C/S에 50균주, minocycline에 44균주(80.0%)가 감수성이었다. 다른 항균제에 대해서는 20%미만의 감수성을 보였다. 감수성이 있는 항균제를 조합하여 Mino-cycline-imipenem, minocycline-C/S, minocycline-amikacin,imipenem-tobramycin, C/S-amikacin, C/S-tobramycin 등의이중디스크확산법에서 상승작용을 보이면, 시간-살균 검사에서도상승작용을 관찰할 수 있었다. C/S-imipenem 조합은 이중디스크확산법에서는 상승작용을 보였지만 시간-살균 검사에서는 상승작용을 관찰할 수 없었다.
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