마팅게일잔차에 기초한 가산위험모형의 적합도검정법

김진흠,이승연 한국통계학회 1996 응용통계연구 Vol.9 No.1

본 논문에서는 하나의 이진공변량(binary covariate)을 갖는 가산위험모형(additive risk model)의 적합도를 검정하기 위한 검정법을 제안하였다. 제안된 검정법은 마팅게일잔차(martingale residual)에 기초한 Wei(1984)의 비례위험모형(proportional hazards model)의 적합도검정법을 가산위험모형으로 확장한 형태이다. 제안된 검정통계량의 점근성질을 유도하였고 실제자료에 적용하여 보았다. This paper proposes a goodness-of-fit test for checking the adequacy of the additive risk model with a binary covariate. The test statistic is based on martingale residuals, which is the extended form of Wei(1984)'s test. The proposed test is shown to be consistent and asymptotically normally distributed under the regularity conditions. Furthermore, the test procedure is illustrated with two set of real data and the results are discussed.

형제 및 자매의 유전자형 자료에 기초한 전달불균형 검정법에 관한 연구

김진흠,장양수,Kim, Jin-Heum,Jang, Yang-Soo 한국통계학회 2008 응용통계연구 Vol.21 No.1

Family-based tests such as the transmission and disequilibrium tests(TDT) have proved to be powerful tools in the search for disease genes. Unlike case-control studies, the tests are not affected by population admixture, which can lead to spurious association of multiple highly linked makers with disease-susceptible genes. Those tests have largely required knowledge of parental marker genotypes. However, parental data are often not available for late-onset diseases. In this article we propose sib-TDTs that overcome this problem by use of marker data from unaffected sib(s) instead of parents. To do this end, we fist defined a Mantel-Haenszel-type statistic for each haplotype and then proposed two tests based on this statistic. Simulation studies suggest that the proposed tests are robust to population admixture and are monotone increasing as a relative risk increases irrespective of mode of inheritance. We also illustrated the proposed tests with data adopted from Yonsei Cardiovascular Genome Center. 전달불균형 검정법(transmission and disequilibrium test)과 같은 가계중심(family-based) 검정법들은 질병 관련 유전자를 찾는 데 매우 유용한 방법으로 알려져 있다. 사례-대조군 연구와 달리 가계중심 검정법들은 집단혼합(population admixture)으로 인한 영향을 받지 않기 때문에 질병 관련 유전자와 표지자(marker) 사이의 집단 혼합으로 인한 가짜 연관성(spurious association)에 노출될 위험이 없다. 가계중심 검정법들은 대체로 표지자에 대한 부모의 유전자형(genotype) 정보를 필요로 한다. 그러나 고령층에서 발병하는 질병의 경우에는 발단자(proband) 부모의 유전자형을 구할 수 없는 상황에 종종 마주치게 된다. 본 논문에서는 이런 어려움을 극복하기 위해 부모의 유전자형 대신 질병에 노출되지 않은 발단자 형제나 자매의 유전자형을 이용한 검정법을 제안하고자 한다. 이를 위해 먼저 가능한 모든 일배체형(haplotype)에 대해 Mantel-Haenszel 형태의 통계량을 정의하고 그것에 기초한두 가지 검정통계량을 제안하였다. 모의실험 결과, 제안한 검정법은 집단 혼합으로부터 로버스트하고 유전 양식(mode of inheritance)에 관계 없이 상대위험(relative risk)이 증가함에 따라 단조적으로 증가하는 검정력을 갖는 것으로 나타났다. 제안한 검정법을 연세대학교 심혈관계질환 유전체연구센터로부터 수집한 자료에 적용하고 그 결과를 고찰하였다.

경쟁위험을 가진 생존자료의 분석에 대한 고찰: R 패키지 함수를 중심으로

김진흠 한국보건정보통계학회 2022 보건정보통계학회지 Vol.47 No.S3

When it comes to data in survival analysis, it is easy to think of one censored or observed survival time of an individual. In the longitudinal study such as a clinical trial, an individual may be simultaneously exposed to different types of events. It is easy to think of competing risks data as an extension of uni- variate survival data, but since competing risks events are dependent on each other, if the analysis method of univariate survival data is applied, infer- ences with bias can be made. In this paper, we briefly introduce the statistical methods developed to analyze competing risks data and apply them to the real examples using the built-in functions in the R package. .

전북 지역 교지(校誌)에 나타나는 지역성 -해방 이후부터 1980년까지 전북 지역 교지에 실린 글과 언론 보도의 비교를 중심으로-

김진흠 전북사학회 2024 전북사학 Vol.0 No.70

교지는 다른 연속간행물 매체들과 변별성을 갖는 자료로서, 학교를 기반으로 한 여러 주체들의 시각을 보여 주고 독자가 학생이라는 점에서 특별한 자료이다. 또한 교지는 학교가 소재한 지역에 기반하여 발간되기 때문에 지역에 관한 글이 지속적으로 게재된다는 특징이 있다. 이와 같은 글들은 교지의 독자인 학생들에게 일정한 영향을 미칠 수 있었다. 그런 점에서 교지의 자료적 가치를 재확인할 수 있고 교지자료가 지역성 연구에서 중요한 역할을 할 수 있다는 것을 알 수 있다. 본 연구의 대상 지역인 전북은 1950년대의 ‘하와이 시비’, 1960년대의 ‘전북푸대접론’, 1970년대 ‘낙후 전북’의 개발에 대한 기대감 등으로 부침을 겪었던 지역이다. 이와 같은 사건들로 인해 지역사회의 각종 매체가 소리를 높였던 반면에 교지에는 시류에 민감하게 반응하기보다 지역의 전통과 향토 등에 대한 관심을 반영한 글들이 지속적으로 실렸다. 특히 전북 지역 교지에는 지역사에 대한 관심이 특별하게 나타났다. 지역사를 통해 학생들의 지역 정체성을 정립하려는 시도였다. 마한과 백제의 역사가 정사에서 비록 주류로 다뤄지지 못하고 있지만, 자랑스러운 ‘우리’의 역사임을 강조하고 신라의 역사에 뒤처지지 않는다는 것을 보여 주는 글들이 교지에 실렸다. 또한 임진왜란 시기 호남 의병의 활약을 자랑하고, 무엇보다 전북 지역은 동학농민운동이라는 역사적 대사건을 지역민들이 감정적으로 공유하고 있다는 것을 강조했다. 전북은 전통적인 농도로서의 이미지와 함께 낙후되고 소외받았다는 인식을 공유하는 지역이었다. 1960년대의 사회적 논쟁을 통해 ‘푸대접’받았다는 불만을 안고 있었다. 1970년 말 개통된 호남고속도로는 이러한 불만에 대한 대가이자 발전의 기점이 될 수 있는 중요한 계기였다. 호남고속도로의 개통 이후 교지에도 지역사회의 개발에 대한 기대감을 담은 글이 등장했다. 지역사회와 학교의 관계, 그리고 그와 관련된 학교의 역할과 임무 등에 관한 진지한 고민들이 교지에 담겼다. 학교는 그 학교가 소재한 지역과 단절될 수 없다. 지역사회와 학교는 불가분의 관계였고, 그렇기 때문에 교지에는 지역성이 담긴 다양한 주제의 글들이 실릴 수 있었다. School magazine is a material that distinguishes it from other continuous publication media, showing the perspectives of various subjects based on the school, and is special in that the reader is a student. In addition, since school paper is published based on the area in which the school is located, it is characterized by continuous publication of articles about the area. Such articles could have a certain influence on students who are readers of the school magazine. In this respect, the material value of school magazine can be reaffirmed. Jeonbuk Province was a region that suffered controversy due to the “Hawaii Dispute” in the 1950s, the “Jeonbuk Poor Treatment” in the 1960s, and the expectations for the development of “Backward Jeonbuk” in the 1970s. While various media in the local community raised their voices due to these events, the school magazine continued to contain articles reflecting interest in the local tradition and locality rather than reacting sensitively to the current. In particular, local school magazines in Jeonbuk showed special interest in local history. Although the history of Mahan and Baekje has not been treated as the mainstream in official history, articles emphasizing that it is a proud “Our” history and showing that it is not lagging behind the history of Silla were published in the school magazines. And during the Imjin War, they boasted the activities of Honam righteous army. Above all, the Jeonbuk region emphasized that the local people emotionally share an important historical event called the Donghak Peasant Movement. Jeonbuk Province was an area that shared the image as a traditional Agricultural Region and the perception of being backward and marginalized. The Honam Expressway, which opened at the end of 1970, was an important opportunity and a starting point for development. After the opening of the Honam Expressway, articles containing expectations for the development of the local community appeared in the school magazines. The school cannot be disconnected from the area where the school is located. The local community and the school were inextricably linked, which is why the school magazine was able to contain articles on various topics related to the locality.

Assessing the Optimal Cutpoint for Tumor Size in Patients with Lung Cancer Based on Linear Rank Statistics in a Competing Risks Framework

김진흠,Hon Keung Tony Ng,김성욱 연세대학교의과대학 2019 Yonsei medical journal Vol.60 No.6

Purpose: In clinical studies, patients may experience several types of events during follow up under the competing risks (CR)framework. Patients are often classified into low- and high-risk groups based on prognostic factors. We propose a method to determinean optimal cutpoint value for prognostic factors on censored outcomes in the presence of CR. Materials and Methods: We applied our method to data collected in a study of lung cancer patients. From September 1, 1991 toDecember 31, 2005, 758 lung cancer patients received tumor removal surgery at Samsung Medical Center in Korea. The proposedstatistic converges in distribution to that of the supremum of a standardized Brownian bridge. To overcome the conservativeness ofthe test based on an approximation of the asymptotic distribution, we also propose a permutation test based on permuted samples. Results: Most cases considered in our simulation studies showed that the permutation-based test satisfied a significance level of0.05, while the approximation-based test was very conservative: the powers of the former were larger than those of the latter. Theoptimal cutpoint value for tumor size (unit: cm) prior to surgery for classifying patients into two groups (low and high risks for relapse)was found to be 1.8, with decent significance reflected as p values less than 0.001. Conclusion: The cutpoint estimator based on the maximally selected linear rank statistic was reasonable in terms of bias and standarddeviation in the CR framework. The permutation-based test well satisfied type I error probability and provided higher powerthan the approximation-based test.

모의실험을 통한 가산위험모형에 대한 적합도검정법들의 비교

김진흠 한국통계학회 1996 Communications for statistical applications and me Vol.3 No.1

Kim and Song(1995)과 Kim and Lee(1996)는 하나의 이지공변량(binary covariate)을 갖는 가산위험모형(additive risk model)의 적합도검정법(goodness-of-fit test)을 제안했다. 전자는 모수의 가중추정량들의 차에 기초한 검정법이며 후자는 마팅게일잔차(martingale residual)에 기초한 검정법이다. 본 논문에서는 모의실험을 통하여 두 검정법을 비교하였다.

Frailty model approach for the clustered interval-censored data with informative censoring

김진흠,김윤남,Seong W. Kim 한국통계학회 2016 Journal of the Korean Statistical Society Vol.45 No.1

Interval censoring is frequently encountered in many clinical trials with periodic followup as the time of a specific event, such as death, is determined within an interval. Most existing methodologies with regression analysis were extended and developed under the assumption of non-informative censoring mechanism. However, this assumption sometimes does not hold. Subsequently, it is impossible to test the dependence or independence assumption of the censoring mechanism. One remedy to circumvent these difficulties is to impose extra assumptions or modeling. In this article, we employ the Cox proportional hazards models with a shared frailty effect incorporated with clustered interval-censored data for which there exists a dependency between the failure and visiting times. The parameters are estimated via the EM algorithm. Simulations are performed to investigate the finite-sample properties of the proposed method. Finally, two real datasets are analyzed to demonstrate our methodologies.

국가표준식품성분 데이터베이스 대표시료 선정을 위한 표본설계

김진흠,황해원,조유정,박진우,Kim, Jinheum,Hwang, Hae-Won,Cho, Yu Jung,Park, Jinwoo 한국통계학회 2020 응용통계연구 Vol.33 No.2

농촌진흥청에서는 식품산업진흥법 제19조 제1항에 의거하여 국가표준식품성분표를 5년 주기로 발표하고 있다. 본 논문에서는 2021년 국가표준식품성분표 제10개정판 발간을 앞두고 우리나라 국민들이 많이 소비하고 있는 식품으로 선정된 182개 식품의 대표시료를 합리적이고 과학적으로 추출하기 위한 방안을 제안하였다. 농수산물을 포함한 식품을 판매하는 식료품점을 유통형태에 따라 대형마트와 전통시장으로 구분한 후 NFNAP에서 제안한 층화다단추출법을 각각 적용하여 8개 표본을 추출하였다. NFNAP는 미국인들이 소비하고 있는 식료품의 성분표에 대한 신뢰성 있는 추정을 담보하기 위해 미국 농무성과 국립보건원이 1977년에 협약을 맺고 공동 연구로 개발한 국가식품 영양분석 프로그램이다. 대형마트에 기초한 표본추출에서는 이마트 가양점, 홈플러스 시흥점, 롯데마트 동두천점, 이마트 수원점, 롯데마트 둔산점, 롯데마트 여수점, 이마트 울산점, 하나로클럽 울산점이 표본으로 추출되었고, 전통시장에 기초한 표본추출에서는 서울시 금천구 독산동우시장과 송파구 풍납시장, 고양시 일산서구 일산시장, 광주광역시 북구 운암시장, 대전광역시 대덕구 법동시장, 부산광역시 영도구 봉래시장과 해운대구 좌동재래시장, 창원시 진해구 중앙시장이 표본으로 추출되었다. Under Article 19, Paragraph 1 of the Food Industry Promotion Act, Rural Development Administration renews the Korean foods composition table every five years. Before the publication of the tenth revision of the Korean foods composition table in 2021, this paper suggests methods for collecting representative samples of 182 highly consumed foods in Korea. Food markets are categorized by their distribution channels, which are supermarkets and local markets. Eight samples are collected from each category by applying the National Food and Nutrient Analysis Program (NFNAP)'s stratified multi-stage sampling. The NFNAP was implemented in 1997 as a collaborative food composition research effort between the National Institute of Health (NIH) and the US Department of Agriculture (USDA) to secure reliable estimates for the nutrient content of food and beverages consumed by the US population. Selected supermarkets for selecting representative food samples are Emart Kayang, Homeplus Siheung, Lottemart Dongducheon, Emart Suwon, Lottemart Dunsan, Lottemart Yeosu, Emart Ulsan, and Hanaroclub Ulsan. Selected local markets also are Doksandongusijang in Geumcheon-gu and Pungnapsijang in Songpa-gu, Seoul, Ilsansijang in Ilsanseo-gu, Goyang, Unamsijang in Buk-gu, Gwangju, Beopdongsijang in Daedeok-gu, Daejeon, Bongnaesijang in Yeongdo-gu and Jwadongjaeraesijang in Haeundae-gu, Busan, and Jungangsijang in Jinhae-gu, Changwon.

일배체형에 기초한 고혈압과 ACE 유전자의 연관성 분석

김진흠,남정모,강대룡,서일,Kim Jinheum,Nam Chung Mo,Kang Dae Ryong,Suh Il 한국통계학회 2005 응용통계연구 Vol.18 No.2

In this study we investigate the association between the haplotype block of 4 SNPs in ACE genes and hypertension with a case-control dataset of size of 277 and 40 families data collected from Kangwha studies. To this end we perform a haplotype-based case-control association study and a haplotype-based TDT study. We do the same analysis with tag-SNPs that can identify the haplotype block. Through a cladogram analysis we make the evolution-tree of haplotypes and then classify the haplotypes into a few clades by collecting haplotypes exposed to the disease to the same extent. We also discuss the association between these clades and hypertension. 본 연구에서는 강화연구(서일, 2004)를 통해 수집된 277명의 환자-대조군 자료와 40개의 가계 자료를 이용하여 ACE(angiotensin-I converting enzyme) 유전자 내에 있는 4개의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)으로 이루어진 일배체형(haplotype)과 고혈압의 관련성을 알아보고자 한다. 이를 위해 일배체형에 기초한 환자-대조군의 우도비 검정과 가계 자료의 TDT(transmission/disequilibrium test) 연구를 수행하고자 한다. 또한 이 일배체형을 동정(identification)할 수 있는 tag-SNPs에 기초하여 동일한 연구를 하고자 하며, Seltman 등(2003)이 제안한 분기도(cladogram) 분석 방법을 써서 일배체형의 진화 과정에서 가깝게 위치하고 질병 발생 위험이 비슷한 클레이드(clade)를 찾아내고 이 클레이드와 고혈압의 연관성을 살펴보고자 한다.

변수선택 편향이 없는 회귀나무를 만들기 위한 알고리즘

김진흠,김민호 한국통계학회 2004 응용통계연구 Vol.17 No.3

본 논문에서는 Breiman 등(1984)의 전체탐색법이 갖고 있는 변수선택 편향을 극복할 수 있는 알고리즘을 제안하였다. 제안한 알고리즘은 노드의 분리 변수를 선택하는 단계와 그 선택된 변수에 대해서만 이진분리를 위한 분리점을 찾는 단계로 나뉘어져 있다. 예측변수가 연속형 일 때는 스피어만의 순위상관계수에 의한 검정을 수행하고, 범주형일 때는 크루스칼-왈리스의 통계량에 의한 검정을 수행하여 통계적으로 가장 유의한 변수를 분리변수로 선택하였고 Breiman 등(1984)의 전체탐색법을 그 변수에만 적용하여 노드의 분리기준을 정하였다 모의실험 연구를 통해 Breiman등(19히)의 CART와 제안한 알고리즘을 변수선택 편의, 변수선택력파 평균제곱오차 측면에서 서로 비교하였다. 아울러 두 알고리즘을 실제 자료에 적용하여 효율을 서로 비교하였다. It has well known that an exhaustive search algorithm suggested by Breiman et. a1.(1984) has a trend to select the variable having relatively many possible splits as an splitting rule. We propose an algorithm to overcome this variable selection bias problem and then construct unbiased regression trees based on the algorithm. The proposed algorithm runs two steps of selecting a split variable and determining a split rule for binary split based on the split variable. Simulation studies were performed to compare the proposed algorithm with Breiman et a1.(1984)'s CART(Classification and Regression Tree) in terms of degree of variable selection bias, variable selection power, and MSE(Mean Squared Error). Also, we illustrate the proposed algorithm with real data sets.