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mRNA 리드 시퀀스 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
공진화(JinHwa Kong),윤지희(JeeHee Yoon),이은주(UnJoo Lee),이종근(JongKeun Lee),원정임(JungIm Won) 한국정보과학회 2011 정보과학회논문지 : 데이타베이스 Vol.38 No.6
선택 스플라이싱은 단백질 생성 과정의 핵심 메카니즘으로서, DNA 조각들이 mRNA(messenger RNA)로 전사될 때 유전자의 엑손 영역들이 여러 가지 유형으로 다시 연결되는 과정을 말한다. 선택 스플 라이싱의 유형은 현재 7가지가 알려져 있으며, 이들 유형은 인간의 질병과 매우 밀접한 관련을 가지고 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 기술로 생성된 mRNA 리드 시퀀스 데이터로부터 각 유전자 영역에 대한 선택 스플라이싱 유형을 분류/추출하는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 mRNA 리드 시퀀스 데이터를 DNA 시퀀스와 mRNA 트랜스크립트 시퀀스에 동시 매핑하고, 각 엑손 영역에 정렬된 mRNA 리드 시퀀스 데이터의 커버리지 정보 및 엑손의 접합 정보를 이용하여 발현된 트랜스크립트의 종류와 양을 측정한다. 알고리즘의 유효성을 입증하기 위하여 시뮬레이션 데이터를 이용한 실험을 수행 하였으며, 실험 결과에 의하여 제안된 방식이 발현된 선택 스플라이싱 유형과 양을 매우 효율적으로 추출함을 보인다. Alternative splicing is a main source of generating a highly dynamic human proteome. It enables exons of genes to recombine in different ways when a segment of DNA is transcribed into messenger RNAs (mRNAs). There are seven patterns of alternative splicing which are known as typical ways in human genes. Alternative splicing has been found to be associated with many human diseases. This work proposes a novel method to identify alternative splicing patterns and analyze the distribution variations in a given gene expression process from mRNA read sequence data generated by next-generation sequencing (NGS) technology. The proposed method is based on parallel mapping of mRNA read sequence data to both genomic and transcriptomic reference sequences, and analyzes the mRNA read sequence data coverage and junctions spanning two exons. The preliminary results conducted with simulated data showed the prominent efficiency in identifying and quantifying events of alternative splicing.
RNA-Seq 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
공진화(Jin-Hwa Kong),이종근(Jong-Keun Lee),이은주(Un-Joo Lee),윤지희(Jee-Hee Yoon) 한국정보과학회 2011 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.38 No.1A
선택 스플라이싱 (alternative splicing)은 mRNA (messenger RNA)의 전구체인 pre-mRNA가 mRNA로 전사될 때 pre-mRNA의 엑손 영역들 (exons)이 여러 가지 유형 (pattern)으로 다시 연결되는 과정을 말한다. 선택 스플라이싱에 의해 하나의 유전자로부터 서로 다른 mRNA가 만들어 지고 서로 다른 이소형의 단백질 (protein isoforms)이 생성된다. 현재까지 알려진 선택 스플라이싱의 유형은 약 7가지 종류가 있으며, 유전자의 돌연변이 및 질병과 밀접한 연관성을 가지고 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 (Next Generation Sequencing : NGS) 기술로 생성된 RNA-Seq 데이터로부터 각 유전자 영역에 대한 선택 스플라이싱 유형을 분류/추출하는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 RNA-Seq 데이터를 DNA 시퀀스와 mRNA 트랜스크립트 시퀀스에 동시 매핑하고, 각 엑손 영역에 정렬된 RNA-Seq 데이터의 커버리지 정보 및 엑손의 접합 (junction) 정보를 이용하여 발현된 트랜스크립트 (transcript)의 종류와 양을 측정한다. 알고리즘의 유효성을 보이기 위하여 시뮬레이션 데이터를 이용한 인간 유전자 영역에서의 선택 스플라이싱 유형 추출 실험을 수행하였으며, 검증된 선택 스플라이싱 DB와 비교, 검증하였다.
An Evaluation of Compression set for the Ethylene Propylene Diene Monomer in the Cable Joint Box
양진영,공진화,최석환 한국공업화학회 2019 한국공업화학회 연구논문 초록집 Vol.2019 No.1
초고압케이블이 발전함에 따라 접속 기술을 향상시키기 위한 연구 또한 진행되고 있으며, 이에 Pre-Molded Joint(PMJ) 접속함이 주목 받고 있다. PMJ 접속함은 기존 Prefabricated Joint(PJ) 접속함에 비해 구조가 간단하고, 시공이 용이할 뿐만 아니라 공장 일체형 생산으로 품질 안정성이 높으며, 유지 보수 및 고장 복구 시에도 유리하다는 이점을 갖는다. PMJ 접속함은 내부에 압축링이 포함되어 있지 않아 재료 자체의 탄성만으로 케이블/접속함 간 계면압을 확보해야 하기 때문에 장기간 탄성력(복원력)이 중요한 요소로 작용한다. 본 연구에서는 전기적, 기계적 특성이 우수하여 케이블 접속재로 적용 가능한 Ethylene Propylene Diene Monomer(EPDM)에 대해 검토하였다. 레진과 필러 함량이 각기 다른 절연 3종, 반도전 3종의 EPDM에 대한 기계적 평가를 진행하였고, 더 나아가 송전급 PMJ 접속함을 제작하여 계면압 특성을 평가함으로써 영구압축줄음율이 케이블/접속함 간 계면압에 미치는 영향을 확인하였다.